一种丙型肝炎病毒基因分型的引物组合、试剂盒及应用制造技术

本发明专利技术公开了一种丙型肝炎病毒基因分型的引物组合、试剂盒及应用，所述引物组合由反应液A和反应液B组成；所述反应液A包括丙型肝炎病毒1型引物与探针、丙型肝炎病毒2型引物与探针和丙型肝炎病毒6型引物与探针，所述反应液B包括丙型肝炎病毒3型引物与探针、丙型肝炎病毒4型引物与探针和丙型肝炎病毒5型引物与探针；所述引物组合用于检测6个基因型丙型肝炎病毒。本发明专利技术有益效果在于，本发明专利技术以荧光PCR技术为基础，利用不同荧光通道对丙型肝炎病毒进行基因分型，辅助抗病毒药物的选择，简单、快速，有助于临床精准治疗。有助于临床精准治疗。有助于临床精准治疗。

【技术实现步骤摘要】
一种丙型肝炎病毒基因分型的引物组合、试剂盒及应用


[0001]本专利技术涉及病毒检测的
，具体涉及一种丙型肝炎病毒基因分型的引物组合、试剂盒及应用。

技术介绍

[0002]丙型肝炎病毒(hepatitis C virus，HCV)属黄病毒科(Family Flaviviridae)，是一种有包膜的正链RNA病毒。HCV感染人肝细胞会导致慢性肝炎、肝纤维化、肝硬化和肝癌等疾病，且尚无疫苗用于丙型肝炎病毒的免疫预防。据相关文献，中国约有1400万丙型肝炎病毒抗体阳性人群，成人丙肝病毒抗体阳性率约1.3％。丙型肝炎隐匿度高，容易漏诊，而且公众对丙肝的认知率较少，治疗水平低，造成丙肝病情蔓延。
[0003]丙型肝炎病毒基因组全长约9.6kb,丙型肝炎病毒只有1条RNA作为遗传信息，分为1、2、3、4、5、6个基因型，每个基因型又分为a、c、d、e、f、g直至t等亚型。HCV基因组发生突变的概率高，各亚型间基因组不同区域的保守程度有显著差异，其中5
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UTR区差异和进化率较低，在不同的亚型中具有最高的保守性。HCV各基因型的分布有明显的差异，1、2、3型在全球广泛分布，4型主要分布在北非和中东国家，5型主要分布在非洲南部，6型主要在东南亚地区流行。我国北方的HCV感染以1b、2a型为主，多为血液传播，如输血、有偿献血等，而西南、华南区域3a、3b、6a亚型逐渐增多，并相继发现2b、4a、5a、6b等亚型。
[0004]HCV基因分型在丙肝的流行病学研究以及临床治疗有重要意义，HCV基因型对药物与治疗方案的应答具有显著差异，目前的多数研究认为HCV1、4型对干扰素治疗的应答反应较差，而2、3型的应答反应较好，1a型在接受DAAs治疗时则易发生RAVs。临床研究中观察到HCV各基因型之间对于IFNa的治疗存在差异，同样的治疗进程，基因型2、3感染患者对干扰素的SVR率是基因型1感染者的2
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3倍，基因1型感染经PEGIGNa治疗24周后的复发率约60％，显著高于其他基因型感染(33.3％)。IFNa+利巴韦林治疗时，4型感染的SVR类似或低于1型感染，5型感染的SVR接近2型和3型，6型感染的SVR介于1型、2型和3型之间。泛基因型直接抗病毒药物DAAs标志着丙型肝炎的治疗进入新的时代，但DAAs药物如达拉他韦、阿舒瑞韦、达赛布韦等适合1型HCV感染人群，艾尔巴韦、达诺瑞韦适用基因1型、4型患者，其他基因型患者治疗效果差或易出现RAVs。

