细菌疗法制造技术

技术编号:22757326 阅读:34 留言:0更新日期:2019-12-07 04:56
本发明专利技术涉及包含至少一种分离的细菌和药学上可接受的赋形剂的治疗组合物,以及制备这种治疗组合物的方法。所述治疗组合物用于治疗生态失调,特别是胃肠道的生态失调。

Bacterial therapy

The invention relates to a therapeutic composition comprising at least one isolated bacteria and pharmaceutically acceptable excipients, and a method for preparing such a therapeutic composition. The treatment composition is used for treating ecological disorders, especially the ecological disorders of the gastrointestinal tract.

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】细菌疗法专利
本专利技术涉及包含至少一种如本文所定义的分离的细菌和药学上可接受的赋形剂的治疗组合物,以及制备这种治疗组合物的方法。治疗组合物可用于治疗生态失调,特别是胃肠道的生态失调。生态失调可以是与肠细菌感染,炎性肠病,脓包皮炎,肠易激综合征,代谢性疾病,神经精神障碍,自身免疫性疾病,变应性疾病,癌症或肝性脑病相关的生态失调。
技术介绍
典型的人肠道微生物群包含100-1000个细菌物种。个体之间存在广泛的组成多样性,使得每个个体的微生物群与指纹一样独特(Qin,Li等.2010;Nielsen,Almeida等.2014)。成年人的微生物群中的大多数细菌物种来自四个高水平的分类学分类或门,厚壁菌门(Firmicutes),拟杆菌门(Bacteroidetes),放线菌门(Actinobacteria)和变形菌门(Proteobacteria)。这些群体从出生到成年到老年都有丰度的变化,其反映环境影响的变化,例如初始分娩方式,饮食,侵入例如病原体感染等,以及许多情况下的抗生素使用((Dominguez-Bello,Costello等.2010,Koenig,Spor等.2011,Ottman,Smidt等.2012)。在成年期,肠道微生物群由厚壁菌门和拟杆菌门主导,两者都是严格的厌氧菌。肠道微生物群在以下方面起着关键作用:消化人胃肠道难以获取的食物,例如将碳水化合物代谢成短链脂肪酸(Sekirov,Russell等.2010),与免疫系统相互作用以维持体内平衡(Hooper,Littman等.2012),促进肠道成熟(Hooper,Wong等.2001)和免疫系统的发育。肠道微生物群在抵抗病原体入侵方面也起着重要作用,称为“定植抗性”。这通过存在的共生物种的多样性和丰富性以及通过占据关键生态位和营养素的利用来发挥作用(LawleyandWalker2013;BrittonandYoung2014)。如果微生物体内平衡例如通过使用抗生素受到干扰,则可能发生向生态失调的转变。生态失调为病原体提供了建立自身并引起所述个体疾病的机会。关于单个牵连病原体例如艰难梭菌(Clostridiumdifficile)(Lawley等.2012;BrittonandYoung2014;Buffie等.2015)进行了最好的研究,但是生态失调也与其他更复杂的多因素疾病有关,例如炎症性肠病(IBD),脓包炎(Angeriman等.2014),肠易激综合征(IBS),肝性脑病(Bajaj2014;Bajaj等.2012)代谢性疾病(包括代谢综合征,营养不良和肥胖),神经精神障碍,例如帕金森病和阿尔茨海默病,自身免疫性疾病,变应性疾病和癌症(Jostins,Ripke等.2012,Collins2014,Hold,Smith等.2014,PerezMartinez,Bauerl等.2014,Scheperjans,Aho等.2015;Blanton等.2016,Xu等.2015)。