一种用于乳腺癌luminalB分型的DNA甲基化标记组合物及其应用制造技术

一种用于乳腺癌luminal B分型的DNA甲基化标记组合物及其应用，属于生物技术领域。为了解决现有技术中没有一种能够精确划分乳腺癌luminal B的检测方法的问题，本发明专利技术整合TCGA和cbioPortal的乳腺癌luminal B患者450K平台的DNA甲基化甲基化数据和临床数据，经过Boruta算法特征选择的DNA甲基化基因，并利用功能富集模块计算方法筛选的功能模块的筛选得到的共享基因，揭示出了一组包含在11个基因上的39个甲基化位点的标记组合物。通过检测这些位点的甲基化水平可以将乳腺癌luminal B划分为保守的三个亚型，提高乳腺癌Luminal B诊断和预后评估效能，有利于开展相应治疗方案，进而提高乳腺癌luminal B的治疗效果，节约成本，适于推广应用，具有较好的应用前景。具有较好的应用前景。具有较好的应用前景。

【技术实现步骤摘要】
一种用于乳腺癌luminal B分型的DNA甲基化标记组合物及其应用


[0001]本专利技术属于生物
，具体涉及一种用于乳腺癌luminal B分型的DNA甲基化标记组合物及其应用。

技术介绍

[0002]乳腺癌是一种异质性疾病，影响着人们的健康，尽管目前的治疗已使乳腺癌的死亡率有所降低，但预计全世界每年因乳腺癌导致的估计死亡人数显著增加，因此，对于乳腺癌的诊断与治疗是十分重要的。由于乳腺癌异质性高的特点，所以乳腺癌的分型对于乳腺癌的诊断与治疗变得尤为重要。乳腺癌分为五个亚型：管腔上皮A型(Luminal A)，管腔上皮B型(Luminal B)，HER2过表达型，基底样型(BLBC)，normal like型(Perou CM,Sorlie T,Eisen MB,van de Rijn M,Jeffrey SS,Rees CA,Pollack JR,Ross DT,Johnsen H,Akslen LA et al:Molecular portraits of human breast tumours.Nature 2000,406(6797):747
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752)。其中，Luminal B亚型具有侵略性的临床和生物学特征，与通常接受内分泌治疗的管腔上皮A型肿瘤相反，对于管腔上皮B型肿瘤患者应采用更具攻击性的治疗方法来治疗。由于管腔上皮B型乳腺癌亚型的分子和临床异质性，采用更具攻击性的治疗方法也并不总是有效的，因此，对管腔上皮B型肿瘤患者再分型阐释差异性是十分必要的。
[0003]最近，有研究对乳腺癌的亚型做了进一步研究，例如针对luminal A患者设计不同的治疗方案，腔A型亚型患者的预后可能更好，这提出了在某些情况下是否需要降低治疗水平并省略化疗的问题(Kroemer G,Senovilla L,Galluzzi L,Andre F,Zitvogel L:Natural and therapy
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induced immunosurveillance in breast cancer.Nat Med 2015,21(10):1128
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1138.)。Dvir Netanely等人将luminal A使用RNA
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Seq和DNA甲基化数据分别对1148和679个乳腺癌样本进行无监督聚类分为不同的预后亚组(Netanely D,Avraham A,Ben
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Baruch A,Evron E,Shamir R:Expression and methylation patterns partition luminal
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A breast tumors into distinct prognostic subgroups.Breast Cancer Res 2016,18(1):74.)。2011年，范德比尔特大学的研究人员进行了一项开创性研究，从Pathology Services of the Hospital Universitario Araba
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Txagorritxu(Vitoria
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Gasteiz),Oncologikoa(Donostia)and Hospital Universitario Donostia(Donostia)总共28个管腔BC型亚型样本以及八个组织样本的相邻组织样本应用无监督聚类的方法确定了两个重要的肿瘤组，将整个腔A样品与腔B
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HER2分开，并将腔B肿瘤分为两组，分别与腔A和腔B
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HER2聚在一起(Bediaga NG,Acha
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Sagredo A,Guerra I,Viguri A,Albaina C,Ruiz Diaz I,Rezola R,Alberdi MJ,Dopazo J,Montaner D et al:DNA methylation epigenotypes in breast cancer molecular subtypes.Breast Cancer Res 2010,12(5):R77.)。因此我们发现，乳腺癌的同一亚型内部之间确实存在着不同的亚组，这些亚组之间在预后治疗等方面都有所不同。
[0004]DNA甲基化和组蛋白修饰的表观遗传转录调控与人类基因组中相应的基因表达密
切相关。DNA甲基化谱已显示出在包括癌症在内的许多人类疾病中受到干扰。许多研究表明，表观遗传学变化参与了肿瘤发生的最早阶段，导致癌基因的过表达和肿瘤抑制基因的下调。另外Hinshelwood的研究也表明表观遗传学对乳腺癌的影响，乳腺癌的每一类亚型都有其特定的DNA甲基化模式(Hinshelwood RA,Clark SJ:Breast cancer epigenetics:normal human mammary epithelial cells as a model system.J Mol Med(Berl)2008,86(12):1315
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1328.)。但是，这些研究技术也很少应用DNA甲基化作为生物标志物对乳腺癌单一亚型进行再分型。
[0005]近年来大多数对乳腺癌某一亚型的研究关注在预后更差的三阴性乳腺癌的研究，如Lehmann BD等人使用来自386个肿瘤的基因表达分析，鉴定出六种不同的TNBC亚型，每种亚型均表现出独特的生物学特性(Lehmann BD,Pietenpol JA,Tan AR:Triple
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negative breast cancer:molecular subtypes and new targets for therapy.Am Soc Clin Oncol Educ Book2015:e31
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39.)。但是很少关注在乳腺癌luminal B这同样在临床上有着预后差异的亚型进行精确分组并且探求内部差异的。对于乳腺癌luminalB的内部保守分型缺少精确定义并且也缺少稳定的DNA甲基化标记物。因此，亟需一种能够精确划分乳腺癌luminal B的检测方法。

