一种基因芯片的判读方法、装置、设备及存储介质制造方法及图纸

本发明专利技术实施例公开了一种基因芯片的判读方法，所述方法应用于内置在芯片杂交仪中的基因芯片的判读装置，包括：通过与芯片杂交仪相连的预设接口获取待判读的基因芯片图像，并在基因芯片图像中进行目标图像的识别；将目标图像输入训练好的判读模型中，获取输出的判读结果。本发明专利技术实施例提供的基因芯片的判读方法，通过将基因芯片判读装置嵌入现有的芯片杂交仪中，获取基因芯片图像，并利用判读模型进行智能判读，实现了基因芯片图像的自动化判读，减少了工作人员的重复性劳动，大大提高了工作效率。效率。效率。

【技术实现步骤摘要】
一种基因芯片的判读方法、装置、设备及存储介质


[0001]本专利技术涉及计算机视觉
，尤其涉及一种基因芯片的判读方法、装置、设备及存储介质。

技术介绍

[0002]基因芯片的测序原理是通过与一组已知序列的核酸探针杂交进行核酸序列测定，其中，斑点杂交法是指将待测的DNA变性后点加在硝酸纤维素膜(或尼龙膜、NC膜)上，用已标记的探针进行杂交，再进行洗膜(除去未接合的探针)和放射自显影，根据显影结果判断是否有杂交及其杂交强度，主要用于基因缺失或拷贝数改变的检测。
[0003]对基因芯片的判读，目前只能以人工判读的方式进行，存在以下问题：不能与智能化仪器整体配套，不能自动发送检测结果；工作繁琐，人工判读效率低。
[0004]对于基因芯片的自动判读，目前的方案效果都不理想，存在以下技术困难：图像不规整、背景差、色浅、边缘有阴影等造成误判；图像有涂写、记录文字、损坏等，造成误判；不能误别弱阳性，需要人工复核；外置的判读设备和软件，不能整合到杂交仪中。

