检测卵巢癌制造技术

本文提供了筛查卵巢癌的技术，特别是但不限于检测卵巢癌和卵巢癌亚型(例如，透明细胞卵巢癌、子宫内膜样卵巢癌、粘液性卵巢癌、浆液性卵巢癌)的存在的方法、组合物和相关用途。如本文所述，这项技术提供了对卵巢癌总体和各种类型卵巢癌(例如透明细胞OC、子宫内膜样OC、粘液性OC、浆液性OC)具有高辨别力的许多甲基化DNA标志物和其子集(例如，2种、3种、4种、5种、6种、7种或8种标志物的集合)。7种或8种标志物的集合)。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】检测卵巢癌
[0001]相关申请的交叉引用
[0002]本申请要求于2019年10月31日提交的美国临时申请No.62/928,888和于2020年8月13日提交的美国临时申请No.63/065,081的优先权益，所述临时申请以引用的方式整体并入本文中。


[0003]本文提供了用于筛查卵巢癌的技术，特别是但不限于用于检测卵巢癌和卵巢癌亚型(例如，透明细胞卵巢癌、子宫内膜样卵巢癌、粘液性卵巢癌、浆液性卵巢癌)的存在的方法、组合物和相关用途。

技术介绍

[0004]卵巢癌是发达国家最致命的妇科恶性肿瘤之一。在美国，每年大约有23,000名女性被诊断出患有这种疾病，并且有近14,000名女性死于这种疾病。卵巢癌主要分为三种类型：上皮性卵巢癌、生殖细胞卵巢癌和性索间质卵巢癌。约90％的卵巢癌始于上皮组织，即卵巢外侧的内层。这类卵巢癌分为浆液性卵巢癌、粘液性卵巢癌、子宫内膜样卵巢癌、透明细胞卵巢癌、移行性卵巢癌和未分化型卵巢癌。上皮性卵巢癌的风险随着年龄的增长而增加，尤其是在50岁之后。生殖细胞肿瘤约占卵巢癌的5％。它们从产卵细胞开始。这类卵巢癌可以发生在任何年龄的女性身上，但约80％发生在30岁以下的女性身上。主要亚型有畸胎瘤、无性细胞瘤、内胚窦瘤和绒毛膜癌。性索间质肿瘤约占卵巢癌的5％，生长在结缔组织中，该结缔组织将卵巢固定在一起并产生雌激素和黄体酮。大多数见于老年女性。
[0005]尽管癌症疗法取得了进展，但卵巢癌死亡率在过去二十年中实际上没有变化。鉴于相对于疾病诊断阶段的陡峭生存梯度，早期检测仍然是提高卵巢癌患者长期生存率的最重要因素。
[0006]需要改进的检测卵巢癌和各种卵巢癌亚型(例如，透明细胞卵巢癌、子宫内膜样卵巢癌、粘液性卵巢癌和浆液性卵巢癌)的方法。
[0007]本专利技术满足了这些需要。

技术实现思路

[0008]如前所述，卵巢癌(OC)是妇科癌症死亡的首要原因，并且总体上是女性致命恶性肿瘤的最常见原因之一(参见Ozor R.F.等人,Epithelial ovarian cancer.Hoskin W.J.,Perez C.A.,Young R.C.编辑,Principles and Practice of Gynecologic Oncology.Lippincott Williams&Wilkins；Philadelphia,PA,USA:2000.第981
‑
1057页)。症状通常是非特异性的，这妨碍早期检测，因此大多数患者呈现晚期疾病。
[0009]最近，组织病理学、分子和遗传学研究的结果阐明了几种OC亚型的特征。主要的组织型起源于上皮，包括浆液性卵巢癌(浆液性OC)、透明细胞癌(透明细胞OC)、子宫内膜样癌(子宫内膜样OC)和粘液性癌(粘液性OC)。浆液性OC是最恶性的卵巢癌形式，占所有卵巢癌
病例的70％。透明细胞OC是第二常见的组织型，约占被诊断患有卵巢癌的女性的10
‑
13％。子宫内膜样OC是卵巢癌的第三大常见组织型，并且与透明细胞癌一样，被认为是由子宫内膜异位引起的。粘液性OC占卵巢癌的4％，通常在低期诊断。
[0010]为了减轻OC和其各种亚型(例如，透明细胞OC、浆液性OC、子宫内膜样OC、粘液性OC)的沉重负担，迫切需要有效的筛查方法。创新势在必行，为早期癌症和晚期癌前病变的症状前检测提供准确、负担得起和安全的筛查工具。
[0011]本专利技术满足了这些需要。实际上，本专利技术提供了新的甲基化DNA标志物，其区分OC和其各种亚型(例如透明细胞OC、浆液OC、子宫内膜样OC、粘液OC)的病例。
[0012]已经将甲基化DNA作为大多数肿瘤类型组织中潜在的一类生物标志物进行研究。在许多情况下，DNA甲基转移酶在胞嘧啶
‑
磷酸
‑
鸟嘌呤(CpG)岛位点处将甲基添加到DNA上，作为基因表达的表观遗传控制。在生物学上有吸引力的机制中，认为肿瘤抑制基因启动子区域中的获得性甲基化事件会使表达沉默，从而促进肿瘤发生。DNA甲基化可能是比RNA或蛋白质表达更具有化学和生物学稳定性的诊断工具(Laird(2010)Nat Rev Genet 11:191
‑
203)。此外，在如散发性结肠癌等其它癌症中，甲基化标志物提供了极好的特异性，并且比单独DNA突变具有更广泛的信息和更灵敏(Zou等人(2007)Cancer Epidemiol Biomarkers Prev 16:2686
‑
96)。
