【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】在宿主细胞中生产岩藻糖基乳糖
专利
[0001]本专利技术属于合成生物学和代谢工程的
更具体地,本专利技术属于经代谢工程化的宿主细胞发酵
本专利技术记载了通过用经基因修饰的细胞发酵来生产岩藻糖基乳糖的方法,以及该方法中使用的经基因修饰的细胞。经基因修饰的细胞包含至少一种编码参与岩藻糖基乳糖合成的酶的核酸序列,更具体地,所述细胞包含编码岩藻糖基转移酶的核酸序列从而合成岩藻糖基乳糖,并且包含至少一种表达膜蛋白的核酸,更具体地是表达能够进行岩藻糖基乳糖转运的膜蛋白的核酸序列。
[0002]专利技术背景
[0003]如今,已经对80多种属于人乳寡糖(HMO)家族的化合物进行了结构表征。这些HMO代表了一类具有益生元功能的复杂寡糖。此外,HMO与上皮表位的结构同源性解释了针对细菌病原体的保护特性。在婴儿胃肠道内,HMO选择性地滋养选定细菌菌株的生长,并从而促进母乳喂养婴儿中独特肠道微生物群的发展。
[0004]这些人乳寡糖中的一些需要存在最有可能表现出特定生物活性的特定岩藻糖基化的结构。这些岩藻糖基化的寡糖的生产需要岩藻糖基转移酶的作用。这些岩藻糖基转移酶属于糖基转移酶的酶家族,在脊椎动物、无脊椎动物、植物、真菌、酵母和细菌中广泛表达。它们催化岩藻糖残基从供体(通常是鸟苷二磷酸岩藻糖(GDP
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岩藻糖))转移到受体,包括寡糖、(糖)蛋白和(糖)脂。如此岩藻糖基化的受体底物参与多种生物学和病理学过程。
[0005]在岩藻糖基乳糖(FL)的微生物发酵生产中,FL在许多情况下是在工业生 ...
【技术保护点】
【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】1.通过经基因修饰的细胞生产岩藻糖基乳糖的方法,其包括以下步骤:
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提供能够生产岩藻糖基乳糖的细胞,所述细胞包含至少一种编码岩藻糖基转移酶的核酸序列,所述岩藻糖基转移酶将岩藻糖残基从鸟苷二磷酸岩藻糖(GDP
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岩藻糖)供体转移到乳糖受体,从而合成岩藻糖基乳糖,
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所述细胞还包含:i)使岩藻糖基乳糖转运得以进行和/或增强的内源膜蛋白的修饰表达和/或ii)使岩藻糖基乳糖转运得以进行和/或增强的异源膜蛋白的表达,其中所述膜蛋白:i)选自膜蛋白的组,所述膜蛋白包含通过搜索GT10和GT11岩藻糖基转移酶家族的基因组邻域发现的任何一个PFAM结构域,所述GT10和GT11岩藻糖基转移酶家族分别具有如2019年7月4日发布的InterPro 75.0所定义的interpro编号IPR001503和IPR002516,其中所述基因组邻域窗口大小为各岩藻糖基转移酶之前的14个基因和之后的14个基因,并且其中所述膜蛋白不属于SET家族,或ii)选自以下的组:包含SEQ ID NO 204、206、208、210、212、214、216、218的膜蛋白,或者包含SEQ ID NO204、206、208、210、212、214、216、218的膜蛋白中任何一个的功能同源物或功能片段,或者与具有SEQ ID NO 204、206、208、210、212、214、216、218的所述膜蛋白中任何一个具有至少80%序列同一性的序列,
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在允许产生所需岩藻糖基乳糖的条件下在培养基中培养细胞,
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优选地从培养物中分离岩藻糖基乳糖。2.根据权利要求1所述的方法,其中所述膜蛋白选自以下的组:a)搬运体;b)P
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P键水解驱动的转运蛋白;c)β
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桶孔蛋白;d)辅助转运蛋白;e)推定的转运蛋白;和f)磷酸转移体驱动的基团易位蛋白。3.通过经基因修饰的细胞生产岩藻糖基乳糖的方法,其包括以下步骤:
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提供能够生产岩藻糖基乳糖的细胞,所述细胞包含至少一种编码岩藻糖基转移酶的核酸序列,所述岩藻糖基转移酶将岩藻糖残基从GDP
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岩藻糖供体转移到乳糖受体,从而合成岩藻糖基乳糖,
