一种辣椒全基因组SNP-Panel及其应用制造技术

本发明专利技术提供了一种辣椒全基因组SNP

【技术实现步骤摘要】
一种辣椒全基因组SNP
‑
Panel及其应用


[0001]本专利技术涉及辣椒分子育种
，具体涉及一种辣椒全基因组SNP
‑
Panel及其应用。

技术介绍

[0002]辣椒是一种重要的蔬菜作物，全国各地均有种植，2019年栽培面积约3400万亩。目前辣椒品种选育仍然以传统的表型选择为主要的技术手段，通过田间个体的表型观察来进行目标单株的选择，工作量大，育种周期长，精准度也不足。分子设计育种技术将实现对农艺性状的精确改良，显示出比其他育种手段更为突出的优越性，是今后作物育种技术发展的方向。
[0003]近年来随着高通量测序技术的飞速发展，辣椒基因组信息越来越丰富，为开展辣椒分子设计育种打下了良好的基础。目前分子标记辅助育种的技术有SSR/InDel、KASP和基因芯片，SSR/InDel和KASP可用的标记少，单价高，不适合全基因组范围的分子标记辅助育种；基因芯片价格高且核心技术为国外所有，不能大规模应用且不能满足个性化的需求，同时存在技术壁垒，鉴于当前的国际形势，不利于国内育种的安全。因此，开发一种覆盖全基因组的通量高、成本低的分子标记检测体系对于开展辣椒分子育种具有重要的意义。

