使用剪接调节化合物进行新抗原工程化制造技术

本发明专利技术涉及通过增强对患病细胞的免疫应答对所述患病细胞实施免疫疗法和疫苗治疗的领域。在本发明专利技术的上下文中，这是通过寡核苷酸介导产生异常RNA转录物而在细胞中工程化新抗原来完成的，当所述异常RNA转录物转录到所述细胞中时，导致异常多肽表达的产生或增加。这些多肽、衍生的肽片段的细胞外呈现提供了抗原表位(新抗原)，用于免疫系统检测。用于免疫系统检测。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】[0008]Sahin等人，Nature第547卷、第222
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226页(2017年7月13日) 报道，个性化RNA突变疫苗动员了针对癌症的多特异性治疗性免疫。
[0009]Neon Therapeutics正在开发基于独特的癌症表位肽的新抗原疗法，例如参见Pa等人，Nature.2017Jul 13；547(7662):217
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221.
[0010]Biontech正在利用mRNA技术进行癌症免疫疗法。
[0011]这些方法需要在选择或产生疫苗或免疫疗法治疗剂之前表征患者的肿瘤基因表达和表位展示。这是昂贵且费时的，要么需要开发患者的特异性疗法，要么根据已经被批准的治疗剂的癌症治疗谱来限制治疗某些癌症的可能性。
[0012]因此，需要使用免疫疗法或癌症疫苗的疗法治疗，其独立于肿瘤的内源性表位特征，因此可以用于治疗比目前的癌症疫苗或免疫疗法治疗更广泛的患者群体。在本专利技术的方法中，这是通过在癌细胞或肿瘤细胞中改造肽表位(工程化表位)来实现的。
[0013]本专利技术提供了将剪接调节寡核苷酸或RNA编辑寡核苷酸本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】1.一种用于在细胞中工程化肽表位的方法，所述方法包括向所述细胞施用有效量的RNA修饰寡核苷酸，其中所述RNA修饰寡核苷酸靶向靶RNA以调节所述靶RNA的编码序列，从而产生编码含有所述肽表位的异常多肽的异常RNA转录物。2.根据权利要求1所述的用于在细胞中工程化肽表位的方法，其中所述RNA修饰寡核苷酸为剪接调节寡核苷酸或为RNA编辑寡核苷酸。3.根据权利要求1所述的用于在细胞中工程化肽表位的方法，其中所述RNA修饰寡核苷酸为剪接调节寡核苷酸，所述方法包括向所述细胞施用有效量的剪接调节寡核苷酸，其中所述剪接调节寡核苷酸靶向靶RNA以调节所述靶RNA的剪接，从而产生编码含有所述肽表位的异常多肽的异常RNA转录物。4.根据权利要求3所述的方法，其中：d)所述剪接调节寡核苷酸调节所述靶RNA(例如前体mRNA)的剪接，以产生由经调节的剪接事件引入的异常RNA转录物，其中所述异常RNA(例如mRNA)转录物编码内部多肽缺失，以产生包含在所述经调节的剪接事件下的异常肽序列的异常多肽(例如，通过跳过一个或多个外显子)，从而产生所述肽表位；且/或e)所述剪接调节寡核苷酸调节所述靶RNA(例如前体mRNA)的剪接，以产生由所述经调节的剪接事件引入的异常RNA转录物(例如mRNA)，其中所述异常RNA转录物编码来自所述靶RNA的内含子区域的一个或多个密码子，以产生包含异常肽序列的异常多肽，所述异常肽序列包含至少一个或多个由来自所述内含子区域的一个或多个密码子编码的肽，从而产生所述肽表位；且/或f)所述剪接调节寡核苷酸调节所述靶RNA(例如前体mRNA)的剪接，以产生包含由所述经调节的剪接事件引入的密码子框移的异常RNA转录物，其中所述异常RNA转录物产生具有至少1个氨基酸的C末端区域的多肽，所述C末端区域从密码子框移处的异常RNA转录物的区域转录或从密码子框移的3'处的异常RNA转录物的区域转录；g)一种用于在细胞中工程化肽表位的方法，所述方法包括向所述细胞施用有效量的剪接调节寡核苷酸，其中所述剪接调节寡核苷酸靶向靶RNA以调节所述靶RNA的剪接，从而产生编码含有所述肽表位的异常多肽的异常RNA转录物。5.根据权利要求1
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4中任一项所述的方法，其中所述细胞为癌细胞，诸如肿瘤细胞、肺癌细胞、乳腺癌细胞、结肠癌细胞、转移性结肠癌细胞、或肝中的转移性结肠癌细胞。6.根据权利要求1
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5中任一项所述的方法，其中所述方法为体外方法或体内方法。7.根据权利要求1
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6中任一项所述的方法，其中所述靶RNA为在所述癌细胞中过表达的RNA。8.根据权利要求1
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7中任一项所述的方法，其中所述肽表位是从所述细胞分泌的。9.根据权利要求1
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8中任一项所述的方法，其中所述肽表位作为MHC I类或II类分子呈现于所述细胞上。10.根据权利要求1
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9中任一项所述的方法，其中含有所述肽表位的所述多肽进一步包含膜结合结构域。11.根据权利要求1
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10中任一项所述的方法，其中所述RNA为前体mRNA，诸如(例如人)前体mRNA，其选自由以下项组成的组：CEMIP、ETV4、LRG5、NOX1、FOXP3、IGF2BP3、MAGE
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A4、NY
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ESO
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1、EWSR1、FUS、PARPBP和SS18。
12.根据权利要求3
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11中任一项所述的方法，其中：a.所述前体mRNA为CEMIP，其中所述反义寡核苷酸包含至少10个核苷酸诸如至少12个核苷酸的连续核苷酸序列，所述连续核苷酸序列与选自1
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82或193
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274的序列具有100％的同一性；b.所述前体mRNA为ETV4，其中所述反义寡核苷酸包含至少10个核苷酸诸如至少12个核苷酸的连续核苷酸序列，所述连续核苷酸序列与选自83
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164的序列具有100％的同一性。13.根据权利要求1
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12中任一项所述的方法，其中所述RNA修饰寡核苷酸包含2'糖修饰的核苷，诸如独立地选自以下项的2'糖修饰的核苷：2'
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O
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烷基
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RNA、2'
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O
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甲基
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RNA、2'
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烷氧基
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RNA、2'
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O
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甲氧基乙基
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RNA(MOE)、2'
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氨基
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DNA、2'
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氟
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RNA和2'
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F
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ANA核苷以及LNA核苷。14.根据权利要求1
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13中任一项所述的方法，其中所述RNA修饰寡核苷酸包含经修饰的核苷间键，诸如硫代磷酸酯核苷间键。15.根据权利要求1
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14中任一项所述的方法，其中所述RNA修饰寡核苷酸为剪接调节寡核苷酸，所述剪接调节寡核苷酸为2'
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O
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MOE寡核苷酸。16.根据权利要求1
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15中任一项所述的方法，其中所述RNA修饰寡核苷酸为剪接调节寡核苷酸，所述剪接调节寡核苷酸为LNA寡核苷酸，例如LNA混聚物。17.根据权利要求1
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12中任一项所述...

【专利技术属性】
技术研发人员：K，
申请(专利权)人：罗氏创新中心哥本哈根有限公司，
类型：发明
国别省市：