扩增HIV-1pol-env部分片段鉴定重组毒株的引物组合物及其应用制造技术

本发明专利技术公开了一种扩增HIV

【技术实现步骤摘要】
扩增HIV
‑
1 pol
‑
env部分片段鉴定重组毒株的引物组合物及其应用


[0001]本专利技术属于生物
，涉及一种扩增HIV
‑
1 pol
‑
env部分片段鉴定重组毒株的方法及其专用引物组合物。

技术介绍

[0002]人类免疫缺陷病毒(Human immunodeficiency virus,HIV)是引起人类获得性免疫缺陷综合征(Acquired immunodeficiency syndrome，AIDS)的病原体，艾滋病的疫情形势依然严峻。
[0003]HIV
‑
1具有高度的基因多态性，且重组频发。自1990年以来，全球HIV
‑
1重组毒株引起的感染已经从9.3％(1990
‑
1999年)快速上升到22.8％(2010
‑
2015年)，截至目前，共发现流行重组型毒株(Circulating Recombinant Form，CRFs)118种，独特重组型毒株(Unique Recombinant Form,URFs)数百种。中国在内的东亚地区位居全球首位占80.5％(2010
‑
2015)。我国已经发现了HIV
‑
1的A、B/B
’
、C、D、F等亚型毒株，以及CRF01_AE、CRF07_BC、CRF08_BC、CRF55_01B、CRF59_01B等基因重组型毒株，是HIV
‑
1亚型最复杂的国家之一，其中，四种主要流行毒株为CRF07_BC (41％)、CRF01_AE(33％)、CRF08_BC(11％)和CN.B
’
(4％)亚型，占我国 HIV
‑
1感染者总数的89％。
[0004]2006年第三次全国HIV
‑
1分子流行病学调查、2016年第四次全国HIV
‑
1分子流行病学调查以及2018年全国HIV基因亚型监测结果显示，CRF07_BC已成为中国第一大流行的毒株，占比分别为36％、41％、39.7％；而CRF01_AE作为中国第二大流行的毒株，在这三次调查中，占比分别为28％、33％、36.9％。近年来诸如CRF80_0107、 CRF102_0107、CRF104_0107、CRF109_0107、CRF113_0107和CRF117_0107等 CRF07_BC的二代重组毒株也不断涌现。CRF07_BC毒株全长基因组序列分析表明，仅以HIV
‑
1 pol区1.3kb短片段序列鉴定为CRF07_BC的毒株中，存在20％左右的未被发现的CRF07_BC二代重组毒株(URFs，或潜在的CRFs)，其中大部分为CRF01_AE 与CRF07_BC的二代重组毒株(CRF01_AE/CRF07_BC)。
[0005]全长基因组序列的获得，对于HIV
‑
1重组型毒株的准确鉴定具有非常重要的意义，但由于序列长(约9.8kb)且突变频发，全长基因组扩增的阳性率仅为50％左右(数据未公开)，且测序成本较高。因此，针对HIV
‑
1毒株的重组热点，设计出相对保守的、适用于多种我国主要流行的重组型毒株亚型鉴定引物，是HIV重组毒株流行特征研究的关键，有助于揭露我国HIV
‑
1重组毒株的实际流行情况，为重组毒株的进一步研究提供新的参考。

