检测基因甲基化的试剂在宫颈癌诊断中的应用以及试剂盒制造技术

本发明专利技术公开了检测基因甲基化的试剂在宫颈癌诊断中的应用以及试剂盒，涉及肿瘤诊断技术领域。本发明专利技术公开了如下基因作为标志物宫颈癌或其癌前病变诊断中的相关应用：C12orf42、CNTNAP5、DPP6、FERD3L、FOXG1

【技术实现步骤摘要】
检测基因甲基化的试剂在宫颈癌诊断中的应用以及试剂盒


[0001]本专利技术涉及肿瘤诊断
，具体而言，涉及检测基因甲基化的试剂在宫颈癌诊断中的应用以及试剂盒。

技术介绍

[0002]宫颈癌是世界上最常见的妇科恶性肿瘤之一。在女性恶性肿瘤中，它仅次于乳腺癌。全世界每年约有50多万例新病例，有20多万例死亡。科学研究已经证实，高危乳头瘤病毒(hrHPV)的持续感染是宫颈癌的主要病因。从最初的病毒感染到浸润性宫颈癌的发展需要数十年的时间。只有定期进行身体检查，才能发现和预防超过90％的宫颈癌。因此，选择合适有效的诊断方法对宫颈癌的预防和治疗具有重要意义。目前，宫颈癌的常规筛查方法是细胞学检查、HPV DNA检测和阴道镜检查。阴道镜检查具有较高的特异性，但需要高素质的操作人员，细胞学检查具有较高的特异性和较低的灵敏度，而HPV DNA检测具有较高的灵敏度但具有较低的特异性。HPV感染多数是暂时性的，HPV DNA检测的阳性结果对妇女造成不必要的恐慌并浪费医疗资源。只有真正HPV持续感染的高风险女性才需要接受随访。目前，科学家已经做出了很多努力来确定宫颈上皮内瘤样形成2+(CIN2+)的新生物标志物，从而将良性感染的妇女与需要加强治疗的妇女区分开来以实现筛查后的分流。
[0003]DNA甲基化是重要的表观遗传修饰，在不改变DNA序列的情况下对调节基因表达模式和基因组稳定性起着重要作用。大多数研究表明，相关基因的甲基化水平随宫颈病变的严重程度而增加，可以用作筛选宫颈癌和癌前病变的生物标志物。
[0004]但目前，用于宫颈癌的生物标志物其灵敏度和特异性仍需提高。
[0005]鉴于此，特提出本专利技术。