[0013]当应用于动物模型和人类细胞系时，对CpG岛的分析产生了重要的发现。例如，Zhang和同事发现来自同一CpG岛不同部分的扩增子可能具有不同的甲基化水平(Zhang等人(2009)PLoS Genet 5:e1000438)。此外，甲基化水平在高度甲基化与未甲基化序列之间呈双峰分布，这进一步证明了DNA甲基转移酶活性的二元开关样模式(Zhang等人(2009)PLoS Genet 5:e1000438)。对鼠体内组织和体外细胞系的分析表明，只有约0.3％的高CpG密度启动子(HCP，定义为在300个碱基对区域内具有>7％CpG序列)被甲基化，而低CpG密度区域(LCP，定义为在300个碱基对区域内具有<5％CpG序列)往往以动态组织特异性模式频繁甲基化(Meissner等人(2008)Nature 454:766
‑
70)。HCP包括普遍存在的看家基因和高度调控的发育基因的启动子。在>50％甲基化的HCP位点中，有几个已建立的标志物，例如Wnt 2、NDRG2、SFRP2和BMP3(Meissner等人(2008)Nature 454:766
‑
70)。
[0014]已经将DNA甲基转移酶在胞嘧啶
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磷酸
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鸟嘌呤(CpG)岛位点处对DNA的表观遗传甲基化作为大多数肿瘤类型组织中潜在的一类生物标志物进行研究。在生物学上有吸引力的机制中，认为肿瘤抑制基因启动子区域中的获得性甲基化事件会使表达沉默，从而促进肿瘤发生。DNA甲基化可能是比RNA或蛋白质表达更具有化学和生物学稳定性的诊断工具。此外，在如散发性结肠癌等其它癌症中，异常的甲基化标志物比单独DNA突变具有更广泛的信息和更灵敏，并且提供了出色的特异性。
[0015]有几种方法可用于搜索新的甲基化标志物。虽然基于微阵列的CpG甲基化询问是一种合理的高通量方法，但这种策略偏向于已知的感兴趣区域，主要是已确立的肿瘤抑制启动子。在过去十年中，已经开发了用于全基因组DNA甲基化分析的替代方法。有三种基本方法。第一种采用通过识别特定甲基化位点的限制酶消化DNA，然后是几种可能的分析技术，这些技术提供的甲基化数据仅限于酶识别位点或用于在定量步骤中扩增DNA的引物(例如甲基化特异性PCR；MSP)。第二种方法使用针对甲基胞嘧啶或其它甲基化特异性结合结构域的抗体本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】1.一种方法，所述方法包括：a)通过以下来测量人类个体的生物样品中的一种或多种基因的甲基化水平：将所述生物样品中的基因组DNA用以甲基化特异性方式修饰DNA的试剂处理；使用一组针对所选择的一种或多种基因的引物扩增经过处理的基因组DNA；以及通过聚合酶链式反应、核酸测序、质谱法、甲基化特异性核酸酶、基于质量的分离以及靶标捕获确定所述一种或多种基因的甲基化水平；其中所述一种或多种基因选自FAIM2、CAPN2和SIM2。2.如权利要求1所述的方法，其中所述生物样品包含血浆样品、全血样品、白细胞样品、血清样品和卵巢组织样品中的一种或多种。3.如权利要求1所述的方法，其中FAIM2选自FAIM2_A和FAIM2_B；其中CAPN2为CAPN2_B；并且SIM2选自SIM2_A和SIM2_B。4.如权利要求1所述的方法，所述方法还包括测量所述人类个体的所述生物样品中的癌抗原125(CA
‑
125)的水平。5.如权利要求1所述的方法，其中将所述DNA用亚硫酸氢盐试剂处理以产生经过亚硫酸氢盐处理的DNA。6.如权利要求1所述的方法，其中测量至少一种甲基化标志基因的量包括使用一种或多种选自由以下组成的组的方法：甲基化特异性PCR、定量甲基化特异性PCR、甲基化特异性DNA限制酶分析、定量亚硫酸氢盐焦磷酸测序、瓣状核酸内切酶测定、PCR
‑
瓣测定和亚硫酸氢盐基因组测序PCR。7.如权利要求1所述的方法，其中使用对FAIM2的CpG位点具有特异性的引物扩增所述经过处理的基因组DNA为一组特异性结合包含染色体12坐标50297610
‑
50297988或染色体12坐标50297643
‑
50297814的基因区的至少一部分的引物；其中使用对CAPN2的CpG位点具有特异性的引物扩增所述经过处理的基因组DNA为一组特异性结合包含染色体1坐标223936858
‑
223937009或染色体1坐标223936868
‑
223937004的基因区的至少一部分的引物；其中使用对SIM2的CpG位点具有特异性的引物扩增经过处理的基因组DNA为一组特异性结合包含染色体21坐标38076882
‑
38077036或染色体21坐标38076892
‑
38077026的基因区的至少一部分的引物。8.如权利要求1所述的方法，其中所述一组针对所选择的一种或多种基因的引物在表1C或6B中叙述。9.如权利要求1所述的方法，其中所述方法用于检测来自所述人类的所述生物样品中卵巢癌的存在或不存在。10.如权利要求1所述的方法，其中所述一种或多种基因为FAIM2、CAPN2和SIM2。11.如权利要求4所述的方法，其中所述一种或多种基因为FAIM2、CAPN2和SIM2。12.如权利要求4所述的方法，其中所述一种或多种基因只为FAIM2。13.一种方法，所述方法包括：
通过以下来测量人类个体的生物样品中的一种或多种基因的甲基化水平：将所述生物样品中的基因组DNA用以甲基化特异性方式修饰DNA的试剂处理；使用一组针对所选择的一种或多种基因的引物扩增经过处理的基因组DNA；以及通过聚合酶链式反应、核酸测序、质谱法、甲基化特异性核酸酶、基于质量的分离以及靶标捕获确定所述一种或多种基因的甲基化水平；其中所述一种或多种基因选自