粪便微生物群移植(FMT)已成功解决艰难梭菌相关的生态失调(Petrof等.2013,vanNood等.2013),并且特定细菌的施用也证明对此有效(Lawley等.2012,Buffie等.2015)。FMT在其他肠道疾病的治疗以及与肠道微生物群相关的肠外疾病(包括代谢性疾病,神经精神障碍,自身免疫性疾病,变应性疾病和肿瘤)的管理方面也显示出有希望的结果(Xu等.2015)。近年来,在了解肠道微生物群在健康和疾病中的作用以及如何为宿主的利益进行操作方面取得了很大进展。迄今为止,我们的大多数理解都是通过独立于培养的研究得出的,即使用分子和基因组技术通过研究微生物群的组成成分以及它们在疾病期间如何变化。该过程允许鉴定可以解决疾病的潜在治疗候选物。然而,已经证明难以分离,纯化和获得这种候选治疗细菌。因此,本领域需要鉴定和分离可用于治疗生态失调的特定细菌以及细菌组合。基于已知的,确定的细菌或细菌混合物的治疗组合物是有利的,因为它们改善了患者的安全性,因为它们仅包含确定和充分表征的细菌,所述细菌已知促进且不损害人健康并且消除了通过FMT无意中转移致病物质至受体的可能性。此外,这种治疗组合物可以使用标准化的,可重复的程序以大规模方式体外制备,从而提供批次一致性,并且不依赖于健康人类供体的定期捐赠。包含已知的确定的细菌或细菌混合物的治疗组合物也可以在治疗上递送(例如,以在胶囊,片剂或灌肠剂),这相比于在FMT情况下使用的粪便材料悬浮液,患者和医疗保健专业人员更容易接受。包含在这种治疗组合物中的细菌可以通过特异性地改变细菌组成以最佳地解决所讨论的生态状态并因此改善功效而进一步适应于治疗特定的生态状态和与其相关的疾病。然而,为了分离这种候选治疗细菌用于治疗生态失调,需要充分了解所讨论的候选物的生物学,以及有待从中选择的大量初步候选物。这引起了一个问题,因为肠道微生物群中的大多数细菌被认为是不可培养的并且从未在实验室中被分离(Eckburg,Bik等.2005,HattoriandTaylor2009,Stewart2012)。因此,获得对微生物群功能属性的基本了解,并开发出具有难养的厌氧共生菌株的多物种细菌治疗剂是一项艰巨的挑战。虽然最近的努力在解决该问题方面取得了进展(Goodman,Kallstrom等.2011,Lagier,Hugon等.2015),但是本领域仍需要鉴定和分离能够治疗生态失调的细菌。专利技术说明本专利技术涉及治疗组合物,特别是用于治疗个体生态失调的治疗组合物。生态失调可发生在人体或动物体的任何部分,其通常被细菌和其他微生物定殖。本专利技术特别涉及人体胃肠道的生态失调。专利技术人出人意料地发现,可以培养存在于人肠道微生物群中的大多数细菌,这与本领域的普遍观点相反,即大多数人肠道微生物群是不可培养的。这一重大突破现在可以分离和表征人类微生物群中存在的大多数细菌,并评估它们在治疗生态失调中的活性。这不仅可以用于单个细菌分离物,而且可以用于从肠道微生物群中分离的细菌的组合。另外,这些细菌的分离允许细菌被筛选(例如,在它们包含在治疗组合物中之前针对不存在毒力因子和抗生素抗性进行筛选),从而提高安全性。此外,治疗组合物中包含的细菌能够通过优化细菌组合物以解决所讨论的生态失调而适应于治疗特定的益生菌状态和/或与之相关的疾病,从而提高功效。在使用未定义的细菌混合物(通常从健康人类供体的粪便样品中获得)的FMT中,这一点都不可能。使用分离的细菌治疗生态失调的另一个优点是,它可以使细菌疗法治疗得到标准化,使患者的治疗结果更加可预测,并通过在特定疾病的背景下消除与使用FMT相关的细菌组成的可变性有利于细菌疗法治疗潜力的评估。通过出人意料地能够培养存在于人肠道微生物群中的大多数细菌,专利技术人能够制备肠细菌文库,然后对其进行全基因组测序并使用计算机上分析和体外实验进行筛选以鉴定预期有用于治疗生态失调(特别是胃肠道的生态失调)的细菌。使用这种方法,专利技术人鉴定了预期有用于此目的的51种细菌,包括以前未描述过的细菌的若干个科,属和种,更不用说分离或用于治疗本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.包含至少一种分离的细菌和药学上可接受的赋形剂的治疗组合物,其中所述细菌包含编码16S核糖体RNA(rRNA)的基因,并且所述基因包含与SEQ ID NO 1至51任一个所示的序列具有至少90%序列同一性的序列。/n

