用于治疗疾病的细菌组合物制造技术

本发明专利技术涉及用于治疗或预防疾病，特别是感染性疾病(例如艰难梭菌感染)的细菌组合物。染性疾病(例如艰难梭菌感染)的细菌组合物。染性疾病(例如艰难梭菌感染)的细菌组合物。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】用于治疗疾病的细菌组合物

技术介绍

[0001]艰难梭菌(Clostridium difficile，最近称为Clostridioides difficile或C.difficile)是革兰氏阳性棒状、周毛鞭毛、产毒、产孢子细菌，其可引起胃肠道疾病，症状从轻度腹泻至重度危及生命的结肠炎(1)。它的孢子具有坚固耐久性结构，能够使该种属跨时间和空间并且在人与人之间有效传播。这些孢子具有抗氧性，并且不会被许多医疗保健消毒剂杀死，这表示需要严格清洁才能有效净化医院和家庭环境(2)。
[0002]因此，艰难梭菌是突出的细菌病原体，其被描述为“直接的公共健康威胁”，美国疾病控制中心在最近关于美国抗生素耐药性威胁的报告中要求对其
“……
采取紧急和积极措施”(3)。住院个体，尤其是免疫功能低下或服用抗生素的患者，以及老年人特别易患可能复发的艰难梭菌疾病(1)。
[0003]在美国，基于2011年期间在10个地理上不同的地点进行的监测，艰难梭菌疾病的国家负担估计为约50万例感染，仅在那一年就导致～29,000例死亡(4)。美国疾病控制和预防中心在2013年发表的另一份报告表明，艰难梭菌疾病每年导致250,000例需要住院的感染和14,000例死亡(3)。在欧洲，2016年，20个不同国家报告了超过7000例艰难梭菌病例，并且与美国相似，这些感染中的大多数与医疗保健相关(5)。治疗艰难梭菌疾病的成本很高。与医疗保健相关的艰难梭菌疾病的平均复发率为～20％，并且治疗复发性疾病的成本通常推高护理成本(4)。因此，迫切寻求预防复发性疾病的干预措施，以减轻艰难梭菌感染(CDI)的经济负担。
[0004]传统上，抗生素和补液是建议的CDI一线治疗方法，万古霉素、甲硝唑和非达霉素是常用于杀死病原体的抗生素(6)。抗生素耐药性艰难梭菌菌株的出现以及抗生素治疗支持CDI的趋势意味着迫切需要寻找抗生素的替代品(3)。
[0005]粪便微生物群(microbiota)移植(FMT)是用于复发性艰难梭菌疾病的非常有效治疗，基于随机对照试验的高质量证据，强烈建议用于治疗轻度至重度复发性CDI(7)。FMT被认为通过恢复肠道微生物群系(microbiome)失调的患者的多样性肠道微生物群系从而对定植抗性而起作用。作为治疗选择，FMT的主要获益包括其巨大且持久的有效性、出色的短期安全性和高水平的患者术后满意度(7)。然而，FMT的确切作用机制尚不完全清楚，并且极少的长期安全数据是可用的。
[0006]此外，就其本质而言，原材料的成分不标准化并且无法大规模生产。此外，粪便仅针对“已知”进行筛查，而不考虑任何非典型或潜伏病原体。供体筛查、粪便处理(7)和向患者递送FMT也因诊所而异，甚至在无人监督的情况下由非专业人士在家中进行(9)。
[0007]随着FMT从非正统的最后手段转变为著名的主流治疗选择，不可避免地出现了寻求将基于微生物群系的疗法商业化的组织和公司。目前存在粪便库以向医疗专业人员提供FMT材料，而针对CDI和其他适应症的基于全粪便的疗法正在作为药物开发(10)。事实上，即使是宽泛定义的粪便成分(例如耐乙醇细菌孢子)的治疗潜力也已成功用于治疗复发性CDI(11)。尽管这些基于粪便的疗法由具有药物开发思维的公司和组织创造，但与FMT相关的许多缺点也适用于这些产品。
[0008]这些未定义的基于原始粪便的疗法的逻辑进展是定义的、合理选择的纯化且良好表征的微生物的菌株或联合体(consortia)，其可用于成功治疗疾病。这些“活生物治疗产品”(LBP)是除疫苗之外的生物产品，其中含有旨在预防、治疗或治愈累及人类的疾病的活生物体(12)。虽然目前尚无LPB上市，但存在证明对感染性疾病适应症(包括艰难梭菌)有效的实例(13)。
[0009]联合体方法的优势主要适用于产品标准化、安全性和生产方面。与受成分和质量变化影响的FMT不同，包含治疗联合体的菌株可以可靠地复制以满足可以进行分析评估的预定义质量标准。这些治疗菌株必须在分类学上明确定义，这意味着期望最终产品中将不出现任何替代或污染类群是现实的。此外，所选择的菌株在生物学上也将进行良好表征，使得任何潜在的致病性或遗传不稳定性均已知。理解菌株代谢和行为能够开发用于大规模生产目标菌株的可重复方法，从而促进LBP的生产。了解治疗菌株的基因型和表型是产品安全性和批次检测的基础。还可以合理地假设患者更容易接受以片剂或胶囊形式口服递送的LBP，因为与FMT相比，这种递送模式对他们的生活方式的侵入性和破坏性更小。
[0010]因此，需要提供用于艰难梭菌感染的有效治疗，并且本专利技术旨在解决该需要。

