破坏生物膜的抗体组合物制造技术

本文提供了用于在体外和体内破坏生物膜的方法和组合物。本文还公开了包含特定重链(HC)免疫球蛋白可变域序列和/或特定轻链(LC)免疫球蛋白可变域序列的抗体。免疫球蛋白可变域序列的抗体。免疫球蛋白可变域序列的抗体。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】破坏生物膜的抗体组合物
[0001]相关申请的交叉引用
[0002]本申请根据35U.S.C.
§
119(e)要求2020年6月1日提交的美国临时申请63/033,109号以及2019年7月8日提交的美国临时申请62/871,457的利益，通过引用将每个申请的内容以其整体形式合并至本文。
[0003]政府资助声明
[0004]本专利技术是在国家健康研究院(NIH)的国家失聪与其它沟通障碍研究所(NIDCD)的政府资助(资助号R01 DC011818)下作出的。政府在本专利技术中享有特定权利。
[0005]公开领域
[0006]本公开总体涉及减轻和/或根除细菌生物膜的方法和组合物。
[0007]背景
[0008]DNABII蛋白家族天然存在于细菌细胞外部并促进生物膜形成。至少一种DNABII家族的蛋白存在于所有已知真细菌中。虽然这些蛋白质引起强烈的天然和获得性免疫响应，但宿主对象无法由于感染而天然地产生对抗家族成员的免疫保护性抗体。细菌生物膜相关的主要问题是宿主免疫系统和/或抗生素和其他抗微生物剂不能够接近被保护在生物膜内的细菌。
[0009]生物膜也存在于工业装备中。例如，生物膜牵涉到各种石油工艺问题，从油田采油到气站储存罐。在该领域，硫酸盐还原生物膜细菌产生硫化氢(酸性油)。在工艺管道中，生物膜活动逐渐形成污泥(slime)，阻塞过滤器和孔口。生物膜及生物膜生物还导致管道和石油工艺设备的侵蚀。这些问题可表现在石油或天然气生产设施各处，以至于在终产物储存罐的表面上都已发现污泥和侵蚀性生物膜生物。
[0010]生物膜也牵涉于各种水处理，包括家庭的和工业的。它们可生长于工艺设备表面，妨碍这些设备的性能，例如使传热退化或堵塞过滤器和膜。生长在冷却塔填料上的生物膜可增添足够的重量导致填料坍塌。生物膜甚至导致高度专用不锈钢的腐蚀。水处理中的生物膜可降低终产物的价值，例如纸张工艺中的生物膜污染或硅芯片上的即使单个细胞的附着。饮用水分配系统中生长的生物膜可包藏潜在的致病生物体、侵蚀性生物体或细菌，降低水的感官质量。在家庭中，生物膜可见于任何支持微生物生长的表面之中或之上，例如在下水道中，在准备食物用器皿表面上，在坐便器中，以及在游泳池和浴池中。
[0011]因此，有必要破坏生物膜的保护性屏障以处理或杀灭相关的细菌感染并将它们从各种表面和水系统中清除。
[0012]概述
[0013]在细菌细胞中，DNABII蛋白是一种DNA结合蛋白，其在结合后必要性地弯曲DNA底物。类似地，一种示例性底物是已经处于弯曲构象的DNA，因为此时不需要弯曲所需的能量。
[0014]DNABII家族是被称为类核相关蛋白(nucleoid associated proteins,NAP)的蛋白质类别的成员，它们是细菌蛋白质，部分地塑造细胞内细菌类核(Browning et al.(2010)Curr.Opin.Microbiol.13:773
‑
780)。此外，该家族无处不在，几乎由所有真细菌表达。迄今为止，所有已被表征的家族成员都以亚基的同二聚体或异二聚体发挥作用。该家族
分为两种类型，HU(组蛋白样蛋白)和IHF(整合宿主因子)，其中B.cenocepacia能够表达这两种类型(菌株J2315基因：BCAL3530,hupA；BCAL1585,hupB；BCAL1487,ihfA以及BCAL2949,ihfb)，而许多其他细菌也表达HU和IHF。这些家族成员之间的主要区别在于HU以独立于序列的方式结合DNA，而IHF结合跨属保守的共有序列(WATCAANNNNTTR，其中W是A或T，R是嘌呤，SEQ ID NO：28)(Swinger et al.(2004)Curr.Opin.Struct.Biol.14:28
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35)。所有DNABII蛋白都与DNA结合并使其显著弯曲，例如，大肠杆菌IHF可以将DNA弯曲成几乎是U形回转(Rice et al.(1996)Cell 87:1295
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1306)。此外，所有家族成员都偏向于预先弯曲或卷曲的DNA结构，例如Holliday连接体，它是一种十字形结构，是DNA重组的中心。事实上，DNABII蛋白作为辅助因子发挥作用，促进所有细胞内DNA功能，包括基因表达、重组、修复和复制(Swinger et al.(2004)Curr.Opin.Struct.Biol.14:28
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35)。
[0015]DNABII蛋白家族位于在生物膜状态的细菌细胞的外部。申请人已表明，这些蛋白质实际上结合至在关键分支连接点(branched junction)处的细胞外DNA。
