一种诊断腓骨肌萎缩症的探针组合、试剂盒及应用制造技术

本发明专利技术公开了一种用于诊断腓骨肌萎缩症的探针组合、试剂盒及应用，属于基因检测技术领域。其中，所述探针组合包括靶向PMP22、GJB1、MFN2、MPZ、GDAP1、MORC2、SORD、NEFH、HSPB1、NEFL、PMP2、GLA、PRPS1和TTR中的至少一个基因的至少一个探针。本发明专利技术还公开了包含所述探针组合的试剂盒以及在诊断骨肌萎缩症中的应用。本发明专利技术的探针组合或试剂盒能够显著提高目标基因变异检测的准确率，并进而有助于腓骨肌萎缩症的精准辅助诊断，具有巨大的临床应用价值。值。

【技术实现步骤摘要】
一种诊断腓骨肌萎缩症的探针组合、试剂盒及应用


[0001]本专利技术属于基因检测
，具体地，涉及一种诊断腓骨肌萎缩症的探针组合、试剂盒及应用。

技术介绍

[0002]腓骨肌萎缩症(Charcot
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marie
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tooth disease，CMT)是一组最常见的，具有高度临床和遗传异质性的遗传性周围神经病，其总体发病率约为1/2500。根据正中神经运动传导速度(Midian motor nerve conduction velocity，MNCV)，CMT可以进一步细分为脱髓鞘型(CMT1，MNCV≤38m/s)，轴索型(CMT2，MNCV>38m/s)和中间型(ICMT，25m/s<MNCV<45m/s)三种。迄今为止，已经有超过100个基因被鉴定和CMT相关，其中：PMP22是CMT1型最常见的基因，其次为MPZ；MFN2是CMT2型最常见的基因而GJB1是CMT中间型最常见基因。据文献报导，PMP22、GJB1、MPZ和MFN2是4种最常见基因，占所有确诊的CMT的90％以上。
[0003]尽管全外显子测序在临床上已经被广泛利用，CMT的分子诊断仍然面临着许多挑战：(1)GJB1基因的3
′
UTR区域的突变也可导致CMT1X表型。(2)PMP22大片段重复突变可以和其他的点突变共同存在，产生共同致病效应(Double trouble effect)，单一检测PMP22基因拷贝数变异或者CMT致病基因的点突变都可能导致漏诊。(3)部分复杂型遗传性周围神经病可以以CMT样表现为唯一症状，包括：转甲状腺素淀粉样多神经病变(Familial amyloid polyneuropathy，FAP)、遗传性痉挛性截瘫(hereditary spastic paraplegia，HSP)和GNE肌病。
[0004]因此，本领域亟需一种能够检测多种与CMT相关基因的变异情况的试剂盒，以辅助CMT精准诊断。

