使用遗传标记、SNP和/或INDEL确定IL-10治疗反应性的方法技术

本申请涉及发现与受试者对白介素10(IL

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】使用遗传标记、SNP和/或INDEL确定IL
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10治疗反应性的方法


[0001]本申请中描述的各种实施方案涉及开发与受试者对白介素10(IL
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10)或基于IL
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10活性剂治疗的阳性接受性相关的新基因表达谱和单核苷酸多态性(SNP)和/或碱基插入或缺失(INDEL)谱。本申请中描述的其他方面包括，鉴定指示受试者对IL
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10或基于IL
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10活性剂的反应性的基因谱或表达谱和SNP和/或INDEL谱的方法，以及筛选对IL
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10或基于IL
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10活性剂治疗接受性更好的受试者、或对IL
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10或基于IL
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10活性剂治疗反应性或接受性较差的受试者的方法。本申请还描述了筛选患有癌症适应症或患有炎性疾病或病症的受试者并基于某些基因谱或表达谱以及SNP和/或INDEL谱来确定所述受试者是否对IL
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10或基于IL
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10活性剂治疗具有接受性的方法。最后，本申请描述了治疗癌症患者或炎性疾病患者的方法，包括首先检查、确定或筛选受试者对IL
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10或基于IL
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10活性剂治疗的反应性或接受性，以及如果患者被确定为对治疗具有反应性或接受性，则向患者施用IL
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10或基于IL
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10活性剂。