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】20160419 GB 1606801.71.包含至少一种分离的细菌和药学上可接受的赋形剂的治疗组合物,其中所述细菌包含编码16S核糖体RNA(rRNA)的基因,并且所述基因包含与SEQIDNO1至51任一个所示的序列具有至少90%序列同一性的序列。


2.根据权利要求1所述的治疗组合物,其中所述编码16SrRNA的基因包含与SEQIDNO:1所示的序列具有至少90%序列同一性的序列。


3.根据权利要求1或2所述的治疗组合物,其中所述编码16SrRNA的基因包含与SEQIDNO:2所示的序列具有至少90%序列同一性的序列。


4.根据权利要求1至3中任一项所述的治疗组合物,其中所述编码16SrRNA的基因包含与SEQIDNO:3所示的序列具有至少90%序列同一性的序列。


5.根据权利要求1至4中任一项所述的治疗组合物,其中所述编码16SrRNA的基因包含与SEQIDNO:4所示的序列具有至少90%序列同一性的序列。


6.根据权利要求1至5中任一项所述的治疗组合物,其中所述编码16SrRNA的基因包含与SEQIDNO:5所示的序列具有至少90%序列同一性的序列。


7.根据权利要求1至6中任一项所述的治疗组合物,其中所述编码16SrRNA的基因包含与SEQIDNO:6所示的序列具有至少90%序列同一性的序列。


8.根据权利要求1至7中任一项所述的治疗组合物,其中所述编码16SrRNA的基因包含与SEQIDNO:7所示的序列具有至少90%序列同一性的序列。


9.根据权利要求1至8中任一项所述的治疗组合物,其中所述编码16SrRNA的基因包含与SEQIDNO:8所示的序列具有至少90%序列同一性的序列。


10.根据权利要求1至9中任一项所述的治疗组合物,其中所述编码16SrRNA的基因包含与SEQIDNO:9所示的序列具有至少90%序列同一性的序列。


11.根据权利要求1至10中任一项所述的治疗组合物,其中所述编码16SrRNA的基因包含与SEQIDNO:10所示的序列具有至少90%序列同一性的序列。


12.根据权利要求1至11中任一项所述的治疗组合物,其中所述编码16SrRNA的基因包含与SEQIDNO:11所示的序列具有至少90%序列同一性的序列。


13.根据权利要求1至12中任一项所述的治疗组合物,其中所述编码16SrRNA的基因包含与SEQIDNO:12所示的序列具有至少90%序列同一性的序列。


14.根据权利要求1至13中任一项所述的治疗组合物,其中所述编码16SrRNA的基因包含与SEQIDNO:13所示的序列具有至少90%序列同一性的序列。


15.根据权利要求1至14中任一项所述的治疗组合物,其中所述编码16SrRNA的基因包含与SEQIDNO:14所示的序列具有至少90%序列同一性的序列。


16.根据权利要求1至15中任一项所述的治疗组合物,其中所述编码16SrRNA的基因包含与SEQIDNO:15所示的序列具有至少90%序列同一性的序列。


17.根据权利要求1至16中任一项所述的治疗组合物,其中所述编码16SrRNA的基因包含与SEQIDNO:16所示的序列具有至少90%序列同一性的序列。


18.根据权利要求1至17中任一项所述的治疗组合物,其中所述编码16SrRNA的基因包含与SEQIDNO:17所示的序列具有至少90%序列同一性的序列。


19.根据权利要求1至18中任一项所述的治疗组合物,其中所述编码16SrRNA的基因包含与SEQIDNO:18所示的序列具有至少90%序列同一性的序列。