[0016]因此，本文提供一种抗体或其抗原结合片段，其包括重链(HC)免疫球蛋白可变区序列和/或轻链(LC)免疫球蛋白可变区序列，或实质上由其组成，或由其组成，所述HC免疫球蛋白可变区包含SEQ ID NO:13的氨基酸(aa)25至aa 144的序列或其等同体，或实质上由其组成，或由其组成，所述LC免疫球蛋白可变区包含SEQ ID NO:14的aa 21至aa 132的序列或其等同体，或实质上由其组成，或由其组成。本文进一步提供一种抗体或其抗原结合片段，其包括重链(HC)免疫球蛋白可变区序列和/或轻链(LC)免疫球蛋白可变区序列，或实质上由其组成，或由其组成，所述HC免疫球蛋白可变区包含选自SEQ ID NO:13、24或26的aa 25至aa 144的序列或其每个的等同体，或实质上由其组成，或由其组成，所述LC免疫球蛋白可变区包含选自SEQ ID NO:14或25的aa 21至aa 132、SEQ ID NO:27的aa 21至aa 126的序列或其每个的等同体，或实质上由其组成，或由其组成。在某些实施方式中，所述抗体或其片段结合DNABII肽(例如DNABII肽的头部区域(tip region)，包括但不限于：IHF或HU的头部区域、IHFA或IHFB的头部区域和/或头部嵌合肽IhfA5
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；和/或DNABII肽的尾部区域(tail region)，包括但不限于IHF或HU的尾部区域、IHFA或IHFB的尾部区域和/或尾部嵌合肽IhfA3
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)。在一个实施方式中，所述抗体或其片段结合至头部嵌合肽IhfA5
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或尾部嵌合肽IhfA3
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。
[0017]本文还提供一种抗体或其抗原结合片段，其包括重链(HC)免疫球蛋白可变区序列和/或轻链(LC)免疫球蛋白可变区序列，或实质上由其组成，或由其组成，所述HC免疫球蛋白可变区包含选自SEQ ID NO:13或24的aa 25至aa 144的序列或其每个的等同体，或实质上由其组成，或由其组成，所述LC免疫球蛋白可变区包含选自SEQ ID N本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】1.一种抗体或其片段，包含：(i)重链(HC)免疫球蛋白可变结构域序列，其包含SEQ ID NO: 13的氨基酸(aa) 25至aa 144的序列或其等同体；和(ii)轻链(LC)免疫球蛋白可变结构域序列，其包含SEQ ID NO: 14的aa 21至aa 132的序列或其等同体。2.根据权利要求1所述的抗体或其片段，其中所述抗体包含：(i)重链(HC)免疫球蛋白可变结构域序列，其包含SEQ ID NO: 24的aa 25至aa 144的序列或其等同体；和(ii)轻链(LC)免疫球蛋白可变结构域序列，其包含SEQ ID NO: 25的aa 21至aa 132的序列或其等同体。3.根据权利要求1所述的抗体或其片段，其中所述抗体包含：(i)重链(HC)免疫球蛋白可变结构域序列，其包含SEQ ID NO: 26的aa 25至aa 144的序列或其等同体；和(ii)轻链(LC)免疫球蛋白可变结构域序列，其包含SEQ ID NO: 27的aa 21至aa 126的序列或其等同体。4.根据权利要求1或2所述的抗体或其片段，其中所述重链(HC)免疫球蛋白可变结构域序列包含SEQ ID NO: 1的aa 25至aa 144的氨基酸序列或其等同体，并且其中所述轻链(LC)免疫球蛋白可变结构域序列包含SEQ ID NO: 7
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9的aa 21至aa 132的氨基酸序列或其等同体。5.根据权利要求1、2或4所述的抗体或其片段，其中所述重链(HC)免疫球蛋白可变结构域序列包含SEQ ID NO: 1的aa 25至aa 144的氨基酸序列或其等同体，并且其中所述轻链(LC)免疫球蛋白可变结构域序列包含SEQ ID NO: 7的aa 21至aa 132的氨基酸序列或其等同体。6.根据权利要求1、2或4所述的抗体或其片段，其中所述重链(HC)免疫球蛋白可变结构域序列包含SEQ ID NO: 1的aa 25至aa 144的氨基酸序列或其等同体，并且其中所述轻链(LC)免疫球蛋白可变结构域序列包含SEQ ID NO: 8的aa 21至aa 132的氨基酸序列或其等同体。7.根据权利要求1、2或4所述的抗体或其片段，其中所述重链(HC)免疫球蛋白可变结构域序列包含SEQ ID NO: 1的aa 25至aa 144的氨基酸序列或其等同体，并且其中所述轻链(LC)免疫球蛋白可变结构域序列包含SEQ ID NO: 9的aa 21至aa 132的氨基酸序列或其等同体。8.根据权利要求1或2所述的抗体或其片段，其中所述重链(HC)免疫球蛋白可变结构域序列包含SEQ ID NO: 2的aa 25至aa 144的氨基酸序列或其等同体，并且其中所述轻链(LC)免疫球蛋白可变结构域序列包含SEQ ID NO: 7的aa 21至aa 132的氨基酸序列或其等同体。9.根据权利要求1或2所述的抗体或其片段，其中所述重链(HC)免疫球蛋白可变结构域序列包含SEQ ID NO: 2的aa 25至aa 144的氨基酸序列或其等同体，并且其中所述轻链(LC)免疫球蛋白可变结构域序列包含SEQ ID NO: 8的aa 21至aa 132的氨基酸序列或其等同体。