技术实现思路

[0006]本专利技术一个目的是提供成套引物。
[0007]本专利技术提供的成套引物，包括引物组1；
[0008]所述引物组1由引物1、引物2、引物3和引物4组成；
[0009]所述引物1的核苷酸序列为序列表的序列1或将序列1至少一个经过一个或几个核
苷酸的取代和/或缺失和/或添加后所得的与原序列功能相同的序列；
[0010]所述引物2的核苷酸序列为序列表的序列2或将序列2至少一个经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加后所得的与原序列功能相同的序列；
[0011]所述引物3的核苷酸序列为序列表的序列3或将序列3至少一个经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加后所得的与原序列功能相同的序列；
[0012]所述引物4的核苷酸序列为序列表的序列4或将序列4至少一个经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加后所得的与原序列功能相同的序列。
[0013]上述成套引物还包括引物组2；
[0014]所述引物组2由引物DR
‑
1和引物DR
‑
2与引物DR
‑
3和引物DR
‑
4组成；
[0015]所述引物DR
‑
1的核苷酸序列为序列表的序列6或将序列6至少一个经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加后所得的与原序列功能相同的序列；
[0016]所述引物DR
‑
2的核苷酸序列为序列表的序列7或将序列7至少一个经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加后所得的与原序列功能相同的序列；
[0017]所述引物DR
‑
3的核苷酸序列为序列表的序列8或将序列8至少一个经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加后所得的与原序列功能相同的序列；
[0018]所述引物DR
‑
4的核苷酸序列为序列表的序列9或将序列9至少一个经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加后所得的与原序列功能相同的序列。
[0019]上述，所述引物1和所述引物2的摩尔比为1：1。
[0020]所述引物3和所述引物4的摩尔比为1：1。
[0021]所述引物DR
‑
1和引物DR
‑
2的摩尔比为1：1。
[0022]所述引物DR
‑
3和引物DR
‑
4的摩尔比为1：1。
[0023]本专利技术还有一个目的是提供用于鉴定或辅助鉴定人免疫缺陷病毒的成套PCR试剂。
[0024]本专利技术提供的成套PCR试剂，包括PCR试剂1；
[0025]所述PCR试剂1包括PCR试剂1
‑
1和PCR试剂1
‑
2；
[0026]所述PCR试剂1
‑
1含有权利要求1中的引物1和引物2；
[0027]所述PCR试剂1
‑
2含有权利要求1中的引物3和引物4；
[0028]各个所述引物在其对应的PCR试剂中的浓度均为0.4μM。
[0029]上述成套PCR试剂还包括PCR试剂2；
[0030]所述PCR试剂2包括PCR试剂2
‑
1和PCR试剂2
‑
2；
[0031]所述PCR试剂2
‑
1含有权利要求1中的引物DR
‑
1和引物DR<本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.成套引物，包括引物组1；所述引物组1由引物1、引物2、引物3和引物4组成；所述引物1的核苷酸序列为序列表的序列1或将序列1至少一个经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加后所得的与原序列功能相同的序列；所述引物2的核苷酸序列为序列表的序列2或将序列2至少一个经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加后所得的与原序列功能相同的序列；所述引物3的核苷酸序列为序列表的序列3或将序列3至少一个经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加后所得的与原序列功能相同的序列；所述引物4的核苷酸序列为序列表的序列4或将序列4至少一个经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加后所得的与原序列功能相同的序列。2.根据权利要求1所述的成套引物，其特征在于：所述成套引物还包括引物组2；所述引物组2由引物DR