·
AGRN_A、ATP10A_A、ATP10A_B、ATP10A_C、ATP10A_D、BCAT1、CCND2_D、CMTM3_A、ELMO1_A、ELMO1_B、ELMO1_C、EMX1、EPS8L2_A、EPS8L2_B、EPS8L2_C、EPS8L2_D、FAIM2_A、FLJ34208_A、GPRIN1、GYPC_A、INA_A、ITGA4_B、KCNA3_A、KCNA3_C、LBH、LIME1_A、LIME1_B、LOC646278、LRRC4、LRRC41_A、MAX.chr1.110626771
‑
110626832、MAX.chr1.147790358
‑
147790381、MAX.chr1.161591532
‑
161591608、MAX.chr15.28351937
‑
28352173、MAX.chr15.28352203
‑
28352671、MAX.chr15.29131258
‑
29131734、MAX.chr4.8859995
‑
8860062、MAX.chr5.42952182
‑
42952292、MDFI、NCOR2、NKX2
‑
6、OPLAH_A、PARP15、PDE10A、PPP1R16B、RASSF1_B、SEPTIN9、SKI、SLC12A8、SRC_A、SSBP4_B、ST8SIA1、TACC2_A、TSHZ3、UBTF、VIM、VIPR2_A、ZBED4、ZMIZ1_A、ZMIZ1_B、ZMIZ1_C、ZNF382_A、ZNF469_B、ATP6V1B1_A、BZRAP1、GDF6、IFFO1_A、IFFO1_B、KCNAB2、LIMD2、MAML3_B、MAX.chr14.102172350
‑
102172770、MAX.chr16.85482307
‑
85482494、MAX.chr17.76254728
‑
76254841、MAX.chr5.42993898
‑
42994179和RASAL3；或
·
MAX.chr16.85482307
‑
85482494、GDF6、IFFO_A、MAX.chr5.42993898
‑
42994179、MAX.chr17.76254728
‑
76254841、MAX.chr14.102172350
‑
102172770、RASAL3、BZRAP1和LIMD2；或
·
GPRIN1(例如，GPRIN1_A、GPRIN1_B)、CDO1(例如，CDO1_A、CDO1_B)、SRC(例如，SRC_A、SRC_B)、SIM2(例如，SIM2_A、SIM2_B)、AGRN(例如，AGRN_A、AGRN_B、AGRN_C、AGRN_8794)、FAIM2(例如，FAIM2_A、FAIM2_B)、CELF2(例如，CELF2_A、CELF2_B)、DSCR6、GYPC(例如，GYPC_A、GYPC_B、GYPC_C)、CAPN2(例如，CAPN2_A、CAPN2_B)和BCAT1；
·
ATP10A(例如，ATP10A_A、ATP10A_B、ATP10A_C、ATP10A_D、ATP10A_E)、EPS8L2(例如，EPS8L2_A、EPS8L2_B、EPS8L2_C、EPS8L2_D)、C1QL3(例如，C1QL3_A、C1QL3_B)、FAIM2(例如，FAIM2_A、FAIM2_B)、CAPN2_B、LBH、CMTM3(例如，CMTM3_A、CMTM3_B)、ZMIZ1(例如，ZMIZ1_A、ZMIZ1_B、ZMIZ1_C、ZMIZ1_D)、GPRIN1(例如，GPRIN1_A、GPRIN1_B)、CDO1(例如，CDO1_A、CDO1_B)、GP5、DSCR6、SKI、SIM2_A、AGRN_8794、BCAT1_6015、KCNA3_7518、KCNA3_7320、LOC10013136、GYPC_C、SRC(例如，SRC_A、SRC_B)、NR2F6、TSHZ3、CELF2(例如，CELF2_A、CELF2_B)、TACC2(例如，TACC2_A、TACC2_B)、VIPR2(例如，VIPR2_A、VIPR2_B)和SPOCK2_74333(参见表10，实施例III)；
·
PALLD、PRDM14、MAX.chr1.147790358
‑
147790381、BCAT1、MAML3_A、SKI、DNMT3A_A和C2CD4D；或
·
BCAT1_6015、SKI、SIM2_B、DNMT3A_A、CDO1_A和DSCR6。14.如权利要求13所述的方法，其中将所述DNA用以甲基化特异性方式修饰DNA的试剂处理。15.如权利要求14所述的方法，其中所述试剂包含甲基化敏感性限制酶、甲基化依赖性
限制酶和亚硫酸氢盐试剂中的一种或多种。16.如权利要求15所述的方法，其中将所述DNA用亚硫酸氢盐试剂处理以产生经过亚硫酸氢盐处理的DNA。17.如权利要求13所述的方法，其中所述测量包括多重扩增。18.如权利要求13所述的方法，其中测量至少一种甲基化标志基因的量包括使用一种或多种选自由以下组成的组的方法：甲基化特异性PCR、定量甲基化特异性PCR、甲基化特异性DNA限制酶分析、定量亚硫酸氢盐焦磷酸测序、瓣状核酸内切酶测定、PCR
‑