技术实现思路

[0011]本专利技术人已经鉴定了包含可用于治疗艰难梭菌感染的分离的细菌的组合物。因此，本专利技术涉及治疗性细菌组合物，其各自包含已定义的细菌分离物的联合体，该组合物可用于治疗疾病，特别是用于治疗和预防艰难梭菌感染。本专利技术还涉及治疗和预防疾病的相关方法，特别是治疗和预防艰难梭菌感染的方法。
[0012]在一个方面，本专利技术涉及一种组合物，该组合物包含两种或更多种分离的细菌，该分离的细菌选自以下种属：纤维素类拟杆菌(Bacteroides cellulosilyticus)、布劳特氏菌属(Blautia sp.)、灵巧粪球菌(Coprococcus catus)、伴生粪球菌(Coprococcus comes)、多尔氏菌属(Dorea sp.)、韦荣球菌UCG
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003属(Erysipelotrichaceae UCG
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003 sp.)、内脏臭气杆菌(Odoribacter splanchnicus)、狄氏副拟杆菌(Parabacteroides distasonis)、瘤胃梭菌9属(Ruminiclostridium 9 sp.)、扭链瘤胃球菌(Ruminococcus torques)、脆弱拟杆菌(Bacteroides fragilis)、布劳特氏菌属、布劳特氏菌属、毛螺菌科FCS020群属(Lachnospiraceae FCS020 group sp.)、毛梭菌属(Lachnoclostridium sp.)、长双歧杆菌(Bifidobacterium longum)和拟杆菌属(Bacteroides sp.)。该组合物可以包含选自该列表的2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16或17种分离的细菌或由其组成。在一个实施方案中，两种或更多种分离的细菌包含与选自SEQ ID NO：1至21的核酸序列具有至少95％序列同一性，例如97％、98％、98.7％或99％序列同一性的16S rDNA序列。在一个实施方案中，细菌是冻干的。
[0013]本专利技术还涉及包含两种或更多种分离的细菌的组合物，其中所述细菌选自具有SEQ ID No.1、2或3的16sDNA或与其具有至少90％同一性，例如至少91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％同一性；例如97％或98.7％同一性的16S rD本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】1.包含两种或更多种分离的细菌的组合物，其中所述细菌选自具有SEQ ID No.1、2或3的16sDNA或与其具有至少90％同一性，例如至少91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％同一性；例如97％或98.7％同一性的16S rDNA序列的细菌；具有SEQ ID No.4的16sDNA或与其具有至少90％同一性，例如至少91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％同一性；例如97％或98.7％同一性的16S rDNA序列的细菌；具有SEQ ID No.5的16sDNA或与其具有至少90％同一性，例如至少91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％同一性；例如97％或98.7％同一性的16S rDNA序列的细菌；具有SEQ ID No.6的16sDNA或与其具有至少90％同一性，例如至少91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％同一性；例如97％或98.7％同一性的16S rDNA序列的细菌；具有SEQ ID No.7的16sDNA或与其具有至少90％同一性，例如至少91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％同一性；例如97％或98.7％同一性的16S rDNA序列的细菌；具有SEQ ID No.8的16sDNA或与其具有至少90％同一性，例如至少91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％同一性；例如97％或98.7％同一性的16S rDNA序列的细菌；具有SEQ ID No.9的16sDNA或与其具有至少90％同一性，例如至少91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％同一性；例如97％或98.7％同一性的16S rDNA序列的细菌；具有以下SEQ ID No.10或11的16sDNA或与其具有至少90％同一性，例如至少91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％同一性；例如97％或98.7％同一性的16S rDNA序列的细菌；具有SEQ ID No.12的16sDNA或与其具有至少90％同一性，例如至少91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％同一性；例如97％或98.7％同一性的16S rDNA序列的细菌；具有SEQ ID No.13的16sDNA或与其具有至少90％同一性，例如至少91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％同一性；例如97％或98.7％同一性的16S rDNA序列的细菌；具有SEQ ID No.14或15的16sDNA或与其具有至少90％同一性，例如至少91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％同一性；例如97％或98.7％同一性的16S rDNA序列的细菌；具有SEQ ID No.16的16sDNA或与其具有至少90％同一性，例如至少91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％同一性；例如97％或98.7％同一性的16S rDNA序列的细菌；具有SEQ ID No.17的16sDNA或与其具有至少90％同一性，例如至少91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％同一性；例如97％或98.7％同一性的16S rDNA序列的细菌；具有SEQ ID No.18的16sDNA或与其具有至少90％同一性，例如至少91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％同一性；例如97％或98.7％同一性的16S rDNA序列的细菌；具有SEQ ID No.19的16sDNA或与其具有至少90％同一性，例如至少91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％同一性；例如97％或98.7％同一性的16S rDNA序列的细菌；具有SEQ ID No.20的16sDNA或与其具有至少90％同一性，例如至少91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％同一性；例如97％或98.7％同一性的16S rDNA序列的细菌，以及具有SEQ ID No.21的16sDNA或与其具有至少90％同一性，例如至少91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％同一性；例如97％或98.7％同一性的16S rDNA序列的细菌。2.根据权利要求1所述的组合物，其包含2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16或17种分离的细菌。3.根据权利要求1或2所述的组合物，其中所述两种或更多种分离的细菌包含与选自