技术实现思路

[0006]本专利技术为解决现有技术中没有一种能够精确划分乳腺癌luminal B的检测方法的问题，提供了一种用于乳腺癌luminal B分型的DNA甲基化标记组合物及其应用。
[0007]本专利技术的第一个目的是提供一种用于乳腺癌luminal B分型的DNA甲基化标记组合物，所述DNA甲基化组合物包括下述甲基化位点：
[0008](1)位于TMEM132B基因上的甲基化位点cg10520543、cg20624941、cg06826870、cg10319331和cg26716753；
[0009](2)位于HTR2A基因上的甲基化位点cg01620540和cg15692052；
[0010](3)位于OR10J1基因上的甲基化位点cg23689219、cg15700197和cg19402335本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种用于乳腺癌luminal B分型的DNA甲基化标记组合物，其特征在于，所述甲基化标记组合物包括下述甲基化位点：(1)位于TMEM132B基因上的甲基化位点cg10520543、cg20624941、cg06826870、cg10319331和cg26716753；(2)位于HTR2A基因上的甲基化位点cg01620540和cg15692052；(3)位于OR10J1基因上的甲基化位点cg23689219、cg15700197和cg19402335；(4)位于TSLP基因上的甲基化位点cg15089387、cg18049164和cg15739437；(5)位于TENM2基因上的甲基化位点cg12659981、cg01227558、cg09171112、cg16658460和cg18679069；(6)位于SLC2A9基因上的甲基化位点cg16785938、cg25117600和cg23642392；(7)位于LPA基因上的甲基化位点cg07177174、cg16960593和cg17189167；(8)位于OR2T11基因上的甲基化位点cg18315861、cg04836492、cg17514168和cg19367176；(9)位于SPP2基因上的甲基化位点cg19099213、cg13611432和cg21137417；(10)位于LINC00710基因上的甲基化位点cg17106572、cg26901096、cg17261125和cg23610154；(11)位于TCN1基因上的甲基化位点cg20018806、cg23741006、cg00187686和cg03928812。2.根据权利要求1所述的DNA甲基化标记组合物，其特征在于，所述TMEM132B基因的Gene ID为114795；HTR2A基因的Gene ID为3356；OR10J1基因的Gene ID为26476；TSLP基因的Gene ID为85480；TENM2基因的Gene ID为57451；SLC2A9基因的Gene ID为56606；LPA基因的Gene ID为4018；OR2T11基因的Gene ID为127077；SPP2基因的Gene ID为6694；LINC00710基因的Gene ID为254312；TCN1基因的Gene ID为6947。3.权利要求1或2所述的DNA甲基化标记组合物在制备用于诊断乳腺癌luminal B分子分型或评估乳腺癌luminal B患病风险或评估乳腺癌luminal B治疗效果及预后或筛选乳腺癌luminal B治疗药物的试剂或试剂盒中的应用。4.一种用于诊断乳腺癌luminal B分子分型或评估乳腺癌luminal B患病风险或评估乳腺癌luminal B治疗效果及预后或筛选乳腺癌luminal B治疗药物的试剂盒，其特征在于，所述试剂盒中包含用于扩增权利要求1所述各甲基化位点的引物对：(1)cg10520543对应引物对：SEQ ID No.1和SEQ ID No.2；cg20624941和cg06826870对应引物对：SEQ ID No.3和SEQ ID No.4；cg10319331和cg26716753对应引物对：SEQ ID No.5和SEQ ID No.6；(2)cg01620540和cg15692052对应引物对：SEQ ID No.7和SEQ ID No.8；(3)cg23689219对应引物对：SEQ ID No.9和SEQ ID No.10；cg15700197对应引物对：SEQ ID No.11和SEQ ID No.12；cg19402335对应引物对：SEQ ID No.13和SEQ ID No.14；(4)cg15089387对应引物对：SEQ ID No.15和SEQ ID No.16；cg18049164对应引物对：SEQ ID No.17和SEQ ID No.18；cg15739437对应引物对：SEQ ID No.19和SEQ ID No.20；
(5)cg12659981和cg01227558对应引物对：SEQ ID No.21和SEQ ID No.22；cg09171112和cg16658460对应引物对：SEQ ID No.23和SEQ ID No.24；cg18679069对应引物对：SEQ ID No.25和SEQ ID No.26；(6)cg16785938和cg25117600对应引物对：SEQ ID No.27和SEQ ID No.28；cg23642392对应引物对：SEQ ID No.29...

【专利技术属性】
技术研发人员：张岩，张梦燕，吴琼，顾悦，
申请(专利权)人：哈尔滨工业大学，
类型：发明
国别省市：