与疆南绒山羊羊绒纤维直径及其变异系数相关的分子标记及特异性引物对和应用制造技术

本发明专利技术涉及动物分子标记技术领域，是一种与疆南绒山羊羊绒纤维直径及其变异系数相关的分子标记及特异性引物对和应用，该与疆南绒山羊羊绒纤维直径及纤维直径变异系数相关的分子标记位于疆南绒山羊1号染色体的KRTAP27

【技术实现步骤摘要】
与疆南绒山羊羊绒纤维直径及其变异系数相关的分子标记及特异性引物对和应用


[0001]本专利技术涉及动物分子标记
，是一种与疆南绒山羊羊绒纤维直径及其变异系数性状相关的分子标记及其特异性引物对，所述变异系数是指纤维直径变异系数，所述特异性引物对在制备体外检测与疆南绒山羊羊绒纤维直径及纤维直径变异系数性状相关的分子标记的试剂或试剂盒的应用，以及所述分子标记在疆南绒山羊羊绒纤维直径及纤维直径变异系数性状选择中的应用。

技术介绍

[0002]随着人民生活水平日益提高，越来越多的人不仅注重服饰的款式与舒适感，更注重其生态与保健性。集华丽、高贵、轻薄、柔软、舒适与保健为一体的羊绒制品无疑会受到更多人的青睐。
[0003]2020年，疆南绒山羊是经历40年的培育而形成的绒山羊新品种，拥有生产性能高、耐粗饲等优良特性。疆南绒山羊生态坏境恶劣，核心育种基地(新疆阿克苏综合试验站)位于东经79
°
47
′
，北纬41
°
23
′
，海拔2000米的干旱荒漠、半荒漠草场上。年均气温6.5℃，降雨量200毫米。90％的草场为荒漠草场，植被覆盖率约10％至30％。
[0004]但近几年随着羊肉价格的冲击和基层育种工作的懈怠，疆南绒山羊存在原有细绒资源流失的现象，严重影响了羊绒品质，影响绒销售价格。而这些绒山羊养殖是当地牧民主要的经济来源。山羊绒的价格受到绒色泽和细度的影响，在同色系的羊绒中，纤维直径越细价格越高。年龄、性别和饲养管理均能影响绒山羊绒纤维直径。但除了这些因素外，遗传才是左右羊绒细度的根本原因。种业是现代羊产业发展的基石，遗传改良是提高羊产业竞争力的关键。绒山羊新品种的育成和推广应用成为这些人民群众立足当地资源脱贫致富的重要途径。选育适应新疆等极端地方气候的超细型绒山羊是当地迫切急需的任务。因此寻求一种有效、便捷，并且能够在短时间内加速绒山羊育种进程的育种手段便显得尤为重要。
[0005]经典的育种方法主要是通过杂交，但该方法遗传进展较慢、育种周期较长。随着分子生物学理论和技术的快速发展，分子遗传学和基因工程方法与传统的标记辅助选择方法相结合，为育种问题提供了更好的解决方案。寻找羊绒性状相关的遗传标记是我们最先关注的方向。
[0006]目前针对纤维直径性状，在中国主要的绒山羊品种，如辽宁绒山羊、内蒙古绒山羊和西藏绒山羊都进行了转录组学的研究。基因组方面，主要采取全基因组关联性分析、候选基因多态性分析等研究策略挖掘绒山羊绒纤维直径相关的基因和分子标记。而疆南绒山羊新品种审定后，关于羊绒性状的研究鲜有报道。
[0007]角蛋白和角蛋白关联蛋白是构成毛发的主要蛋白质。在毛发皮质中，毛发角蛋白中间丝嵌在由毛发角蛋白相关蛋白(KRTAP)组成的丝间基质中，该蛋白通过其广泛的二硫键与毛发角蛋白中丰富的半胱氨酸残基交联，对形成坚硬且有抗性的毛干至关重要。KRTAP13、KRTAP15、KRTAP24，和KRTAP27属于HS族the high sulphur(HS；≤30mol％
cysteine)。由于HS蛋白在毛发中首先表达，因此大多数学者集中研究HS蛋白。有研究表明氨基酸的改变可能影响蛋白质在翻译后修饰过程中磷酸化位点的丢失与否，同时导致蛋白质的净电荷发生改变。
[0008]编码角蛋白关联的基因通常较为丰富突变，这些变异可能与绒山羊的产绒性能有关。目前，KRTAP15
‑
，KRTAP13.1，KRTAP27
‑
1和KRTAP24
‑
1等基因多态性在绵、山羊中已被证实能够影响羊绒性状。但这些基因是否能够影响疆南绒山羊的羊绒纤维直径还不清楚。因此本研究分析疆南绒山羊KRTAP27
‑
1基因多态性对羊绒纤维直径的影响，旨在为培育超细型绒山羊提供实验依据。