瓣测定和亚硫酸氢盐基因组测序PCR。19.如权利要求13所述的方法，其中所述样品包含血浆样品、血液样品或组织样品(例如，卵巢组织)中的一种或多种。20.如权利要求13所述的方法，其中所述一组针对所选择的一种或多种基因的引物在表1C或6B中叙述。21.如权利要求13所述的方法，其中所述方法用于检测来自所述人类的所述生物样品中卵巢癌的存在或不存在。22.一种方法，所述方法包括：通过以下来测量人类个体的生物样品中的一种或多种基因的甲基化水平：将所述生物样品中的基因组DNA用以甲基化特异性方式修饰DNA的试剂处理；使用一组针对所选择的一种或多种基因的引物扩增经过处理的基因组DNA；以及通过聚合酶链式反应、核酸测序、质谱法、甲基化特异性核酸酶、基于质量的分离以及靶标捕获确定所述一种或多种基因的甲基化水平；其中所述一种或多种基因选自
·
TACC2_A、LRRC41_A、EPS8L2、LBH、LIME1_B、MDFI、FAIM2_A、GYPC_A、AGRN_B和ZBED4；或
·
MT1A_A、CELF2_A、KCNA3_A、MDFI、PALLD、PRDM14、PARP15、TACC2_A、MAX.chr1.147790358
‑
147790381、BCAT1、MAX.chr11.14926602
‑
14926671、AGRN_B、MAX.chr6.10382190
‑
10382225、DSCR6、MAML3_A、MAX.chr14.105512178
‑
105512224、EPS8L2_E、SKI、GPRIN1_A、MAX.chr8.142215938
‑
142216298、CDO1_A、DNMT3A_A、SIM2_A、SKI、MT1A_B、GYPC_A、BCL2L11、PISD和C2CD4D；或
·
NCOR2、MT1A_B、CELF2_A、PALLD、PRDM14、PARP15、TACC2_A、MAX.chr1.147790358
‑
147790381、BCAT1、MAX.chr11.14926602
‑
14926671、AGRN_B、MAX.chr6.10382190
‑
10382225、DSCR6、MAML3_A、SKI、GPRIN1_A、CDO1_A、SIM2_A、IFFO1_A、MT1A_B、GYPC_A、BCL2L11、GDF6和C2CD4D；或
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AGRN_8794、BHLHE23_8339、EPS8L2_F、RASSF1_8293、MDFI_6321、SKI、GYPC_C、NKX2
‑
6_4159、LOC100131366、FAIM2_B、GPRIN1_B、LRRC41_B、TACC2_B、LBH、SIM2_B、CDO1_A和DSCR6。23.如权利要求22所述的方法，其中将所述DNA用以甲基化特异性方式修饰DNA的试剂处理。24.如权利要求23所述的方法，其中所述试剂包含甲基化敏感性限制酶、甲基化依赖性限制酶和亚硫酸氢盐试剂中的一种或多种。
25.如权利要求24所述的方法，其中将所述DNA用亚硫酸氢盐试剂处理以产生经过亚硫酸氢盐处理的DNA。26.如权利要求22所述的方法，其中所述测量包括多重扩增。27.如权利要求22所述的方法，其中测量至少一种甲基化标志基因的量包括使用一种或多种选自由以下组成的组的方法：甲基化特异性PCR、定量甲基化特异性PCR、甲基化特异性DNA限制酶分析、定量亚硫酸氢盐焦磷酸测序、瓣状核酸内切酶测定、PCR
‑
瓣测定和亚硫酸氢盐基因组测序PCR。28.如权利要求22所述的方法，其中所述样品包含血浆样品、血液样品或组织样品(例如，卵巢组织)中的一种或多种。29.如权利要求22所述的方法，其中所述一组针对所选择的一种或多种基因的引物在表1C或6B中叙述。30.如权利要求22所述的方法，其中所述方法用于检测来自所述人类的所述生物样品中透明细胞卵巢癌的存在或不存在。31.一种方法，所述方法包括：通过以下来测量人类个体的生物样品中的一种或多种基因的甲基化水平：将所述生物样品中的基因组DNA用以甲基化特异性方式修饰DNA的试剂处理；使用一组针对所选择的一种或多种基因的引物扩增经过处理的基因组DNA；以及通过聚合酶链式反应、核酸测序、质谱法、甲基化特异性核酸酶、基于质量的分离以及靶标捕获确定所述一种或多种基因的甲基化水平；其中所述一种或多种基因选自
·
PARP15、GPRIN1_A、GYPC1_A、FLJ34208、MAX.chr1.147790358
‑
147790381、FAIM2_A、SH2B3、KCNQ5、IRF4和BCAT1；或
·
NCOR2、CELF2_A、PALLD、PRDM14、MAX.chr1.147790358
‑
147790381、BCAT1、MAX.chr11.14926602
‑
14926671、MAML3_A、SKI、GPRIN1_A、SKI、BCL2L11和C2CD4D；或
·
NCOR2、PALLD、PRDM14、MAX.chr1.147790358
‑
147790381、MAX.chr11.14926602
‑
14926671、DSCR6、GPRIN1_A、CDO1_A、SIM2_A、IFFO1_A和C2CD4D；或
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BCAT1_6015、EPS8L2_F、SKI、NKX2
