从组织样品进行染色体构象捕获制造技术

本文提供了用于使用聚焦声能和染色体构象捕获来鉴定从受试者获得的保存的样品中的染色体结构变体的方法和系统。本文还提供了用于将从所述保存的组织样品鉴定的所述染色体结构变体与疾病或障碍相关联的方法和系统，以及治疗所述疾病或障碍的方法。及治疗所述疾病或障碍的方法。及治疗所述疾病或障碍的方法。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】从组织样品进行染色体构象捕获
[0001]相关申请的交叉引用
[0002]本申请要求2019年11月15日提交的美国临时申请号62/936,042的优先权权益，该临时申请据此以引用的方式整体并入用于所有目的。

技术介绍

[0003]染色体异常的检测是许多血液癌症的一线诊断。即使目前最先进的癌症细胞遗传学方法也有局限性，通常需要使用多种测试来进行诊断。核型分析方法提供了染色体畸变的全基因组视图，但是分辨率有限。荧光原位杂交(FISH)等方法一次仅允许查询一个或在一些情况下几个基因座。染色体微阵列分析(CMA)无法识别平衡易位、倒位，阐明复杂重排和倍性变化。此外，从癌症诊断的目的来看，CMA在某种程度上受到样品的肿瘤组分百分比的限制，其操作灵敏度在20％丰度的范围内。虽然CMA和FISH在一些情况下可以应用于实体瘤，但是核型分析并不是一种可以常规应用于实体瘤的方法。因此，细胞基因组学方法在实体瘤生物标志物发现中的效用已经滞后。因此，本领域需要准确和快速地鉴定染色体结构变体的另外的方法。
[0004]本专利技术将通过提供使用染色体构象捕获方法准确和快速本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】1.一种方法，其包括：a)在容器中提供溶于溶液的组织样品，所述组织样品包含核酸物质；b)通过以下步骤来使所述组织样品解离：使所述容器中的所述组织样品和所述溶液暴露于聚焦声能，以从所述组织样品中释放所述核酸物质；c)回收所述核酸物质；以及d)对所述核酸物质进行染色体构象捕获分析。2.如权利要求1所述的方法，其中所述溶液是非溶剂溶液。3.如权利要求1所述的方法，其中所述组织样品是保存的组织样品。4.如权利要求1所述的方法，其中所述组织样品是交联的组织样品。5.如权利要求1所述的方法，其中所述组织样品是福尔马林固定石蜡包埋(FFPE)的样品。6.如权利要求5所述的方法，其中所述解离步骤包括使FFPE样品暴露于聚焦声能足够长的时间以使足够的石蜡从所述FFPE样品解离，从而允许从所述组织样品中回收所述核酸物质。7.如权利要求5所述的方法，其中所述解离步骤包括使超过90％的附着在所述FFPE样品上的石蜡解离。8.如权利要求5所述的方法，其中所述解离步骤包括使超过98％的附着在所述FFPE样品上的石蜡解离。9.如权利要求1所述的方法，其中所述解离步骤包括使所述组织样品再水合，同时使所述组织样品暴露于聚焦声能。10.如权利要求1所述的方法，其中所述解离步骤包括使所述溶液的温度保持在约5℃至约60℃或约18℃至约20℃。11.如权利要求1所述的方法，其中所述组织样品的厚度为5至25微米并且长度小于25mm。12.如权利要求1所述的方法，其中所述解离步骤包括在使所述组织样品暴露于聚焦声能之前，将蛋白酶添加至所述容器中的所述溶液和所述组织样品中。13.如权利要求12所述的方法，包括使所述蛋白酶失活。14.如权利要求13所述的方法，其中使所述蛋白酶灭活包括将所述容器加热至约98℃。15.如权利要求1所述的方法，包括使所述容器中的所述组织样品保持在低于50℃下直到与样品一起加热至90
‑
100℃。16.如权利要求1所述的方法，其中所述聚焦声能的占空因数在10％和30％之间。17.如权利要求16所述的方法，其中所述聚焦声能的占空因数为约15％或约20％。18.如权利要求1所述的方法，其中所述聚焦声能的峰值强度功率在60W和90W之间。19.如权利要求18所述的方法，其中所述聚焦声能的峰值强度功率为约75W。20.如权利要求1所述的方法，还包括进行第二解离步骤，所述第二解离步骤包括使所述容器中的所述组织样品和所述溶液暴露于聚焦声能，以从所述组织样品中释放另外的核酸物质，同时使所述容器保持在约4℃至约7℃。21.如权利要求20所述的方法，其中所述聚焦声能的占空因数在10％和30％之间。22.如权利要求20所述的方法，其中所述聚焦声能的占空因数为约15％或约20％。
23.如权利要求20所述的方法，其中所述聚焦声能的峰值强度功率在60W和90W之间。24.如权利要求23所述的方法，其中所述聚焦声能的峰值强度功率为约75W。25.如权利要求1所述的方法，还包括分离容器中的所述解离步骤之后的上清液，将另外的溶液添...

【专利技术属性】
技术研发人员：S，
申请(专利权)人：相位基因组公司，
类型：发明
国别省市：