本发明专利技术公开了恶性间皮瘤的血浆蛋白生物标志物及其应用。本发明专利技术的恶性间皮瘤的血浆蛋白生物标志物选自以下蛋白中的一个：ORM2、ORM1、LRG1、C9、SAA1、ITIH3，在鉴别恶性间皮瘤血液样本中均表现出出色的灵敏度和特异性，作为血浆标志物能够实现对恶性间皮瘤进行高灵敏度和特异性检测，可应用在制备用于鉴别恶性间皮瘤的诊断试剂和治疗恶性间皮瘤的治疗试剂中，有助于恶性间皮瘤的诊断，提高筛查效率，降低筛查成本，为个体化治疗提供方向，改善病人的存活率和生存质量。人的存活率和生存质量。
【技术实现步骤摘要】
恶性间皮瘤的血浆蛋白生物标志物及其应用
[0001]本专利技术属于生物医学分析领域，具体涉及恶性间皮瘤的血浆蛋白生物标志物及其应用。
技术介绍
[0002]恶性间皮瘤(malignant mesothelioma，MM)，是一种罕见的侵袭性恶性肿瘤，发生于胸膜或腹膜。间皮瘤的主要原因是接触石棉，这是许多国家禁止的矿物纤维。不幸的是，在未来几十年内，受影响的人口几乎不会减少，因为许多国家仍然允许使用石棉。此外，由于恶性间皮瘤潜伏期长，通常持续20～40年才会出现症状，因此其致癌作用会逐渐在先前暴露的个体中显现出来。由于其罕见且临床症状往往不明确，患者偶尔会在恶性肿瘤晚期被误诊或诊断。而且，恶性间皮瘤的预后仍然很差，中位生存时间少于2年。因此，更准确的诊断和更有效的治疗目标有机会为临床医生定制个性化治疗赢得时间，从而提高患者的生存机会。
[0003]已经有新兴研究使用蛋白质组学技术结合液体活检来检测与恶性间皮瘤检测和预后相关的生物标志物。目前，得到广泛认可的恶性间皮瘤患者和健康个体之间的差异标记包括高迁移率组框1(HMGB1)、fibulin
‑
3、透明质酸(HA)和可溶性间皮素相关蛋白(SMRP)等。然而，由于敏感性和特异性较差，仍然迫切需要发现新的生物标志物以改善恶性间皮瘤患者的诊断和预后。
技术实现思路
[0004]有鉴于此，本专利技术的目的在于提供恶性间皮瘤的血浆蛋白生物标志物及其应用，所述血浆蛋白生物标志物对于恶性间皮瘤患者和健康人群的区分具有高灵敏度和强特异性，可用于制备恶性间皮瘤的诊断和治疗产品。
[0005]恶性间皮瘤的血浆蛋白生物标志物，选自以下蛋白中的一个：ORM2、ORM1、LRG1、C9、SAA1、ITIH3。
[0006]所述恶性间皮瘤的血浆蛋白生物标志物的筛选方法，包括以下步骤：
[0007](1)向恶性间皮瘤患者和健康受试者采集血液样品，经过抗凝处理后，得到恶性间皮瘤患者血浆样品和健康对照血浆样品；对所述恶性间皮瘤患者血浆样品和健康对照血浆样品逐个进行前处理，分别得到恶性间皮瘤患者质谱分析样本和健康对照质谱分析样本；
[0008](2)从每个质谱分析样本中取出相同体积的溶液，混合在一起，形成混合样本；运用DDA方法扫描混合样本，得到MS谱图；从每一帧扫描得到的MS谱图中选取丰度top20的肽段离子获取MS2谱图；对所述MS2谱图进行分析和鉴定，利用鉴定得到的蛋白肽段构建DIA库；所述质谱分析样本包括所述恶性间皮瘤患者质谱分析样本和健康对照质谱分析样本；
[0009](3)逐一对每个质谱分析样本进行DIA质谱检测分析，得到所有质谱分析样本的DIA原始文件；使用DIA
‑
NN软件以默认参数分析上述所有质谱分析样本的DIA原始文件，并基于步骤(2)构建的所述DIA库匹配所述DIA原始文件，同时结合现有数据库以鉴定和注释
每个质谱分析样本中的蛋白；所述质谱分析样本包括所述恶性间皮瘤患者质谱分析样本和健康对照质谱分析样本；
[0010](4)对于上述注释的蛋白进行预处理：排除在全部质谱分析样本中缺失值超过70％的蛋白，并通过NAguideR使用k
‑
最近邻方法进行插补，得到预处理后的数据集；
[0011](5)对预处理后的数据集进行t检验，计算每个蛋白的表达水平的P值；计算每个蛋白的Log2(FC)值，依据P值＜0.05和|log2(FC)|>0.585的标准，筛选出所有差异蛋白；
[0012](6)对上述差异蛋白进行受试者工作特征分析，并计算曲线下面积AUC
ROC
值，采用AUC
ROC
大于0.9和Log2(FC)大于1的标准，筛选得到6种蛋白：ORM2、ORM1、LRG1、C9、SAA1、ITIH3，作为MM检测的生物标志物。
[0013]在本专利技术的一些具体实例中，步骤(1)中，所述抗凝处理，包括以下步骤：向采集的血液样品中加入乙二胺四乙酸的二钾盐作抗凝剂，在4℃离心，收集上清液得到血浆样品。
[0014]在本专利技术的一些具体实例中，步骤(2)中，对所述MS2谱图进行分析和鉴定包括：用uniprotkb数据库对所述MS2谱图进行分析鉴定，通过Proteome Discoverer、Sequest HT搜索引擎匹配肽段，并使用forward decoy方法去除假阳性肽段，鉴定得到蛋白肽段。