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6_4159、C1QL3_B、GPRIN1_B、PARP15、OXT_C、SIM2_B、DNMT3A_A和CELF2_A。32.如权利要求31所述的方法，其中将所述DNA用以甲基化特异性方式修饰DNA的试剂处理。33.如权利要求32所述的方法，其中所述试剂包含甲基化敏感性限制酶、甲基化依赖性限制酶和亚硫酸氢盐试剂中的一种或多种。34.如权利要求33所述的方法，其中将所述DNA用亚硫酸氢盐试剂处理以产生经过亚硫酸氢盐处理的DNA。35.如权利要求31所述的方法，其中所述测量包括多重扩增。36.如权利要求31所述的方法，其中测量至少一种甲基化标志基因的量包括使用一种或多种选自由以下组成的组的方法：甲基化特异性PCR、定量甲基化特异性PCR、甲基化特异性DNA限制酶分析、定量亚硫酸氢盐焦磷酸测序、瓣状核酸内切酶测定、PCR
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瓣测定和亚硫酸氢盐基因组测序PCR。
37.如权利要求31所述的方法，其中所述样品包含血浆样品、血液样品或组织样品(例如，卵巢组织)中的一种或多种。38.如权利要求31所述的方法，其中所述一组针对所选择的一种或多种基因的引物在表1C或6B中叙述。39.如权利要求31所述的方法，其中所述方法用于检测来自所述人类的所述生物样品中子宫内膜样卵巢癌的存在或不存在。40.一种方法，所述方法包括：通过以下来测量人类个体的生物样品中的一种或多种基因的甲基化水平：将所述生物样品中的基因组DNA用以甲基化特异性方式修饰DNA的试剂处理；使用一组针对所选择的一种或多种基因的引物扩增经过处理的基因组DNA；以及通过聚合酶链式反应、核酸测序、质谱法、甲基化特异性核酸酶、基于质量的分离以及靶标捕获确定所述一种或多种基因的甲基化水平；其中所述一种或多种基因选自
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CMTM3_A、ATP10A_C、TSHZ3、ZMIZ1_B、ATP10A_B、ELMO1_B、TACC2_A、LRRC4、VIM和ZNF382_A；或
·
NCOR2、MT1A_A、KCNA3_A、ZMIZ1_C、TACC2_A、MAX.chr1.147790358
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147790381、BCAT1、AGRN_B、SKI、SLC12A8、ZMIZ1_B、BCL2L11和GATA2；或
·
NCOR2、PALLD、TACC2_A、BCAT1、AGRN_B、SKI、SLC12A8、ZMIZ1_B和BCL2L11；或
·
BCAT1_6015、ELMO1_9100、KCNA3_7518、KCNA3_7320、MDFI_6321、SKI、VIPR_B、ZNF382_B、ATP10A_E、CMTM3_B、ZMIZ1_D、SRC_B、HDGFRP3、TACC2_B、TSHZ3、LBH、DNMT3A_A。41.如权利要求40所述的方法，其中将所述DNA用以甲基化特异性方式修饰DNA的试剂处理。42.如权利要求41所述的方法，其中所述试剂包含甲基化敏感性限制酶、甲基化依赖性限制酶和亚硫酸氢盐试剂中的一种或多种。43.如权利要求42所述的方法，其中将所述DNA用亚硫酸氢盐试剂处理以产生经过亚硫酸氢盐处理的DNA。44.如权利要求40所述的方法，其中所述测量包括多重扩增。45.如权利要求40所述的方法，其中测量至少一种甲基化标志基因的量包括使用一种或多种选自由以下组成的组的方法：甲基化特异性PCR、定量甲基化特异性PCR、甲基化特异性DNA限制酶分析、定量亚硫酸氢盐焦磷酸测序、瓣状核酸内切酶测定、PCR
‑
瓣测定和亚硫酸氢盐基因组测序PCR。46.如权利要求40所述的方法，其中所述样品包含血浆样品、血液样品或组织样品(例如，卵巢组织)中的一种或多种。47.如权利要求40所述的方法，其中所述一组针对所选择的一种或多种基因的引物在表1C或6B中叙述。48.如权利要求40所述的方法，其中所述方法用于检测来自所述人类的所述生物样品中粘液性卵巢癌的存在或不存在。49.一种方法，所述方法包括：通过以下来测量人类个体的生物样品中的一种或多种基因的甲基化水平：
将所述生物样品中的基因组DNA用以甲基化特异性方式修饰DNA的试剂处理；使用一组针对所选择的一种或多种基因的引物扩增经过处理的基因组DNA；以及通过聚合酶链式反应、核酸测序、质谱法、甲基化特异性核酸酶、基于质量的分离以及靶标捕获确定所述一种或多种基因的甲基化水平；其中所述一种或多种基因选自
·
MAX.chr1.147790358
‑
147790381、MAML3、NR2F6、DNMT3A_A、SKI、SOBP、UBTF、AGRN_C、MAX.chr12.30975740
‑
30975780和CAPN2_A；或
·
PALLD、PRDM14、MAX.chr1.147790358
‑
147790381、CAPN2_A、MAX.chr6.10382190
‑
10382225、SKI、NR2F6、IFFO1_A、MT1A_B、IFFO1_B、GDF6和C2CD4D；或
·
NCOR2、MAX.chr1.147790358
‑
147790381、MAX.chr6.10382190
‑
10382225、IFFO1_A、GDF6和C2CD4D；或
·
