使用位点特异性核酸酶以及随后的捕获进行核酸富集的方法技术

本发明专利技术涉及一种从核酸分子群中分离核酸靶区域的方法，所述方法包括以下步骤：a)使所述核酸分子群与2类V型Cas蛋白

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】使用位点特异性核酸酶以及随后的捕获进行核酸富集的方法


[0001]本专利技术涉及核酸分离和富集的方法。事实上，靶核酸的分离和富集代表了核酸研究的关键第一步，影响了核酸的数量和质量，进而直接影响了下游应用中获得的数据的质量(例如灵敏度、覆盖度、稳健性和再现性)。这在从更复杂的混合物中仅分析某些靶核酸的应用中，或在存在少量靶核酸的情况下尤为重要。例如，人“外显子组”(蛋白质编码区域)仅占总基因组的约1％，但包含85％的DNA变异已知与遗传疾病相关。因此，分离和富集在与外显子组相关的临床应用，例如，在诊断和遗传风险评估中特别重要。

技术介绍

[0002]虽然甚至在感兴趣的核酸靶很少时也可以使用全基因组分析，但由于技术、经济和/或时间限制，对整个基因组进行测序通常是不可行的。此外，全基因组测序需要大大增加计算能力和存储空间来分析生成的大量数据。因此需要核酸分离以将分析限制于核酸分子的特定子集。
[0003]迄今为止，用于分离特定核酸片段子集的主要方法基于杂交捕获和/或靶向扩增技术(参见，例如，Mertes等人，Brief Funct Genom本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】1.一种从核酸分子群中分离核酸靶区域的方法，所述方法包括以下步骤：a)使所述核酸分子群与2类V型Cas蛋白
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gRNA复合物接触，其中所述gRNA包含与邻近所述靶区域的第一位点互补的引导区段，从而形成2类V型Cas蛋白
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gRNA核酸复合物，b)使包含所述2类V型Cas蛋白
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gRNA核酸复合物的核酸分子群与至少一种具有单链3'至5'核酸外切酶活性的酶接触，从而在所述第一位点形成5'单链突出端，c)从步骤b)的群去除2类V型Cas蛋白
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gRNA复合物，d)使步骤c)的群与寡核苷酸探针接触，所述探针包含与所述突出端至少部分互补的序列，从而在所述探针和所述突出端之间形成双链体，和e)从步骤d)的核酸分子群中分离所述双链体，从而分离所述核酸靶区域。2.根据权利要求1所述的方法，其中所述2类V型Cas蛋白是Cas12a或C2c1。3.根据权利要求1或2所述的方法，其进一步包括在步骤c)之前使所述核酸分子群与位点特异性核酸内切酶接触，所述位点特异性核酸内切酶优选为TALEN、锌指蛋白或2类Cas蛋白
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gRNA复合物，更优选为第二2类V型Cas蛋白
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gRNA复合物，其中gRNA包含与第二位点互补的引导区段，其中所述第二位点邻近所述靶区域，并且其中所述第一位点和所述第二个位点位于所述靶区域的两侧。4.根据权利要求1至3中任一项所述的方法，其中所述至少一种具有单链3'至5'核酸外切酶活性的酶选自核酸外切酶I、S1核酸外切酶、核酸外切酶T和核酸外切酶VII，优选其中所述至少一种具有单链3'至5
’
核酸外切酶活性的酶是核酸外切酶I。5.根据权利要求1至4中任一项所述的方法，其进一步包括在步骤b)之前或期间将所述核酸分子群片段化，优选通过使所述核酸分子群与至少一种位点特异性核酸内切酶接触，其中所述位点特异性核酸内切酶：
·
不在靶区域或所述第一位点内切割，并且
·
当所述分子包含第二位点时，不在所述第二位点内切割，优选地，其中所述位点特异性核酸内切酶是限制酶。6.根据权利要求1至5中任一项所述的方法，其中步骤c)包括使所述核酸分...

【专利技术属性】
技术研发人员：J，
申请(专利权)人：德皮克斯公司，
类型：发明
国别省市：