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所述细胞还包含:i)使岩藻糖基乳糖转运得以进行和/或增强的内源膜蛋白的修饰表达和/或ii)使岩藻糖基乳糖转运得以进行和/或增强的异源膜蛋白的表达,其中所述膜蛋白选自以下组:a)搬运体,其中所述膜蛋白不属于SET家族;b)P
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P键水解驱动的转运蛋白;c)β
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桶孔蛋白;d)辅助转运蛋白;e)推定的转运蛋白;和f)磷酸转移体驱动的基团易位蛋白,
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在允许产生所需岩藻糖基乳糖的条件下在培养基中培养所述细胞,
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优选地从培养物中分离岩藻糖基乳糖。4.根据权利要求2或3中任一项所述的方法,其中所述搬运体选自2019年6月17日发布
的由TCDB.org所定义的TCDB类别2.A.1.1、2.A.1.12、2.A.1.15、2.A.1.2、2.A.1.3、2.A.1.36、2.A.1.38、2.A.1.46、2.A.1.68、2.A.1.7、2.A.1.81、2.A.123、2.A.2、2.A.21、2.A.58、2.A.6.3、2.A.66和2.A.7.1的组。5.根据权利要求2或3中任一项所述的方法,其中所述P
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P键水解驱动的转运蛋白选自2019年6月17日发布的由TCDB.org所定义的TCDB类别3.A.1.1、3.A.1.2、3.A.1.10、3.A.1.11和3.A.1.5的组。6.根据权利要求2或3中任一项所述的方法,其中所述β
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桶孔蛋白选自2019年6月17日发布的由TCDB.org所定义的TCDB类别1.B.3.1和1.B.18。7.根据具体权利要求2或3中任一项所述的方法,其中所述辅助转运蛋白选自2019年6月17日发布的由TCDB.org所定义的TCDB类别8.A.3。8.根据权利要求2或3中任一项所述的方法,其中所述推定的转运蛋白选自2019年6月17日发布的由TCDB.org所定义的TCDB类别9.B.14和9.B.158的组。9.根据权利要求2或3中任一项所述的方法,其中所述磷酸转移体驱动的基团易位蛋白选自2019年6月17日发布的由TCDB.org所定义的TCDB类别4.A.1.1和4.A.4.1的组。10.根据权利要求2或3中任一项的方法,其中所述搬运体选自2017年11月3日发布的由eggnogdb 1.0.2所定义的eggnog家族05BZS、05C0R、05C2C、05CT4、05CXP、05CZQ、05D94、05DXI、05E5M、05E5W、05E8G、05EAM、05EDR、05EGZ、05F9N、05JHE、05PSV、05W2Y、05W3H、05XJ5、070Q9、07CWC、07QF7、07QNK、07RBJ、07RJ1、07T5E、07VQ3、0814C、088QT、08H15、08N8A、08SC4、08Z4Q的组。11.根据权利要求2或3中任一项所述的方法,其中所述P
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P键水解驱动的转运蛋白选自2017年11月3日发布的eggnogdb1.0.2所定义的eggnog家族05BZ1、05CJ1、05EY8、05HAC、05DMK、05DFW、05MFV、07FKK、07R5U、07V1T、08IJ9、08JQ7、172T7的组。12.根据权利要求2或3中任一项所述的方法,其中所述β
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桶孔蛋白选自2017年11月3日发布的由eggnogdb1.0.2所定义的eggnog家族05DAY、08KDD的组。13.根据权利要求2或3中任一项所述的方法,其中所述辅助转运蛋白选自2017年11月3日发布的由eggnogdb1.0.2所定义的eggnog家族07SYR的组。14.根据权利要求2或3中任一项所述的方法,其中所述推定的转运蛋白选自2017年11月3日发布的由eggnogdb1.0.2所定义的eggnog家族05CRE、05GWF、06N3A的组。15.根据权利要求2或3中任一项所述的方法,其中所述磷酸转移体驱动的基团易位蛋白选自2017年11月3日发布的由eggnogdb1.0.2所定义的eggnog家族05CI1和05VI0的组。16.根据权利要求2或3中任一项所述的方法,其中所述搬运体选自2018年9月发布的由Pfam 32.0所定义的PF00083、PF00474、PF00873、PF00893、PF01895、PF01943、PF02690、PF03083、PF04193、PF05977、PF07690、PF07690、PF13347、PF13440和PF14667的PFAM列表。17.根据权利要求2或3中任一项所述的方法,其中所述P
