用于燕麦茎中基因表达分析的内参基因及应用制造技术

本发明专利技术公开了用于燕麦茎中基因表达分析的内参基因及应用。属于分子生物学技术领域。本发明专利技术提供了一组燕麦茎内参基因，所述内参基因为AsFPGS

【技术实现步骤摘要】
用于燕麦茎中基因表达分析的内参基因及应用


[0001]本专利技术涉及分子生物学
，更具体的说是涉及用于燕麦茎中基因表达分析的内参基因及应用。

技术介绍

[0002]尽管近几年来燕麦基因组数据已有所发表，但总的来说，我们对燕麦植物的基因信息知之甚少，这不利于燕麦优良基因的发掘，也制约了该物种生物学过程的分子机制的研究。
[0003]研究燕麦基因功能需要对基因表达进行分析，而研究相关基因的表达需要良好的内参基因进行数据校正和归一化。现如今，随着分子生物学的发展，植物中内参基因的研究越来越多，而有关燕麦单拷贝内参基因的研究鲜有报道，导致燕麦基因表达研究无单拷贝内源参考基因作为参考定量。
[0004]目前国内外对于燕麦内参基因的研究还很少，这对燕麦功能基因的挖掘造成很大的阻碍。究其原因可能由于燕麦基因组数据近几年来才逐渐完善，之前我们只能依据一组种子中的转录组数据，并且前人研究认为，内参基因的选择应尽量为拷贝数少的基因，原因是多拷贝内参基因各拷贝常表现为组织特异性，在植物的同一组织或不同组织中表达量会出现差异，导致整体多拷贝内参基因的准确性极具风险，但这对于多倍体植物燕麦来说选择合适的单拷贝内参基因十分不易。
[0005]综上，如何提供一种燕麦单拷贝内参基因是本领域技术人员亟需解决的问题。