20.根据权利要求1至19中任一项所述的治疗组合物,其中所述编码16SrRNA的基因包含与SEQIDNO:19所示的序列具有至少90%序列同一性的序列。


21.根据权利要求1至20中任一项所述的治疗组合物,其中所述编码16SrRNA的基因包含与SEQIDNO:20所示的序列具有至少90%序列同一性的序列。


22.根据权利要求1至21中任一项所述的治疗组合物,其中所述编码16SrRNA的基因包含与SEQIDNO:21所示的序列具有至少90%序列同一性的序列。


23.根据权利要求1至22中任一项所述的治疗组合物,其中所述编码16SrRNA的基因包含与SEQIDNO:22所示的序列具有至少90%序列同一性的序列。


24.根据权利要求1至23中任一项所述的治疗组合物,其中所述编码16SrRNA的基因包含与SEQIDNO:23所示的序列具有至少90%序列同一性的序列。


25.根据权利要求1至24中任一项所述的治疗组合物,其中所述编码16SrRNA的基因包含与SEQIDNO:24所示的序列具有至少90%序列同一性的序列。


26.根据权利要求1至25中任一项所述的治疗组合物,其中所述编码16SrRNA的基因包含与SEQIDNO:25所示的序列具有至少90%序列同一性的序列。


27.根据权利要求1至26中任一项所述的治疗组合物,其中所述编码16SrRNA的基因包含与SEQIDNO:26所示的序列具有至少90%序列同一性的序列。


28.根据权利要求1至27中任一项所述的治疗组合物,其中所述编码16SrRNA的基因包含与SEQIDNO:27所示的序列具有至少90%序列同一性的序列。


29.根据权利要求1至28中任一项所述的治疗组合物,其中所述编码16SrRNA的基因包含与SEQIDNO:28所示的序列具有至少90%序列同一性的序列。


30.根据权利要求1至29中任一项所述的治疗组合物,其中所述编码16SrRNA的基因包含与SEQIDNO:29所示的序列具有至少90%序列同一性的序列。


31.根据权利要求1至30中任一项所述的治疗组合物,其中所述编码16SrRNA的基因包含与SEQIDNO:30所示的序列具有至少90%序列同一性的序列。


32.根据权利要求1至31中任一项所述的治疗组合物,其中所述编码16SrRNA的基因包含与SEQIDNO:31所示的序列具有至少90%序列同一性的序列。


33.根据权利要求1至32中任一项所述的治疗组合物,其中所述编码16SrRNA的基因包含与SEQIDNO:32所示的序列具有至少90%序列同一性的序列。


34.根据权利要求1至33中任一项所述的治疗组合物,其中所述编码16SrRNA的基因包含与SEQIDNO:33所示的序列具有至少90%序列同一性的序列。


35.根据权利要求1至34中任一项所述的治疗组合物,其中所述编码16SrRNA的基因包含与SEQIDNO:34所示的序列具有至少90%序列同一性的序列。


36.根据权利要求1至35中任一项所述的治疗组合物,其中所述编码16SrRNA的基因包含与SEQIDNO:35所示的序列具有至少90%序列同一性的序列。


37.根据权利要求1至36中任一项所述的治疗组合物,其中所述编码16SrRNA的基因包含与SEQIDNO:36所示的序列具有至少90%序列同一性的序列。


38.根据权利要求1至37中任一项所述的治疗组合物,其中所述编码16SrRNA的基因包含与SEQIDNO:37所示的序列具有至少90%序列同一性的序列。


39.根据权利要求1至38中任一项所述的治疗组合物,其中所述编码16SrRNA的基因包含与SEQIDNO:38所示的序列具有至少90%序列同一性的序列。


40.根据权利要求1至39中任一项所述的治疗组合物,其中所述编码16SrRNA的基因包含与SEQIDNO:39所示的序列具有至少90%序列同一性的序列。


