一组鉴定玉米杂交种纯度的SNP核心位点、引物和高通量鉴定纯度的方法技术

本发明专利技术提供了一组鉴定玉米杂交种纯度的SNP核心位点、引物和高通量鉴定纯度的方法，属于基因工程技术领域，所述SNP核心位点包括玉米1号染色体第8974336位、1号染色体第289408285位等20个核心位点。采用本发明专利技术提供的SNP位点能够鉴定玉米杂交种的纯度。的SNP位点能够鉴定玉米杂交种的纯度。的SNP位点能够鉴定玉米杂交种的纯度。

【技术实现步骤摘要】
一组鉴定玉米杂交种纯度的SNP核心位点、引物和高通量鉴定纯度的方法


[0001]本专利技术属于基因工程
，尤其涉及一组鉴定玉米杂交种纯度的SNP核心位点、引物和鉴定纯度的方法。

技术介绍

[0002]玉米杂交种的纯度高低是影响田间产量、产品品质以及农民收益的关键因素之一。因此，玉米杂交种纯度鉴定是把控玉米种子质量的重要手段尤其是对于杂交种中自交苗的检测，在种子企业质量自控、政府市场监测等多个环节提供重要依据。
[0003]目前用于玉米杂交种纯度鉴定的方法主要包括田间小区种植鉴定法、盐溶蛋白法和SSR分子标记法等。田间小区种植鉴定是目前广泛使用的纯度鉴定方法，在检验规程中也标注其是最准确的鉴定方法，但这种方法存在一些问题，主要包括以下几个方面。第一，鉴定周期长，需要等待一个种植周期才能得到结果，不能及时发现纯度问题并将经济损失降到最低。第二，结果易受环境因素影响，由于地力不均或病虫害产生的弱株和病株容易和自交株混淆，使得出现错判或漏判的结果，最终影响纯度结果。由于玉米品种适宜的种植生态区不同，如若种植鉴定不在品种适宜生态区，很有可能导致品种表型出现较大变化，增加判定的难度。第三，对检验员要求高，容易受人员因素影响，检验员需要充分了解不同品种的特征及其和亲本、近似品种的差别，要求检验员具有丰富的田间鉴定经验。
[0004]盐溶蛋白法由于其快速简便目前也广泛应用于玉米品种纯度鉴定中，但其也存在一些问题，蛋白电泳在某些品种上找不到双亲差异或无法区分自交苗，不能鉴定所有品种。SSR等分子标记鉴定法无法满足样本高通量的检测需求，尤其是制种到市场销售期间短期大量品种纯度鉴定的需求。
[0005]对于杂交种纯度鉴定，从制种环节到市场销售期间短期大量品种纯度鉴定的需求，因此探索出一套高效准确且适用于市场上绝大多数的玉米杂交种纯度鉴定的高通量方案具有很重要的意义。

