【技术实现步骤摘要】
一种单细胞水平检测HIV整合位点及对应HIV
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宿主基因组相互作用的方法
[0001]本专利技术涉及生物
，尤其是涉及一种单细胞水平检测HIV整合位点及对应HIV
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宿主基因组相互作用的方法。
技术介绍
[0002]LM
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PCR的技术方案是：提取整合有HIV的细胞基因组DNA，使用限制性内切酶混合酶对DNA进行随机酶切片段化；修复DNA末端并在片段3
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末端补加dA，与人为设计的T
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linker发生连接；利用磁珠纯化DNA连接产物，通过HIV LTR特异性引物与T
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linker引物扩增出病毒
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宿主嵌合片段；经高通量测序并分析数据，检测出细胞群体中HIV病毒的整合位点信息。
[0003]4C的技术方案是：细胞中的DNA
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蛋白质复合体经甲醛交联处理后，使用可在目标DNA片段(观测位点)附近进行酶切的限制性内切酶将染色质DNA切断；通过DNA连接酶的作用使得空间上相...
【技术保护点】
【技术特征摘要】
1.一种单细胞水平检测HIV整合位点及对应HIV
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宿主基因组相互作用的方法，其特征在于，包括以下步骤：1)透化整合有HIV的宿主细胞的细胞膜和细胞核膜，利用限制性内切酶将细胞内DNA进行片段化；2)通过Klenow大片段修复DNA片段化酶切后产生的黏性末端，并在片段化后的DNA的3
’
末端加A碱基，加入带有生物素标记的T
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linker、T4 DNA连接酶，使空间上邻近的DNA片段末端和T
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linker发生邻近连接；3)打断、提纯DNA，构建DNA文库，使用针对HIV LTR的特异性引物REV_LTR1、REV_LTR2进行巢式PCR，获得巢式PCR产物，富集LTR相关的互作信息、整合位点信息；4)通过带有N5序列的N5_REV_LTR2引物和N7短引物对巢式PCR产物进行扩增建库，测序并分析数据，解析细胞中整合位点信息，对应整合位点上HIV LTR与宿主基因组间发生的染色质相互作用信息。2.如权利要求1所述的方法，其特征在于，所述特异性引物REV_LTR1、REV_LTR2的序列分别如SEQ ID NO.1和SEQ ID NO.2所示。3.如权利要求1所述的方法，其特征在于，特异性引物REV_LTR2位于距离5
’
LTR前130bp范围内、或者距离3
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