一种用于检测新型冠状病毒及其变异株的引物、探针组合物及试剂盒制造技术

本发明专利技术公开了一种用于检测新型冠状病毒及其变异株的引物、探针组合物及试剂盒，包括针对SARS

【技术实现步骤摘要】
ID NO.13所示，探针如SEQ ID NO.14所示；所述E基因P71L突变位点的正向引物如SEQ ID NO.15所示，反向引物如SEQ ID NO.16 所示，探针如SEQ ID NO.17所示；所述ORF7A基因V82A突变位点的正向引物如SEQ IDNO.18所示，反向引物如SEQ ID NO.19所示，探针如SEQ ID NO.20所示；所述ORF3A 基因S253P突变位点的正向引物如SEQ ID NO.21所示，反向引物如SEQ ID NO.22所示，探针如SEQ ID NO.23所示。
[0008]本专利技术针对上述选取到的基因及突变位点进行引物及探针设计，在设计过程中考虑了多种常规设计因素及设计经验积累，最终通过临床样本验证，确定了针对上述基因及突变位点的特异性探针及引物。经与商业试剂盒对比及临床验证，证明上述引物及探针检测突变位点的结果正确率为100％。
[0009]进一步地，作为优选的方案，所述ORF1ab基因的正向引物如SEQ ID NO.24所示，反向引物如SEQ ID NO.25所示，探针如SEQ ID NO.26所示；和/或，所述N基因的正向引物如SEQ ID NO.27所示，反向引物如SEQ ID NO.28所示，探针如SEQ ID NO.29 所示；和/或，所述内参基因为ACTIN基因，所述ACTIN基因的正向引物如SEQ ID NO.30 所示，反向引物如SEQ ID NO.31所示，探针如SEQ ID NO.32所示。当然，可以理解，上述新型冠状病毒的引物及探针也可采用现有技术中的其他引物和探针，内参基因也可以选取除了ACTIN基因以外的其他常规内参基因。
[0010]进一步地，所述S基因69
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70Del突变位点、ORF1ab基因及N基因的探针的5
’
端采用相同的第一荧光基团；所述S基因L452R、E484K、E484Q、N501Y突变位点的探针的5
’
端采用相同的第二荧光基团；所述NSP6基因106/107/108del突变位点、E基因P71L突变位点、ORF7A基因V82A突变位点、ORF3A基因S253P突变位点的探针的5
’
端采用相同的第三荧光基团；所述内参基因的探针的5
’
端采用第四荧光基团。
[0011]进一步地，所述S基因69
‑
70Del突变位点、ORF1ab基因及N基因的探针的5
’
端均采用FAM荧光基团，3
’
端均采用BHQ1淬灭基团；所述S基因L452R、E484K、E484Q、N501Y 突变位点的探针的5
’
端均采用ROX荧光基团，3
’
端均采用BHQ2淬灭基团；所述NSP6基因106/107/108del突变位点、E基因P71L突变位点、ORF7A基因V82A突变位点、ORF3A基因S253P突变位点的探针的5
’
端均采用HEX荧光基团，3
’
端均采用BHQ1淬灭基团；所述内参基因的探针的5
’
端采用CY5荧光基团，3
’
端采用BHQ2淬灭基团。
[0012]进一步地，各所述基因及突变位点的引物及探针组合形成不同的混合液；其中一种混合液中，ORF1ab基因及N基因的探针同时存在，且与该混合液中的其他基因或突变位点的探针5
’
端的荧光基团不同；其他每种混合液中的各探针的5
’
端的荧光基团不同；每种混合液用于分别利用一个PCR管进行多重荧光PCR反应。
[0013]通过对上述设计得到的引物、探针进行混合，形成不同的混合液组合，用于多重荧光PCR检测，可大大提高PCR检测效率。
[0014]进一步地，所述混合液为1
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3种。
[0015]进一步地，所述混合液为PCR反应液A及PCR反应液B；所述PCR反应液A含有ORF1ab 基因、N基因、ORF3A基因S253P突变位点、S基因E484K突变位点的引物及探针；所述 PCR反应液B含有S基因69
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70Del突变位点、E基因P71L突变位点、N501Y突变位点的因为及探针；所述PCR反应液A和/或B中含有内参基因的引物及探针；所述组合物用于检测出新型冠状病毒及新型冠状病毒B.1.1.7变异株、B.1.351变异株或P.1变异株。
[0016]进一步地，所述混合液为PCR反应液C及PCR反应液D；所述PCR反应液C含有ORF1ab 基因、N基因、ORF7A基因V82A突变位点、S基因E484Q突变位点、内参基因的引物及探针；所述PCR反应液D含有S基因69/70Del突变位点、E基因P71L突变位点、S基因L452R突变位点、ORF3A基因S253P突变位点的引物及探针；所述组合物用于检测出新型冠状病毒及新型冠状病毒B.1.1.7变异株、B.1.351变异株、B.1.617变异株、 B.1.617.1变异株、B.1.617.2变异株、B.1.617.3变异株或P.1变异株。
[0017]进一步地，所述混合液为PCR反应液E、PCR反应液F及PCR反应液G；所述PCR 反应液E含有ORF1ab基因、N基因、NSP6基因106/107/108Del突变位点、S基因E484K 突变位点的引物及探针；所述PCR反应液F含有ORF3A基因S253P突变位点、ORF7A基因V82A突变位点、S基因L452R突变位点的引物及探针；所述PCR反应液G含有S基因69/70Del突变位点、E基因P71L突变位点、S基因E484Q突变位点的引物及探针；所述 PCR反应液E、F和/或G中含有内参基因的引物及探针；所述组合物用于检测出新型冠状病毒及新型冠状病毒B.1.1.7变异株、B.1.351变异株、B.1.617变异株或P.1变异株。
[0018]进一步地，单独使用的混合液，所述混合液为PCR反应液C；所述PCR反应液C含有ORF1ab基因、N基因、ORF7A基因V82A突变位点、S基因E484Q突变位点、内参基因的引物及探针；所述组合物用于检测出新型冠状病毒B.1.617变异株、B.1.617.1变异株、B.1.617.2变异株或B.1.617.3变异株。
[0019]本专利技术还提供了一种用于检测新型冠状病毒及其变异株的试剂盒，所述试剂盒包括上述的用于检测新型冠状病毒及其变异株的引物、探针组合物。
