萝卜基因组SNP-Panel及其应用制造技术

本发明专利技术涉及萝卜分子育种，特别是涉及萝卜基因组SNP

【技术实现步骤摘要】
萝卜基因组SNP
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Panel及其应用


[0001]本专利技术涉及萝卜分子育种，特别是涉及萝卜基因组SNP
‑
Panel及其应用。

技术介绍

[0002]萝卜是重要的十字花科蔬菜作物，近年来随着高通量测序技术的飞速发展，萝卜的基因组信息越来越 丰富，为开展萝卜分子设计育种打下了良好的基础。分子设计育种技术将实现对农艺性状的精确改良，显 示出比其他育种手段更为突出的优越性，是今后作物育种技术发展的重要方向。现阶段，可用于分子标记 辅助育种的技术有SSR/InDel、KASP和基因芯片等，其中SSR/InDel和KASP可用的标记少，单价高，不 适合全基因组范围的分子标记辅助育种；基因芯片价格高且核心技术为国外所有，不能大规模应用且不能 满足个性化的需求，同时存在技术壁垒。因此，开发一种通量高、成本低的覆盖全基因组的分子标记检测 体系对于开展萝卜分子育种具有重要的意义。

技术实现思路

[0003]本专利技术提供了一种通量高、成本低的覆盖全基因组的分子标记检测体系。
[0004]本专利技术的技术方案是萝卜基因组SNP
‑
Panel，包括表1中305个SNP位点中的至少1个SNP位点以及 该SNP位点的扩增引物，引物序列见表1中SEQ ID No.1～610所示。
[0005]表1 305个SNP标记的引物序列
[0006][0007][0008][0009][0010][0011][0012][0013][0014][0015]进一步的，所述萝卜基因组SNP
‑
Panel包括表1中8个SNP位点及其扩增引物，具体为C0054、C0077、 C0096、C0119、C0134、C0180、C0202和C0301。
[0016]本专利技术还提供了所述萝卜基因组SNP
‑
Panel的应用，所述应用是以下任一种育种应用或育种应用组合：
[0017](1)在萝卜育种过程中鉴定各项指标在表型中的应用；
[0018](2)在萝卜种质资源鉴定、萝卜种质资源改良、分子标记辅助育种、全基因组关联分析、QTL分析或/ 和物种进化分析中的应用；
[0019](3)在萝卜分子设计育种、标记辅助的主效基因选择、回交育种及其背景选择、分子辅助育种、全基因 组育种、种子纯度检测和转基因成份鉴定中的应用。
[0020]本专利技术还提供了利用所述萝卜基因组SNP
‑
Panel进行萝卜分子育种的方法，包括如下步骤：提取待测 样本的基因组DNA，以表1所述305个SNP位点中至少1个位点的引物进行扩增，扩增产物进行测序分 析，根据每个SNP位点所代表的基因型对待测样本进行分型。
[0021]具体的，所述扩增体系为20μL体系，包括：2μL萝卜基因组DNA、2.5mM dNTP混合物、lμL引物 对、2μL扩增缓冲液、0.6μLTaqDNA聚合酶、15mMMgCl2，最后加水，补至终体积20μL；
[0022]进一步的，扩增反应条件为：95℃预变性5min；95℃变性30s，55℃退火60s，72℃延伸60s，共35 个循环；72℃，延伸5min；溶解曲线段；室温保持。
[0023]本专利技术利用公布的萝卜基因组信息，鉴定出覆盖全基因组的SNP位点，筛选均匀分布于各个染色体的 SNP位点并根据位点信息设计引物，然后通过多重PCR技术对目标位点进行扩增，结合高通量测序技术 实现覆盖全基因组的分子标记检测。萝卜全基因组SNP
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Panel是一种高效育种技术体系，能够实现萝卜分 子设计育种的流程化、信息化，大幅度提高我国萝卜育种效率，缩短育种周期，促进产业发展。
[0024]本专利技术的有益效果：
[0025]1.解决了之前全基因组分子标记成本过高的问题，同时解决了不同需求的个性化问题，该产品可以用于种 质资源的DNA指纹图谱；遗传相似度分析与杂种优势群的划分；基因/QTL初步定位；GWAS分析； 全基因组分子标记辅助育种，解决重要经济性状形成与调控、经济作物对环境的响应机制及优质丰产 生理基础等科学问题。
[0026]2.萝卜全基因组SNP
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Panel是高效育种技术体系，通过一次扩增反应，可实现305个SNP位点的同时检 测。本专利技术的技术方案能够实现萝卜分子设计育种的流程化、信息化，