SKI、PEAR1_B、CAPN2_B、SIM2_B、DNMT3A_A、CDO1_A和NR2F6。50.如权利要求49所述的方法，其中将所述DNA用以甲基化特异性方式修饰DNA的试剂处理。51.如权利要求50所述的方法，其中所述试剂包含甲基化敏感性限制酶、甲基化依赖性限制酶和亚硫酸氢盐试剂中的一种或多种。52.如权利要求51所述的方法，其中将所述DNA用亚硫酸氢盐试剂处理以产生经过亚硫酸氢盐处理的DNA。53.如权利要求49所述的方法，其中所述测量包括多重扩增。54.如权利要求49所述的方法，其中测量至少一种甲基化标志基因的量包括使用一种或多种选自由以下组成的组的方法：甲基化特异性PCR、定量甲基化特异性PCR、甲基化特异性DNA限制酶分析、定量亚硫酸氢盐焦磷酸测序、瓣状核酸内切酶测定、PCR
‑
瓣测定和亚硫酸氢盐基因组测序PCR。55.如权利要求49所述的方法，其中所述样品包含血浆样品、血液样品或组织样品(例如，卵巢组织)中的一种或多种。56.如权利要求49所述的方法，其中所述一组针对所选择的一种或多种基因的引物在表1C或6B中叙述。57.如权利要求49所述的方法，其中所述方法用于检测来自所述人类的所述生物样品中浆液性卵巢癌的存在或不存在。58.一种表征样品的方法，所述方法包括：a)测量来自所述样品的DNA中至少一种甲基化标志基因的量，其中所述至少一种甲基化标志基因为选自以下的一种或多种基因：
·
AGRN_A、ATP10A_A、ATP10A_B、ATP10A_C、ATP10A_D、BCAT1、CCND2_D、CMTM3_A、ELMO1_A、ELMO1_B、ELMO1_C、EMX1、EPS8L2_A、EPS8L2_B、EPS8L2_C、EPS8L2_D、FAIM2_A、FLJ34208_A、GPRIN1、GYPC_A、INA_A、ITGA4_B、KCNA3_A、KCNA3_C、LBH、LIME1_A、LIME1_B、LOC646278、LRRC4、LRRC41_A、MAX.chr1.110626771
‑
110626832、MAX.chr1.147790358
‑
147790381、MAX.chr1.161591532
‑
161591608、MAX.chr15.28351937
‑
28352173、MAX.chr15.28352203
‑
28352671、MAX.chr15.29131258
‑
29131734、MAX.chr4.8859995
‑
8860062、MAX.chr5.42952182
‑
42952292、MDFI、NCOR2、NKX2
‑
6、OPLAH_A、PARP15、PDE10A、PPP1R16B、
RASSF1_B、SEPTIN9、SKI、SLC12A8、SRC_A、SSBP4_B、ST8SIA1、TACC2_A、TSHZ3、UBTF、VIM、VIPR2_A、ZBED4、ZMIZ1_A、ZMIZ1_B、ZMIZ1_C、ZNF382_A、ZNF469_B、ATP6V1B1_A、BZRAP1、GDF6、IFFO1_A、IFFO1_B、KCNAB2、LIMD2、MAML3_B、MAX.chr14.102172350
‑
102172770、MAX.chr16.85482307
‑
85482494、MAX.chr17.76254728
‑
76254841、MAX.chr5.42993898
‑
42994179和RASAL3；或
·
MAX.chr16.85482307
‑
85482494、GDF6、IFFO_A、MAX.chr5.42993898
‑
42994179、MAX.chr17.76254728
‑
76254841、MAX.chr14.102172350
‑
102172770、RASAL3、BZRAP1和LIMD2；或
·
GPRIN1(例如，GPRIN1_A、GPRIN1_B)、CDO1(例如，CDO1_A、CDO1_B)、SRC(例如，SRC_A、SRC_B)、SIM2(例如，SIM2_A、SIM2_B)、AGRN(例如，AGRN_A、AGRN_B、AGRN_C、AGRN_8794)、FAIM2(例如，FAIM2_A、FAIM2_B)、CELF2(例如，CELF2_A、CELF2_B)、DSCR6、GYPC(例如，GYPC_A、GYPC_B、GYPC_C)、CAPN2(例如，CAPN2_A、CAPN2_B)和BCAT1；
·
ATP10A(例如，ATP10A_A、ATP10A_B、ATP10A_C、ATP10A_D、ATP10A_E)、EPS8L2(例如，EPS8L2_A、EPS8L2_B、EPS8L2_C、EPS8L2_D)、C1QL3(例如，C1QL3_A、C1QL3_B)、FAIM2(例如，FAIM2_A、FAIM2_B)、CAPN2_B、LBH、CMTM3(例如，CMTM3_A、CMTM3_B)、ZMIZ1(例如，ZMIZ1_A、ZMIZ1_B、ZMIZ1_C、ZMIZ1_D)、GPRIN1(例如，GPRIN1_A、GPRIN1_B)、CDO1(例如，CDO1_A、CDO1_B)、GP5、DSCR6、SKI、SIM2_A、AGRN_8794、BCAT1_6015、KCNA3_7518、KCNA3_7320、LOC10013136、GYPC_C、SRC(例如，SRC_A、SRC_B)、NR2F6、TSHZ3、CELF2(例如，CELF2_A、CELF2_B)、TACC2(例如，TACC2_A、TACC2_B)、VIPR2(例如，VIPR2_A、VIPR2_B)和SPOCK2_74333(参见表10，实施例III)；