技术实现思路

[0006]有鉴于此，本专利技术提供了用于燕麦茎中基因表达分析的内参基因及应用。
[0007]理想的内参基因是在不同胁迫条件、不同组织、不同时期均能恒定表达。但研究证明，传统内参基因存在一些弊端，这些内参基因不能在各种状态下表达量始终保持稳定，换句话说，没有通用的内参基因适合于所有研究对象。目前，很多研究都对以上观点做了证实，比如赵小龙等分析了RPL4、RPB2、18SRNA、GAPDH、EF1α等10个内参基因，在茯苓不同生长时期中，28SRNA基因表达最稳定；在茯苓的不同组织中，28SRNA和α
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TUB作为组合结果更为精准；在不同逆境环境中，GAPDH和ACT作为内参组合更好；在所有的样品中，α
‑
TUB基因最为稳定。唐枝娟等人分析了18SRNA、GAPDH、EF1α等6个在水稻中常用的内参基因，在白叶枯病菌侵染下的水稻叶片中，EF1α、ACT、TUB三个内参基因表达量最稳定。陈贤等人分析了25SRNA、UBC、UBQ
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5、等10个常见的内参基因，在水稻叶片用褪黑素处理的不同天数中，e1F
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4a和UBQ
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5组合最适合作为内参。安红强等人筛选了26个表达稳定的基因以及5个传统内参基因，在铁皮石斛原球茎的发育时期中，ASS和APH1L两个基因作为内参组合最好；在所有实验样品中，传统内参基因稳定性比新型内参基因稳定性差。付媛媛等人分析了β
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actin、Actin2、MSC27等8个内参基因，在紫花苜蓿不同组织和不同胁迫处理下，MSC27、Actin2、18SRNA、EF1α四个内参基因是表达量最稳定的基因。类似情况也存在于蚕豆和萱草中。
[0008]燕麦茎的特性直接关系着燕麦抗倒伏及生物量，因此研究茎发育基因对改良燕麦有重要意义。但由于同一物种不同胁迫条件、不同组织、不同时期的内参基因不同，因此为了研究燕麦茎中基因的表达，我们需要筛选燕麦茎部不同时期适合的内参基因。
[0009]本专利技术基于燕麦基因组数据，通过基因克隆的方法获得候选内参基因，分别提取燕麦苗期、分蘖期和成熟期三个时期的茎，共计三份材料，设计合适的特异引物，结合内参基因稳定性评估软件geNorm、NormFinder和BestKeeper，筛选出在燕麦茎中的最适内参基因组合，为后续研究燕麦基因表达分析提供合适的内参基因作为参照。
[0010]由于燕麦是典型的异源六倍体植物，亚基因组中的直系同源基因在序列上有很高的相似性，本专利技术对这些直系同源基因进行了表达分析，揭示了多拷贝内参基因在多倍体植物燕麦中存在的风险性，为今后燕麦基因表达分析提供更加准确的内参基因。
[0011]为了实现上述目的，本专利技术采用如下技术方案：
[0012]用于燕麦茎中基因表达分析的内参基因，所述内参基因为AsFPGS
‑
1D1RF和AsTUA5
‑
2C3RF；其中，
[0013]AsFPGS
‑
1D1RF的核苷酸序列如SEQ ID NO:1所示；
[0014]TTAACCGTACTGATCCCTTACCAGACGAGTTCATTAAAGGGCTCTCAAGTGCTTCTTTGCAAGGCCGAGCACAAATTGTTCCAGATTCACAAGTAAATTCTGAAGAGAAGGACCGAGATTGTTCTTTA；SEQ ID NO:1；
[0015]AsTUA5
‑
2C3RF的核苷酸序列如SEQ ID NO:2所示；
[0016]GGCCACTACACTGTTGGAAAGGAGATCGTAGATCTATGTCTGGATCGTGTACGCAAGTTGGCGGACAATTGCACCGGGCTGCAGGGATTCTTGGTGCTCAATGCTGTTGGTGGTGGAACT；SEQ ID NO:2。
[0017]所述内参基因AsFPGS
‑
1D1RF和AsTUA5
‑
2C3RF在分析燕麦茎中基因表达模式中作为内参基因。
[0018]传统内参基因通常为单一内参基因，但张艳君通过研究人肝癌细胞时发现，将两个内参基因RPL13A和UBC共同用于荧光定量PCR对目的基因表达量进行归一化分析，比使用单一的传统内参基因结果更为准确。现如今，很多学者认为，在基因表达分析过程中，引入两个或者三个内参基因作为组合会使实验结果准确性更高，尤其是对于差异很小的目的基因来说尤为关键。因此，本专利技术结合GeNorm、NormFinder和Bestkeeper评估候选内参基因表达的稳定性，筛选出了合适的内参基因组合。
[0019]进一步的，AsFPGS
‑
1D1RF的实时荧光定量PCR引物序列见SEQ ID NO:3和SEQ ID NO:4；
[0020]TTAACCGTACTGATCCCTTA；SEQ ID NO:3；
[0021]TAAAGAACAATCTCGGTCCT；SEQ ID NO:4；
[0022]AsTUA5
‑
2C3RF的实时荧光定量PCR引物序列见SEQ ID NO:5和SEQ ID NO:6；
[0023]GGCCACTACACTGTTGGAAA；SEQ ID NO:5；
[0024]AGTTCCACCACCAACAGCAT；SEQ ID NO:6。
[0025]上述内参基因在燕麦茎中基因表达分析中的应用。
[0026]经由上述的技术方案可知，与现有技术相比，本专利技术取得的有益效果为：本专利技术从多本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.用于燕麦茎中基因表达分析的内参基因，其特征在于，所述内参基因为AsFPGS
‑
1D1RF和AsTUA5
‑
2C3RF；其中，AsFPGS
‑
1D1RF的核苷酸序列如SEQ ID NO:1所示；TTAACCGTACTGATCCCTTACCAGACGAGTTCATTAAAGGGCTCTCAAGTGCTTCTTTGCAAGGCCGAGCACAAATTGTTCCAGATTCACAAGTAAATTCTGAAGAGAAGGACCGAGATTGTTCTTTA；SEQ ID NO:1；AsTUA5
‑
2C3RF的核苷酸序列如SEQ ID NO:2所示；GGCCACTACACTGTTGGAAAGGAGATCGTAGATCTATGTCTGGATCGTGTACGCAAGTTGGCGGACAATT...

【专利技术属性】
技术研发人员：任长忠，张美俊，郭来春，贾举庆，王春龙，黄胜雄，魏黎明，王娜，战超，
申请(专利权)人：吉林省白城市农业科学院吉林省向日葵研究所，
类型：发明
国别省市：