结肠直肠癌的检测制造技术

本公开尤其提供用于结肠直肠癌检测(例如筛查)的方法和与之相关的组合物。在各种实施方式中，本公开提供用于结肠直肠癌筛查的方法，其包括分析一种或多种甲基化生物标志物的甲基化状态，以及与之相关的组合物。在各种实施方式中，本公开提供了用于结肠直肠癌检测(例如筛查)的方法，其包括检测(例如筛查)cfDNA中，例如ctDNA中的一种或多种甲基化生物标志物的甲基化状态。在各种实施方式中，本公开提供了用于结肠直肠癌筛查的方法，其包括使用MSRE

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】结肠直肠癌的检测

技术介绍

[0001]癌症筛查是癌症预防、诊断和治疗的重要组成部分。根据一些报告，结肠直肠癌(CRC)已被鉴定为世界上第三大最常见的癌症类型和频率第二大的癌症死亡原因。根据一些报道，每年有超过180万例新发结肠直肠癌病例，约881,000人死于结肠直肠癌，约占癌症死亡人数的十分之一。建议进行定期结肠直肠癌筛查，尤其是50岁以上的个体。此外，50岁以下的个体的结肠直肠癌的发病率随着时间的推移而增加。统计数据表明，目前的结肠直肠癌筛查技术是不够的。