·
PALLD、PRDM14、MAX.chr1.147790358
‑
147790381、BCAT1、MAML3_A、SKI、DNMT3A_A和C2CD4D；或
·
BCAT1_6015、SKI、SIM2_B、DNMT3A_A、CDO1_A和DSCR6；b)测量所述DNA中的至少一种参考标志物的量；以及c)将在所述DNA中测量的所述至少一种甲基化标志基因的量的值计算为在所述DNA中测量的所述参考标志基因的量的百分比，其中所述值指示在所述样品中测量的所述至少一种甲基化标志DNA的量。59.如权利要求58所述的方法，其中所述至少一种参考标志物包含一种或多种选自以下的参考标志物：B3GALT6 DNA、β
‑
肌动蛋白DNA和非癌性DNA。60.如权利要求58所述的方法，其中所述样品包含血浆样品、血液样品或组织样品(例如，卵巢组织)中的一种或多种。61.如权利要求58所述的方法，其中所述DNA是从所述样品提取的。62.如权利要求58所述的方法，其中将所述DNA用以甲基化特异性方式修饰DNA的试剂处理。63.如权利要求62所述的方法，，其中所述试剂包含甲基化敏感性限制酶、甲基化依赖性限制酶和亚硫酸氢盐试剂中的一种或多种。64.如权利要求63所述的方法，其中将所述DNA用亚硫酸氢盐试剂处理以产生经过亚硫酸氢盐处理的DNA。65.如权利要求63所述的方法，其中使用一组针对所选择的一种或多种基因的引物扩
增经过修饰的DNA。66.如权利要求65所述的方法，其中所述一组针对所选择的一种或多种基因的引物在表1C或6B中叙述。67.如权利要求58所述的方法，其中测量甲基化标志基因的量包括使用聚合酶链式反应、核酸测序、质谱法、甲基化特异性核酸酶、基于质量的分离和靶标捕获中的一种或多种。68.如权利要求67所述的方法，其中所述测量包括多重扩增。69.如权利要求67所述的方法，其中测量至少一种甲基化标志基因的量包括使用一种或多种选自由以下组成的组的方法：甲基化特异性PCR、定量甲基化特异性PCR、甲基化特异性DNA限制酶分析、定量亚硫酸氢盐焦磷酸测序、瓣状核酸内切酶测定、PCR
‑
瓣测定和亚硫酸氢盐基因组测序PCR。70.如权利要求58所述的方法，其中所述方法用于检测来自所述人类的所述生物样品中卵巢癌的存在或不存在。71.一种表征样品的方法，所述方法包括：a)测量来自所述样品的DNA中至少一种甲基化标志基因的量，其中所述至少一种甲基化标志基因为选自以下的一种或多种基因：
·
TACC2_A、LRRC41_A、EPS8L2、LBH、LIME1_B、MDFI、FAIM2_A、GYPC_A、AGRN_B和ZBED4；或
·
MT1A_A、CELF2_A、KCNA3_A、MDFI、PALLD、PRDM14、PARP15、TACC2_A、MAX.chr1.147790358
‑
147790381、BCAT1、MAX.chr11.14926602
‑
14926671、AGRN_B、MAX.chr6.10382190
‑
10382225、DSCR6、MAML3_A、MAX.chr14.105512178
‑
105512224、EPS8L2_E、SKI、GPRIN1_A、MAX.chr8.142215938
‑
142216298、CDO1_A、DNMT3A_A、SIM2_A、SKI、MT1A_B、GYPC_A、BCL2L11、PISD和C2CD4D；或
·
NCOR2、MT1A_B、CELF2_A、PALLD、PRDM14、PARP15、TACC2_A、MAX.chr1.147790358
‑
147790381、BCAT1、MAX.chr11.14926602
‑
14926671、AGRN_B、MAX.chr6.10382190
‑
10382225、DSCR6、MAML3_A、SKI、GPRIN1_A、CDO1_A、SIM2_A、IFFO1_A、MT1A_B、GYPC_A、BCL2L11、GDF6和C2CD4D；或
·
AGRN_8794、BHLHE23_8339、EPS8L2_F、RASSF1_8293、MDFI_6321、SKI、GYPC_C、NKX2
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6_4159、LOC100131366、FAIM2_B、GPRIN1_B、LRRC41_B、TACC2_B、LBH、SIM2_B、CDO1_A和DSCR6；b)测量所述DNA中的至少一种参考标志物的量；以及c)将在所述DNA中测量的所述至少一种甲基化标志基因的量的值计算为在所述DNA中测量的所述参考标志基因的量的百分比，其中所述值指示在所述样品中测量的所述至少一种甲基化标志DNA的量。72.如权利要求71所述的方法，其中所述至少一种参考标志物包含一种或多种选自以下的参考标志物：B3GALT6 DNA、β
‑
肌动蛋白DNA和非癌性DNA。73.如权利要求71所述的方法，其中所述样品包含血浆样品、血液样品或组织样品(例如，卵巢组织)中的一种或多种。74.如权利要求71所述的方法，其中所述DNA是从所述样品提取的。75.如权利要求71所述的方法，其中将所述DNA用以甲基化特异性方式修饰DNA的试剂
