T细胞双特异性结合蛋白制造技术

本文提供了可用于T细胞介导的表达HSC抗原的造血干细胞(HSC)，例如CD117+细胞耗竭以及用于治疗各种造血疾病、代谢病症、癌症(例如，急性髓性白血病(AML))和自身免疫疾病等的组合物和方法。本文描述了双特异性结合多肽及其双特异性抗原结合部分，所述多肽及其部分包含针对T细胞抗原(诸如CD3)的第一结合部分和针对HSC抗原(诸如CD117)的第二结合部分。针对HSC抗原(诸如CD117)的第二结合部分。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】T细胞双特异性结合蛋白
[0001]相关申请
[0002]本申请要求2020年3月16日提交的美国临时申请号62/990,281的优先权。前述优先权申请的全部内容以引用的方式并入本文中。
[0003]序列表
[0004]本申请含有序列表，所述序列表以ASCII格式通过电子方式提交并且特此以全文引用的方式并入。所述ASCII副本创建于2021年3月16日，命名为M103034_2210WO_Sequence_Listing.txt并且大小为56,311字节。
专利

[0005]本专利技术涉及T细胞双特异性结合蛋白，诸如抗CD3双特异性抗体，介导免疫驱动的靶细胞(包括在HSC细胞上表达的抗原)耗竭的用途。本专利技术进一步涉及抗CD117双特异性结合蛋白或其片段、其组合物及用途，所述蛋白或其片段包含结合至造血细胞(诸如造血干细胞)表面上表达的抗原的第一结合结构域和结合至T细胞的第二结合结构域。
[0006]专利技术背景
[0007]选择性细胞耗竭具有用于许多疗法的治疗潜力，包括干细胞移植的调理、自身免疫疾病的治疗和某些癌症的治疗。举例来说，B细胞耗竭疗法可以用于治疗某些自身免疫疾患(Lee等(2020)Nature Reviews Drug Discovery,第20卷,第179
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199页)。
[0008]调理是使患者做好准备(即，“调理”)以接受含有造血干细胞的移植物的过程。调理程序由此促进造血干细胞移植物的植入。在植入之前进行调理以便为患者接受移植创建适当的条件(例如，创建干细胞生态位)。此外，在一些情况下，移植细胞的20％植入可以缓解或治愈特定疾病状态。
[0009]当前在造血干细胞疗法(HSCT)适应症和血红蛋白病中使用了许多非特异性(即，非靶向)调理方法，包括但不限于使用照射(例如，全身照射(TBI))和DNA烷化剂/修饰剂，这两者不仅对患者的许多器官系统具有高毒性，而且还影响造血和非造血细胞以及造血微环境。这些苛刻的调理方案通常会破坏接受体患者的免疫系统和生态位细胞，这在许多情况下可能导致危及生命的并发症。
[0010]因此，需要开发选择性地使靶组织中的内源性造血干细胞群体耗竭，同时避免前述非特异性调理方法的不良毒性的温和调理方案。通过靶向在HSC上表达的某些分子(包括例如CD117)可以促进干细胞(诸如HSC)的耗竭。
[0011]CD117(也称作c
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kit或干细胞因子受体(SCRF))是结合配体干细胞因子(SCF)的单一跨膜受体酪氨酸激酶。SCF诱导cKIT的同源二聚化，激活其酪氨酸激酶活性并通过PI3
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AKT和MAPK途径发信号(Kindblom等,Am J.Path.1998 152(5):1259)。CD117最初作为癌基因被发现并且已经在肿瘤学领域中进行了研究(参见例如Stankov等(2014)Curr Pharm Des.20(17):2849
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80)。CD117在造血干细胞(HSC)上高度表达。这种表达模式使CD117成为调理多种疾病的潜在靶标。然而，仍然需要基于抗CD117的疗法，所述疗法有效调理患者以进行移植，诸如骨髓移植。
[0012]当前需要靶向干细胞，例如CD117+干细胞的替代方法和组合物，所述组合物可以用作调理剂以促进外源性干细胞的植入。此类疗法和药剂也可用于治疗选择性细胞耗竭将具有治疗性的其它疾病。