‑
1和引物DR
‑
2与引物DR
‑
3和引物DR
‑
4组成；所述引物DR
‑
1的核苷酸序列为序列表的序列6或将序列6至少一个经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加后所得的与原序列功能相同的序列；所述引物DR
‑
2的核苷酸序列为序列表的序列7或将序列7至少一个经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加后所得的与原序列功能相同的序列；所述引物DR
‑
3的核苷酸序列为序列表的序列8或将序列8至少一个经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加后所得的与原序列功能相同的序列；所述引物DR
‑
4的核苷酸序列为序列表的序列9或将序列9至少一个经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加后所得的与原序列功能相同的序列。3.用于鉴定或辅助鉴定人免疫缺陷病毒的成套PCR试剂，包括PCR试剂1；所述PCR试剂1包括PCR试剂1
‑
1和PCR试剂1
‑
2；所述PCR试剂1
‑
1含有权利要求1中的引物1和引物2；所述PCR试剂1
‑
2含有权利要求1中的引物3和引物4；各个所述引物在其对应的PCR试剂中的浓度均为0.4μM。4.根据权利要求3所述的成套PCR试剂，其特征在于：所述成套PCR试剂还包括PCR试剂2；所述PCR试剂2包括PCR试剂2
‑
1和PCR试剂2
‑
2；所述PCR试剂2
‑
1含有权利要求1中的引物DR
‑
1和引物DR
‑
2；所述PCR试剂2
‑
2含有权利要求1中的引物DR
‑
3和引物DR
‑
4；各个所述引物在其对应的PCR试剂中的浓度均为0.4μM。5.权利要求1或2所述的成套引物或权利要求3或4所述的成套PCR试剂在制备试剂盒中的应用，所述试剂盒的用途为如下(a)或(b)或(c)或(d)或(e)：(a)扩增人免疫缺陷病毒Ⅰ型毒株pol
‑
env部分序列；(b)鉴定或辅助鉴定人免疫缺陷病毒Ⅰ型毒株或其亚型；(c)鉴定或辅助鉴定待检者是否感染人免疫缺陷病毒Ⅰ型毒株或其感染毒株亚型；(d)鉴定或辅助鉴定待测样本是否含有人免疫缺陷病毒Ⅰ型毒株核酸或其含有的毒株核酸亚型；(e)区分或辅助区分人免疫缺陷病毒Ⅰ型毒株和人乙型肝炎病毒，或，区分或辅助区分
人免疫缺陷病毒Ⅰ型毒株和人丙型肝炎病毒。6.一种试剂盒，包括权利要求1或2所述的成套引物或权利要求3或4所述的成套PCR试剂；所述试剂盒的功能为如下(a)或(b)或(c)或(d)或(e)：(a)扩增人免疫缺陷病毒Ⅰ型毒株pol
‑
env部分序列；(b)鉴定或辅助鉴定人免疫缺陷病毒Ⅰ型毒株或其亚型；(c)鉴定或辅助鉴定待检者是否感染人免疫缺陷病毒Ⅰ型毒株或其感染毒株亚型；(d)鉴定或辅助鉴定待测样本是否含有人免疫缺陷病毒Ⅰ型毒株核酸或其含有的毒株核酸亚型；(e)区分或辅助区分人免疫缺陷病毒Ⅰ型毒株和人乙型肝炎病毒，或，区分或辅助区分人免疫缺陷病毒Ⅰ型毒株和人丙型肝炎病毒；或，所述试剂盒的制备方法，包括将权利要求3或4所述成套PCR试剂中各物质单独包装的步骤。7.根据权利要求5所述的应用或权利要求6所述的试剂盒，其特征在于：所述人免疫缺陷病毒Ⅰ型毒株亚型为A、B/B
’
、C、D、F等纯亚型毒株，或CRF01_AE重组毒株、CRF07_BC重组毒株、CRF08_BC重组毒株、CRF55_01B重组毒株、CRF59_01B重组毒株及各个重组毒株的二代重组毒株等重组毒株。8.一种鉴定或辅助鉴定人免疫缺陷病毒Ⅰ型毒株的方法，包括如下步骤：(1)以待测病毒的核酸为模板，用权利要求1或2中的引物1和引物2进行扩增，得到第一轮PCR扩增产物；(2)以第一轮PCR扩增产物为模板，用权利要求1或2中的引物3和引物4进行扩增，得到第二轮PCR扩增产物；(3)检测所述第二轮PCR扩增产物，若第二轮PCR扩增产物中具有1500
‑
2000bp或1715bp的特异DNA片段，则所述待测病毒为或候选为人免疫缺陷病毒Ⅰ型毒株；如果第二轮PCR扩增产物中不具有1500
‑
2000bp或1715bp的特异DNA片段，则所述待测病毒不为或候选不为...

【专利技术属性】
技术研发人员：李林，韩婧婉，朱博，王晓蕊，施玉婷，李韩平，刘永健，贾磊，王晓林，李敬云，李天一，
申请(专利权)人：中国人民解放军军事科学院军事医学研究院，
类型：发明
国别省市：