大幅度提高我国萝卜育种效率， 缩短育种周期，促进农业发展；通过萝卜全基因组SNP
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Panel的技术开发积累，相关技术还可以应用 于其他蔬菜、水果、花卉、家畜、鱼类等的分子设计育种；满足不同物种的分子育种需求，加快优质 品种的开发时间，满足人民对生活物质“量”和“质”的需求。
附图说明
[0027]图1、PCR扩增产物的溶解曲线。
[0028]图2、22份萝卜材料扩增后305个SNP位点的基因型。图3、22份萝卜材料的系统发生树。
具体实施方式
[0029]实施例1 萝卜基因组DNA的提取
[0030]1.选取萝卜组织，优选幼嫩组织，包括干种子、新鲜叶片、幼穗老叶、幼苗或幼嫩茎段；
[0031]2.试剂配制：CTAB缓冲液，包括2％CTAB，1.4M NaCl，l00mM Tris
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HCl，l0mM EDTA，pH＝8.0； 洗涤缓冲液，包括76％乙醇，l0mM乙酸铵；TE缓冲液，包括20mM Tris
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HCl，lmM EDTA，pH8.0；冰 无水乙醇，将无水乙醇预先存放于
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20℃，存放时间大于1小时。
[0032]3.使用CTAB法提取萝卜组织中的DNA：将取自萝卜的组织剪碎，并在液氮环境中研磨；加入与组 织的量相当的预热CTAB，并迅速置于65℃水浴，水浴30min至lh，每隔5分钟摇动一次(优选水浴1小 时)；4℃、12000rpm/min离心l0min后，移出上清并加入等体积氯仿和异戊醇(氯仿和异戊醇体积比为24 ︰1)混合液，混匀；4℃、12000rpm/min离心15min后，移出上清并加入两倍体积冰无水乙醇，于
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20℃ 放置30min以上(优选为lh)；4℃、12000rpm/min离心l0min后，弃上清，沉淀经洗涤缓冲液洗涤后风干； 加入50μL至l00μL的TE缓冲液，充分溶解；用琼脂糖凝胶电泳检测DNA质量，并用紫外分光光度计检 测浓度和纯度；将检测后的DNA保存于
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20℃。
[0033]实施例2 设计得到特定SNP标记的扩增引物
[0034]1.SNP标记的选择，分析全基因组SNP(全基因组序列的版本号为R.sativus_genome_V1.1，网址为 http://brassicadb.org/brad/datasets/pub/Genomes/Raphanus_sativ us/)，通过按每1Mb距离选择1个SNP变异， 获得全基因组上的大量S本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.萝卜基因组SNP
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Panel，其特征在于，包括表1中305个SNP位点中的至少1个SNP位点以及该SNP位点的扩增引物，305个SNP位点引物序列见表1中SEQ ID No.1～610所示。表1 305个SNP标记的引物序列
2.如权利要求1所述萝卜基因组SNP
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Panel，其特征在于，包括表1中8个SNP位点及其扩增引物，8个SNP位点为C0054、C0077、C0096、C0119、C0134、C0180、C0202和C0301。3.萝卜基因组SNP
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Panel的应用，其特征在于，所述应用是以下任一种育种应用或育种应用组合：(1)在萝卜育种过程中鉴定各项指标在表型中的应用；(2)在萝卜种质资源鉴定、萝卜种质资源改良、分子标记辅助育种、全基因组关联分析、QTL分析或/和物种进化分析中的应用；(3)在萝卜分子设计育种、标记辅助的主效基因选择、回交育种及其背景选择、分子辅助育种、全基因组育种、种子纯度检测或/和转基因成...

【专利技术属性】
技术研发人员：高长斌，张雪丽，贺从安，张毅，梅文康，
申请(专利权)人：武汉基诺赛克科技有限公司，
类型：发明
国别省市：