技术实现思路

[0004]有鉴于此，本专利技术的目的在于提供一种辣椒全基因组SNP
‑
Panel，通过一次扩增反应，可实现550个SNP位点的同时检测，检测覆盖度广，分析速度快，检测成本低。
[0005]为解决上述技术问题，本专利技术提供了以下技术方案：
[0006]本专利技术提供了一种辣椒全基因组SNP
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Panel，包括550个SNP位点以及所述SNP位点的扩增引物，所述550个SNP位点信息及扩增引物序列如表1所示。
[0007]本专利技术还提供了上述辣椒全基因组SNP
‑
Panel在辣椒育种中的应用，所述应用包括以下一种或多种：
[0008](1)建立辣椒DNA指纹数据库及遗传多样性分析；
[0009](2)辣椒品种真实性及种子纯度鉴定；
[0010](3)辣椒表型关联分析；
[0011](4)辣椒分子设计育种、回交育种及其背景选择、全基因组育种。
[0012]优选的，所述建立辣椒DNA指纹数据库及遗传多样性分析包括如下步骤：
[0013]利用上述550个SNP位点的引物对辣椒的基因组DNA进行混合PCR扩增，扩增产物经测序、分型获得辣椒在所述550个SNP位点上的的基因组数据，即构成辣椒的DNA指纹数据库；
[0014]根据所述辣椒的DNA指纹数据库信息建立聚类树状图，即可进行辣椒的遗传多样性分析。
[0015]优选的，所述辣椒品种真实性鉴定的方法包括如下步骤：
[0016]分别提取待测辣椒品种样本和对照样本的基因组DNA；
[0017]利用上述的550个SNP位点的引物对待测辣椒样本和对照样本的基因组DNA进行扩增和测序，从而获取上述待测辣椒样本和对照样本各自在550个SNP位点的基因型数据进行品种真实性鉴定。
[0018]优选的，所述种子纯度鉴定的方法包括如下步骤：
[0019]根据上述方法获得待检测品种杂交种子双亲本在550个SNP位点基因型数据，分析并选择在双亲本中呈现多态性的SNP位点引物；
[0020]利用筛选出的多态性SNP引物对F1杂交种子进行PCR扩增测序分析检测，分析F1种子与双亲本的关系，从而鉴定辣椒品种种子纯度。
[0021]更优选的，所述选择的多态性SNP数量不少于2个。
[0022]优选的，所述辣椒表型关联分析的方法包括如下步骤：
[0023]选定极端表型个体，根据权利要求3所述方法获得极端表型个体在550个SNP位点基因型数据，分析并筛选在差异表型个体中呈现多态性的SNP位点信息；
[0024]利用筛选的SNP在分离群体中进行关联分析，确定与目标性状紧密连锁的SNP。
[0025]优选的，所述辣椒分子设计育种、回交育种及其背景选择的方法包括如下步骤：
[0026]根据上述方法获得待转育辣椒品种在550个SNP位点基因型数据，获得背景基因型；
[0027]根据育种目标选择目标基因供体亲本，与待转育品种进行杂交建立杂交分离群体或回交分离群体；
[0028]在分离群体中，通过目标性状进行前景筛选；
[0029]在选择的分离群里中，按照上述方法获得群体个体在550个SNP位点基因型数据；
[0030]比较个体基因型与所述获得的背景基因型，选择变异位点数最少的个体进行进一步转育，直至获得含有目标性状基因、背景基因型完全恢复的稳定个体。
[0031]本专利技术具有以下有益效果：
[0032]本专利技术提供了一种辣椒全基因组SNP
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Panel，包括550个SNP位点以及所述SNP位点的扩增引物，所述SNP位点均匀分布于辣椒12条染色体上，覆盖面广，密度高。利用所述SNP
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Panel通过一次扩增反应，可实现550个SNP位点的同时检测，能够实现辣椒分子设计育种的流程化、信息化，大幅度提高我国辣椒育种效率，缩短育种周期。本专利技术所述辣椒全基因组SNP
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Panel体系稳定性好，操作简单，成本低，很好的解决了之前全基因组分子标记成本过高的问题，能够显著促进农业发展，具有很好的应用前景。
附图说明
[0033]图1为挑选的SNPs在基因组上的分布情况。
[0034]图2为14份高代自交系辣椒的系统发生树。
具体实施方式
[0035]本专利技术提供了一种辣椒全基因组SNP
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Panel，包括550个SNP位点以及所述SNP位点的扩增引物，所述550个SNP位点信息及扩增引物序列如表1所示：
[0036]表1 550个SNP位点信息及扩增引物序列
[0037][0038][0039][0040][0041][0042][0043][0044][0045][0046][0047][0048][0049][0050][0051][0052][0053][0054][0055][0056][0057][0058][0059][0060][0061][0062][0063]本专利技术中，所述550个SNP标记的分布如下：Chr01染色体62个SNPs；Chr02染色体26个SNPs；Chr03染色体61个SNPs；Chr04染色体44个SNPs；Chr05染色体44个SNPs；Chr06染色体48个SNPs；Chr07染色体43个SNPs；Chr08染色体35个SNPs；Chr09染色体46个SNPs；Chr10染色体42个SNPs；Chr11染色体47个SNPs；Chr12染色体52个SNPs。
[0064]本专利技术还提供了上述辣椒全基因组SNP
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Panel在辣椒育种中的应用，所述应用包括以下一种或多种：...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种辣椒全基因组SNP
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Panel，其特征在于，包括550个SNP位点以及所述SNP位点的扩增引物，所述550个SNP位点信息及扩增引物序列如表1所示：表1 550个SNP位点及引物序列
2.权利要求1所述辣椒全基因组SNP
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Panel在辣椒育种中的应用，其特征在于，所述应用包括以下一种或多种：(1)建立辣椒DNA指纹数据库及遗传多样性分析；(2)辣椒品种真实性及种子纯度鉴定；(3)辣椒表型关联分析；(4)辣椒分子设计育种、回交育种及其背景选择、全基因组育种。3.根据权利要求2所述的应用，其特征在于，所述建立辣椒DNA指纹数据库及遗传多样性分析包括如下步骤：利用权利要求1所述550个SNP位点的引物对辣椒的基因组DNA进行混合PCR扩增，扩增产物经测序、分型获得辣椒在所述550个SNP位点上的的基因组数据，即构成辣椒的DNA指纹数据库；根据所述辣椒的DNA指纹数据库信息建立聚类树状图，即可进行辣椒的遗传多样性分析。4.根据权利要求2所述的应用，其特征在于，所述辣椒品种真实性鉴定的方法包括如下步骤：分别提取待测辣椒品种样本和对照样本的基因组DNA；利用权利要求1所述的550个SNP位点的引物对待测辣椒样本和对照样本的基因组DNA进行扩增和测序，从而获取上述待测辣椒样本和对照样本各自在550个SNP位点的基因型数据进行品种真实性鉴定。5.根据权利要求2所述的应用...

【专利技术属性】
技术研发人员：张敏，黄树苹，张洪源，王本启，谈杰，陈霞，
申请(专利权)人：武汉基诺赛克科技有限公司，
类型：发明
国别省市：