一种用于降解检材分型的人类常染色体和性染色体上64个基因座的六色荧光标记检测体系制造技术

降解检材分型的人类常染色体与性染色体上64个基因座的复合扩增检测试剂盒及其应用。所述的64个基因座包括常染色体上59个DIP和2个miniSTR基因座、Y染色体2个DIP基因座及1个性别鉴别基因。常染色体59个DIP基因座适用于东亚地区多种群体的鉴定；Y染色体上2个DIP基因座，能够对性别进行更准确的鉴定；2个miniSTR基因座多态性高，在提高整个体系的鉴别效能的同时，也有助于降解检材分型检测。本发明专利技术应用六色荧光标记技术一次性实现了对64个基因座的高效、特异、灵敏及均衡扩增，系统鉴别效能高。扩增子长度在200bp以内，适用于法医降解检材的检测。该检测体系在法医学个体识别、亲子鉴定，尤其是降解检材检测方面具有很高的应用价值。高的应用价值。高的应用价值。

【技术实现步骤摘要】
一种用于降解检材分型的人类常染色体和性染色体上64个基因座的六色荧光标记检测体系


[0001]本专利技术属于分子生物技术和法医物证学应用领域，具体涉及一种用于降解检材分型的人类常染色体与性染色体上61个缺失/插入多态性（Deletion or Insertion Polymorphism, DIP）基因座、2个mini STR基因座及1个性别鉴定基因（Amelogenin, Amel）的六色荧光分型体系及其法医学应用。

技术介绍

[0002]短串联重复序列（Short Tandem Repeat，STR）是法医物证学领域最常用的分子遗传标记之一，其多态性高，个体识别力强，但其突变率较高（约10
‑3），对亲子鉴定具有一定的影响；受基因座核心序列长度的影响，PCR扩增片段较长，在高度降解样本检测上存在一定的局限性。单核苷酸多态性（Single Nucleotide Polymorphism，SNP）突变率低（约10
‑8），然而SNP基因座分型检测对平台要求高，耗时长，步骤相对繁琐也增加了PCR产物污染的可能性；限制其在法医DNA鉴定中广泛推广和应用。
[0003]Mini STR基因座通过将引物设计的尽可能靠近STR基因座核心重复序列区域，从而有效缩短扩增片段长度，有助于提高降解检材检出的成功率。但是，同一反应体系中所能容纳的mini STR基因座数量是有限的，较少的mini STR基因座组合导致体系所有基因座的累积鉴别效能较低。DIP是指在基因组特定核苷酸位置由于DNA片段的缺失或者插入所形成的DNA多态性，其本质上与STR基因座一样，属于长度多态性。DIP基因座兼具STR与SNP基因座的优势，在法医物证领域有相当大的应用潜能。DIP基因座突变率低，遗传相对稳定；扩增片段短，增加了降解生物检材中基因座的检出成功率；基于目前基层法医实验室常用PCR扩增仪及毛细管电泳遗传分析仪进行检测基因分型，分型方法简便，成本低，易实现实验平台的共享，有助于DIP基因座试剂盒的普及应用。
[0004]目前，大多数商品化试剂盒的研究仍以五色荧光标记为主，受荧光素种类和目标扩增片段长度限制，单个反应体系中所能容纳的基因座数目受限，能涵盖的遗传信息量有限。我们应用六色荧光标记技术在单个反应中扩增分析更多数目的基因座，在提高试剂盒的鉴定效能的同时，也能够节约试剂消耗，节省人力成本，提高单次DNA鉴定效率；也能够兼容不同类型的基因座同时进行检测分析，能够提供更丰富的遗传信息，在法医学实际应用中有利于更精确地进行鉴定，比如：性染色体基因座的引入，能够对性别进行更准确的鉴定；STR基因座多态性高，体系纳入mini STR基因座在提高整个体系鉴别效能的同时，也有助于降解检材分型检测。目前，DIP基因座相关的商品化试剂盒较少，且其鉴别效能仍有待进一步提高。因此，开发一组鉴别效能更高的、适用于高度降解检材检测的、包含mini STR基因座及常染色体和性染色体上更多DIP基因座的六色荧光标记复合扩增检测体系，在法医学实际检案中具有重要意义。

