样品中多核苷酸序列的分数丰度的多孔测定制造技术

本文公开了用于使用具有一个或多个纳米孔的纳米孔传感器确定样品中的目标分析物(例如，特定多核苷酸序列)的分数丰度的改进估计值的方法和组合物，例如，通过校正识别电信号和将电信号与样品中的目标分析物或参照分析物的量相关联所固有的误差。物的量相关联所固有的误差。物的量相关联所固有的误差。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】样品中多核苷酸序列的分数丰度的多孔测定


[0001]使用具有一个或多个固态纳米孔的系统和用于精确和准确定量的数学方法确定样品的特定多核苷酸序列的分数丰度的方法。

技术介绍

[0002]通过确定样品中存在的组分的相对丰度来表征液体样品可以为许多科学领域和应用提供有价值的信息。例如，循环细胞游离DNA中的点突变的相对丰度可用于诊断或监测患者中癌症的进展。作为另一个实例，确定遗传修饰生物体(GMO)的转基因序列与基因组DNA(例如从种子集合获得的)内的非GMO参照序列的分数量对于管理和经济原因是重要的。
[0003]存在一些用于灵敏检测样品中目标分析物的分数量的方法，然而，这些方法通常是昂贵且耗时的，或具有其他限制。例如，定量实时PCR(qPCR)测定仍然是用于确定靶核酸序列相对于测试样品内的非变体参照序列的相对量的标准方法。然而，qPCR的定量性能受到每个样品和每个扩增子的扩增效率的变异性的限制。影响扩增效率的因素包括来自样品基质以及提取试剂本身的抑制剂和伴随污染物。这些因素因样品和制备而异，但也在于它们影响一个序列与另一个序列相比的扩增效本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】1.一种使用一个或多个纳米孔装置确定目标分析物的分数丰度的估计值的方法，所述方法包括：在一个或多个纳米孔装置中跨一组纳米孔施加电压，以对于包含所述目标分析物和参照分析物的单元的样品的部分产生可检测的电子特征并诱导带电分析物通过所述一组纳米孔的移位；从所述目标分析物和参照分析物的单元通过所述一组纳米孔的移位产生一组事件特征；从所述一组事件特征生成对应于所述一组纳米孔并且与所述目标分析物的分数丰度相关的一组参数；在根据对应的阈值条件评价所述一组参数中的每一个时生成一组验证的参数，其中所述对应的阈值条件中的每一个是基于在所述一组参数的值上确定的可变性的度量的函数的，并且其中生成所述一组验证的参数包括保留满足所述对应的阈值条件的参数值；将所述一组验证的参数的值与参数组合操作相结合；以及基于所述参数组合操作的输出返回所述目标分析物的分数丰度的估计值。2.如权利要求1所述的方法，其中所述一组事件特征中的事件特征包括由目标分析物物质和参照分析物物质中的一者通过所述一组纳米孔中的纳米孔的移位诱导的测量电流。3.如权利要求1所述的方法，其中所述可变性的度量是在所述一组参数的值上确定的四分位距、标准差和方差中的至少一个，并且其中所述可变性的度量的函数包括所述可变性的度量乘以常数。4.如权利要求1所述的方法，其中所述一组参数中的至少一个针对其进行评价的所述对应的阈值条件包括所述一组参数中的参数的最大值与最小值之间的差。5.如权利要求1所述的方法，其中将所述一组验证的参数的值与参数组合操作相结合包括确定所述一组验证的参数的值的加权平均值，其中所述一组验证的参数的值的权重基于对于所述一组验证的参数中的每一个参数的所述对应的阈值条件的满足程度来确定。6.如权利要求1所述的方法，其中生成所述一组参数包括基于来自所述一组纳米孔中的纳米孔的数据质量的评估从考虑中省略来自所述纳米孔的数据。7.如权利要求6所述的方法，其中所述质量的评估包括表征相应纳米孔的形态特征的第一评估、表征相应纳米孔的形态特征的变化率的第二评估和表征与相应纳米孔相关的信号噪声的第三评估中的至少一种。8.如权利要求6所述的方法，其中所述质量的评估包括基于观察到的与相应纳米孔相关的噪声过滤纳米孔数据的第一操作、基于所述样品内样品群体的分离过滤纳米孔数据的第二操作和确定所述样品内样品群体的校准比的第三操作。9.如权利要求8所述的方法，其中所述第一操作限定将所述纳米孔数据中的噪声事件的子集与实际事件的子集分离的目标区域边界，并且基于所述噪声事件的子集和所述实际事件的子集对于所述一组纳米孔中的每一个确定噪声百分比。10.如权利要求8所述的方法，其中所述第二操作对停留时间和电信号输出的振幅中的至少一个实施主成分分析(PCA)操作，使用所述PCA操作的第一分量来确定所述样品的样品群体之间的分离的度量。11.如权利要求1所述的方法，其中所...

【专利技术属性】
技术研发人员：赵亚南，W，
申请(专利权)人：奥特拉公司，
类型：发明
国别省市：