基于高通量测序寄生虱线粒体基因组组装的方法和应用技术

本发明专利技术为基于高通量测序寄生虱线粒体基因组组装的方法和应用，属于生物信息学技术领域，使用两对引物对寄生虱的全基因组DNA进行扩增和测序，得cox1和rrnS基因部分保守序列；再对全基因组DNA测定浓度后构建成对末端基因组DNA文库，高通量测序，处理后产生了2GB数据；根据cox1和rrnS基因部分保守序列对2GB数据进行重新组装重叠群，直至重叠群的两端重叠后进行多重序列比对，鉴定出保守的非编码区序列并将其作为比对Illumina序列数据集的参考，直至寄生虱线粒体组被全部组装。本方案操作简便，成本低速度快，准确性高，组装后的线粒体基因组通过BLAST进行校准，长片段PCR法进行验证，解决了寄生虱线粒体基因组的组装与注释的难题。题。

【技术实现步骤摘要】
基于高通量测序寄生虱线粒体基因组组装的方法和应用


[0001]本专利技术属于生物信息学
，具体涉及基于高通量测序寄生虱线粒体基因组组装方法和应用。

技术介绍

[0002]传统线粒体基因组测序技术主要是基于PCR扩增产物的Sanger测序方法，针对已知线粒体基因的突变位点设计引物，进行PCR扩增直接测序。其中通过长PCR产物结合引物步移法(primer walking)是目前小规模线粒体基因组测序的常用方法。
[0003]线粒体对于大多数真核细胞和生物的生存至关重要。由于这一重要功能，线粒体基因组在深度进化范围内具有非常稳定的结构。因此，线粒体基因组已成为使用频率最高的分子标记之一，被广泛应用于进化、系统发育、种群遗传结构、生物地理学及物种分类鉴定等领域的研究。虱目的线粒体基因组存在高度的重排和裂化，使虱子的线粒体组学研究提高了难度。不利于虱子分子系统学，种群遗传学的研究。
[0004]寄生虱线粒体基因组裂化是指，线粒体基因组由一个完整的大环裂化为若干个小环。我们在以前的研究中观察到，每个mt微小染色体都有一个不同的编码区，本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.基于高通量测序寄生虱线粒体基因组组装的方法，其特征在于，所述方法包括以下步骤：(1)提取寄生虱的全基因组DNA；(2)以步骤(1)中全基因组DNA为模板，使用cox1基因的通用引物对cox1基因PCR进行扩增和测序，使用rrnS基因的通用引物对rrnS基因进行PCR扩增和测序，得cox1和rrnS基因部分保守序列；(3)对步骤(1)的全基因组DNA样本构建成对末端基因组DNA文库，高通量测序得原始读数后，将原始读数进行删除适配器读取、冗余读取和富含
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的读取来过滤原始读数，得处理后的数据序列；(4)导入步骤(2)中得到的cox1和rrnS基因部分保守序列，对步骤(3)中的处理后数据序列重新组装重叠群，直至重叠群的两端重叠，得两个扩增出来的序列；(5)将步骤(4)中两个扩增出来的序列，进行多重序列对比，鉴定出保守的非编码区序列，并将其作为比对步骤(3)的数据序列的参考，进行运算组装，得到所述寄生虱线粒体基因组。2.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，在步骤(2)中cox1基因的通用引物包括第一条引物为mtd6和第二条引物为mtd11，mtd6的DNA序列...

【专利技术属性】
技术研发人员：刘国华，聂瑜，符意甜，张瑜，邓园萍，
申请(专利权)人：湖南农业大学，
类型：发明
国别省市：