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P键水解驱动的转运蛋白选自2018年9月发布的由Pfam 32.0所定义的PFAM列表PF00005、PF00532、PF00664、PF01061、PF08352、PF14524、PF13407、PF13416和PF17912。18.根据权利要求2或3中任一项所述的方法,其中所述β
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桶孔蛋白选自2018年9月发布的由Pfam 32.0所定义的PFAM列表PF02264、PF02563、PF10531和PF18412。
19.根据权利要求2或3中任一项所述的方法,其中所述辅助转运蛋白选自2018年9月发布的由Pfam 32.0所定义的PFAM列表PF13807和PF02706。20.根据权利要求2或3中任一项所述的方法,其中所述推定的转运蛋白选自2018年9月发布的由Pfam 32.0所定义的PFAM列表PF01578、PF03932、PF05140和PF11045。21.根据权利要求2或3中任一项所述的方法,其中所述磷酸转移体驱动的基团易位蛋白选自2018年9月发布的由Pfam 32.0所定义的PFAM列表PF00367、PF00358、PF02378、PF03829。22.根据权利要求2或3中任一项所述的方法,其中所述搬运体选自2019年7月4日发布的由InterPro 75.0所定义的interpro列表IPR000390、IPR001036、IPR001411、IPR001734、IPR001927、IPR002797、IPR003663、IPR003841、IPR004316、IPR004633、IPR004638、IPR004734、IPR004812、IPR005275、IPR005828、IPR005829、IPR006603、IPR010290、IPR011701、IPR020846、IPR023008、IPR023721,IPR023722、IPR026022、IPR027417、IPR027463、IPR029303、IPR032896、IPR036259、IPR038078、IPR038377、IPR039672。23.根据权利要求2或3中任一项所述的方法,其中所述P
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P键水解驱动的转运蛋白选自2019年7月4日发布的由InterPro 75.0所定义的interpro列表IPR000412、IPR001734、IPR001761、IPR003439、IPR003593、IPR005829、IPR005978、IPR005981、IPR006059、IPR006060、IPR006061、IPR008995、IPR011527、IPR011701、IPR013456、IPR013525、IPR013563、IPR015851、IPR015855、IPR017871,IPR019554、IPR020846、IPR025997、IPR026266、IPR027417、IPR028082、IPR029439、IPR033893、IPR036259、IPR036640、IPR038377、IPR039421和IPR040582。24.根据权利要求2或3中任一项所述的方法,其中所述β
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桶孔蛋白选自2019年7月4日发布的由InterPro 75.0所定义的interpro列表IPR003192、IPR003715、IPR019554、IPR023738、IPR036998和IPR040716。25.根据权利要求2或3中任一项所述的方法,其中所述辅助转运蛋白选自2019年7月4日发布的InterPro 75.0所定义的interpro列表IPR003856、IPR020846、IPR027417、IPR032807和IPR036259。26.根据权利要求2或3中任一项所述的方法,其中所述推定的转运蛋白选自2019年7月4日发布的InterPro 75.0所定义的interpro列表IPR002541、IPR003439、IPR003593、IPR004316、IPR005627、IPR006603、IPR007816、IPR017871、IPR020368、IPR020846、IPR023648、IPR027417、IPR036259和IPR036822。