技术实现思路

[0013]本文描述了与介导免疫驱动的靶细胞耗竭的T细胞双特异性结合蛋白有关的方法和组合物。在某些实施方案中，本文所公开的方法和组合物涉及CD3双特异性结合蛋白，诸如双特异性抗体，所述双特异性结合蛋白还结合至干细胞，诸如造血干细胞(HSC)上表达的靶抗原。本文所公开的组合物和方法的优点是双特异性剂使用T细胞使靶细胞耗竭并减少或消除对细胞耗竭的非特异性方法，诸如化学疗法或照射的需要。
[0014]在一个方面，本文描述了包含以下的抗CD117双特异性结合蛋白或其片段：结合至造血细胞，诸如造血干细胞的表面上表达的抗原(即，人类CD117；也称为c
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kit)的第一结合结构域，和结合至免疫细胞，诸如T细胞的表面上表达的抗原(例如，CD3)的第二结合结构域，以及使用所述双特异性结合蛋白的组合物和方法。
[0015]在一个方面，本公开提供了一种双特异性结合多肽，所述双特异性结合多肽具有结合至造血干细胞(HSC)或造血祖细胞上表达的CD117的第一抗原结合部分；和结合至T细胞上表达的抗原的第二抗原结合部分。在一个实施方案中，第一抗原结合部分来源于抗CD117抗体或其抗原结合片段。在另一个实施方案中，第一抗原结合部分包含单链可变片段(scFv)。在又一个实施方案中，第一抗原结合部分选自由Fab、Fab'、二
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scFv、串联二
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scFv、三
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scFv、串联三
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scFv、Fv、二硫键连接的Fv、DART、单结构域抗体(sdAb)、双链抗体、串联双链抗体、三链抗体和串联三链抗体组成的组。在另一个实施方案中，第一抗原结合部分包含抗CD117 scFv。
[0016]在其它实施方案中，抗CD117 scFv包含(i)包含具有分别如SEQ ID NO:7、8和9所示的氨基酸序列的CDR1、CDR2和CDR3的重链可变区，并且包含有包含具有分别如SEQ ID NO:10、11和12所示的氨基酸序列的CDR1、CDR2和CDR3的轻链可变区；或(ii)包含如SEQ ID NO:13所示的氨基酸序列的重链可变区和包含如SEQ IDNO:14所示的氨基酸序列的轻链可变区；或(iii)包含具有分别如SEQ ID NO:21、22和23所示的氨基酸序列的CDR1、CDR2和CDR3的重链可变区，并且包含有包含具有分别如SEQ ID NO:24、25和26所示的氨基酸序列的CDR1、CDR2和CDR3的轻链可变区；或(iv)包含如SEQ ID NO:27所示的氨基酸序列的重链可变区和包含如SEQ ID NO:28所示的氨基酸序列的轻链可变区。
[0017]在某些实施方案中，双特异性抗CD3/CD117抗体包含如表4中所描述的抗CD117抗体和抗CD3抗体氨基酸序列中所描述的结合区(例如，VH和VL；或VH和VL CDR)。
[0018]在某些其它实施方案中，第二抗原结合部分来源于抗体或其抗原结合片段。在一个实施方案中，第二抗原结合部分包含单链可变片段(scFv)。在另一个实施方案中，第二抗原结合部分选自由Fab、Fab'、二
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scFv、串联二
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scFv、三
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scFv、串联三
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scFv、Fv、DART、二硫键连接的Fv、单结构域抗体(sdAb)、双链抗体、串联双链抗体、三链抗体和串联三链抗体组成的组。在又一个实施方案中，免疫细胞上表达的抗原是CD3。在一些实施方案中，CD3由选自本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】1.一种双特异性结合多肽，所述多肽包含结合至造血干细胞(HSC)或造血祖细胞上表达的CD117的第一抗原结合部分；以及结合至T细胞上表达的抗原的第二抗原结合部分。2.如权利要求1所述的双特异性结合多肽，其中所述第二抗原结合部分结合至CD3。3.如权利要求1或2所述的双特异性结合多肽，其中所述第一抗原结合部分包含抗CD117单链可变片段(scFv)并且所述第二抗原结合部分包含抗CD3 scFv。4.如权利要求1或2所述的双特异性结合多肽，其中所述双特异性结合多肽是双特异性抗体或其双特异性抗原结合片段。5.如权利要求1
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4中任一项所述的双特异性结合多肽，其中所述抗CD117结合部分包含(i)包含具有分别如SEQ ID NO:7、8和9所示的氨基酸序列的CDR1、CDR2和CDR3的重链可变区和包含具有分别如SEQ ID NO:10、11和12所示的氨基酸序列的CDR1、CDR2和CDR3的轻链可变区；或(ii)包含如SEQ ID NO:13所示的氨基酸序列的重链可变区和包含如SEQ ID NO:14所示的氨基酸序列的轻链可变区；或(iii)包含具有分别如SEQ ID NO:21、22和23所示的氨基酸序列的CDR1、CDR2和CDR3的重链可变区和包含具有分别如SEQ IDNO:24、25和26所示的氨基酸序列的CDR1、CDR2和CDR3的轻链可变区；或(iv)包含如SEQ ID NO:27所示的氨基酸序列的重链可变区和包含如SEQ ID NO:28所示的氨基酸序列的轻链可变区。6.如权利要求2
