本发明专利技术属于分子生物学和医学领域，公开了一种与肝癌易感性及预后相关的单核苷酸多态性分子标记及其检测引物和试剂盒。该单核苷酸多态性分子标记rs2074890G/T位于TRIM16基因的编码区，并与肝癌易感性及预后显著相关。基于该分子标记，可开发得到相应特异性引物、试剂盒和检测方法用于辅助性诊断，为肝癌的风险预警和预后提供了一个新的途径。预警和预后提供了一个新的途径。预警和预后提供了一个新的途径。
【技术实现步骤摘要】
与肝癌易感性及预后相关的单核苷酸多态性分子标记及其检测引物和试剂盒
[0001]本专利技术属于分子生物学和医学领域，具体涉及一种与肝癌易感性及预后相关的单核苷酸多态性分子标记及其检测引物和试剂盒。
技术介绍
[0002]肝细胞癌(肝癌)是最一种常见的恶性肿瘤，引发肝癌的常见危险因素包括有慢性乙肝病毒(HBV)或丙肝病毒(HCV)感染、过度饮酒、黄曲霉毒素污染的食物、肥胖、吸烟和2型糖尿病等。虽然已知宿主遗传易感性也与肝癌患病风险有关，但具体而言有关的基因和遗传变异在很大程度上仍然是不清楚的。
[0003]单核苷酸多态性(SNP)是人类最常见的遗传变异类型之一，SNP是指在基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的DNA序列多态性，它是人类可遗传的基因组变异中最常见的一种，占所有己知多态性的90％以上。SNP在人类基因组中广泛存在，平均每500
‑
1000个碱基对中就有1个，估计其总数可达300万个甚至更多。目前，SNP是研究人类常见疾病遗传变异的重要依据。根据已有的研究，某些SNP与癌症风险和/或预后有关，然而迄今发现的SNP并不能完全解释肝癌的遗传易感性和预后。
[0004]Tripartite
‑
motif(TRIM)蛋白家族被定义为E3泛素连接酶亚家族之一，其在细胞凋亡、固有免疫、细胞内信号转导、自噬、蛋白质量控制和癌变等多种细胞过程中发挥作用。而TRIM16已被证实为神经母细胞瘤、乳腺癌和肝癌的肿瘤抑制因子，但目前尚不清楚这个TRIM家族成员的遗传变异是否与包括肝癌在内的癌症的发病和/或进展有关。
[0005]因此，本专利技术希望对TRIM相关基因展开研究，以期探寻TRIM基因与肝癌易感性及预后的潜在关系，从而更好的揭示肝癌的发生发展机理，并为寻找更多与肝癌相关的预防、诊断和治疗措施提供参考和帮助。
技术实现思路
[0006]本专利技术旨在至少解决上述现有技术中存在的技术问题之一。为此，本专利技术提出一种与肝癌易感性及预后相关的单核苷酸多态性分子标记及其检测引物和试剂盒。该单核苷酸多态性分子标记位于TRIM16基因的编码区，并与肝癌易感性及预后显著相关。基于该分子标记，可开发得到相应特异性引物、试剂盒和检测方法用于辅助性诊断，为肝癌的风险预警和预后提供了一个新的途径。
[0007]本专利技术提供了一种与肝癌易感性及预后相关的单核苷酸多态性分子标记，所述单核苷酸多态性分子标记为rs2074890G/T。
[0008]本专利技术通过对TRIM16编码序列(CDS)区域的遗传变异与肝癌的患病风险及预后进行分析研究。首先在千人基因组计划数据库中识别TRIM16 CDS区潜在的功能性SNPs，并对候选潜在的肝癌风险及预后相关SNP进行了评估。结果发现TRIM16基因CDS区的SNP位点rs2074890与肝癌的患病风险以及预后显著相关，具体体现为：当rs2074890携带有G等位基
因时，个体的肝癌患病风险上升，如果患有肝癌，其预后亦不佳；其中G等位基因纯合子的携带者患病风险要高于相应杂合子的携带者，携带G等位基因纯合子的肝癌患者的预后要差于相应杂合子的携带者；而T等位基因纯合子的携带者肝癌患病风险较低，且如果患有肝癌，其预后较好。这可能是由于SNP位点rs2074890的单核苷酸突变，导致121号密码子的氨基酸发生替换，由谷氨酸转变为天冬氨酸，使得蛋白质结构和功能发生改变，最终导致肝癌的患病风险及预后发生变化。
[0009]本专利技术还提供了一种用于检测上述单核苷酸多态性分子标记的引物，所述引物的核苷酸序列为：
[0010]上游引物：5
’‑
TGAATGGTCCCCAAGCACTC
‑3’
(SEQ ID NO:1)，
[0011]下游引物：5
’‑
GAGGAACAGGACAGCGACTC