10.根据权利要求1或2所述的抗体或其片段，其中所述重链(HC)免疫球蛋白可变结构域序列包含SEQ ID NO: 2的aa 25至aa 144的氨基酸序列或其等同体，并且其中所述轻链(LC)免疫球蛋白可变结构域序列包含SEQ ID NO: 9的aa 21至aa 132的氨基酸序列或其等同体。11.根据权利要求1或2所述的抗体或其片段，其中所述重链(HC)免疫球蛋白可变结构域序列包含SEQ ID NO: 3的aa 25至aa 144的氨基酸序列或其等同体，并且其中所述轻链(LC)免疫球蛋白可变结构域序列包含SEQ ID NO: 7的aa 21至aa 132的氨基酸序列或其等同体。12.根据权利要求1或2所述的抗体或其片段，其中所述重链(HC)免疫球蛋白可变结构域序列包含SEQ ID NO: 3的aa 25至aa 144的氨基酸序列或其等同体，并且其中所述轻链(LC)免疫球蛋白可变结构域序列包含SEQ ID NO: 8的aa 21至aa 132的氨基酸序列或其等同体。13.根据权利要求1或2所述的抗体或其片段，其中所述重链(HC)免疫球蛋白可变结构域序列包含SEQ ID NO: 3的aa 25至aa 144的氨基酸序列或其等同体，并且其中所述轻链(LC)免疫球蛋白可变结构域序列包含SEQ ID NO: 9的aa 21至aa 132的氨基酸序列或其等同体。14.根据权利要求1、2和4
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13中任一项所述的抗体或其片段，其中所述抗体包含：(i)CDR 1
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3，其序列选自SEQ ID NO: 1
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6或其每一个的等同体；和(ii)CDR 1
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3，其序列选自SEQ ID NO: 7
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12或其每一个的等同体。15.一种抗体或其片段，包含：(i)重链互补决定区1(CDRH1)，其包含序列GFTFRTY(SEQ ID NO: 1或2或3或24的aa 50至aa 56)；(ii)重链互补决定区2(CDRH2)，其包含序列GSDRRH(SEQ ID NO: 1或2或3或24的aa 76至aa 81)；(iii)重链互补决定区3(CDRH3)，其包含序列VGPYDGYYGEFDY(SEQ ID NO: 1或2或3或24的aa 121至aa 133)；(iv)轻链互补决定区1(CDRL1)，其包含序列QSLLDSDGKTF(SEQ ID NO: 7或8或9或25的aa 47至aa 57)；(v)轻链互补决定区2(CDRL2)，其包含序列LVS(SEQ ID NO: 7或8或9或25的aa 75至aa 77)；和(vi)轻链互补决定区3(CDRL3)，其包含序列WQGTHFP(SEQ ID NO: 7或8或9或25的aa 114至aa 120)。16.根据权利要求15所述的抗体或其片段，其中CDRL3包含序列WQGTHFPYT(SEQ ID NO: 7或8或9或25的aa 114至aa 122)。17.根据权利要求15或16所述的抗体或其片段，其中所述抗体包含：(i)重链互补决定区1(CDRH1)，其包含序列GFTFRTYA(SEQ ID NO: 1或2或3或24的aa 50至aa 57)；(ii)重链互补决定区2(CDRH2)，其包含序列IGSDRRHT(SEQ ID NO: 1或2或3或24的aa 75至aa 82)；
(iii)重链互补决定区3(CDRH3)，其包含序列VGPYDGYYGEFDY(SEQ ID NO: 1或2或3或24的aa 121至aa 133)；(iv)轻链互补决定区1(CDRL1)，其包含序列QSLLDSDGKTF(SEQ ID NO: 7或8或9或25的aa 47至aa 57)；(v)轻链互补决定区2(CDRL2)，其包含序列LVS(SEQ ID NO: 7或8或9或25的aa 75至aa 77)；和(vi)轻链互补决定区3(CDRL3)，其包含序列WQGTHFPYT(SEQ ID NO: 7或8或9或25的aa 114至aa 122)。18.根据权利要求15、16和17中任一项所述的抗体或其片段，其中所述...

【专利技术属性】
技术研发人员：史蒂文，
申请(专利权)人：国家儿童医院研究所，
类型：发明
国别省市：