一种基于暗探针技术的NGS靶向捕获方法及其在差异深度测序中的应用技术

本发明专利技术公开了一种基于暗探针技术的NGS靶向捕获方法及其在差异深度测序中的应用。本发明专利技术提供了一种同时检测全基因组目的区域范围内外显子和SNP位点的靶向捕获高通量测序方法，包括：根据所述目的区域的核苷酸序列设计能够捕获所述目的区域内全部外显子和全部SNP位点的两组原始探针；两组原始探针中有一组同时存在标记和不标记的两种形式，另一组只存在标记形式；将两组探针按照标记探针比例不同进行配比组合然后与待测基因组文库杂交，得到捕获文库；高通量测序。本发明专利技术的暗探针捕获法比标准的外显子测序操作相同的单管反应下根据不同区域的需求控制测序覆盖度，显著提高NGS的数据利用率。本发明专利技术的暗探针方法可以作为WGS的高性价比的替代方案。WGS的高性价比的替代方案。

【技术实现步骤摘要】
一种基于暗探针技术的NGS靶向捕获方法及其在差异深度测序中的应用


[0001]本专利技术属于生物
，涉及一种基于暗探针技术的NGS靶向捕获方法及其在差异深度测序中的应用，具体涉及高通量测序文库制备，外显子和SNP位点不同目标区域探针混合比例，单管反应中的差异化捕获和测序方法。

技术介绍

[0002]目前，在复杂疾病和各类遗传病研究中全外显子高通量测序和基因分型芯片被广泛采用。特别是对于GWAS相关的复杂疾病研究中，SNP基因分型芯片和全外显子测序都扮演者重要的作用。采用SNP基因分型芯片的全基因组关联研究(GWAS)分析方法对于复杂疾病的易感基因筛查取得了前所未有的成就。但是由于大多数芯片上的SNP位于非编码区内，另外基于基因分型芯片设计的GWAS目前着重关注人群中的常见变异，因此，通过GWAS发现的疾病易感位点主要集中在常见变异上，基于传统SNP分型芯片的研究可能会遗漏外显子区域内的稀有变异。因此全外显子测序也逐渐成为复杂疾病易感基因关联研究的重要工具。然而如果对于同一个样本进行基因分型芯片和外显子测序两类检测无疑大幅提高实验成本和分析本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种同时检测全基因组目的区域范围内外显子和SNP位点的靶向捕获高通量测序方法，包括如下步骤：(a1)根据所述目的区域的核苷酸序列设计两组原始探针；所述两组原始探针分别为能够捕获所述目的区域内全部外显子的捕获探针1，能够捕获所述目的区域内全部SNP位点的捕获探针2；(a2)制备经标记物标记的原始探针和未经标记物标记的原始探针；所述经标记物标记的原始探针是指步骤(a1)中所述两组原始探针均经标记物标记；所述未经标记物标记的原始探针是指步骤(a1)中所述两组原始探针中的任一组未经标记物标记；(a3)将步骤(a2)中所述经标记物标记的原始探针和所述未经标记物标记的原始探针与待测基因组文库进行杂交，利用能够与所述标记物相结合的固相载体从杂交产物中分离得到捕获文库；(a4)将步骤(a3)所得捕获文库进行高通量测序。2.根据权利要求1所述的方法，其特征在于：步骤(a1)中，所述两组原始探针中的各探针在与所述目的区域结合时，在所述目的区域上的任何两个相邻的探针均满足上游探针的下游有一个或多个核苷酸与下游探针的上游重叠。3.根据权利要求1或2所述的方法，其特征在于：步骤(a2)中，所述未经标记物标记的原始探针为未经标记物标记的所述捕获探针2。4.一种对全基因组目的区域范围内全部外显子和SNP位点进行差异捕获的方法，包括权利要求1
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3任一所述方法中的步骤(a1)
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(a3)。5.根据权利要求1
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4中任一所述的方法，其特征在于：所述目的区域为全基因组或者为全基因组中的一部分。6.根据权利要求1
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5中任一所述的方法，其特征在于：所述全基因组为人类基因组DNA标准品。7.根据权利要求6所述的方法，其特...

【专利技术属性】
技术研发人员：师咏勇，张满仓，
申请(专利权)人：上海交通大学，
类型：发明
国别省市：