一种类风湿关节炎肠道微生物的标志物组及早期诊断试剂盒制造技术

本发明专利技术公开一种类风湿关节炎肠道微生物的标志物组及早期诊断试剂盒，类风湿关节炎肠道微生物的标志物组包括43种差异微生物组合，该类风湿关节炎肠道微生物组合可用于类风湿关节炎风险预估。该类风湿关节炎的早期诊断试剂盒是包括针对上述生物标记物组的探针和/或引物，经验证该试剂盒具有较高的检出率和较高的准确度，可以综合地体现类风湿关节炎患者的肠道微生物差异状况，可用于类风湿关节炎的早期发现，为患者争取时间，尽早开始治疗，提高临床治疗效果。床治疗效果。床治疗效果。

【技术实现步骤摘要】
一种类风湿关节炎肠道微生物的标志物组及早期诊断试剂盒


[0001]本专利技术涉及体外诊断
，具体涉及一种类风湿关节炎肠道微生物的标志物组及其早期诊断试剂盒。

技术介绍

[0002]类风湿关节炎是一种以侵蚀性关节炎为主要表现的全身性自身免疫疾病，其特点为对称性、持续性小关节的滑膜炎、血管翳形成、软骨和骨破坏，最终导致关节畸形及功能丧失。随着对类风湿关节炎的研究深入，基因遗传在其发病的作用中为60％，提示环境因素或遗传与环境因素相互作用在类风湿关节炎发病中起重要作用。近些年来，二代测序的快速发展，肠道微生物的研究也得到快速发展。肠道微生物不仅能帮助人体消化吸收食物、获取能量、合成维生素、抵御外界病原菌入侵，还能参与自身免息疾病的发病及治疗。肠道微生物与类风湿关节炎的研究越来越多，越来越多的证据证明环境因素中肠道微生物与类风湿关节炎发病密切相关。
[0003]目前，RA的血清诊断主要依据类风湿因子和抗CCP的检测。但是，仍有大量患者在发病初期，甚至患病多年而缺乏生物标志物，给临床诊断和治疗带来困难，导致延误治疗而出现残疾。早期诊断对于改善RA的结局至关重要。但是，目前肠道微生物诊断工具诊断准确度或敏感性有限，所需检测微生物较多，对应检测费用较高，还有的工具准确度表现良好，但不能确定具体到种水平的微生物，一方面检测所有微生物费用高，另一方面不能明确具体微生物。

技术实现思路

[0004]为了克服现有技术的不足，本专利技术的目的之一在于提供一种类风湿关节炎肠道微生物的标志物组，反映类风湿关节炎病人及健康人之间的血清代谢产物的变异状况，从而找到类风湿关节炎的诊断标记物，为类风湿关节炎的诊断和治疗提供有利的技术支持；本专利技术的目的之二在于提供一种提供类风湿关节炎早期诊断试剂盒。
[0005]本专利技术的目的之一采用如下技术方案实现：
[0006]一种类风湿关节炎肠道微生物的标志物组，包括以下43种肠道微生物：Gordonibacter pamelaeae,Citrobacter unclassified,Dialister succinatiphilus,Dorea formicigenerans,Eubacterium biforme,Megamonas unclassified,Corynebacterium durum,Clostridium perfringens,Streptococcus macedonicus,Alistipes indistinctus,Lactobacillus salivarius,Megamonas hypermegale,Catenibacterium mitsuokai,Rothia dentocariosa,Lachnospiraceae bacterium 1_4_56FAA,Eggerthella unclassified,Sutterella wadsworthensis,Oscillibacter unclassified,Dialister micraerophilus,Coprococcus catus,Citrobacter freundii,Klebsiella pneumoniae,Clostridiales bacterium BV3C26,Paraprevotella xylaniphila,Lachnospiraceae bacterium 7_1_58FAA,Megamonas rupellensis,
Lactobacillus sanfranciscensis,Paraprevotella clara,Lactobacillus casei paracasei,Collinsella aerofaciens,Bacteroides stercoris,Ruminococcus lactaris,Bacteroides plebeius,Parasutterella excrementihominis,Burkholderiales bacterium 1_1_47,Prevotella copri,Bifidobacterium bifidum,Holdemania filiformis,Parabacteroides distasonis,Haemophilus parainfluenzae,Lactobacillus ruminis,Actinomyces viscosus和Klebsiella phage KP34。
[0007]进一步，使用随机森林分类器对43个差异微生物进行分类器模型拟合。通过对模型参数调整，获得最佳分类模型。选取出对模型重要性最高的前30个微生物作为重要差异微生物。重要差异微生物包括以下30种肠道微生物：Bacteroides stercoris,Haemophilus parainfluenzae,Klebsiella pneumoniae,Lactobacillus sanfranciscensis,Alistipes indistinctus,Citrobacter unclassified,Coprococcus catus,Dorea formicigenerans,Lachnospiraceae bacterium 7_1_58FAA,Parabacteroides distasonis,Oscillibacter unclassified,Eggerthella unclassified,Collinsella aerofaciens,Burkholderiales bacterium 1_1_47,Ruminococcus lactaris,Bacteroides plebeius,Parasutterella excrementihominis,Prevotella copri,Gordonibacter pamelaeae,Sutterella wadsworthensis,Holdemania filiformis,Lachnospiraceae bacterium 1_4_56FAA,Bifidobacterium bifidum,Citrobacter freundii,Megamonas rupellensis,Paraprevotella xylaniphila,Clostridium perfringens,Megamonas unclassified,Eubacterium biforme,Megamonas hypermegale。
[0008]进一步，待筛选出30个重要差异微生物对应的丰度信息后，按75:25的比例将数据拆分为训练组及测试组。使用5折交叉验证的随机森林分类器对训练集数据进行训练拟合模型，筛选出最佳分类器模型。最终使用最佳模型对测试集数据进行类风湿关节炎风险预测。使用AUC作为模型预测效果评估指标。预测值大于0.5可认为患类风湿关节炎可能性大。
[0009]本专利技术的目的之二采用如下技术方案实现：
[0010]一种类风湿关节炎早期诊断试剂盒，本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种类风湿关节炎肠道微生物的标志物组，其特征在于，包括以下肠道微生物：Gordonibacter pamelaeae,Citrobacter unclassified,Dialister succinatiphilus,Dorea formicigenerans,Eubacterium biforme,Megamonas unclassified,Corynebacterium durum,Clostridium perfringens,Streptococcus macedonicus,Alistipes indistinctus,Lactobacillus salivarius,Megamonas hypermegale,Catenibacterium mitsuokai,Rothia dentocariosa,Lachnospiraceae bacterium1_4_56FAA,Eggerthella unclassified,Sutterella wadsworthensis,Oscillibacter unclassified,Dialister micraerophilus,Coprococcus catus,Citrobacter freundii,Klebsiella pneumoniae,Clostridiales bacterium BV3C26,Paraprevotella xylaniphila,Lachnospiraceae bacterium 7_1_58FAA,Megamonas rupellensis,Lactobacillus sanfranciscensis,Paraprevotella clara,Lactobacillus casei paracasei,Collinsella aerofaciens,Bacteroides stercoris,Ruminococcus lactaris,Bacteroides plebeius,Parasutterella excrementihominis,Burkholderiales bacterium 1_1_47,Prevotella copri,Bifidobacterium bifidum,Holdemania filiformis,Par...

【专利技术属性】
技术研发人员：邓煜盛，韩丽娟，
申请(专利权)人：康美华大基因技术有限公司，
类型：发明
国别省市：