技术实现思路

[0005]为了解决上述技术问题中的至少一个，本专利技术采用的技术方案如下
[0006]本专利技术第一方面提供一种用于对目标基因进行SNP/Indel变异检测的探针组合的设计方法，包括以下步骤：
[0007]S1，将目标基因的每个外显子及其两端50bp作为第一探针区间，针对至少一个所述第一探针区间设计一个或多个探针；
[0008]S2，针对目标基因除所述第一探针区间以外的区域设计探针：以100bp为滑动窗口，当窗口中有2个以上致病突变位点时，将该窗口作为第二探针区间，针对至少个所述第二探针区间设计一个或多个探针；
[0009]S3，若S1～S2设计的探针GC含量高于80％的，若探针靶向的探针区间具有人群突变频率为20％～80％的SNP位点，则将突变碱基作为探针碱基，若无相关突变位点的，则随机将探针中的5个G或C碱基改变为A或T。
[0010]本专利技术的第三方面提供一种用于对目标基因进行拷贝数变异检测的探针组合的设计方法，针对所述目标基因，每间隔1～3k，设置1个200bp第三探针区间，并针对至少一个
No.323～339所示的探针；靶向GLA基因的探针组合包括SEQ ID No.340～368所示的探针；靶向PRPS1基因的探针组合包括SEQ ID No.369～387所示的探针；靶向TTR基因的探针组合包括SEQ ID No.151～169所示的探针。
[0020]在本专利技术的一些实施方案中，所述用于诊断腓骨肌萎缩症的探针组合还包括用于分析PMP22基因拷贝数变异的探针组合，所述用于分析PMP22基因拷贝数变异的探针组合利用本专利技术第二方面所述的设计方法设计得到。
[0021]在本专利技术的一些方案中，所述用于分析PMP22基因拷贝数变异的探针组合包括靶向chr17:14100991
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14101127、chr17:14133516
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14133640、chr17:14171563
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14171695、chr17:14235680
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14235802、chr17:14285014
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14285146、chr17:14312221
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14312359、chr17:14343889
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14344015、chr17:14409890
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14410024、chr17:14457954
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14458086、chr17:14492312
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14492444、chr17:14531113
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14531265、chr17:14596178
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14596308、chr17:14646877
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14646999、chr17:14655667
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14655843、chr17:14735456
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14735580、chr17:14780118
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14780242、chr17:14800953
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14801085、chr17:14850608
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14850734、chr17:14898767
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14898911、chr17:14939853
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14939975、chr17:14979111
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14979257、chr17:15018350
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15018500、chr17:15065290
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15065416、chr17:15133696
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15133826、chr17:15136057
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15136181、chr17:15141300
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15141426、chr17:15142280
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15142454、chr17:15144794
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15144916、chr17:15148220
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15148342、chr17:15150538
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15150664、chr17:15152985
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15153107、chr17:15155327
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15155469、chr17:15157779
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15157901、chr17:15158695
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15158833中的至少一个区间的一个或多个探针。
[0022]在本专利技术的一些实施方案中，靶向chr17:14100991
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14101127的探针组合包括SEQ ID No.41～42所示的探针；靶向chr17:14133516
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14133640的探针组合包括SEQ ID No.43～44所示的探针；靶向chr17:14本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种用于对目标基因进行SNP/Indel变异检测的探针组合的设计方法，其特征在于，包括以下步骤：S1，将目标基因的每个外显子及其两端50bp作为第一探针区间，针对至少每个所述第一探针区间设计一个或多个探针；S2，针对目标基因除所述第一探针区间以外的区域设计探针：以100bp为滑动窗口，当窗口中有2个以上致病突变位点时，将该窗口作为第二探针区间，针对至少一个所述第二探针区间设计一个或多个探针；S3，若S1～S2设计的探针GC含量高于80％的，若探针靶向的探针区间具有人群突变频率为20％～80％的SNP位点，则将突变碱基作为探针碱基，若无相关突变位点的，则随机将探针中的5个G或C碱基改变为A或T。2.一种用于对目标基因进行拷贝数变异检测的探针组合的设计方法，其特征在于，针对所述目标基因，每间隔1～3k，设置1个200bp第三探针区间，并针对至少一个所述第三探针区间设计一个或多个CNV
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plus探针。3.根据权利要求2所述的用于对目标基因进行拷贝数变异检测的探针组合的设计方法，其特征在于，设计所述CNV
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plus探针的具体步骤如下：S1
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，距离目标基因起始位置1～3k，选取一个200bp的区间，若该区间同时满足：(1)包含参考人类基因数据库中人群突变频率为20％～80％的SNP位点，且(2)在基因组上无相似序列，则将该区间作为第一个第三探针区间；S2
’
，在选择的第一个第三探针区间之后，在基因上间隔1～3k内再次选取一个200bp的区间，若该区间同时满足S1
’
中(1)和(2)的条件，则将该区间作为第二个第三探针区间，若距离第一个第三探针区间1～3k内没有符合S1
’
中(1)和(2)所述要求的区间，则在距离第一个第三探针区间2k位置处选取200bp区间作为第二个第三探针区间，依此类推，直到最后一个第三探针区间后没有同时满足S1
’
中(1)和(2)的条件的区间且距离基因终止位置不足2k；S3
’
，针对得到的至少一个所述第三探针区间设计一个或多个探针。4.一种用于诊断腓骨肌萎缩症的探针组合，其特征在于，包括利用权利要求1所述的设计方法设计得到的靶向目标基因的探针组合，所述目标基因选自PMP22、GJB1、MFN2、MPZ、GDAP1、MORC2、SORD、NEFH、HSPB1、NEFL、PMP2、GLA、PRPS1、TTR中的至少一种。5.根据权利要求4所述的用于诊断腓骨肌萎缩症的探针组合，其特征在于，靶向PMP22基因的探针组合包括SEQ ID No.87～129所示的探针；靶向GJB1基因的探针组合包括SEQ ID No.388～401所示的探针；靶向MFN2基因的探针组合包括SEQ ID No.1～10所示的探针；靶向MPZ基因的探针组合包括SEQ ID No.11～20所示的探针；靶向GDAP1基因的探针组合包括SEQ ID No.291～322所示的探针；靶向MORC2基因的探针组合包括SEQ ID No.220～241所示的探针；靶向SORD基因的探针组合包括SEQ ID No.21～40所示的探针；靶向NEFH基因的探针组合包括SEQ ID No.170～219所示的探针；靶向HSPB1基因的探针组合包括SEQ ID No.242～257所示的探针；靶向NEFL基因的探针组合包括SEQ ID No.258～290所示的探针；靶向PMP2基因的探针组合包括SEQ ID No.323～339所示的探针；靶向GLA基因的探针组合包括SEQ ID No.340～368所示的探针；靶向PRPS1基因的探针组合包括SEQ ID No.369～387所示的探针；靶向TTR基因的探针组合包括SEQ ID No.151～169所示的探针。
6.根据权利权利要求4或5所述的用于诊断腓骨肌萎缩症的探针组合，其特征在于，还包括用于分析PMP22基因拷...

【专利技术属性】
技术研发人员：张如旭，李小波，黄顺祥，林志强，刘蕾，谢雍之，马卧龙，吴志强，鲁铤，刘宇萍，金瑜剑，詹兴，王阳，马赛勇，范嘉庚，
申请(专利权)人：杭州祥音医学检验实验室有限公司，
类型：发明
国别省市：