寡核苷酸合成中使用的多氟嵌段聚体以及使用其的寡核苷酸合成方法技术

本发明专利技术提供一种使用容易获得的氟标记能够减小提纯负荷的多氟嵌段聚体以及使用其的寡核苷酸合成方法。合成由下述式子表示的多氟嵌段聚体，B为天然型或修饰核碱基；R1是在酸性或中性条件下能够脱保护的保护基；R3是磷酸保护基；Pro是无保护、保护或F

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】寡核苷酸合成中使用的多氟嵌段聚体以及使用其的寡核苷酸合成方法


[0001]本专利技术涉及寡核苷酸合成中的多氟嵌段聚体(multi
‑
fluorous blockmer)以及使用其的寡核苷酸合成方法。

技术介绍

[0002]近年来，对于以天然型或修饰寡核苷酸为基础骨架的核酸医药的关注度提高。为了得到按照可以得到目的作用的方式设计的核酸医药，广泛使用化学合成法。
[0003]作为化学合成法之一，众所周知较短链的寡核苷酸合成中使用的在液相中进行全部反应的液相合成法。最近，正在尝试在该液相合成法中应用氟标记(亲氟碳性的取代基)(专利文献1、专利文献2)。现有技术文献专利文献
[0004]专利文献1：国际公开第2005/070859号，专利文献2：国际公开第2017/086397号。