[0020]通过采用上述技术方案，本专利技术至少具有以下优点：
[0021](1)本专利技术基于多重荧光PCR扩增技术，对单个样本中新型冠状病毒的ORF1ab基因、N基因、S基因69
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70Del、L452R、E484K、E484Q和N501Y突变位点、NSP6基因 106/107/108del突变位点、E基因P71L突变位点、ORF7A基因V82A突变位点、ORF3A 基因S253P突变位点、内参基因ACTIN进行检测，可以实现以下三种目的：(1)检测新型冠状病毒；本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种用于检测新型冠状病毒及其变异株的引物、探针组合物，包括针对SARS
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CoV
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2的ORF1ab基因、N基因以及内参基因的特异性的引物及探针，其特征在于，还包括：针对SARS
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CoV
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2的S基因69
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70Del、L452R、E484K、E484Q和N501Y突变位点、NSP6基因106/107/108del突变位点、E基因P71L突变位点、ORF7A基因V82A突变位点、ORF3A基因S253P突变位点中的一个或多个突变位点的特异性的引物及探针；所述引物及探针组合物用于在检测新型冠状病毒时又检测突变位点，可区分出新型冠状病毒B.1.351变异株、B.1.1.7变异株、B.1.617变异株或P.1变异株中的一种或多种。2.根据权利要求1所述的用于检测新型冠状病毒及其变异株的引物、探针组合物，其特征在于：所述S基因69
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70Del突变位点的正向引物如SEQ ID NO.1所示，反向引物如SEQ ID NO.2所示，探针如SEQ ID NO.3所示；所述S基因L452R突变位点的正向引物如SEQ ID NO.4所示，反向引物如SEQ ID NO.5所示，探针如SEQ ID NO.6所示；所述S基因E484K突变位点的正向引物如SEQ ID NO.7所示，反向引物如SEQ ID NO.10所示，探针如SEQ ID NO.11所示；所述S基因E484Q突变位点的正向引物如SEQ ID NO.8所示，反向引物如SEQ ID NO.10所示，探针如SEQ ID NO.11所示；所述S基因N501Y突变位点的正向引物如SEQ ID NO.9所示，反向引物如SEQ ID NO.10所示，探针如SEQ ID NO.11所示；所述NSP6基因106/107/108del突变位点的正向引物如SEQ ID NO.12所示，反向引物如SEQ ID NO.13所示，探针如SEQ ID NO.14所示；所述E基因P71L突变位点的正向引物如SEQ ID NO.15所示，反向引物如SEQ ID NO.16所示，探针如SEQ ID NO.17所示；所述ORF7A基因V82A突变位点的正向引物如SEQ ID NO.18所示，反向引物如SEQ ID NO.19所示，探针如SEQ ID NO.20所示；所述ORF3A基因S253P突变位点的正向引物如SEQ ID NO.21所示，反向引物如SEQ ID NO.22所示，探针如SEQ ID NO.23所示。3.根据权利要求1或2所述的用于检测新型冠状病毒及其变异株的引物、探针组合物，其特征在于：所述ORF1ab基因的正向引物如SEQ ID NO.24所示，反向引物如SEQ ID NO.25所示，探针如SEQ ID NO.26所示；和/或，所述N基因的正向引物如SEQ ID NO.27所示，反向引物如SEQ ID NO.28所示，探针如SEQ ID NO.29所示；和/或，所述内参基因为ACTIN基因，所述ACTIN基因的正向引物如SEQ ID NO.30所示，反向引物如SEQ ID NO.31所示，探针如SEQ ID NO.32所示。4.根据权利要求1
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3任一项所述的用于检测新型冠状病毒及其变异株的引物、探针组合物，其特征在于：所述S基因69
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70Del突变位点、ORF1ab基因及N基因的探针的5
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端采用相同的第一荧光基团；
所述S基因L452R、E484K、E484Q、N501Y突变位点的探针的5
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端采用相同的第二荧光基团；所述NSP6基因106/107/108del突变位点、E基因P71L突变位点、ORF7A基因V82A突变位点、ORF3A基因S253P突变位点的探针的5
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端采用相同的第三荧光基团；所述内参基因的探针的5
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端采用第四荧光基团。5.根据权利要求4所述的用于检测新型冠状病毒及其变异株的引物、探针组合物，其特征在于：所述S基因69
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70Del突变位点、ORF1ab基因及N基因的探针的5
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端均采用FAM荧光...

【专利技术属性】
技术研发人员：刘亚宝，韩英，赵燕，
申请(专利权)人：成都峰际生物技术有限公司，
类型：发明
国别省市：