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5中任一项所述的双特异性结合多肽，其中所述抗CD3结合部分包含(i)包含如SEQ ID NO:37所示的氨基酸序列的重链可变区和包含如SEQ ID NO:38所示的氨基酸序列的轻链可变区；或(ii)包含如SEQ ID NO:41所示的氨基酸序列的重链可变区和包含如SEQ ID NO:45所示的氨基酸序列的轻链可变区。7.一种包含CD117结合区和CD3结合区的双特异性抗体或其双特异性抗原结合部分，其中所述CD117结合区包含(i)包含具有分别如SEQ ID NO:7、8和9所示的氨基酸序列的CDR1、CDR2和CDR3的重链可变区和包含具有分别如SEQ ID NO:10、11和12所示的氨基酸序列的CDR1、CDR2和CDR3的轻链可变区；或(ii)包含如SEQ ID NO:13所示的氨基酸序列的重链可变区，和包含如SEQ ID NO:14所示的氨基酸序列的轻链可变区；或(iii)包含具有分别如SEQ ID NO:21、22和23所示的氨基酸序列的CDR1、CDR2和CDR3的重链可变区和包含具有分别如SEQ IDNO:24、25和26所示的氨基酸序列的CDR1、CDR2和CDR3的轻链可变区；或(iv)包含如SEQ ID NO:27所示的氨基酸序列的重链可变区，和包含如SEQ ID NO:28所示的氨基酸序列的轻链可变区。8.如权利要求7所述的双特异性抗体或其双特异性抗原结合部分，其中所述CD3结合区包含(i)如SEQ ID NO:37所示的抗CD117 VH氨基酸序列，和
如SEQ ID NO:38所示的抗CD117 VL氨基酸序列；或(ii)包含如SEQ ID NO:41所示的氨基酸序列的重链可变区，和包含如SEQ ID NO:45所示的氨基酸序列的轻链可变区。9.如权利要求4、7或8中任一项所述的双特异性抗体或其双特异性抗原结合部分，所述抗体或其部分包含有包含第一重链的第一CH3区和第二重链的第二CH3区的Fc区，其中所述第一CH3区和所述第二CH3区能够通过杵臼相互作用稳定缔合。10.如权利要求4或7
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9所述的双特异性抗体或其双特异性抗原结合部分，所述抗体或其部分是选自由IgG、IgA、IgM、IgD和IgE组成的组的同种型。11.如权利要求10所述的双特异性抗体或其双特异性抗原结合部分，其中所述IgG是IgG1或IgG4。12.如权利要求4或7
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11中任一项所述的双特异性抗体或其双特异性抗原结合部分，其中所述Fc区相对于野生型Fc区在位置L234、L235、H435或它们的组合(EU索引)处包含一个或多个氨基酸取代。13.如权利要求12所述的双特异性抗体或其双特异性抗原结合部分，其中在位置L234处的所述氨基酸取代是L234A。14.如权利要求12或13所述的双特异性抗体或其双特异性抗原结合部分，其中在位置L235处的所述氨基酸取代是L235A。15.如权利要求12
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14中任一项所述的双特异性抗体或其双特异性抗原结合部分，其中在位置H435处的所述氨基酸取代是H435A。16.如权利要求4或7
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15中任一项所述的双特异性抗体或其双特异性抗原结合部分，其中所述第一CH3区在位置T366、L368和Y407(EU索引)处包含氨基酸取代，并且所述第二CH3区在位置T366(EU索引)处包含氨基酸取代。17.如权利要求16所述的双特异性抗体或其双特异性抗原结合部分，其中在位置T366处的所述氨基酸取代是T366S。18.如权利要求16或17所述的双特异性抗体或其双特异性抗原结合部分，其中在位置L368处的所述氨基酸取代是L368A。19.如权利要求16
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18中任一项所述的双特异性抗体或其双特异性抗原结合部分，其中在位置Y407处的所述氨基酸取代是Y407V或Y407T。20.如权利要求16
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19中任一项所述的双特异性抗体或其双特异性抗原结合部分，其中在位置T366处的所述氨基酸取代是T366W或T366Y。21.一种药物组合物，所述药物组合物包含治疗有效量的权利要求1
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20中任一项所述的双特异性结合多肽、双特异性抗体或其双特异性抗原结合部分。22.一种治疗人类患者的干细胞病症的方法，所述方法包括向所述患者施用治疗有效量的权利要求1
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20中任一项所述的双特异性结合多肽、双特异性抗体或其双特异性抗原结合部分。23.一种治疗人类患者的免疫缺陷病症的方法，所述方法包括向所述患者施用治疗有效量的权利要求1
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20中任一项所述的双特异性结合多肽、双特异性抗体或其双特异性抗原结合部分。24.如权利要求23所述的方法，其中所述免疫缺陷病症是先天性免疫缺陷或获得性免
疫缺陷。25.一种治疗人类患者的代谢病症的方法，所述方法包括向所述患者施用治疗有效量的权利要求1
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20中任一项所述的双特异性结合多肽、双特异性抗体或其双特异性抗原结合部分。26.如权利要求25所述的方法，其中所述代谢病症选自由糖原贮积病、粘多糖贮积症、高歇氏病、赫尔勒氏病、鞘脂贮积症和异染性脑白质营养不良组成的组。27.一种治疗人类患者的自身免疫病症的方法，所述方法包括向所述患者施用治疗有效量的权利要求1
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20中任一项所述的双特异性结合多肽、双特异性抗体或其双特异性抗原结合部分。28.如权利要求27所述的方法，其中所述自身免疫病症选自由以下组成的组：多发性硬化症、人类全身性狼疮、类风湿性关节炎、炎性肠病、治疗牛皮癣、1型糖尿病、急性播散性脑脊髓炎、阿狄森氏病、普秃、强直...

【专利技术属性】
技术研发人员：拉胡尔，
申请(专利权)人：美真达治疗公司，
类型：发明
国别省市：