一种罗非鱼体色相关的微卫星的检测引物及其应用制造技术

本发明专利技术公开了一种罗非鱼体色相关的微卫星的检测引物及其应用，其核苷酸序列如SEQ ID NO：1～2所示。本发明专利技术根据基因型与表现型间关系鉴定出与体色控制关联的微卫星标记，筛选亲本的基因型，以建立保证红罗非鱼体色稳定遗传的科学方法，保证亲本性状优良，从而保证体色稳定遗传，提高育种效率。提高育种效率。提高育种效率。

【技术实现步骤摘要】
一种罗非鱼体色相关的微卫星的检测引物及其应用


[0001]本专利技术涉及水产养殖
，具体地，涉及一种罗非鱼体色相关的微卫星的检测引 物及其应用。

技术介绍

[0002]罗非鱼作为世界上第二大养殖的淡水鱼类，也是全世界农业和经济上重要的水生鱼类。 红罗非鱼(Oreochromisniloticus)作为罗非鱼的主要养殖品种之一，它是由尼罗罗非鱼和莫 桑比克罗非鱼杂交得到的突变种，属丽鱼科(Cichlidae)，罗非鱼属(Tilapia)，学名RedTilapia。红罗非鱼身体呈红色，体腔无黑膜，形似真鲷，生长速度快，产量高。
[0003]一般市场上罗非鱼以黑色为主，但艳丽的颜色往往更能吸引消费者，因此红罗非鱼的 价格更高，成为养殖罗非鱼的重要经济性状。红罗非鱼体色较为丰富，据研究报道目前主 要存在深红色，橙色，金色，粉红色，粉白色等。类胡萝卜素能让红罗非鱼体色鲜艳，但 鱼类本身无法合成。为了获得体色纯正的红罗非鱼，在生产过程当中，通常在饲料中添加 增色剂是较为普遍的人工增色办法。往饲料中添加类胡萝卜素，虾青素等物质，往往能够 极大促进鱼类体色鲜艳。锦鲤养殖中，在基础饲料中添加虾青素，叶黄素等物质能够显著 影响锦鲤的生长、体色、抗氧化能力等，但这往往极大的增加了生产成本，且添加增色剂 并不能从根本解决问题，无法稳定遗传。
[0004]然而，罗非鱼体色易分化为不同的颜色，同时还存在斑点问题，包括红色斑点、斑纹， 黑色斑点、斑纹等，一直是制约红罗非鱼市场发展的重要因素。虽然罗非鱼的颜色可以通 过肉眼直接观察，但是，表型呈红色的罗非鱼，也有可能是携带了黑斑基因等不利基因， 其后代就会出现携带黑斑的个体，不符合市场需求。目前市场上红罗非鱼的差别较大，有 偏红，有偏白的，只有去除黑斑等不利基因的影响的稳定遗传的红罗非鱼才符合市场需求。
[0005]关于红罗非鱼的斑点研究已有不少，与红色斑点显著相关的QTL(数量性状基因座)区 间已被发现位于LG5和15号连锁群上，挖掘到候选基因SLC45A1，ASIP存在调控红斑性 状可能性。同时，黑斑性状近年来一直被广泛研究。黑斑的产生是因为色素沉积，黑色素 积累后至体表呈现黑斑性状。在哺乳动物中，黑色素的合成受多种基因，蛋白及转录因子 等调控，据Slominki等人的研究，黑皮质激素(MCH)及其受体(Mc1r)在黑色素合成途径 中是正调控因子，另外，络氨酸酶(tyr)，络氨酸酶蛋白1及蛋白2(tyrp1，tyrp2)及其 产物typ1、typ2/DCT被发现了刺激真黑素合成，提高黑色素含量。
[0006]获得体色纯正的红罗非鱼是解决当前红罗非鱼生产养殖问题的办法之一。中国专利
ꢀ“
CN200810219394.4遗传雄性红罗非杂种鱼的制种方法”公开了一种遗传雄性红罗非杂 种鱼的制种方法，采用红罗非鱼雌鱼与YY型超雄尼罗罗非鱼进行杂交繁殖。但是其限制 了雌鱼的来源，不利于广泛应用。通过红罗非鱼与吉富罗非鱼杂交获得体色分离的后代， 对于研究红罗非鱼颜色具有重要帮助。但是，传统的杂交育种获取的纯红罗非鱼存在周期 长，投入成本大等缺陷，另外红罗非鱼体色极易退化，受环境因素影响大，很难稳定遗传。