技术实现思路

[0006]本专利技术的目的在于提供检测基因甲基化的试剂在宫颈癌诊断中的应用以及试剂盒。本专利技术发现了可用于宫颈癌或其癌前病变的诊断的新的甲基化基因：C12orf42、CNTNAP5、DPP6、FERD3L、FOXG1-AS1、GPR26、GRIA2、GRIA4、ITGA8、NETO1和PABPC5，检测这些基因的甲基化以诊断宫颈癌或其癌前病变，具有更高和特异性；另外，检测这些甲基化基因的试剂同样具有新的用途，例如制备成宫颈癌或其癌前病变诊断试剂盒。本专利技术为宫颈癌和其癌前病变的诊断提供了新的标志物和诊断策略。
[0007]基于此，第一方面，本专利技术提供检测目标基因甲基化的试剂在制备用于宫颈癌或其癌前病变诊断的试剂盒中的应用，所述目标基因选自如下基因中的至少一种：C12orf42、CNTNAP5、DPP6、FERD3L、FOXG1-AS1、GPR26、GRIA2、GRIA4、ITGA8、NETO1和PABPC5。
[0008]本专利技术提出了新的可以作为宫颈癌或其癌前病变诊断的标志物，即上述发生甲基化的基因，本专利技术的研究显示，这些基因在宫颈癌或其癌前病中发生有不同程度的甲基化，在宫颈癌中，甲基化阳性率达到90％以上，具有作为诊断或筛选宫颈癌的标志物的潜力和前景。基于此，检测上述基因甲基化的试剂具有了新的用途，用于制备用于宫颈癌或其癌前
病变诊断的试剂盒。
[0009]在可选的实施方案中，所述目标基因选自如下基因中的至少一种：DPP6、GPR26、NETO1和PABPC5。
[0010]本专利技术的研究发现，以DPP6、GPR26、NETO1和PABPC5基因甲基化单独对宫颈癌或癌前病变进行诊断，其具有更高的和特异性。
[0011]在可选的实施方案中，所述目标基因选自如下基因组合的任意一种：
[0012]DPP6+GPR26、DPP6+NETO1、DPP6+PABPC5、GPR26+NETO1、GPR26+PABPC5以及NETO1+PABPC5。
[0013]以上述基因甲基化组合的形式对宫颈癌或癌前病变进行诊断，能够明显提高和特异性，尤其是以DPP6+NETO1、GPR26+NETO1、GPR26+PABPC5和NETO1+PABPC的组合方式诊断宫颈癌，其敏感性基本可以达到100％，且特异性在90％以上。
[0014]在可选的实施方案中，所述试剂通过如下方法对所述目标基因进行甲基化检测：甲基化特异性PCR法、MethyLight法、亚硫酸氢盐测序法、甲基化特异性微阵列法、全基因组甲基化测序法、焦磷酸测序法、甲基化特异性高效液相层析法、数字PCR法、甲基化特异性高分辨率溶解曲线法、甲基化敏感性限制性内切酶法或flap endonuclease法。
[0015]需要说明的是，实现基因甲基化的检测手段是本领域技术人员熟知的，例如包括但不限于甲基化特异性PCR法、MethyLight法、亚硫酸氢盐测序法、甲基化特异性微阵列法、全基因组甲基化测序法、焦磷酸测序法、甲基化特异性高效液相层析法、数字PCR法、甲基化特异性高分辨率溶解曲线法、甲基化敏感性限制性内切酶法以及flap endonuclease法等，采用这些方法均可以实现目标基因的甲基化检测。基于此，适用于上述方法的试剂均可以制备成宫颈癌或其癌前病变诊断的试剂盒。
[0016]在可选的实施方案中，所述试剂通过甲基化特异性PCR法对所述目标基因进行甲基化检测，所述试剂包括表中第(1)-(11)项中至少一项所示的引物和探针：
[0017][0018]。
[0019]采用上表所示引物和探针检测对应基因的甲基化，对宫颈癌或其癌前病变进行判断时，具有更高的和特异性。但需要说明的是，在采用甲基化特异性法对上述基因进行甲基化检测时，各基因所用的引物和探针包括但不限于上述表中所示的引物和探针序列，本领域技术人员根据本专利技术所公开的基因，可以设计或选择上表所示范围之外的其他引物和探针，因此，无论以何种引物探针实现上述基因甲基化的检测，其均属于本专利技术的保护范围。
[0020]在可选的实施方案中，进行基因甲基化检测的样本为宫颈癌组织样本或宫颈来源的细胞样本。
[0021]第二方面，本专利技术提供一种用于宫颈癌或其癌前病变诊断的试剂盒，其包括：用于检测目标基因甲基化的试剂；
[0022]所述目标基因选自如下基因中的至少一种：C12orf42、CNTNAP5、DPP6、FERD3L、FOXG1-AS1、GPR26、GRIA2、GRIA4、ITGA8、NETO1和PABPC5。
[0023]在可选的实施方案中，所述目标基因选自如下基因中的至少一种：DPP6、GPR26、NETO1和PABPC5。