技术实现思路

专利技术要解决的课题
[0005]通用的液相合成法中，即使为了合成较短链的寡核苷酸，也需要例如酰胺(amidite)与核苷的偶联反应、为了得到接下来的反应基点的脱保护反应等几十道工序的反应。在如此多的工序中，需要使用柱色谱等进行提纯。提纯在很多情况下繁杂，因此不容易利用通用的液相合成法合成大量寡核苷酸。
[0006]另外，专利文献1、专利文献2等中使用的氟标记的结构复杂，不容易获得，因此成本也变高。
[0007]本专利技术鉴于这样的情况而完成，目的在于提供一种使用容易获得的氟标记、能够减小提纯负荷的、寡核苷酸合成中使用的多氟嵌段聚体以及使用其的寡核苷酸合成方法。解决课题的方法
[0008]为了解决上述课题，本专利技术的寡核苷酸合成中使用的多氟嵌段聚体和使用其的寡核苷酸合成方法采用以下的手段。本专利技术的第1方式是由下述式(I)表示的核苷保护体，【化学式1】
上述式(I)中，B为天然型或修饰核苷碱基；R1、R2独立地为H或在酸性、碱性或中性条件下能够脱保护的保护基；F
‑
protector在核苷碱基B的被保护部为O的情况下是O(CH2)
n
(CF2)
m
CF3，在核苷碱基B的被保护部为N的情况下是NH(C＝O)(CH2)
n
(CF2)
m
CF3，n为1或2，m为1～20的整数；Y为H、OH、卤素、OCH3、甲氧基乙基、CN、CF3、或被酰基类保护基、醚类保护基、甲硅烷基类保护基保护的羟基；Z为H、烷基、O
‑
烷基、N
‑
烷基、卤素、或与上述Y之间形成Z
‑
Y键。
[0009]本专利技术的第2方式是由下述式(II)表示的5
′‑
末端保护核苷亚磷酰胺，【化学式2】上述式(II)中，B为天然型或修饰核苷碱基；R1是在酸性、碱性或中性条件下能够脱保护的保护基；R3为磷酸保护基、优选为CH2CH2CN、CH2CH＝CH2、OCH3、或CH2(CH2)
x
YG，Y为NH或S，G为烯丙基或酰基，x为0～3，或者R3与键合于与磷原子键合的氮原子的R4的一个键合而形成环；R4为取代或未取代的脂肪族基、取代或未取代的芳香族基；F
‑
protector在核苷碱基B的被保护部为O的情况下是O(CH2)
n
(CF2)
m
CF3，在核苷碱基B的被保护部为N的情况下是NH(C＝O)(CH2)
n
(CF2)
m
CF3，n为1或2，m为1～20的整数；Y为H、OH、卤素、OCH3、甲氧基乙基、CN、CF3、或被酰基类保护基、醚类保护基、甲硅烷基类保护基保护的羟基；Z为H、烷基、O
‑
烷基、N
‑
烷基、卤素、或与上述Y之间形成Z
‑
Y键。
[0010]本专利技术的第3方式是由下述式(III)表示的氟嵌段聚体酰胺(fluorous blockmer amidite)。【化学式3】
[0011]上述式(III)中，B为天然型或修饰核苷碱基；R1是在酸性、碱性或中性条件下能够脱保护的保护基；R3为磷酸保护基，优选为CH2CH2CN、CH2CH＝CH2、OCH3、或CH2(CH2)
t
RG，R为NH或S，G为烯丙基或酰基，t为0～3，或者R3与键合于与形成酰胺部分的磷原子键合的氮原子的R5的一个键合而形成环；R5为取代或未取代的脂肪族基、取代或未取代的芳香族基；Pro为无保护、核苷碱基的保护基或F
‑
protector，F
‑
protector在核苷碱基B的被保护部为O的情况下是O(CH2)
n
(CF2)
m
CF3，在核苷碱基B的被保护部为N的情况下是NH(C＝O)(CH2)
n
(CF2)
m
CF3，n为1或2，m为1～20的整数；X为O或S；p为0～27的整数；Y为H、OH、卤素、OCH3、甲氧基乙基、CN、CF3、或被酰基类保护基、醚类保护基、甲硅烷基类保护基保护的羟基；Z为H、烷基、O
‑
烷基、N
‑
烷基、卤素、或与上述Y之间形成Z
‑
Y键。由上述式(III)表示的氟嵌段聚体酰胺在Pro或R1、R3中的任一个中，具有至少一个F
‑
protector。
[0012]本专利技术的第4方式是由下述式(IV)表示的多氟嵌段聚体。【化学式4】
[0013]上述式(IV)中，B为天然型或修饰核苷碱基；R1是在酸性、碱性或中性条件下能够脱保护的保护基；R3为磷酸的保护基，优选为CH2CH2CN、CH2CH＝CH2、OCH3、或CH2(CH2)
t
RG，R为NH或S，G为烯丙基或酰基，t为0～3；Pro为无保护、核苷碱基的保护基或F
‑
protector，F
‑
protector在核苷碱基B的被保护部为O的情况下是O(CH2)
n
(CF2)
m
CF3，在核苷碱基B的被保护部为N的情况下是NH(C＝O)(CH2)
n
(CF2)
m
CF3，n为1或2，m为1～20的整数；X为O或S；l为0至58的整数；R7为(C＝O)(CH2)2(C＝O)(CH2)n(CF2)mCF3或甲硅烷基类保护基，n为1或2，m为1～20的整数；Y为H、OH、卤素、OCH3、甲氧基乙基、CN、CF3、或被酰基类保护基、醚类保护基、甲硅烷基类保护基保护的羟基；Z为H、烷基、O
‑
烷基、N
‑
烷基、卤素、或与上述Y之间形成Z
‑
Y键。由上述式(IV)表示的多氟嵌段聚体在Pro或R1、R3中的任一个中，具有至少一个F
‑
protector。
[0014]本专利技术的第5方式是由上述式(IV)表示的多氟嵌段聚体的合成方法，其包括使由上述式(III)表本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】1.一种核苷保护体，其是由下述式(I)表示的核苷保护体，【化学式1】所述式(I)中，B为天然型或修饰核苷碱基；R1、R2独立地为H或在酸性、碱性或中性条件下能够脱保护的保护基；F
‑
protector在核苷碱基B的被保护部为O的情况下是O(CH2)
n
(CF2)
m
CF3，在核苷碱基B的被保护部为N的情况下是NH(C＝O)(CH2)
n
(CF2)
m
CF3，n为1或2，m为1～20的整数；Y为H、OH、卤素、OCH3、甲氧基乙基、CN、CF3、或被酰基类保护基、醚类保护基、甲硅烷基类保护基保护的羟基；Z为H、烷基、O
‑
烷基、N
‑
烷基、卤素、或与所述Y之间形成Z
‑
Y键。2.一种5
′‑
末端保护核苷亚磷酰胺，其是由下述式(II)表示的5
′‑
末端保护核苷亚磷酰胺，【化学式2】所述式(II)中，B为天然型或修饰核苷碱基；R1是在酸性、碱性、或中性条件下能够脱保护的保护基；R3为磷酸基的保护基，或者R3与键合于与磷原子键合的氮原子的R4的一个键合而形成环；R4为取代或未取代的脂肪族基、取代或未取代的芳香族基；F
‑
protector在核苷碱基B的被保护部为O的情况下是O(CH2)
n
(CF2)
m
CF3，在核苷碱基B的被保护部为N的情况下是NH(C＝O)(CH2)
n
(CF2)
m
CF3，n为1或2，m为1～20的整数；Y为H、OH、卤素、OCH3、甲氧基乙基、CN、CF3、或被酰基类保护基、醚类保护基、甲硅烷基类保护基保护的羟基；Z为H、烷基、O
‑
烷基、N
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烷基、卤素、或与所述Y之间形成Z
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Y键。3.一种氟嵌段聚体酰胺，其是由下述式(III)表示的氟嵌段聚体酰胺，【化学式3】
所述式(III)中，B为天然型或修饰核苷碱基；R1是在酸性、碱性或中性条件下能够脱保护的保护基；R3为磷酸基的保护基、或者R3与键合于与形成酰胺部分的磷原子键合的氮原子的R5的一个键合而形成环；R5为取代或未取代的脂肪族基、取代或未取代的芳香族基；Pro为无保护、核苷碱基的保护基或F
‑
protector，F
‑
protector在核苷碱基B的被保护部为O的情况下是O(CH2)
n
(CF2)
m
CF3，在核苷碱基B的被保护部为N的情况下是NH(C＝O)(CH2)
n
(CF2)
m
CF3，n为1或2，m为1～20的整数；p为0～27的整数；Y为H、OH、卤素、OCH3、甲氧基乙基、CN、CF3、或被酰基类保护基、醚类保护基、甲硅烷基类保护基保护的羟基；Z为H、烷基、O
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【专利技术属性】
技术研发人员：片冈正典，兵藤守，
申请(专利权)人：株式会社纳蒂亚斯，
类型：发明
国别省市：