考虑校准物的通过宏基因组分析检测和定量感兴趣的生物物种的方法技术

本发明专利技术涉及一种用于检测潜在存在于分析样品中的感兴趣的生物物种(SOI)的方法，所述感兴趣的生物物种具有已知或部分已知的基因组，所述分析样品包含不同生物物种的混合物，所述方法包括以下步骤：a)从分析样品中提取核酸；b)对步骤a)中提取的核苷酸序列进行测序；c)基于排序结果：(i)基于序列参考数据库分配步骤b)产生的序列；(ii)确定分配给感兴趣的生物物种的序列量(R

A method of detecting and quantifying biological species of interest by metagenomic analysis considering calibrators

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】考虑校准物的通过宏基因组分析检测和定量感兴趣的生物物种的方法


[0001]本专利技术的
是通过宏基因组分析识别感兴趣的生物物种。
现有技术
[0002]通过聚合酶链反应(PCR)扩增核酸允许对样品中某些微生物的存在进行快速和早期诊断。例如，PCR特别适用于检测难以培养或发育缓慢的细菌例如结核分枝杆菌的脱氧核糖核酸(DNA)。
[0003]然而，PCR的实施需要使用引物，这些引物专门靶向目标生物物种中存在的基因。因此，PCR允许对一种生物物种进行特异性分析，这使其成为一种灵敏的、选择性的、可定量的方法。但是，它假定事先了解目标生物物种。如果要寻找多种生物物种，则必须进行所谓的多重PCR，这使得该过程更加复杂。
[0004]也可以靶向存在于多种目标生物物种中的基因。至于细菌，例如可能涉及16S RNA基因。然后称PCR分析是宽范围的。然而，宽范围PCR实施起来比较棘手，并且假设有关要识别的目标生物物种的先验知识是可用的。基因的靶向在EP2985350或F的出版物“Adjusting microbiome profiles fo本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】1.一种用于检测潜在地存在于分析样品中的感兴趣的生物物种(SOI)的方法，所述感兴趣的生物物种具有已知或部分已知的基因组，所述分析样品包含多种生物物种的混合物，所述方法包括以下步骤：a)从分析样品中提取核酸；b)对步骤a)中提取的核苷酸序列进行测序；c)基于测序结果：(i)基于序列参考数据库分配步骤b)产生的序列；(ii)确定分配给感兴趣的生物物种的序列量(R
SOI
，RN
SOI
)；所述方法的特征在于其包括在步骤b)之前向分析样品中添加校准物，所述校准物是以已知浓度(C
CAL
)添加的生物物种，所述校准物具有已知的基因组，并且步骤c)包括：(iii)确定分配给校准物的序列量(R
CAL
)；d)根据在步骤(ii)和(iii)中估计的序列量和校准物的浓度(C
CAL
)，估计样品中感兴趣的生物物种(SOI)的浓度(C
SOI
)。2.根据权利要求1所述的方法，其中在步骤(ii)和(iii)中，分别分配给感兴趣的生物物种和校准物的序列量通过参考量进行归一化。3.根据权利要求1和2中任一项所述的方法，其包括考虑判定阈(SD)，所述判定阈旨在与感兴趣的生物物种的浓度(C
SOI
)进行比较。4.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中样品包含内源生物，校准物具有与内源生物不同的基因...

【专利技术属性】
技术研发人员：弗拉基米尔，
申请(专利权)人：生物梅里埃公司，
类型：发明
国别省市：