27.根据权利要求2或3中任一项所述的方法,其中所述磷酸转移体驱动的基团易位蛋白选自2019年7月4日发布的InterPro 75.0所定义的interpro列表IPR001127、IPR001996、IPR003352、IPR004716、IPR010974、IPR011055、IPR013013、IPR018113、IPR018454、IPR036665和IPR036878。28.根据权利要求2或3中任一项所述的方法,其中所述搬运体膜蛋白选自:具有SEQ ID NO 02的来自大肠杆菌(Escherichia coli)K12 MG1655的MdfA,具有SEQ ID NO 06的来自大肠杆菌K12 MG1655的IceT,具有SEQ ID NO 40的来自长双歧杆菌婴儿亚种(B.longum subsp.Infantis)(菌株ATCC 15697)的Blon_2331,具有SEQ ID NO 42的来自长双歧杆菌婴儿亚种(菌株ATCC 15697)的Blon_2332,具有SEQ ID NO 58的来自噬几丁质菌属物种
(Chitinophaga sp.)CF118、具有SEQ ID NO 66的来自栖瘤胃普雷沃氏菌(Prevotella ruminicola)(AR32)、具有SEQ ID NO 64的来自棉子糖乳球菌(Lactococcus raffinolactis)(ATCC 43920)或具有SEQ ID NO 62的来自土壤动杆菌(Dyadobacter soli)DSM 25329的wzx样蛋白,或者上述搬运体膜蛋白中任何一种的功能同源物或功能片段,或者与分别具有SEQ ID NO 02、06、40、42、58、66、64或62的所述MdfA、IceT、Blon_2331、Blon_2332膜蛋白或wzx样膜蛋白中的任何一种具有至少80%序列同一性的序列。29.根据权利要求2或3中任一项所述的方法,其中所述P
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P键水解驱动的转运蛋白选自:具有SEQ ID NO 28的来自乳酸乳球菌(Lactococcus lactis)菌株SRCM103457的lmrA,具有SEQ ID NO 70或74的来自球形鼠孢菌(Sporomusa sphaeroides)DSM 2875、具有SEQ ID NO 68或72的来自斯巴达黄杆菌(Flavobacterium spartansii)的LpsE膜蛋白,具有SEQ ID NO 76的来自Candidatus Planktophila sulfonica的TolC,具有SEQ ID NO 82的来自Pedobacter ginsengisoli或具有SEQ ID NO 84的来自疣微菌门细菌(Verrucomicrobia bacterium)CG1_02_43_26的MsbA,具有SEQ ID NO 206的来自大肠杆菌K
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12 MG1655的malE,具有SEQ ID NO 208的来自大肠杆菌K
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12 MG1655的malK,具有SEQ ID NO 214的来自大肠杆菌K
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12 MG1655的araF,具有SEQ ID NO 216的来自大肠杆菌K
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12 MG1655的xylF,或具有SEQ ID NO 218的来自大肠杆菌K
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12 MG1655的ytfQ,或者上述P
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P键水解驱动的转运蛋白膜蛋白中任何一种的功能同源物或功能片段,或者与分别具有SEQ ID NO 28、70、74、68、72、76、82、84、206、208、214、216或218的所述lmrA、LpsE、TolC、MsbA、malE、malK、araF、xylF或ytfQ膜蛋白中任何一种具有至少80%序列同一性的序列。30.根据权利要求2或3中任一项所述的方法,其中所述β