技术实现思路

[0005]本专利技术的目的是提供一种用于降解检材（<200bp）分型的人类常染色体上59个DIP基因座和2个mini STR基因座、Y染色体上2个DIP基因座及1个性别鉴别基因Amel的六色荧光标记复合扩增检测试剂盒，可为法医物证检材，尤其是降解检材的法医个体识别及亲子鉴定等提供新的技术支持。
[0006]为了实现本专利技术，本专利技术采用了以下技术方案。
[0007]本专利技术提供了一种用于降解检材分型的人类常染色体与性染色体基因座相组合的六色荧光标记复合扩增检测试剂盒，所述分型体系试剂包含：Master mix、Primer mix、Nuclease
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Free Water、Control DNA 9948、SIZE
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500、6
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Dye matrix Standards和去离子甲酰胺溶液。Master mix具体成分包含有：Taq酶、Tris
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HCl缓冲液、KCl、MgCl2及BSA。Primer mix具体成分为64对特异性PCR引物和dNTP。
[0008]本专利技术提供的分型体系包含常染色体上59个DIP基因座和2个mini STR基因座、Y染色体上2个DIP基因座及一个性别鉴别基因Amel。所述常染色体上59个DIP基因座是rs35828751、rs10562732、rs11283102、rs10563906、rs3830338 、rs3082950、rs2308292、rs6481、rs10649306、rs3083268、rs10546179、rs55965654、rs35567218、rs2308000、rs60922184、rs4024564、rs111626822、rs10556197、rs34899580、rs55678559、rs35173752、rs10625985、rs10532209、rs3043804、rs10594574、rs1610921、rs3833559、rs5833522、rs35453727、rs3061475、rs10540867、rs71102499、rs34802628、rs10536238、rs6145346、rs144378883、rs148501393、rs67787836、rs35713041、rs3059221、rs3030496、rs10535391、rs10579944、rs36119043、rs1611025、rs56160634、rs71698233、rs67365630、rs35464887、rs3076465、rs10581929、rs66739142、rs34731870、rs61681053、rs33928328、rs5877451、rs3988323、rs10610764、rs59629990；所述的2个mini STR基因座是D3S1358和D1S1656;所述的Y染色体上2个DIP基因座是：rs199815934和rs759551978；所述的性别鉴别基因为Amel。
[0009]为了进一步实现本专利技术的目的，本专利技术所述的64个基因座的扩增子长度控制在200bp以内，适用于检测降解生物检材。
[0010]本专利技术采用了六色荧光标记检测技术（6
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FAM、JOE、TAMRA、ROX、ALEXA594和ALEXA633），将上述的64个基因座分成五组，其中基因座Amel、rs35828751、rs10562732、rs11283102、rs10563906、rs3830338 、rs3082950、rs2308292、rs6481、rs10649306、rs3083268、rs10546179、rs55965654、rs759551978、rs59629990用6
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FAM（蓝色）标记；基因座rs35567218、rs2308000、rs60922184、rs40245本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种用于降解检材分型的人类常染色体与性染色体上64个基因座的六色荧光标记复合扩增检测试剂盒，其特征在于，所述的64个基因座包括如下的常染色体上59个DIP基因座：rs35828751、rs10562732、rs11283102、rs10563906、rs3830338 、rs3082950、rs2308292、rs6481、rs10649306、rs3083268、rs10546179、rs55965654、rs35567218、rs2308000、rs60922184、rs4024564、rs111626822、rs10556197、rs34899580、rs55678559、rs35173752、rs10625985、rs10532209、rs3043804、rs10594574、rs1610921、rs3833559、rs5833522、rs35453727、rs3061475、rs10540867、rs71102499、rs34802628、rs10536238、rs6145346、rs144378883、rs148501393、rs67787836、rs35713041、rs3059221、rs3030496、rs10535391、rs10579944、rs36119043、rs1611025、rs56160634、rs71698233、rs67365630、rs35464887、rs3076465、rs10581929、rs66739142、rs34731870、rs61681053、rs33928328、rs5877451、rs3988323、rs10610764和rs59629990；常染色体上2个miniSTR基因座：D3S1358和D1S1656；Y染色体2个DIP基因座：rs199815934和rs759551978；以及1个性别鉴定基因Amel。2.根据权利要求1所述，一种用于降解检材分型的人类常染色体与性染色体上64个基因座的六色荧光标记复合扩增检测试剂盒，其特征在于，包括权利要求1所述的人类64个基因座的特异性扩增引物。3.根据权利要求1或2所述的复合扩增检测体系，其特征在于，所述64对基因座的特异性扩增引物分为五组：第一组包括基因座Amel、rs35828751、rs10562732、rs11283102、rs10563906、rs3830338 、rs3082950、rs2308292、rs6481、rs10649306、rs3083268、rs10546179、rs55965654、rs759551978、rs59629990；第二组包括基因座rs35567218、rs2308000、rs60922184、rs4024564、rs111626822、rs10556197、rs34899580、rs55678559、rs35173752、rs10625985、rs10532209、rs3043804、rs10594574、rs1610921、rs3833559、rs5833522、rs35453727；第三组包括基因座rs199815934、rs3061475、rs10540867、rs71102499、rs34802628、rs10536238、rs6145346、rs144378883、rs148501393、rs67787836、rs35713041、...

【专利技术属性】
技术研发人员：朱波峰，刘艳芳，沈春梅，宋丹璐，金海英，
申请(专利权)人：宁波海尔施基因科技有限公司，
类型：发明
国别省市：