技术介绍

[0002]IL
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10是一种非共价同源二聚体细胞因子，结构与干扰素γ(IFNγ)相似。IL
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10受体由两个分子的IL10受体1(IL10R1)和两个分子的IL
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10受体2(IL10R2)组成。Moore,2001。IL
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10受体在大多数造血细胞表面表达，在单核细胞/巨噬细胞和T细胞上表达最高。
[0003]虽然据报道IL
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10既是一种免疫抑制性细胞因子(Schreiber，2000)也是一种免疫刺激性细胞因子(Mumm，2011)，但对克罗恩病患者的IL
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10治疗的临床评估揭示了反向剂量反应(Fedorak，2000；Schreiber，2000)，而用聚乙二醇化IL
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10治疗癌症患者产生了剂量可滴定的有效抗肿瘤反应。Naing，2018。
[0004]PEG化IL
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10抗肿瘤反应需要内源性CD8+ T细胞和IFNγ。Mumm，2011年。用PEG化IL
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10治疗荷瘤动物，导致瘤内CD8+ T细胞增加以及在每细胞基础上IFNγ增加。
[0005]由于IL
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10的多效性，设计了EBV IL
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10同源物的变体，其刺激活化的CD8+ T细胞分泌IFNγ的能力显著降低，同时仍保留其抑制单核细胞/巨噬细胞分泌促炎细胞因子的作用。这是通过评估EBV IL
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10同源物的3个差异亲和力变体，称为DV05、DV06和DV07，来完成的。美国专利10,858,412。当与支架双链抗体(diabody)技术融合时，DV06单独表现出最少的CD8+ T细胞刺激作用。同上引文。
[0006]临床研究人员最初发现，以每天5微克/千克的剂量施用IL
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10治疗克罗恩病患者，导致克罗恩病的症状和炎症缓解约24％。Fedorak，2000，图1a。而每天10和20微克/千克的更高剂量导致了历经缓解的患者数目减少(少于24％)。所有剂量(每天1、5、10和20微克/千克)均使体外脂多糖(LPS)处理的患者外周血的TNFα分泌受到抑制。Tilg，2002，图1b。进一步的调查显示，当用植物血凝素(PHA)刺激时，来自10和20微克/千克IL
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10(每天)治疗患者的外周血分泌了更高的新蝶呤(数据未显示)和IFNγ。同上引文，图1c。与说明IL
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10能够通过激活CD8+ T细胞以诱导IFNγ来诱导适应性抗肿瘤免疫的报告类似(Mumm，2011；Naing，2018)，这些数据共同表明，在较高浓度下，(10和20微克/千克)IL
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10的主要免疫作用是刺
激性的，而不是抑制性的。这些数据表明，单核细胞/巨噬细胞和CD8+ T细胞对IL
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10的差异反应是这些不同疾病的基础。已经报道，IL
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10的抗炎反应依赖于调节单核细胞/巨噬细胞(Malefyt，1991)，而IL
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10诱导的抗肿瘤反应已证实需要CD8+ T细胞和IFNγ两者(Mumm，2011)。
[0007]使用先前描述的体外单核细胞/巨噬细胞(类似于例如Malefyt，1991中所使用的)和T细胞反应测定试验(Chan，2015)，评估了正常供体单核细胞/巨噬细胞和T细胞对IL
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10的反应。在单核细胞/巨噬细胞中，IL
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10抑制响应LPS刺激的促炎细胞因子(IL
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1β、TNFα和IL
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6)分泌。这些数据表明，低至0.1ng/mL的浓度可显著抑制单核细胞/巨噬细胞对促炎刺激的反应。图1。IL
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10施用于供体外周血CD8+ T细胞诱导了IFNγ。图2。尽管IL
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10在0.1
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1ng/mL抑制巨噬细胞/单核细胞反应，但在高于10ng/mL的浓度时刺激CD8+ T细胞分泌更多IFNγ。为确定是否可以根据IL
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10反应性来分类/分层患者，本专利技术人使用了单核细胞/巨噬细胞和T细胞反应测定试验，用于评估IL
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10的抑制性和刺激性反应、以及确定是否所有人类单核细胞/巨噬细胞和T细胞都以相同的方式对IL
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10作出反应。本专利技术人令人惊奇地发现，单核细胞/巨噬细胞和CD8+ T细胞对IL
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10的反应不同。此外，本专利技术人发现，对IL
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10的反应幅度基于供体或患者的遗传因素的组合，所述遗传因素导致差异表达谱。
[0008]优选实施方案概述
[0009]本申请描述了基因表达谱和一个或多个单核苷酸多态性(SNP)和/或碱基插入或缺失(INDEL)谱，其可用于鉴定其中的CD8+ T细胞更容易接受IL
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10或基于IL
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10活性剂治疗的受试者。本申请中还描述了用于鉴定更有可能对IL
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10或基于IL
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10活性剂重建治疗(reconstitutional treatment)作出反应的受试者或个体的方法，例如那些患有炎性疾病的受试者或个体。在其他方面，本申请涉及在受试者中鉴定基因表达谱和/或SNP和/或INDEL谱的方法，其中所述受试者的单核细胞/巨噬细胞在表型上表现出(响应促炎本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】1.一种对单核苷酸多态性(SNP)或碱基插入或缺失(INDEL)进行基因分型以获得指示患者对IL
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10或基于IL
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10活性剂治疗的接受性的特征谱的方法，所述方法包括：
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将患者的细胞样品与促炎刺激物接触以引发IL
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10诱导；
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测量来自细胞样品的TNF
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α产生水平和IL
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10诱导水平；
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选择表现出如下双重表型的患者样品：响应IL
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10或基于IL
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10活性剂刺激的高TNF
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α减少，和低IL
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10诱导；和
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对表现出双重表型的患者的全基因组进行测序以确定SNP和/或INDEL谱的存在。2.权利要求1所述的方法，其中所述细胞样品是从外周血获得的。3.权利要求1所述的方法，其中所述细胞样品是巨噬细胞。4.权利要求1所述的方法，其中所述IL
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10是IL
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10衍生物。5.权利要求1所述的方法，其中所述IL
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10活性剂是IL
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10融合蛋白，其中所述融合蛋白是与微型抗体或双链抗体融合的IL
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10。6.权利要求1所述的方法，其中所述促炎刺激物是脂多糖(LPS)。7.权利要求1所述的方法，其中所述治疗用于炎性疾病。8.权利要求1所述的方法，其中所述炎性疾病是炎性肠病(IBD)、克罗恩病或溃疡性结肠炎。9.权利要求1所述的方法，其中患者是健康患者或患病患者。10.权利要求1所述的方法，进一步包括选择表现出低或中等CD8+T细胞IFN
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γ分泌的患者样品。11.一种对单核苷酸多态性(SNP)或碱基插入或缺失(INDEL)进行基因分型以获得指示患者对IL
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10或基于IL
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10活性剂治疗的反应性的特征谱的方法，所述方法包括：
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使从患者获得的活化CD8+T细胞与一定量的IL
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10或基于IL
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10活性剂接触，以诱导IFN
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γ的分泌；
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测量IFN
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γ分泌水平；
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选择表现出CD8+T细胞的高和/或中等IFN
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γ分泌表型的患者样品；和
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对表现出所述表型的患者的全基因组测序以确定SNP和/或INDEL谱的存在。12.权利要求11所述的方法，其中所述CD8+T细胞是从外周血样品中纯化的。13.权利要求12所述的方法，其中在用IL
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10或基于IL
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10活性剂刺激之前，用抗CD3抗体激活CD8+T细胞。14.权利要求12所述的方法，其中所述IL
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10是IL
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10衍生物。15.权利要求12所述的方法，其中所述IL
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10活性剂是IL
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10融合蛋白，其中所述融合蛋白是与微型抗体或双链抗体融合的IL
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10。16.权利要求11所述的方法，其中所述治疗用于癌症或自身免疫疾病/病症。17.权利要求11所述的方法，其中患者是健康患者或患病患者。18.权利要求11所述的方法，其中所述特征谱是表3和4中提供的基因和蛋白质表达谱。19.一种治疗患有由IL
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10或基于IL
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10活性剂缓解的疾病或病症的患者的方法，所述方法包括
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对从患病患者获得的样品进行SNP/INDEL谱的遗传分析，其中所述SNP/INDEL谱与表
型性状相关，在所述表型性状中巨噬细胞通过降低TNF
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α水平对IL
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10作出反应并响应LPS刺激而产生低量IL
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10；
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选择具有所述SNP/INDEL谱的患者；和
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向所述患者施用治疗有效量...

【专利技术属性】
技术研发人员：J，
申请(专利权)人：德卡生物科学公司，
类型：发明
国别省市：