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桶孔蛋白选自:具有SEQ ID NO 34的来自大肠杆菌K12 MG1655的Wza,或具有SEQ ID NO 204的来自大肠杆菌K12 MG1655的lamB,或者其功能同源物或功能片段,或者与分别具有SEQ ID NO 34或204的所述Wza或lamB膜蛋白具有至少80%序列同一性的序列。31.根据权利要求2或3中任一项所述的方法,其中所述辅助转运蛋白选自:具有SEQ ID NO 88的来自海栖热袍菌(Thermotoga maritima)(菌株ATCC 43589/MSB8/DSM 3109/JCM 10099)的Wzc,或者其功能同源物或功能片段,或者与具有SEQ ID NO 88的所述Wzc膜蛋白具有至少80%序列同一性的序列。32.根据权利要求2或3中任一项所述的方法,其中所述推定的转运蛋白选自:具有SEQ ID NO 90的来自梭菌属物种(Clostridium sp.)CAG:1013的、具有SEQ ID NO 92的来自内脏臭气杆菌(Odoribacter splanchnicus)DSM 20712、具有SEQ ID NO 94的来自松江菌属物种(Mitsuaria sp.)PDC51或具有SEQ ID NO 96的来自中间普雷沃杆菌(Prevotella intermedia)ATCC 25611(DSM 20706)的CutC,或者所述CutC膜蛋白中任何一种的功能同源物或功能片段,或者与分别具有SEQ ID NO 90、92、94或96的所述CutC膜蛋白中任何一种具有至少80%序列同一性的序列。33.根据权利要求2或3中任一项所述的方法,其中所述磷酸转移体驱动的基团易位蛋白选自:具有SEQ ID NO 210的来自大肠杆菌K12 MG1655的nagE,具有SEQ ID NO 212的来自大肠杆菌K12 MG1655的srlB,或者所述nagE或srlB膜蛋白中任何一种的功能同源物或功能片段,或者与分别具有SEQ ID NO 210或212的所述nagE或srlB膜蛋白中任何一种具有至少80%序列同一性的序列。
34.根据权利要求2或3中任一项所述的方法,其中所述搬运体膜蛋白选自:具有SEQ ID NO 02的来自大肠杆菌K12 MG1655的MdfA,具有SEQ ID NO 06的来自大肠杆菌K12 MG1655的IceT,具有SEQ ID NO 04的来自大肠杆菌K12 MG1655的YnfM,具有SEQ ID NO 08的来自大肠杆菌K12 MG1655的Yhhs,具有SEQ ID NO 10的来自大肠杆菌K12 MG1655的EmrD,具有SEQ ID NO 12的来自大肠杆菌K12 MG1655的YdhC,具有SEQ ID NO 14的来自大肠杆菌K12 MG1655的YbdA,具有SEQ ID NO 16的来自大肠杆菌K12MG1655的YdeE,具有SEQ ID NO 18的来自大肠杆菌K12 MG1655的MhpT,具有SEQ ID NO 20的来自大肠杆菌K12 MG1655的YebQ,具有SEQ ID NO 22的来自大肠杆菌K12 MG1655的YjhB,具有SEQ ID NO 24的来自大肠杆菌K12 MG1655的Bcr,具有SEQ ID NO 26的来自大肠杆菌K12 MG1655的FucP,具有SEQ ID NO 32的来自大肠杆菌K12 MG1655的WzxE,具有SEQ ID NO 38的来自大肠杆菌K12 MG1655的EmrE,具有SEQ ID NO 40的来自长双歧杆菌婴儿亚种(菌株ATCC 15697)的Blon_2331,具有SEQ ID NO 42的来自长双歧杆菌婴儿亚种(菌株ATCC 15697)的Blon_2332,具有SEQ ID NO 46的来自长双歧杆菌婴儿亚种(菌株ATCC 15697)的Blon_0247,具有SEQ ID NO 48的来自长双歧杆菌婴儿亚种(菌株ATCC 15697)的Blon_0245,具有SEQ ID NO 50的来自长双歧杆菌婴儿亚种(菌株ATCC 15697)的Blon_0345,具有SEQ ID NO 52的来自粗糙脉孢菌(Neurospora crassa)OR74A的CDT2,具有SEQ ID NO 54的来自米曲霉(Aspergillus oryzae)RIB40的CDT2,具有SEQ ID NO 58的来自噬几丁质菌属物种CF118的Wzx,具有SEQ ID NO 60的来自真杆菌属物种(Eubacterium sp.)CAG:581的Wzx,具有SEQ ID NO 62的来自土壤动杆菌(DSM 25329)的Wzx,具有SEQ ID NO 64的来自棉子糖乳球菌(ATCC 43920)的Wzx,具有SEQ ID NO 66的来自栖瘤胃普雷沃氏菌(AR32)的Wzx,具有SEQ ID NO 86的来自汉普森短螺旋体(Brachyspira hampsonii)P280/1的NAPO,具有SEQ ID NO 98的来自猪放线杆菌(Actinobaculum suis)(DSM 20639)的NAm,具有SEQ ID NO 100的来自活泼瘤胃球菌(Ruminococcus gnavus)的NAm,具有SEQ ID NO 102的来自短小杆菌属物种(Curtobacterium