单细胞遗传结构变异的综合检测制造技术

本发明专利技术提供了一种通过整合测序读段深度、读段链方向和单倍型定相的三层信息来检测单细胞或单细胞群体的基因组内的结构变异（SV）的方法。本发明专利技术的方法可检测缺失、重复、多倍体、易位、倒位和拷贝数中性杂合性丢失（CNN

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】单细胞遗传结构变异的综合检测


[0001]本专利技术提供了一种通过整合测序读段深度、读段链方向和单倍型定相(phase)的三层信息来检测单细胞或单细胞群体的基因组内的结构变异(SV)的方法。本专利技术的方法可以检测缺失、重复、多倍体、易位、倒位和拷贝数中性的杂合性缺失(CNN
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LOH)等。本专利技术的方法可以充分地对基因组进行综合地核型分析，以及可以被应用于研究和临床方法。例如，本专利技术的方法可以用于分析患者的细胞样本以进行诊断或辅助诊断，在生殖医学中检测胚胎异常，或者在基于细胞疗法的治疗方法中质量控制基因工程细胞，例如在过继性T细胞疗法等中。本专利技术的方法可以进一步被应用于研究中来解释细胞模型(细胞系)、患者样本的核型，或进一步揭示导致基因组内任何SV产生的遗传和机械途径。
[0002]描述
[0003]结构变异(SV)(其中重整缺失、重复、倒位或易位的DNA片段多达百万碱基)是与许多疾病相关的遗传变异的主要来源。最近的方法和技术的进步使得能够对不同人群中的SV进行编目。除了这些种系变体外，越来越清楚的是，人类组织表现本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】1.一种通过单细胞三通道处理（scTRIP）分析至少一个目标染色体区域的测序数据的方法，其包括提供至少一个单细胞的至少一个目标染色体区域的链特异性序列数据，其中所述链特异性序列数据包括多个通过至少一个单细胞的所述目标染色体区域的测序获得的链特异性序列读段，将所述序列读段或者如果序列读段被平均地片段化则将序列读段的每个片段化部分与参考组件比对，然后在任何给定的选定窗口中分配三个序列信息通道中的至少两个：（i）总序列读段或其部分的数量；（ii）正向（或Watson）序列读段或其部分的数量，以及反向（或Crick）序列读段或其部分的数量；（iii）分配有特异性单倍型身份（例如H1和/或H2）的序列读段或其部分的数量。2.根据权利要求1所述的方法，其中分配全部三个序列信息通道（i）到（iii）。3.根据权利要求1或2所述的方法，其包括片段化所述至少一个目标染色体区域的步骤，其中所述片段化是基于序列信息通道（i）至（iii）各自单独、以任何组合或一起执行的。4.根据权利要求1至3中任一项所述的方法，其中所述链特异性序列数据包括映射至所述至少一个目标染色体区域的至少两条单独的链的序列读段，例如其中一条链来自父本染色体，另一条链来自母本染色体。5.根据权利要求1至4中任一项所述的方法，其中所述测序数据包括多个非重叠的和/或重叠的序列读段。6.根据权利要求1至5中任一项所述的方法，其进一步包括以下步骤：通过为序列数据内的多个（至少两个）窗口分配所述序列信息，以及在所述多个窗口内识别子区域，来识别结构变异（SV），所述子区域包含具有与参考状态相比通道（i）至（iii）的任何一个、或全部、或任何组合的信息的异常的/变化的/改变的分布的一个或多个窗口。7.根据权利要求6所述的方法，其中所述染色体区域的所述参考状态是通道的信息的状态，其预期为所述染色体区域的信息的非异常分布和/或预定状态。8.根据权利要求1至7中任一项所述的方法，其中沿着所述至少一个目标染色体区域分配单倍型身份（H1/H2），优选地，同时保留链方向信息（即，以链识别方式），以及优选地，通过分配单核苷酸多态性（SNP）将所述单倍型分配至序列读段或其部分，优选地，其中所述SNP不具有疾病关联，以及其中将所述单倍型身份分配至包含SNP的序列读段或其部分，以及通过与SNP数据库比较或通过将等位基因与相同来源的多个进一步测序的单细胞进行比较（例如，使用StrandPhaseR
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Porubsky et al. 2017）来识别所述SNP的等位基因；以及任选地，其...

【专利技术属性】
技术研发人员：贾恩，
申请(专利权)人：萨尔大学马克思普朗克科学促进协会，
类型：发明
国别省市：