技术实现思路

[0007]本专利技术的目的是为了克服现有技术的上述不足，提供一种罗非鱼体色相关的微卫星的 检测引物及其应用。
[0008]本专利技术的第一个目的是提供一种罗非鱼体色相关的微卫星的检测引物。
[0009]本专利技术的第二个目的是提供所述的检测引物在鉴定罗非鱼体色相关的微卫星中的应 用。
[0010]本专利技术的第三个目的是提供所述的检测引物在制备鉴定罗非鱼体色相关的微卫星的 试剂盒中的应用。
[0011]本专利技术的第四个目的是提供一种检测罗非鱼体色相关的微卫星的试剂盒。
[0012]本专利技术的第五个目的是提供所述引物和/或所述的试剂盒在罗非鱼分子育种中的应用。
[0013]为了实现上述目的，本专利技术是通过以下方案予以实现的：
[0014]本专利技术通过ddRAD
‑
seq测序技术，结合全基因组关联分析(GWAS)获得与体色相关 的QTL区间，在QTL区间内开发微卫星分子标记，通过微卫星分子标记从遗传上鉴定其 体色遗传方式。通过ddRAD
‑
seq测序技术辅助筛选罗非鱼体色控制微卫星标记的方法， 快速鉴定体色，辅助选择体色纯正个体，获得体色纯正个体。
[0015]因此本专利技术要求保护一种罗非鱼体色相关的微卫星的检测引物，其核苷酸序列如SEQID NO：1～2所示。
[0016]SSR
‑
BC
‑1‑
F(SEQ ID NO:1)：5
’‑
ATGTGAAGGAAGGCAAGCAT
‑3’
；
[0017]SSR
‑
BC
‑1‑
R(SEQ ID NO:2)：5
’‑
ACAGCTTTTAGGAAGGTCATGG
‑3’
。
[0018]本专利技术还要求保护所述的检测引物在鉴定罗非鱼体色相关的微卫星中的应用。
[0019]以及，所述的检测引物在制备鉴定罗非鱼体色相关的微卫星的试剂盒中的应用。
[0020]优选地，所述体色相关为表型为红色。
[0021]本专利技术还要求一种检测罗非鱼体色相关的微卫星的试剂盒，包括所述的检测引物。
[0022]优选地，还含有PCR试剂、PAGE胶电泳试剂和银染显色试剂。
[0023]本专利技术还要求保护所述的试剂盒在鉴定罗非鱼体色相关的微卫星中的应用。
[0024]所述引物和/或所述的试剂盒在罗非鱼分子育种中的应用，在红色罗非鱼分子育种中 的应用，也属于本专利技术的保护范围。
[0025]与现有技术相比，本专利技术具有以下有益效果：
[0026]本专利技术根据基因型与表现型间关系鉴定出与体色控制关联的微卫星标记，筛选亲本的 基因型，以建立保证红罗非鱼体色稳定遗传的科学方法，保证亲本性状优良，从而保证体 色稳定遗传，提高育种效率。
附图说明
[0027]图1为杂交的F1代全同胞家系的体色进行评价结果。
[0028]图2为ddRAD技术鉴定并用MLM模型和主成分分析绘制GWAS分析中p值的QQ 图。
[0029]图3为采用GWAS方法鉴定红罗非鱼与尼罗罗非鱼杂交F1代全基因组显著性QTL 区间及位点。
头的reads，去掉包含过多的N的的reads，得到clean data。
[0044]4、SNP的获取与过滤。
[0045]SNP是单核苷酸多态性主要是指在基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的DNA 序列多态性。首先识别罗非鱼全基因组的SNP，然后再和体色关联起来分析，找到与体色 最相关的SNP位点，通常就认为这个SNP位点附近一点存在调控体色的基因或者其它调 控原件。虽然SNP不是属于微卫星一种，而是微卫星标记是根据本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种罗非鱼体色相关的微卫星的检测引物，其特征在于，其核苷酸序列如SEQ ID NO：1～2所示。2.权利要求1所述的检测引物在鉴定罗非鱼体色相关的微卫星中的应用。3.权利要求1所述的检测引物在制备鉴定罗非鱼体色相关的微卫星的试剂盒中的应用。4.根据权利要求1或2所述的应用，其特征在于，所述体色相关为表型为红色。5.一种检测罗非鱼体色相关的微卫...

【专利技术属性】
技术研发人员：朱宗贤，秦慧，林翊隆，艾春晖，王振斌，夏军红，
申请(专利权)人：湖南银鱼农业科技有限公司，
类型：发明
国别省市：