sp.)314Chir4.1的NAm,具有SEQ ID NO 104的来自Niabella drilacis(DSM25811)的Nap,具有SEQ ID NO 106的来自Saccharicrinis fermentans(DSM 9555)的Nap,具有SEQ ID NO 108的来自弗氏柠檬酸杆菌(Citrobacter freundii)MGH152的mdtD,具有SEQ ID NO 110的来自魏氏柠檬酸杆菌(Citrobacter werkmanii)NBRC 105721的mdtD,具有SEQ ID NO 112的来自无丙二酸柠檬酸杆菌(Citrobacter amalonaticus)的mdtD,具有SEQ ID NO 114的来自产酸克雷伯氏菌(Klebsiella oxytoca)的mdtD,具有SEQ ID NO 116的来自阿尔伯蒂埃希氏菌(Escherichia albertii)B156的mdtD,具有SEQ ID NO 118的来自肠沙门氏菌萨拉姆亚种(Salmonella enterica subsp.Salamae)的yegB,具有SEQ ID NO 120的来自肺炎克雷伯菌(Klebsiella pneumoniae)30684/NJST258_2的mdtD,具有SEQ ID NO 122的来自肺炎克雷伯菌的Tcr_1_D38215,具有SEQ ID NO 124的来自粪假柠檬酸杆菌(Pseudocitrobacter faecalis)的mdtD,具有SEQ ID NO 126的来自雷金斯堡预研菌(Yokenella regensburgei)(ATCC43003)的Cmr,具有SEQ ID NO128的来自莫金斯克洛诺斯氏菌(Cronobacter muytjensii)的MdfA,具有SEQ ID NO 130的来自产酸克雷伯菌的MdfA,具有SEQ ID NO 132的来自克氏柠檬酸杆菌(Citrobacter koseri)的MFS,具有SEQ ID NO 134的来自旱獭埃希氏菌(Escherichia marmotae)的MdfA,具有SEQ ID NO 136的来自弗氏志贺氏菌(Shigella flexneri)的Cmr,具有SEQ ID NO 138的来自肠沙门氏菌萨拉
姆亚种的MdfA,具有SEQ ID NO 140的来自杨氏柠檬酸杆菌(Citrobacter youngae)(ATCC 29220)的Cmr,具有SEQ ID NO 142的来自弗氏柠檬酸杆菌的MdfA,具有SEQ ID NO 144的来自神户肠杆菌(Enterobacter kobei)的MdfA,具有SEQ ID NO 146的来自肠杆菌属物种(Enterobacter sp.)的MdfA,具有SEQ ID NO 148的来自Lelliottia物种WB101的MdfA,具有SEQ ID NO 150的来自路氏肠杆菌(Enterobacter ludwigii)EcWSU1的MdfA,具有SEQ ID NO 152的来自犹他游动放线菌(Actinoplanes utahensis)的类甜蛋白,具有SEQ ID NO 154的来自噬几丁质菌科细菌(Chitinophagaceae bacterium)PMG_246的类甜蛋白,具有SEQ ID NO 156的来自根瘤菌属物种(Rhizobium sp.)PDC82的类甜蛋白,具有SEQ ID NO 158的来自根际动球菌(Kineococcus rhizosphaerae)(DSM 19711)的类甜蛋白,具有SEQ ID NO 160的来自摩氏摩根氏菌(Morganella morganii)IS15的类甜蛋白,具有SEQ ID NO 162的来自昏暗地嗜皮菌(Geodermatophilus obscurus)(菌株ATCC 25078)的类甜蛋白,具有SEQ ID NO 164的来自慢生根瘤菌属物种(Bradyrhizobium sp.)BTAi1的类甜蛋白,具有SEQ ID NO 166的来自日本慢生根瘤菌(Bradyrhizobium japonicum)USDA 110的类甜蛋白,具有SEQ ID NO 168的来自野油菜黄单胞菌辣椒斑点病菌株(Xanthomonas campestris pv.vesicatoria str.)85
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10的类甜蛋白,具有SEQ ID NO 170的来自水草螺菌(Herbaspirillum aquaticum)的类甜蛋白,具有SEQ ID NO 172的来自黄杆菌属细菌(Flavobacteria bacterium)MS024