SEQ ID NO：1至21的核酸序列具有至少97％序列同一性的16S rDNA序列。4.根据前述一项权利要求所述的组合物，其包含15种分离的细菌，所述分离的细菌具有以下SEQ ID No.的16sDNA：SEQ ID No.1(或2或3)或与其具有至少90％同一性，例如至少91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％同一性；例如97％或98.7％同一性的16S rDNA序列，SEQ ID No.4或与其具有至少90％同一性，例如至少91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％同一性；例如97％或98.7％同一性的16S rDNA序列，SEQ ID No.5或与其具有至少90％同一性，例如至少91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％同一性；例如97％或98.7％同一性的16S rDNA序列，SEQ ID No.6或与其具有至少90％同一性，例如至少91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％同一性；例如97％或98.7％同一性的16S rDNA序列，SEQ ID No.7或与其具有至少90％同一性，例如至少91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％同一性；例如97％或98.7％同一性的16S rDNA序列，SEQ ID No.8或与其具有至少90％同一性，例如至少91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％同一性；例如97％或98.7％同一性的16S rDNA序列，SEQ ID No.9或与其具有至少90％同一性，例如至少91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％同一性；例如97％或98.7％同一性的16S rDNA序列，SEQ ID No.10(或11)或与其具有至少90％同一性，例如至少91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％同一性；例如97％或98.7％同一性的16S rDNA序列，SEQ ID No.12或与其具有至少90％同一性，例如至少91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％同一性；例如97％或98.7％同一性的16S rDNA序列，SEQ ID No.13或与其具有至少90％同一性，例如至少91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％同一性；例如97％或98.7％同一性的16S rDNA序列，SEQ ID No.14(或15)或与其具有至少90％同一性，例如至少91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％同一性；例如97％或98.7％同一性的16S rDNA序列，SEQ ID No.16或与其具有至少90％同一性，例如至少91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％同一性；例如97％或98.7％同一性的16S rDNA序列，SEQ ID No.17或与其具有至少90％同一性，例如至少91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％同一性；例如97％或98.7％同一性的16S rDNA序列，SEQ ID No.18或与其具有至少90％同一性，例如至少91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％同一性；例如97％或98.7％同一性的16S rDNA序列，以及SEQ ID No.19或与其具有至少90％同一性，例如至少91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％同一性；例如97％或98.7％同一性的16S rDNA序列。5.根据权利要求1至3中任一项所述的组合物，其包含10种分离的细菌，所述分离的细菌具有以下SEQ ID No.的16sDNA：SEQ ID No.1(或2或3)或与其具有至少90％同一性，例如至少91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％同一性；例如97％或98.7％同一性的16S rDNA序列，SEQ ID No.4或与其具有至少90％同一性，例如至少91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％同一性；例如97％或98.7％同一性的16S rDNA序列，
SEQ ID No.5或与其具有至少90％同一性，例如至少91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％同一性；例如97％或98.7％同一性的16S rDNA序列，SEQ ID No.6或与其具有至少90％同一性，例如至少91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％同一性；例如97％或98.7％同一性的16S rDNA序列，SEQ ID No.7或与其具有至少90％同一性，例如至少91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％同一性；例如97％或98.7％同一性的16S rDNA序列，SEQ ID No.8或与其具有至少90％同一性，例如至少91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％同一性；例如97％或98.7％同一性的16S rDNA序列，SEQ ID No.9或与其具有至少90％同一性，例如至少91％、92％、93％、9...

【专利技术属性】
技术研发人员：特雷沃罗，
申请(专利权)人：基因组研究有限公司，
类型：发明
国别省市：