[0015]在本专利技术的一些具体实例中，步骤(3)中，所述DIA质谱检测的过程如下：首先，以35,000的分辨率获得了350
‑
1250m/z的全MS扫描，AGC目标值为3e6，最大进样时间为20ms；接着，收集了33次MS/MS扫描，分辨率为17,500，AGC目标值为1e6，归一化碰撞能量为27％，默认电荷状态设置为2，最大进样时间设置为自动，其中，具有宽隔离窗口的33次MS/MS扫描的循环如下(m/z)：410m/z、430m/z、450m/z、470m/z、490m/z、510m/z、530m/z、550m/z、570m/z、590m/z、610m/z、630m/z,650m/z,670m/z,690m/z,710m/z,730m/z,750m/z,770m/z,790m/z,810m/z,830m/z,850m/z,870m/z,890m/z,910m/z,930m/z,950m/z,970m/z,990m/z,1025m/z,1075m/z,1125m/z。
[0016]本专利技术还提供了所述恶性间皮瘤的血浆蛋白生物标志物的应用。
[0017]在本专利技术的一些具体实例中，所述恶性间皮瘤的血浆蛋白生物标志物用于制备恶性间皮瘤的诊断试剂。
[0018]在本专利技术的一些具体实例中，所述恶性间皮瘤的血浆蛋白生物标志物用于制备恶性间皮瘤的治疗试剂。
[0019]相对于现有技术，本专利技术具有以下有益的技术效果：
[0020](1)本专利技术首次提出恶性间皮瘤的血浆蛋白生物标志物，具有容易检测、非侵入型检测的优势。
[0021](2)本专利技术中作为恶性间皮瘤的血浆蛋白生物标志物的六种蛋白，每种蛋白对恶性间皮瘤样本的鉴别均具有良好的敏感性和特异性，具有良好的诊断能力，对于恶性间皮瘤的诊断与治疗具有十分重要的意义。
[0022](3)本专利技术的血浆蛋白生物标志物，可应用在制备用于鉴别恶性间皮瘤的诊断试剂中，有助于恶性间皮瘤的诊断，提高筛查效率，降低筛查成本，为个体化治疗提供方向，改善病人的存活率和生存质量。
附图说明
[0023]图1是本专利技术恶性间皮瘤的血浆蛋白生物标志物的筛选方法的流程示意图。
[0024]图2为能够展示处理后的数据集的蛋白在MM组和HC组的变化的火山图。
[0025]其中，横坐标Log2(Fold Change)表示蛋白的变化方向(up或dwon)及差异倍数，纵坐标
‑
log10(P
‑
value)表本文档来自技高网...
【技术保护点】
【技术特征摘要】
1.恶性间皮瘤的血浆蛋白生物标志物，其特征在于，选自以下蛋白中的一个：ORM2、ORM1、LRG1、C9、SAA1、ITIH3。2.如权利要求1所述的恶性间皮瘤的血浆蛋白生物标志物的筛选方法，包括以下步骤：(1)向恶性间皮瘤患者和健康受试者采集血液样品，经过抗凝处理后，得到恶性间皮瘤患者血浆样品和健康对照血浆样品；对所述恶性间皮瘤患者血浆样品和健康对照血浆样品逐个进行前处理，分别得到恶性间皮瘤患者质谱分析样本和健康对照质谱分析样本；(2)从每个质谱分析样本中取出相同体积的溶液，混合在一起，形成混合样本；运用DDA方法扫描混合样本，得到MS谱图；从每一帧扫描得到的MS谱图中选取丰度top20的肽段离子获取MS2谱图；对所述MS2谱图进行分析和鉴定，利用鉴定得到的蛋白肽段构建DIA库；所述质谱分析样本包括所述恶性间皮瘤患者质谱分析样本和健康对照质谱分析样本；(3)逐一对每个质谱分析样本进行DIA质谱检测分析，得到所有质谱分析样本的DIA原始文件；使用DIA
‑
NN软件以默认参数分析上述所有质谱分析样本的DIA原始文件，并基于步骤(2)构建的所述DIA库匹配所述DIA原始文件，同时结合现有数据库以鉴定和注释每个质谱分析样本中的蛋白；所述质谱分析样本包括所述恶性间皮瘤患者质谱分析样本和健康对照质谱分析样本；(4)对于上述注释的蛋白进行预处理：排除在全部质谱分析样本中缺失值超过70％的蛋白，并通过NAguideR使用k
‑
最近邻方法进行插补，得到预处理后的数据集；(5)对预处理后的数据集进行t检验，计算每个蛋白的表达水平的P值；计算每个蛋白的Log2(FC)值，依据P值＜0.05和|log2(FC)|>0.585的标准，筛选出所有差异蛋白；(6)对上述差异蛋白进行受试者工作特征分析，并计算曲线下面积AUC
ROC
值，采用AUC
ROC
大于0.9和Log2(FC)大于1的标准，筛选得到6种蛋白：ORM2、ORM1、LRG1、C9、SAA1、ITIH3，作为恶性间皮瘤检测的生物标志物。3.如权利要求2所述的恶...
【专利技术属性】
技术研发人员：陈忠坚，毛伟敏，高赟，
申请(专利权)人：浙江省肿瘤医院，
类型：发明
国别省市：
还没有人留言评论。发表了对其他浏览者有用的留言会获得科技券。