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2A的类甜蛋白,具有SEQ ID NO 182的来自草木樨中华根瘤菌(Sinorhizobium medicae)WSM419的rnd样蛋白,具有SEQ ID NO 184的来自巴西固氮螺菌(Azospirillum brasiliense)LMG 04375的阿拉伯糖外流蛋白,或者上述搬运体膜蛋白中任何一种的功能同源物或功能片段,或者具有与分别具有SEQ ID NO 02、06、04、08、10、12、14、16、18、20、22、24、26、32、38、40、42、46、48、50、52、54、58、60、62、64、66、86、98、100、102、104、106、108、110、112、114、116、118、120、122、124、126、128、130、132、134、136、138、140、142、144、146、148、150、152、154、156、158、160、162、164、166、168、170、172、182或184的所述MdfA、IceT、YnfM、Yhhs、EmrD、YdhC、YbdA、YdeE、MhpT、YebQ、YjhB、Bcr、FucP、WzxE、EmrE、Wzx、Blon_2331、Blon_2232、Blon_0247、Blon_0245、Blon_0345、NAPO、NAm、Nap、mdtD、YegB、Tcr_1_D38215、cmr、MFS、CDT2、rnd、类甜或阿拉伯糖外流膜蛋白中任何一种具有至少80%序列同一性的氨基酸序列的蛋白。35.根据权利要求2或3中任一项所述的方法,其中所述P
‑
P键水解驱动的转运蛋白选自:具有SEQ ID NO 28的来自乳酸乳球菌(Lactococcus lactis)菌株SRCM103457的LmrA,具有SEQ ID NO 30的来自大肠杆菌菌株K12 MG1655的OppF,具有SEQ ID NO 36的来自幽门螺杆菌(Helicobacter pylori)(菌株ATCC 700392/26695)的Wzk,具有SEQ ID NO 44的来自长双歧杆菌婴儿亚种(菌株ATCC 15697)的Blon_2475,具有SEQ ID NO 68或72的来自斯巴达黄杆菌的LpsE,具有SEQ ID NO 70或74的来自球形鼠孢菌DSM 2875的LpsE,具有SEQ ID NO 76的来自Candidatus Planktophila sulfonica的TolC,具有SEQ ID NO 78的来自亨盖特丁酸弧菌(Butyrivibrio hungatei)XBD2006的TolC,具有SEQ ID NO 80的来自肠道罗斯拜瑞氏菌(Roseburia intestinalis)CAG:13的MsbA,具有SEQ ID NO 82的来自Pedobacter ginsengisoli的MsbA,具有SEQ ID NO 84的来自疣微菌门细菌CG1_02_43_26的MsbA,具有SEQ ID NO 174的来自根瘤菌属物种Root149的Wzm,具有SEQ ID NO 176的来自巴西固氮螺菌LMG 04375的Wzm,具有SEQ ID NO 196的来自大肠杆菌113303的Wzm,具有
SEQ ID NO 178的来自根瘤菌属物种Root149的Wzt,具有SEQ ID NO 180的来自巴西固氮螺菌LMG 04375的Wzt,具有SEQ ID NO 194的来自大肠杆菌113303的Wzt,具有SEQ ID NO 188或190的来自日本慢生根瘤菌USDA 110的Nodj,具有SEQ ID NO 206的来自大肠杆菌K
‑
12 MG1655的malE,具有SEQ ID NO 208的来自大肠杆菌K
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12 MG1655的malK,具有SEQ ID NO 214的来自大肠杆菌K
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12 MG1655的araF,具有SEQ ID NO 216的来自大肠杆菌K
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12 MG1655的xylF或具有SEQ ID NO 218的来自大肠杆菌K
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12 MG1655的ytfQ,或者上述P
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P键水解驱动的转运蛋白膜蛋白中任何一种的功能同源物或功能片段,或者具有与分别具有SEQ ID NO 28、30、36、44、68、72、70、74、76、78、80、82、84、174、176、196、178、180、194、188、190、206、208、214、216或218的所述LmrA、OppF、Wzk、Blon_2475、LpsE、TolC、MsbA、Wzm、Wzt、No...
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