用于检测染色质开放位点间染色质相互作用的NicE-C技术制造技术

本发明专利技术提供了检测染色质开放位点间染色质相互作用的NicE

【技术实现步骤摘要】
用于检测染色质开放位点间染色质相互作用的NicE
‑
C技术


[0001]本专利技术属于生物
，具体涉及一种可以在全基因组水平上有效、便捷地捕获染色质开放位点以及这些染色质开放位点间的染色质相互作用的技术。

技术介绍

[0002]Hi
‑
C(高通量染色质构象捕获技术)技术的开发和使用在全基因组水平揭示了不同层次的染色质高级结构，包括染色质隔室(A/B compartments)、染色质拓扑结构域(topologically associated domains)和染色质环(chromatin loops)。其中染色质环的结构可以介导基因启动子与增强子间的相互作用，从而调控基因的转录活动与表达水平。而基因的时空特异性表达在生命过程中具有重要的作用。因此，研究基因时空特异性表达的上游调控机制，即启动子与增强子间相互作用的动态变化，对于研究生命活动以及疾病发生发展过程中的调控机制而言十分重要。此外，基于ATAC
‑
seq技术(assay for transposase/>‑
ac本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.检测待测样品中染色质开放位点间染色质相互作用的NicE
‑
C方法，其特征在于，包括：a.对样品中的染色质包括DNA、蛋白以及RNA进行交联；b.在染色质开放区域切割基因组DNA；c.进行末端修复，在修复的末端上加尾，所述加尾选自dA，dT，dG，dC中的任何一种；d.引入带标记的桥接头，所述标记选自生物素标记或地高辛标记；e.解交联，破碎DNA，富集带标记的DNA片段。2.根据权利要求1所述的检测染色质开放位点间染色质相互作用的NicE
‑
C方法，其特征在于，所述样品选自动物细胞，优选人细胞。3.根据权利要求1
‑
2中任一项所述的检测染色质开放位点间染色质相互作用的NicE
‑
C方法，其特征在于，采用交联剂对样品中的染色质进行交联，所述交联剂选自由甲醛、戊二醛、福尔马林、多聚甲醛、戊二酸二琥珀酰亚胺酯、二乙二醇琥珀酰亚胺琥珀酸酯及其组合组成的组。4.根据权利要求1
‑
3中任一项所述的检测染色质开放位点间染色质相互作用的NicE
‑
C方法，其特征在于，通过Nt.CivPII和选自E.coli DNA聚合酶I、T4 DNA聚合酶I、DNA聚合酶大片段(Klenow)的聚合酶在染色质开放区域进行切口反应切割基因组DNA。5.根据权利要求1
‑
4中任一项所述的检测染色质开放位点间染色质相互作用的NicE
‑
C方法，其特征在于，通过T4 PNK和选自Klenow、T4 DNA聚合酶I的聚合酶进行末端修复。6.根据权利要求1
‑
5中任一项所述的检测染色质开放位点间染色质相互作用的NicE
‑
C方法，其特征在于，通过Klenow exo
...

【专利技术属性】
技术研发人员：宋晓元，罗正誉，张然，胡腾飞，
申请(专利权)人：中国科学技术大学，
类型：发明
国别省市：