41.根据权利要求1至40中任一项所述的治疗组合物,其中所述编码16SrRNA的基因包含与SEQIDNO:40所示的序列具有至少90%序列同一性的序列。


42.根据权利要求1至41中任一项所述的治疗组合物,其中所述编码16SrRNA的基因包含与SEQIDNO:41所示的序列具有至少90%序列同一性的序列。


43.根据权利要求1至42中任一项所述的治疗组合物,其中所述编码16SrRNA的基因包含与SEQIDNO:42所示的序列具有至少90%序列同一性的序列。


44.根据权利要求1至43中任一项所述的治疗组合物,其中所述编码16SrRNA的基因包含与SEQIDNO:43所示的序列具有至少90%序列同一性的序列。


45.根据权利要求1至44中任一项所述的治疗组合物,其中所述编码16SrRNA的基因包含与SEQIDNO:44所示的序列具有至少90%序列同一性的序列。


46.根据权利要求1至45中任一项所述的治疗组合物,其中所述编码16SrRNA的基因包含与SEQIDNO:45所示的序列具有至少90%序列同一性的序列。


47.根据权利要求1至46中任一项所述的治疗组合物,其中所述编码16SrRNA的基因包含与SEQIDNO:46所示的序列具有至少90%序列同一性的序列。


48.根据权利要求1至47中任一项所述的治疗组合物,其中所述编码16SrRNA的基因包含与SEQIDNO:47所示的序列具有至少90%序列同一性的序列。


49.根据权利要求1至48中任一项所述的治疗组合物,其中所述编码16SrRNA的基因包含与SEQIDNO:48所示的序列具有至少90%序列同一性的序列。


50.根据权利要求1至49中任一项所述的治疗组合物,其中所述编码16SrRNA的基因包含与SEQIDNO:49所示的序列具有至少90%序列同一性的序列。


51.根据权利要求1至50中任一项所述的治疗组合物,其中所述编码16SrRNA的基因包含与SEQIDNO:50所示的序列具有至少90%序列同一性的序列。


52.根据权利要求1至51中任一项所述的治疗组合物,其中所述编码16SrRNA的基因包含与SEQIDNO:51所示的序列具有至少90%序列同一性的序列。


53.根据权利要求1至52中任一项所述的治疗组合物,其中所述序列同一性为至少91%。


54.根据权利要求1至52中任一项所述的治疗组合物,其中所述序列同一性为至少92%。


55.根据权利要求1至52中任一项所述的治疗组合物,其中所述序列同一性为至少93%。


56.根据权利要求1至52中任一项所述的治疗组合物,其中所述序列同一性为至少94%。


57.根据权利要求1至52中任一项所述的治疗组合物,其中所述序列同一性为至少95%。


58.根据权利要求1至52中任一项所述的治疗组合物,其中所述序列同一性为至少96%。


59.根据权利要求1至52中任一项所述的治疗组合物,其中所述序列同一性为至少97%。


60.根据权利要求1至52中任一项所述的治疗组合物,其中所述序列同一性为至少98%。


61.根据权利要求1至52中任一项所述的治疗组合物,其中所述序列同一性为至少98.7%。


62.根据权利要求1至52中任一项所述的治疗组合物,其中所述序列同一性为至少99%。


63.根据权利要求1至52中任一项所述的治疗组合物,其中所述序列同一性是100%。


64.根据权利要求1至52中...

【专利技术属性】
技术研发人员:安妮·内维尔希拉里·布朗萨姆·福斯特特雷沃罗·劳利
申请(专利权)人:基因组研究有限公司
类型:发明
国别省市:英国;GB

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