处理。76.如权利要求75所述的方法，其中所述试剂包含甲基化敏感性限制酶、甲基化依赖性限制酶和亚硫酸氢盐试剂中的一种或多种。77.如权利要求76所述的方法，其中将所述DNA用亚硫酸氢盐试剂处理以产生经过亚硫酸氢盐处理的DNA。78.如权利要求76所述的方法，其中使用一组针对所选择的一种或多种基因的引物扩增经过修饰的DNA。79.如权利要求78所述的方法，其中所述一组针对所选择的一种或多种基因的引物在表1C或6B中叙述。80.如权利要求71所述的方法，其中测量甲基化标志基因的量包括使用聚合酶链式反应、核酸测序、质谱法、甲基化特异性核酸酶、基于质量的分离和靶标捕获中的一种或多种。81.如权利要求80所述的方法，其中所述测量包括多重扩增。82.如权利要求80所述的方法，其中测量至少一种甲基化标志基因的量包括使用一种或多种选自由以下组成的组的方法：甲基化特异性PCR、定量甲基化特异性PCR、甲基化特异性DNA限制酶分析、定量亚硫酸氢盐焦磷酸测序、瓣状核酸内切酶测定、PCR
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瓣测定和亚硫酸氢盐基因组测序PCR。83.如权利要求71所述的方法，其中所述方法用于检测来自所述人类的所述生物样品中透明细胞卵巢癌的存在或不存在。84.一种表征样品的方法，所述方法包括：a)测量来自所述样品的DNA中至少一种甲基化标志基因的量，其中所述至少一种甲基化标志基因为选自以下的一种或多种基因：
·
PARP15、GPRIN1_A、GYPC1_A、FLJ34208、MAX.chr1.147790358
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147790381、FAIM2_A、SH2B3、KCNQ5、IRF4和BCAT1；或
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NCOR2、CELF2_A、PALLD、PRDM14、MAX.chr1.147790358
‑
147790381、BCAT1、MAX.chr11.14926602
‑
14926671、MAML3_A、SKI、GPRIN1_A、SKI、BCL2L11和C2CD4D；或
·
NCOR2、PALLD、PRDM14、MAX.chr1.147790358
‑
147790381、MAX.chr11.14926602
‑
14926671、DSCR6、GPRIN1_A、CDO1_A、SIM2_A、IFFO1_A和C2CD4D；或
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BCAT1_6015、EPS8L2_F、SKI、NKX2
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6_4159、C1QL3_B、GPRIN1_B、PARP15、OXT_C、SIM2_B、DNMT3A_A和CELF2_A；b)测量所述DNA中的至少一种参考标志物的量；以及c)将在所述DNA中测量的所述至少一种甲基化标志基因的量的值计算为在所述DNA中测量的所述参考标志基因的量的百分比，其中所述值指示在所述样品中测量的所述至少一种甲基化标志DNA的量。85.如权利要求84所述的方法，其中所述至少一种参考标志物包含一种或多种选自以下的参考标志物：B3GALT6 DNA、β
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肌动蛋白DNA和非癌性DNA。86.如权利要求84所述的方法，其中所述样品包含血浆样品、血液样品或组织样品(例如，卵巢组织)中的一种或多种。87.如权利要求84所述的方法，其中所述DNA是从所述样品提取的。88.如权利要求84所述的方法，其中将所述DNA用以甲基化特异性方式修饰DNA的试剂
处理。89.如权利要求88所述的方法，其中所述试剂包含甲基化敏感性限制酶、甲基化依赖性限制酶和亚硫酸氢盐试剂中的一种或多种。90.如权利要求89所述的方法，其中将所述DNA用亚硫酸氢盐试剂处理以产生经过亚硫酸氢盐处理的DNA。91.如权利要求89所述的方法，其中使用一组针对所选择的一种或多种基因的引物扩增经过修饰的DNA。92.如权利要求91所述的方法，其中所述一组针对所选择的一种或多种基因的引物在表1C或6B中叙述。93.如权利要求84所述的方法，其中测量甲基化标志基因的量包括使用聚合酶链式反应、核酸测序、质谱法、甲基化特异性核酸酶、基于质量的分离和靶标捕获中的一种或多种。94.如权利要求93所述的方法，其中所述测量包括多重扩增。95.如权利要求93所述的方法，其中测量至少一种甲基化标志基因的量包括使用一种或多种选自由以下组成的组的方法：甲基化特异性PCR、定量甲基化特异性PCR、甲基化特异性DNA限制酶分析、定量亚硫酸氢盐焦磷酸测序、瓣状核酸内切酶测定、PCR
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瓣测定和亚硫酸氢盐基因组测序PCR。96.如权利要求84所述的方法，其中所述方法用于检测来自所述人类的所述生物样品中子宫内膜样卵巢癌的存在或不存在。97.一种表征样品的方法，所述方...

【专利技术属性】
技术研发人员：威廉，
申请(专利权)人：精密科学公司，
类型：发明
国别省市：