‑3’
(SEQ ID NO:2)。
[0012]本专利技术还提供了一种用于检测上述单核苷酸多态性分子标记的试剂盒，所述试剂盒包含上述引物。
[0013]本专利技术还提供了一种上述单核苷酸多态性分子标记的检测方法，所述检测方法为非疾病诊断目的，包括以下步骤：
[0014](1)提取待测样品DNA；
[0015](2)以步骤(1)所述待测样品DNA为模板，使用上述引物进行PCR反应，得到PCR扩增产物；
[0016](3)将步骤(2)所述PCR扩增产物进行测序分析。
[0017]优选的，步骤(1)中所述提取待测样品DNA的方法为：采用QIAamp Blood Mini Kit 250试剂盒从人血液中提取基因组DNA。
[0018]优选的，步骤(2)中所述PCR反应的反应体系为：
[0019]灭菌双蒸水12.5μL，10
×
LA Buffer 2μL，2.5mM的dNTPs 3μL，LA
‑
Taq 0.2μL，上游引物0.2μL，下游引物0.2μL，待测样品DNA 2μL。
[0020]优选的，步骤(2)中所述PCR反应的反应程序为：94℃变性10分钟；94℃变性30秒，55℃退火30秒，72℃延伸30秒，循环35次；72℃延伸5分钟；最后保持在4℃。
[0021]优选的，步骤(2)中采用ABI PCR仪器ABI SimpliAmp 96孔梯度PCR仪进行所述PCR反应。
[0022]本专利技术还提供了上述单核苷酸多态性分子标记在制备检测肝癌发病风险及预后制剂中的应用。
[0023]相对于现有技术，本专利技术的有益效果如下：
[0024](1)本专利技术所提出的单核苷酸多态性分子标记rs2074890G/T可应用于肝癌高危人群筛查以及肝癌预后判断，能够根据基因分型结果评判个体肝癌易感性以及预后情况，从而有利于疾病的预防、早期诊断和治疗。
[0025](2)本专利技术所提供的引物和试剂盒能特异性和高效的检测出单核苷酸多态性分子标记rs2074890G/T。
附图说明
[0026]图1为TRIM16 rs2074890位点与肝癌易感性之间的关联性统计数据；
[0027]图2为TRIM16 rs2074890位点与肝癌预后之间的关联性统计数据；
[0028]图3为1号病人TRIM16 rs2074890位点的检测结果；
[0029]图4为2号病人TRIM16 rs2074890位点的检测结果；
[0030]图5为3号病人TRIM16 rs2074890位点的检测结果。
具体实施方式
[0031]为了让本领域技术人员更加清楚明白本专利技术所述技术方案，现列举以下实施例进行说明。需要指出的是，以下实施例仅为本专利技术的优选实施例，对本专利技术要求的保护范围不构成限制作用，任何未违背本专利技术的精神实质和原理下所做出的修改、替代、组合，均包含在本专利技术的保护范围内。
[0032]以下实施例中所用的原料、试剂或装置如无特殊说明，均可从常规商业途径得本文档来自技高网...
【技术保护点】
【技术特征摘要】
1.一种与肝癌易感性及预后相关的单核苷酸多态性分子标记，其特征在于，所述单核苷酸多态性分子标记为rs2074890G/T。2.一种用于检测权利要求1所述的单核苷酸多态性分子标记的引物，所述引物的核苷酸序列为：上游引物：5
’‑
TGAATGGTCCCCAAGCACTC
‑3’
(SEQ ID NO:1)，下游引物：5
’‑
GAGGAACAGGACAGCGACTC
‑3’
(SEQ ID NO:2)。3.一种用于检测权利要求1所述的单核苷酸多态性分子标记的试剂盒，其特征在于，所述试剂盒包含权利要求2所述的引物。4.权利要求1所述的单核苷酸多态性分子标记的检测方法，其特征在于，所述检测方法为非疾病诊断目的，包括以下步骤：(1)提取待测样品DNA；(2)以步骤(1)所述待测样品DNA为模板，使用权利要求2所述的引物进行PCR反应，得到PCR扩增产物；(3)将步骤(2)所述PCR扩增产物进行测序分析。5.根据权利要求4所述...
【专利技术属性】
技术研发人员：蒋德科，娄爽，李珊凤，李璟，杨愁，侯嘉，
申请(专利权)人：南方医科大学南方医院，
类型：发明
国别省市：
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