技术实现思路

[0005]本专利技术实施例提供了一种基因芯片的判读方法、装置、设备及存储介质，实现了对基因芯片显影结果的智能判读。
[0006]第一方面，本专利技术实施例提供了一种基因芯片的判读方法，所述方法应用于内置在芯片杂交仪中的基因芯片的判读装置，包括：
[0007]通过与芯片杂交仪相连的预设接口获取待判读的基因芯片图像，并在所述基因芯片图像中进行目标图像的识别；
[0008]将所述目标图像输入训练好的判读模型中，获取输出的判读结果。
[0009]进一步地，在所述基因芯片图像中进行目标图像的识别，包括：
[0010]通过二值化处理将所述基因芯片图像转化为二值化图像；
[0011]对所述二值化图像进行边框识别，获取包含四条边框线的所述目标图像。
[0012]进一步地，通过二值化处理将所述基因芯片图像转化为二值化图像，包括：
[0013]将所述基因芯片图像的分辨率和尺寸调整为预设大小；
[0014]确定所述基因芯片图像中各像素点的灰度值，针对所述各像素点，若灰度值大于等于第一设定阈值则令对应像素点的灰度值为255，若灰度值小于第一设定阈值则令对应像素点的灰度值为0；
[0015]将各像素点的灰度值为0或255的图像确定为所述二值化图像。
[0016]进一步地，对所述二值化图像进行边框识别，获取包含四条边框线的所述目标图像，包括：
[0017]对所述二值化图像进行裁剪，去除所述二值化图像中的边缘部分，并通过旋转将所述二值化图像校正到标准位置；
[0018]识别所述二值化图像中的线条并进行筛选，保留灰度值大于等于第二设定阈值的线条；
[0019]确定所述二值化图像中的四条边框线，将包含所述四条边框线的二值化图像确定为所述目标图像。
[0020]进一步地，确定所述二值化图像中的四条边框线，包括：
[0021]分别确定所述二值化图像上侧第一条黑线下方设定距离处的第一参考线，和第二条黑线下方设定距离处的第二参考线，若所述第一参考线覆盖范围内灰度值为零，且所述第二参考线覆盖范围内灰度值不为零，则将所述第二参考线确定为上侧边框；
[0022]分别确定所述二值化图像左侧第一条黑线右方设定距离处的第三参考线，和第二条黑线右方设定距离处的第四参考线，若所述第三参考线覆盖范围内灰度值为零，且所述第四参考线覆盖范围内灰度值不为零，则将所述第四参考线确定为左侧边框；
[0023]根据所述上侧边框和左侧边框的位置及图像设定尺寸，确定所述目标图像的下侧边框和右侧边框。
[0024]进一步地，将所述目标图像输入训练好的判读模型中之前，还包括：
[0025]对所述判读模型进行训练。
[0026]进一步地，对所述判读模型进行训练，包括：
[0027]获取训练所需数据，并划分为训练集和测试集；
[0028]将所述训练集输入所述判读模型中，获取训练结果；
[0029]根据所述训练结果与测试集的偏差调整所述判读模型的参数，直到所述偏差满足设定精度要求。
[0030]第二方面，本专利技术实施例还提供了一种基因芯片的判读装置，所述装置内置在芯片杂交仪中，包括：
[0031]目标图像识别模块，用于通过与芯片杂交仪相连的预设接口获取待判读的基因芯片图像，并在所述基因芯片图像中进行目标图像的识别；
[0032]判读结果输出模块，用于将所述目标图像输入训练好的判读模型中，获取输出的判读结果。
[0033]可选的，目标图像识别模块还用于：
[0034]通过二值化处理将所述基因芯片图像转化为二值化图像；
[0035]对所述二值化图像进行边框识别，获取包含四条边框线的所述目标图像。
[0036]可选的，目标图像识别模块还用于：
[0037]将所述基因芯片图像的分辨率和尺寸调整为预设大小；
[0038]确定所述基因芯片图像中各像素点的灰度值，针对所述各像素点，若灰度值大于等于第一设定阈值则令对应像素点的灰度值为255，若灰度值小于第一设定阈值则令对应像素点的灰度值为0；
[0039]将各像素点的灰度值为0或255的图像确定为所述二值化图像。
[0040]可选的，目标图像识别模块还用于：
[0041]对所述二值化图像进行裁剪，去除所述二值化图像中的边缘部分，并通过旋转将所述二值化图像校正到标准位置；
[0042]识别所述二值化图像中的线条并进行筛选，保留灰度值大于等于第二设定阈值的
线条；
[0043]确定所述二值化图像中的四条边框线，将包含所述四条边框线的二值化图像确定为所述目标图像。
[0044]可选的，目标图像识别模块还用于：
[0045]分别确定所述二值化图像上侧第一条黑线下方设定距离处的第一参考线，和第二条黑线下方设定距离处的第二参考线，若所述第一参考线覆盖范围内灰度值为零，且所述第二参考线覆盖范围内灰度值不为零，则将所述第二参考线确定为上侧边框；
[0046]分别确定所述二值化图像左侧第一条黑线右方设定距离处的第三参考线，和第二条黑线右方设定距离处的第四参考线，若所述第三参考线覆盖范围内灰度值为零，且所述第四参考线覆盖范围内灰度值不为零，则将所述第四参考线确定为左侧边框；
[0047]根据所述上侧边框和左侧边框的位置及图像设定尺寸，确定所述目标图像的下侧边框和右侧边框。
[0048]可选的，装置还包括模型训练模块，用于对所述判读模型进行训练。
[0049]可选的，模型训练模块还用于：
[0050]获取训练所需数据，并划分为训练集和测试集；
[0051]将所述训练集输入所述判读模型中，获取训练结果；
[0052]根据所述训练结果与测试集的偏差调整所述判读模型的参数，直到所述偏差满足设定精度要求。
[0053]第三方面，本专利技术实施例还提供了一种基因芯片的判读的本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种基因芯片的判读方法，其特征在于，所述方法应用于内置在芯片杂交仪中的基因芯片的判读装置，包括：通过与所述芯片杂交仪相连的预设接口获取待判读的基因芯片图像，并在所述基因芯片图像中进行目标图像的识别；将所述目标图像输入训练好的判读模型中，获取输出的判读结果。2.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，在所述基因芯片图像中进行目标图像的识别，包括：通过二值化处理将所述基因芯片图像转化为二值化图像；对所述二值化图像进行边框识别，获取包含四条边框线的所述目标图像。3.根据权利要求2所述的方法，其特征在于，通过二值化处理将所述基因芯片图像转化为二值化图像，包括：将所述基因芯片图像的分辨率和尺寸调整为预设大小；确定所述基因芯片图像中各像素点的灰度值，针对所述各像素点，若灰度值大于等于第一设定阈值则令对应像素点的灰度值为255，若灰度值小于第一设定阈值则令对应像素点的灰度值为0；将各像素点的灰度值为0或255的图像确定为所述二值化图像。4.根据权利要求2所述的方法，其特征在于，对所述二值化图像进行边框识别，获取包含四条边框线的所述目标图像，包括：对所述二值化图像进行裁剪，去除所述二值化图像中的边缘部分，并通过旋转将所述二值化图像校正到标准位置；识别所述二值化图像中的线条并进行筛选，保留灰度值大于等于第二设定阈值的线条；确定所述二值化图像中的四条边框线，将包含所述四条边框线的二值化图像确定为所述目标图像。5.根据权利要求4所述的方法，其特征在于，确定所述二值化图像中的四条边框线，包括：分别确定所述二值化图像上侧第一条黑线下方设定距离处的第一参考线，和第二条黑线下方设定距离处的第二参考线，若所述第一参考线覆盖范围内灰...

【专利技术属性】
技术研发人员：蔡树衡，翁丹容，张伟，陈梓泳，郑镇钦，
申请(专利权)人：广东凯普生物科技股份有限公司潮州凯普生物化学有限公司广州凯普生物科技有限公司，
类型：发明
国别省市：