技术实现思路

[0009]本专利技术提供了一种与疆南绒山羊羊绒纤维直径及其变异系数相关的分子标记及特异性引物对和应用，首次公开了与羊绒纤维直径及纤维直径变异系数性状均相关的分子标记。
[0010]本专利技术的技术方案之一是通过以下措施来实现的：一种与疆南绒山羊羊绒纤维直径及纤维直径变异系数性状相关的分子标记(本专利技术所述的SNP19位点)，其位于疆南绒山羊1号染色体的KRTAP27
‑
1基因上，KRTAP27
‑
1基因位于1号染色体核苷酸序列的第3968645bp
‑
3969193bp处，所述分子标记位于1号染色体核苷酸序列的3968799bp处，突变碱基为A或G。
[0011]本专利技术的技术方案之二是通过以下措施来实现的：一种与疆南绒山羊羊绒纤维直径及纤维直径变异系数性状相关的分子标记的特异性引物对，包括上游引物和下游引物；
[0012]上游引物F(如序列表SEQ ID No:1所示)：5
’‑
agtggcgtatcctacagaactcact
‑3’
；
[0013]下游引物R(如序列表SEQ ID No:2所示)：5
’‑
cgctactcaggctcctcctg
‑3’
。
[0014]本专利技术的技术方案之三是通过以下措施来实现的：一种技术方案之二所述特异性引物对在制备体外检测与疆南绒山羊羊绒纤维直径及纤维直径变异系数性状相关的分子标记的试剂或试剂盒的应用。
[0015]本专利技术的技术方案之四是通过以下措施来实现的：一种分子标记在疆南绒山羊羊绒纤维直径及纤维直径变异系数性状选择中的应用。
[0016]下面是对上述专利技术技术方案之四的进一步优化或/和改进：
[0017]上述包括下述步骤：第一步，取待测疆南绒山羊的基因组DNA；第二步，以基因组DNA为模板，利用特异性引物对进行第一轮扩增，第一轮PCR体系为25μl的反应体系，第一轮PCR体系由下列成分组成：
[0018][0019][0020]第一轮PCR扩增条件为：98度预变性3分钟，然后执行8个循环，循环条件是94度变性30秒，50度退火30秒，72度延伸30秒；紧接着执行25个循环，循环条件是98度变性30秒，66
度退火30秒，72度延伸30秒；最后72度延伸5分钟，PCR反应完成后，4度保温，使用1％的琼脂糖胶电泳检测PCR产物，确定产物大小正确，使用AMPure XP磁珠纯化回收PCR产物；
[0021]上游引物池：5
’‑
AGTGGCGTATCCTACAGAACTCACT
‑3’
；
[0022]下游引物池：5
’‑
CGCTACTCAGGCTCCTCCTG
‑3’
；
[0023]第三步，以第一轮PCR产物为模板执行第二轮PCR反应，以获得测序带分子标签的文库；
[0024]第二轮PCR体系为30μl的反应体系，第二轮PCR体系由下列成分组成：
[0025][0本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种与疆南绒山羊羊绒纤维直径及纤维直径变异系数性状相关的分子标记，其特征在于其位于疆南绒山羊1号染色体的KRTAP27
‑
1基因上，KRTAP27
‑
1基因位于1号染色体核苷酸序列的第3968645bp
‑
3969193bp处，所述分子标记位于1号染色体核苷酸序列的3968799bp处，突变碱基为A或G。2.一种用于扩增权利要求1所述的与疆南绒山羊羊绒纤维直径及纤维直径变异系数性状相关的分子标记的特异性引物对，其特征在于包括上游引物和下游引物；上游引物：5
’‑
agtggcgtatcctacagaactcact
‑3’
；下游引物：5
’‑
cgctactcaggctcctcctg
‑3’
。3.一种权利要求2所述的特异性引物对在制备体外检测与疆南绒山羊羊绒纤维直径及纤维直径变异系数性状相关的分子标记的试剂或试剂盒的应用。4.一种权利要求1所述的分子标记在疆南绒山羊羊绒纤维直径及纤维直径变异系数性状选择中的应用。5.根据权利要求4所述的分子标记在疆南绒山羊羊绒纤维直径及纤维直径变异系数性状选择中的应用，其特征在于包括下述步骤：第一步，取待测疆南绒山羊的基因组DNA；第二步，以基因组DNA为模板，利用特异性引物对进行第一轮扩增，第一轮PCR体系为25...

【专利技术属性】
技术研发人员：付雪峰，吴翠玲，秦崇凯，石刚，薛多雄，何军敏，刘静，毛静艺，
申请(专利权)人：新疆畜牧科学院畜牧研究所，
类型：发明
国别省市：