技术实现思路

[0006]有鉴于此，本专利技术的目的在于提供一组鉴定玉米杂交种纯度的SNP核心位点、引物和高通量鉴定纯度的方法，采用本专利技术提供的位点能够鉴定玉米杂交种的纯度。
[0007]为了实现上述专利技术目的，本专利技术提供了以下技术方案：
[0008]本专利技术提供了一组鉴定玉米杂交种纯度的SNP核心位点，包括玉米1号染色体第8974336位、1号染色体第289408285位、2号染色体第109563976位、2号染色体第186339948位、3号染色体第27775731位、3号染色体第118083714位、4号染色体第20077010位、4号染色体第128874466位、5号染色体第13402375位、5号染色体第204879476位、6号染色体第39822979位、6号染色体第141476300位、7号染色体第126677146位、7号染色体第15521714位、8号染色体第20978845位、8号染色体第118299376位、9号染色体第104695670位、9号染
色体第127197714位、10号染色体第39960289位和10号染色体第109396730位。
[0009]本专利技术还提供了一组扩增上述技术方案所述的SNP核心位点的引物，所述引物的核苷酸序列如SEQ ID No.1～60所示。
[0010]优选的，扩增玉米1号染色体第8974336位的核苷酸序列如SEQ ID No.1～3所示；
[0011]扩增玉米1号染色体第289408285位的核苷酸序列如SEQ ID No.4～6所示；
[0012]扩增玉米2号染色体第109563976位的核苷酸序列如SEQ ID No.7～9所示；
[0013]扩增玉米2号染色体第186339948位的核苷酸序列如SEQ ID No.10～12所示；
[0014]扩增玉米3号染色体第27775731位的核苷酸序列如SEQ ID No.13～15所示；
[0015]扩增玉米3号染色体第118083714位的核苷酸序列如SEQ ID No.16～18所示；
[0016]扩增玉米4号染色体第20077010位的核苷酸序列如SEQ ID No.19～21所示；
[0017]扩增玉米4号染色体第128874466位的核苷酸序列如SEQ ID No.22～24所示；
[0018]扩增玉米5号染色体第13402375位的核苷酸序列如SEQ ID No.25～27所示；
[0019]扩增玉米5号染色体第204879476位的核苷酸序列如SEQ ID No.28～30所示；
[0020]扩增玉米6号染色体第39822979位的核苷酸序列如SEQ ID No.31～33所示；
[0021]扩增玉米6号染色体第141476300位的核苷酸序列如SEQ ID No.34～36所示；
[0022]扩增玉米7号染色体第126677146位的核苷酸序列如SEQ ID No.37～39所示；
[0023]扩增玉米7号染色体第15521714位的核苷酸序列如SEQ ID No.40～42所示；
[0024]扩增玉米8号染色体第20978845位的核苷酸序列如SEQ ID No.43～45所示；
[0025]扩增玉米8号染色体第118299376位的核苷酸序列如SEQ ID No.46～48所示；
[0026]扩增玉米9号染色体第104695670位的核苷酸序列如SEQ ID No.49～51所示；
[0027]扩增玉米9号染色体第127197714位的核苷酸序列如SEQ ID No.52～54所示；
[0028]扩增玉米10号染色体第39960289位的核苷酸序列如SEQ ID No.55～57所示；
[0029]扩增玉米10号染色体第109396730位的核苷酸序列如SEQ ID No.58～60所示。
[0030]本专利技术还提供了一种利用上述技术方案所述的引物高通量鉴定玉米杂交种纯度的方法，包括以下步骤：
[0031]1)提取玉米材料的DNA，将所述DNA利用上述技术方案所述的引物进行PCR；
[0032]2)收集原始荧光信号后进行基因分型，将得到的分型结果导入SNP数据库管理系统，去除双亲不互补和遗传不稳定的位点，统计至少两个位点的结果，计算玉米纯度。
[0033]优选的，所述步骤1)玉米包括玉米的籽粒、幼苗或叶片。
[0034]优选的，所述步骤1)PCR的体系每1μL包括：20ng烘干的DNA、0.5μL 2
×
KASP PCR预混液、0.486μL去离子水和0.014μL引物工作液。
[0035]优选的，所述步骤1)PCR的体系每3μL包括：1.45μL DNA、1.5μL 2
×
KASP PCR预混液和0.05μL引物工作液。
[0036]优选的，所述步骤1)PCR的体系每10μL包括：1.5μL DNA、5μL 2
×
KASP PCR预混液、3.36μ本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一组鉴定玉米杂交种纯度的SNP核心位点，其特征在于，包括玉米1号染色体第8974336位、1号染色体第289408285位、2号染色体第109563976位、2号染色体第186339948位、3号染色体第27775731位、3号染色体第118083714位、4号染色体第20077010位、4号染色体第128874466位、5号染色体第13402375位、5号染色体第204879476位、6号染色体第39822979位、6号染色体第141476300位、7号染色体第126677146位、7号染色体第15521714位、8号染色体第20978845位、8号染色体第118299376位、9号染色体第104695670位、9号染色体第127197714位、10号染色体第39960289位和10号染色体第109396730位。2.一组扩增权利要求1所述的SNP核心位点的引物，其特征在于，所述引物的核苷酸序列如SEQ ID No.1～60所示。3.根据权利要求2所述的引物，其特征在于，扩增玉米1号染色体第8974336位的核苷酸序列如SEQ ID No.1～3所示；扩增玉米1号染色体第289408285位的核苷酸序列如SEQ ID No.4～6所示；扩增玉米2号染色体第109563976位的核苷酸序列如SEQ ID No.7～9所示；扩增玉米2号染色体第186339948位的核苷酸序列如SEQ ID No.10～12所示；扩增玉米3号染色体第27775731位的核苷酸序列如SEQ ID No.13～15所示；扩增玉米3号染色体第118083714位的核苷酸序列如SEQ ID No.16～18所示；扩增玉米4号染色体第20077010位的核苷酸序列如SEQ ID No.19～21所示；扩增玉米4号染色体第128874466位的核苷酸序列如SEQ ID No.22～24所示；扩增玉米5号染色体第13402375位的核苷酸序列如SEQ ID No.25～27所示；扩增玉米5号染色体第204879476位的核苷酸序列如SEQ ID No.28～30所示；扩增玉米6号染色体第39822979位的核苷酸序列如SEQ ID No.31～33所示；扩增玉米6号染色体第141476300位的核苷酸序列如SEQ ID No.34～36所示；扩增玉米7号染色体第126677146位的核苷酸序列如SEQ ID No.37～...

【专利技术属性】
技术研发人员：王凤格，王蕊，田红丽，易红梅，赵久然，
申请(专利权)人：北京市农林科学院，
类型：发明
国别省市：