[0024]在可选的实施方案中，所述目标基因选自如下基因组合的任意一种：DPP6+GPR26、DPP6+NETO1、DPP6+PABPC5、GPR26+NETO1、GPR26+PABPC5以及NETO1+PABPC5。
[0025]在可选的实施方案中，所述试剂通过如下方法对所述目标基因进行甲基化检测：甲基化特异性PCR法、MethyLight法、亚硫酸氢盐测序法、甲基化特异性微阵列法、全基因组甲基化测序法、焦磷酸测序法、甲基化特异性高效液相层析法、数字PCR法、甲基化特异性高分本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.检测目标基因甲基化的试剂在制备用于宫颈癌或其癌前病变诊断的试剂盒中的应用，其特征在于，所述目标基因选自如下基因中的至少一种：C12orf42、CNTNAP5、DPP6、FERD3L、FOXG1-AS1、GPR26、GRIA2、GRIA4、ITGA8、NETO1和PABPC5。2.根据权利要求1所述的应用，其特征在于，所述目标基因选自如下基因中的至少一种：DPP6、GPR26、NETO1和PABPC5。3.根据权利要求1或2所述的应用，其特征在于，所述目标基因选自如下基因组合的任意一种：DPP6+GPR26、DPP6+NETO1、DPP6+PABPC5、GPR26+NETO1、GPR26+PABPC5以及NETO1+PABPC5。4.根据权利要求1所述的应用，其特征在于，所述试剂通过如下方法对所述目标基因进行甲基化检测：甲基化特异性PCR法、MethyLight法、亚硫酸氢盐测序法、甲基化特异性微阵列法、全基因组甲基化测序法、焦磷酸测序法、甲基化特异性高效液相层析法、数字PCR法、甲基化特异性高分辨率溶解曲线法、甲基化敏感性限制性内切酶法或flap endonuclease法。5.根据权利要求4所述的应用，其特征在于，所述试剂通过甲基化特异性PCR法对所述目标基因进行甲基化检测，所述试剂包括表中第(1)-(11)项中至少一项所示的引物和探针：序号目标基因上游引物下游引物探针(1)C12orf42SEQ ID NO.1SEQ ID NO.2SEQ ID NO.3(2)CNTNAP5SEQ ID NO.4SEQ ID NO.5SEQ ID NO.6(3)DPP6SEQ ID NO.7SEQ ID NO.8SEQ ID NO.9(4)FERD3LSEQ ID NO.10SEQ ID NO.11SEQ ID NO.12(5)FOXG1-AS1SEQ ID NO.13SEQ ID NO.14SEQ ID NO.15(6)GPR26SEQ ID NO.16SEQ ID NO.17SEQ ID NO.18(7)GRIA2SEQ ID NO.19SEQ ID NO.20SEQ ID NO.21(8)GRIA4SEQ ID NO.22SEQ ID NO.23SEQ ID NO.24(9)ITGA8SEQ ID NO.25SEQ ID NO.26SEQ ID NO.27(10)NETO1SEQ ID NO.28SEQ ID NO.29SEQ ID NO.30(11)PABPC5SEQ ID NO.31SEQ ID NO.32SEQ ID NO.33。6.一种用于宫颈癌或其癌前病变诊断的试剂盒，其特征在于，其包括：用于检测目标基因甲基化的试剂；所述目标基因选自如下基因中的至少一种：C12orf42、CNTNAP5、DPP6、FERD3L、FOXG1-AS1、GPR26、GRIA2、GRIA4、ITGA8、NETO1和PABPC5。7.根据权利要求6所述的试剂盒，其特征在于，所述目标基因选自如下基因中的至少一种：DPP6、GPR26、NETO1和PABPC5；优选的，所述目标基因选自如下基因组合的任意一种：DPP6+GPR26、DPP6+NETO1、DPP6+PABPC5、GPR26+NETO1、GPR26+PABPC5以及NETO1+PABPC5。8.根据权利要求6或7所述的试剂盒，其特征在于，所述试剂通过如下方法对所述目标
基因进行甲基化检测：甲基化特异性PCR法、MethyLight法、亚硫酸氢盐测序法、甲基化特异性微阵列法、全基因组甲基化测序法、焦磷酸测序法、甲基化特异性高效液相层析法、数字PCR法、甲基化特异性高分辨率溶解曲线法、甲基化敏感性限制性内切酶法或flap endonuclea...

【专利技术属性】
技术研发人员：张良禄，董兰兰，郭洪，李婷婷，周俊，周谛晗，张玮，
申请(专利权)人：武汉艾米森生命科技有限公司，
类型：发明
国别省市：