技术实现思路

[0005]针对现有技术的不足，本专利技术旨在提供一种丙型肝炎病毒基因分型的引物组合、试剂盒及应用，本专利技术设计了针对丙型肝炎病毒1
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6型特异性的引物与探针的组合物，能够特异性的识别人血清或者血浆中的HCV RNA，通过反转录
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实时荧光PCR反应，实现对HCV RNA的定性检测和基因分型，从而为丙肝的流行病学研究以及临床治疗提供参考。
[0006]为了实现上述目的，本专利技术采用如下技术方案：
[0007]一种丙型肝炎病毒基因分型的引物组合，所述引物组合由反应液A和反应液B组成；所述反应液A包括丙型肝炎病毒1型引物与探针、丙型肝炎病毒2型引物与探针和丙型肝
炎病毒6型引物与探针，所述反应液B包括丙型肝炎病毒3型引物与探针、丙型肝炎病毒4型引物与探针和丙型肝炎病毒5型引物与探针；所述引物组合用于检测6个基因型丙型肝炎病毒，其中：
[0008]所述丙型肝炎病毒1型引物与探针:
[0009]正向引物(F)：GTCTGCGGAACCGGTGAGTACACCGGAA；
[0010]反向引物(R)：AAAGGCCTTGTGGTACTGCCTGATAG；
[0011]荧光探针(P)：TTGGATCAACCCGCTCAATGCCTGGA，且该探针5'端为FAM，3'端为BHQ1；
[0012]所述丙型肝炎病毒2型引物与探针:
[0013]正向引物(F)：GTCTGCGGAACCGGTGAGTACACCGGAA；
[0014]反向引物(R)：AAAGGCCTTGTGGTACTGCCTGATAG；
[0015]荧光探针(P)：TTGGATAAACCCACTCTATGCCCGGCC，且该探针5'端为HEX，3'端为BHQ1；
[0016]所述丙型肝炎病毒6型引物与探针:
[0017]正向引物(F)：GTCTGCGGAACCGGTGAGTACACCGGAA；
[0018]反向引物(R)：AAAGGCCTTGTGGTACTGCCTGATAG；
[0019]荧光探针(P)：CATTGGATCAAACCCGCTCAATGCCTGGAG，且该探针5'端为ROX，3'端为BHQ2；
[0020]所述丙型肝炎病毒3型引物与探针:
[0021]正向引物(F)：GTCTGCGGAACCGGTGAGTACACCGGAA；
[0022]反向引物(R)：AAAGGCCTTGTGGTACTGCCTGATAG；
[0023]荧光探针(P)：CATTGGATCAAACCCGCTCAATGCCTGGA，且该探针5'端为FAM，3'端为BHQ1；
[0024]所述丙型肝炎病毒4型引物与探针:
[0025]正向引物(F)：GTCTGCGGAACCGGTGAGTACACCGGAA；
[0026]反向引物(R)：AAAGGCCTTGTGGTACTGCCTGATAG；
[0027]荧光探针(P)：TTGGATTAACCCGCTCAATGCCCGGAAAT，且该探针5'端为HEX，3'端为BHQ1；
[0028]所述丙型肝炎病毒5型引物与探针：
[0029]正向引物(F)：GTCTGCGGAACCGGTGAGTACACCGGAA；
[0030]反向引物(R)：AAAGGCCTTGTGGTACTGCCTGATAG；
[0031]荧光探针(P)：TTGGATAAACCCGCTCAATGCCCGGAGAT，且该探针5'端为ROX，3'端为BHQ2。
[0032]需要说明的是，所述反应液A、所述反应液B均具有RNaseP引物组作为内标，所述RNaseP引物组具体为：
[0033]正向引物(F)：AGATTTGGACCTGCGAGCG；
[0034]反向引物(R)：GAGCGGCTGTCTCCACAAGT；
[0035]荧光探针(P)：TTCTGACCTGAAGGCTCTGCGCG，且该探针5'端为CY5，3'端为BHQ3。
[0036]本专利技术提供一种具有丙型肝炎病毒基因分型的引物组合的试剂盒，其特征在于，所述试剂盒具有由反应液A和反应液B组成引物组合。
[0037]本专利技术还提供一种丙型肝炎病毒基因分型的引物组合的试剂盒的应用，所述试剂
盒用于丙型肝炎病毒的检测。
[0038]需要说明的是，所述丙型肝炎病毒包括6个本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种丙型肝炎病毒基因分型的引物组合，其特征在于，所述引物组合由反应液A和反应液B组成；所述反应液A包括丙型肝炎病毒1型引物与探针、丙型肝炎病毒2型引物与探针和丙型肝炎病毒6型引物与探针，所述反应液B包括丙型肝炎病毒3型引物与探针、丙型肝炎病毒4型引物与探针和丙型肝炎病毒5型引物与探针；所述引物组合用于检测6个基因型丙型肝炎病毒，其中：所述丙型肝炎病毒1型引物与探针:正向引物(F)：GTCTGCGGAACCGGTGAGTACACCGGAA反向引物(R)：AAAGGCCTTGTGGTACTGCCTGATAG荧光探针(P)：TTGGATCAACCCGCTCAATGCCTGGA，且该探针5'端为FAM，3'端为BHQ1；所述丙型肝炎病毒2型引物与探针:正向引物(F)：GTCTGCGGAACCGGTGAGTACACCGGAA反向引物(R)：AAAGGCCTTGTGGTACTGCCTGATAG荧光探针(P)：TTGGATAAACCCACTCTATGCCCGGCC，且该探针5'端为HEX，3'端为BHQ1；所述丙型肝炎病毒6型引物与探针:正向引物(F)：GTCTGCGGAACCGGTGAGTACACCGGAA反向引物(R)：AAAGGCCTTGTGGTACTGCCTGATAG荧光探针(P)：CATTGGATCAAACCCGCTCAATGCCTGGAG，且该探针5'端为ROX，3'端为BHQ2；所述丙型肝炎病毒3型引物与探针:正向引物(F)：GTCTGCGGAACCGGTGAGTACACCGGAA反向引物(R)：AAAGGCCTTGTGGTACTGCCTGATAG荧光探针(P)：CATTGGATCAAACCCGCT...

【专利技术属性】
技术研发人员：夏广亮，刘建莹，李鑫，邱笑违，
申请(专利权)人：北京爱普益生物科技有限公司，
类型：发明
国别省市：