技术实现思路

[0002]尽管随着时间的推移有所改善，但目前只有约40％至44％的结肠直肠癌通过早期、局部阶段的筛查被检测到。这至少部分是由于当前筛查技术的灵敏度和/或特异性不足。目前推荐的技术包括对50岁以上的人进行结肠镜检查和/或粪便血检测。
[0003]本公开尤其提供用于结肠直肠癌筛查的方法和与之相关的组合物。在各种实施方式中，本公开提供用于结肠直肠癌筛查的方法，其包括确定在人类受试者的脱氧核糖核酸(DNA)的甲基化基因座，例如差异甲基化区域(DMR)内发现的一个或多个甲基化位点处的甲基化状态(例如甲基化的数量、频率或模式)，以及与之相关的组合物。在各种实施方式中，本公开提供了用于结肠直肠癌筛查的方法，其包括筛查cfDNA(无细胞DNA)，例如ctDNA(循环肿瘤DNA)中的一个或多个甲基化基因座中每一个的甲基化状态。在各种实施方式中，本公开提供了用于结肠直肠癌筛查的方法，其包括使用定量聚合酶链式反应(qPCR)(例如甲基化敏感性限制酶定量聚合酶链式反应，MSRE
‑
qPCR)筛查cfDNA，例如ctDNA中的一个或多个甲基化基因座中每一个的甲基化状态。本文提供的各种组合物和方法提供足以用于结肠直肠癌筛查的临床应用的灵敏度和特异性。本文提供的各种组合物和方法可用于通过分析受试者的可及组织样品，例如作为血液或血液成分(例如，cfDNA，例如，ctDNA)或粪便的组织样品，进行结肠直肠癌筛查。
[0004]在一个方面，本专利技术涉及检测(例如，筛查)结肠直肠癌的方法，所述方法包括：确定人类受试者的脱氧核糖核酸(DNA)中以下中的每一个的甲基化状态[例如，甲基化基因座内的一个或多个甲基化位点处的甲基化的数量、频率或模式]：(a)ZNF132基因内的甲基化基因座(例如，差异甲基化区)；(b)ADAMTS2基因内的第一甲基化基因座；和(c)ADAMTS2基因内的第二甲基化基因座；以及基于所述确定的甲基化状态诊断人类受试者中的结肠直肠癌。
[0005]在一些实施方式中，所述方法还包括确定人类受试者DNA中以下中的每一个的甲基化状态：(d)ZNF542基因内的甲基化基因座；和(e)LONRF2基因内的甲基化基因座。
[0006]在一些实施方式中，所述方法还包括确定人类受试者DNA中ZNF492基因内的甲基化基因座的甲基化状态。
[0007]在一些实施方式中，ZNF132基因内的甲基化基因座包含ZNF132
‘
415(SEQ ID NO:40)。
[0008]在一些实施方式中，ADAMTS2基因内的第一甲基化基因座包含ADAMTS2
‘
254(SEQ ID NO:21)。
[0009]在一些实施方式中，ADAMTS2基因内的第二甲基化基因座包含ADAMTS2
‘
284(SEQ ID NO:22)。
[0010]在一些实施方式中，ZNF542基因内的甲基化基因座包含ZNF542
‘
502(SEQ ID NO:35)。
[0011]在一些实施方式中，LONRF2基因内的甲基化基因座包含LONRF2
‘
281(SEQ ID NO:19)。
[0012]在一些实施方式中，ZNF492基因内的甲基化基因座包含ZNF492
‘
069(SEQ ID NO:42)。
[0013]在一些实施方式中，所述DNA分离自人类受试者的血液或血浆中。
[0014]在一些实施方式中，所述DNA是所述人类受试者的无细胞DNA。
[0015]在一些实施方式中，使用定量聚合酶链式反应(qPCR)(例如，甲基化敏感性限制酶定量聚合酶链式反应，MSRE
‑
qPCR)确定甲基化状态。
[0016]在另一方面，本专利技术涉及一种用于结肠直肠癌检测(例如筛查)的试剂盒，所述试剂盒包括：(a)用于扩增ZNF132基因内的甲基化基因座的寡核苷酸引物对；(b)用于扩增ADAMTS2基因内的第一甲基化基因座的寡核苷酸引物对；和(c)用于扩增ADAMTS2基因内的第二甲基化基因座的寡核苷酸引物对(例如，可选的，所述试剂盒进一步包含至少一种甲基化敏感性限制酶)。
[0017]在一些实施方式中，试剂盒还包括：(d)用于扩增ZNF542基因内的甲基化基因座的寡核苷酸引物对；和(e)用于扩增LONRF2基因内的甲基化基因座的寡核苷酸引物对。
[0018]在一些实施方式中，试剂盒还包括：(f)用于扩增ZNF492基因内的甲基化基因座的寡核苷酸引物对。
[0019]在一些实施方式中，(a)是用于扩增ZNF132
‘
415的寡核苷酸引物对(引物对SEQ ID NO:91和SEQ ID NO:92)。
[0020]在一些实施方式中，(b)是用于扩增ADAMTS2
‘
254的寡核苷酸引物对(引物对SEQ ID NO:53和SEQ ID NO:54)。
[0021]在一些实施方式中，(c)是用于扩增ADAMTS2
‘
284的寡核苷酸引物对(引物对SEQ ID NO:55和SEQ ID NO:56)。
[0022]在一些实施方式中，(d)是用于扩增ZNF542
‘
502的寡核苷酸引物对(引物对SEQ ID NO:81和SEQ ID NO:82)。
[0023]在一些实施方式中，(e)是用于扩增LONRF2
‘
281的寡核苷酸引物对(引物对SEQ ID NO:49和SEQ ID NO:50)。
[0024]在一些实施方式中，(h)是用于扩增ZNF492
‘
069的寡核苷酸引物对(引物对SEQ ID NO:95和SEQ ID NO:96)。
[0025]在另一方面，本专利技术涉及一种用于检测(例如筛查)结肠直肠癌的诊断性qPCR反应，所述诊断性qPCR反应包括：(a)人类DNA；(b)聚合酶；和(c)用于扩增ZNF132基因内的甲基化基因座的寡核苷酸引物对；(d)用于扩增ADAMTS2基因内的第一甲基化基因座的寡核苷酸引物对；和(e)用于扩增ADAMTS2基因内的第二甲基化基因座的寡核苷酸引物对；和(f)可
选的，至少一种甲基化敏感性限制酶。
[0026]在一些实施方式中，反应还包括：(g)用于扩增ZNF542基因内的甲基化基因座的寡核苷酸引物对；和(h)用本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】1.一种在受试者中筛查结肠直肠癌的体外方法，所述方法包括：
‑
确定受试者DNA样品中以下中的每一个的甲基化状态：(a)ZNF132基因内的甲基化基因座；(b)ADAMTS2基因内的第一甲基化基因座；和(c)ADAMTS2基因内的第二甲基化基因座；和
‑
将所获得的数据与从健康个体获得的参考值进行比较，
‑
如果与参考样品相比在所述基因座中检测到高甲基化，则诊断所述受试者的结肠直肠癌。2.如权利要求1所述的方法，所述方法还包括确定受试者DNA样品中以下中的每一个的甲基化状态：(d)ZNF542基因内的甲基化基因座；和(e)LONRF2基因内的甲基化基因座。3.如权利要求1至2所述的方法，所述方法还包括确定受试者DNA样品中ZNF492基因内的甲基化基因座的甲基化状态。4.如权利要求1至3所述的方法，其中，所述ZNF132基因内的甲基化基因座包含ZNF132
‘
415(SEQ ID NO:40)。5.如权利要求1至4所述的方法，其中，所述ADAMTS2基因内的第一甲基化基因座包含ADAMTS2
‘
254(SEQ ID NO:21)。6.如权利要求1至5所述的方法，其中，所述ADAMTS2基因内的第二甲基化基因座包含ADAMTS2
‘
284(SEQ ID NO:22)。7.如权利要求2至6所述的方法，其中，所述ZNF542基因内的甲基化基因座包含ZNF542
‘
502(SEQ ID NO:35)。8.如权利要求2至7所述的方法，其中，所述LONRF2基因内的甲基化基因座包含LONRF2
‘
281(SEQ ID NO:19)。9.如权利要求3至8所述的方法，其中，所述ZNF492基因内的甲基化基因座包含ZNF492
‘
069(SEQ ID NO:42)。10.如权利要求1至9中任一项所述的方法，其中，所述DNA分离自人类受试者的血液或血浆中。11.如权利要求1至10所述的方法，其中，所述DNA是所述人类受试者的无细胞DNA。12....

【专利技术属性】
技术研发人员：M，
申请(专利权)人：通用诊断公司，
类型：发明
国别省市：