一种猪背膘厚的分子标记辅助选择方法及其应用技术

本发明专利技术公开了一种猪背膘厚的分子标记辅助选择方法及其应用，所述方法通过鉴定与猪背膘厚相关的SNP标记的基因型来选择低背膘厚的猪个体。所述与猪背膘厚相关的SNP标记位于国际猪基因组10.2版本参考序列2号染色体第15,352,042个脱氧核苷酸处，其碱基类型为C或T，该位点处的基因型为CC的个体，其背膘厚度显著低于TC和TT基因型个体。本发明专利技术提供的猪背膘厚的分子标记辅助选择方法，操作简单，准确性高，可以为猪生产性状的分子标记辅助选择提供科学依据。依据。依据。

【技术实现步骤摘要】
ID NO.1和SEQ ID NO.2所示的核苷酸序列。
[0012]本专利技术还提供了一种用于检测上述SNP标记的试剂盒，其中，所述试剂盒包括引物对P1和P2，所述P1的核苷酸序列包括SEQ ID NO.1所示的核苷酸序列；
[0013]所述P2的核苷酸序列包括SEQ ID NO.2所示的核苷酸序列。
[0014]其中，所述试剂盒还包括PCR扩增体系，优选包括PCR缓冲液、dNTP和DNA聚合酶。
[0015]本专利技术还提供了一种猪背膘厚的分子标记辅助选择方法，其中，所述方法包括确定猪核心群中种猪位于国际猪基因组10.2版本参考序列2号染色体第15,352,042个脱氧核苷酸处SNP标记，并根据所述标记做出选择的步骤。
[0016]其中，所述确定猪核心群中种猪位于国际猪基因组10.2版本参考序列2号染色体第15,352,042个脱氧核苷酸处SNP标记的步骤包括对猪基因组DNA进行扩增和测序的子步骤。
[0017]本专利技术所具有的有益效果包括：
[0018](1)本专利技术所提供的与猪背膘厚相关的SNP标记，可对背膘厚度进行早期选择，降低育种成本，缩短育种周期，促进猪的育种进程；
[0019](2)本专利技术所提供的与猪背膘厚相关的SNP标记，可以通过直接鉴定该标记来筛选更低背膘厚的猪品系，提高了养殖企业以及整个生猪养殖业的经济效益与社会价值；
[0020](3)本专利技术提供的猪背膘厚的分子标记辅助选择方法，操作简单，准确性高，可以为猪生产性状的分子标记辅助选择提供科学依据。/>附图说明
[0021]图1示出本专利技术实施例1中基因型效应的箱线图。
具体实施方式
[0022]下面通过优选实施方式和实施例对本专利技术进一步详细说明。通过这些说明，本专利技术的特点和优点将变得更为清楚明确。
[0023]在这里专用的词“示例性”意为“用作例子、实施例或说明性”。这里作为“示例性”所说明的任何实施例不必解释为优于或好于其它实施例。
[0024]全基因组关联分析是鉴定表型和基因型之间遗传联系的主要手段，可以用于发现影响背膘厚度的SNPs。
[0025]一方面，本专利技术提供了一种与猪背膘厚相关的SNP标记，所述SNP标记位于猪基因组2号染色体正义链上，其碱基类型为C或T。
[0026]其中，所述猪基因组2号染色体正义链核苷酸序列参照国际猪基因组10.2版本(Sscrofa10.2)参考序列，所述SNP标记位于2号染色体的15.35Mb处，与QTL数据库比较显示，其处于平均背膘厚、瘦肉百分比、日采食量、心脏重量、第十肋骨背膘肉和肩部皮下脂肪厚度等性状相关的QTL区域。
[0027]优选地，所述与猪背膘厚相关的SNP标记具体位于国际猪基因组10.2版本参考序列2号染色体第15,352,042个脱氧核苷酸处。
[0028]其中，所述SNP标记记为WU_10.2_2_15352042。
[0029]根据本专利技术一种优选的实施方式，所述位于国际猪基因组10.2版本参考序列2号
染色体第15,352,042个脱氧核苷酸处SNP标记的CC基因型个体，其背膘厚度显著低于TC和TT基因型个体。
[0030]在本专利技术中，所述SNP标记对应的基因型有三种：CC、TC和TT，CC是碱基C的纯合子，TT是碱基T的纯合子，TC为杂合子。
[0031]本专利技术人研究发现，猪该SNP标记的CC基因型个体的背膘厚度显著低于TC基因型和TT基因型个体，从而能够根据该SNP位点的基因型对猪的肉质性状进行遗传评估。由此，专利技术人确定，本专利技术所述的位于国际猪基因组10.2版本参考序列2号染色体第15,352,042个脱氧核苷酸处的SNP标记与猪背膘厚性状紧密相关，能够有效用于猪的分子标记辅助育种，具有早期筛选、节省时间、成本低廉、准确性高的优点。
[0032]其中，对SNP位点进行基因分型可以在一定程度上排除表型选择中饲养环境、饲料、疾病等因素对猪优良基因的误淘和误选，增强目标性状选择准确性。
[0033]进一步地，本专利技术优选采用高密度SNP芯片技术进行基因分型，其相对于传统的基因分型方法(如PCR、RFLP等)，可以在很短的时间周期内对大量的SNP进行分型，效率高，其能极大地降低成本。
[0034]优选地，本专利技术中采用Neogen公司的Neogen_POR80K芯片机芯基因分型。
[0035]本专利技术的又一方面，提供了一种用于检测上述SNP标记的引物对，所述引物对包含SEQ ID NO.1和SEQ ID NO.2所示的核苷酸序列。
[0036]优选地，所述引物对为P1和P2，二者的核苷酸序列分别如SEQ ID NO.1和SEQ ID NO.2所示。
[0037]在本专利技术中，采用上述引物对能够有效对待测猪个体中含有上述与猪背膘厚相关的SNP标记的核苷酸片段进行PCR扩增，进而通过测序实现对该SNP位点的检测，确定该SNP位点的基因型，进而确定待测猪个体的猪背膘厚度。
[0038]本专利技术的又一方面，提供了一种用于检测上述SNP标记的试剂盒，所述试剂盒包括上述用于检测SNP标记的引物对。
[0039]优选地，所述试剂盒还包括PCR扩增体系，优选包括PCR缓冲液、dNTP和DNA聚合酶。
[0040]本专利技术的又一方面，提供了一种上述SNP标记、引物对或试剂盒在研究、检测、鉴定、调节、降低猪背膘厚或猪分子标记辅助育种方面的应用。
[0041]本专利技术的又一方面，提供一种上述SNP标记的获取方法，所述方法包括以下步骤：
[0042]步骤1，选择猪群体，进行背膘厚测定。
[0043]在本专利技术中，优选在猪个体体重处于85～105kg范围时测定活体背膘厚(Backfat Thickness,BFT)，采用B超扫描测定群体中猪个体的倒数第3～4肋间处背膘厚，以毫米为单位。然后，采用河北省地方标准(DB13/T 2065-2014)文件《种猪场场内生产性能测定技术规程》的遗传评估性状测定规程对采集的数据进行表型数据校正，具体按如下校正公式计算猪达100kg体重的活体背膘厚：
[0044]校正背膘厚＝实测背膘厚
×
CF；
[0045]CF＝A
÷
{A+[B
×
(实测体重-100)]}。
[0046]其中，A、B为不同猪种背膘厚度校正系数，实测体重单位为kg。
[0047]步骤2，提取猪个体的基因组DNA，进行基因型分型。
[0048]在本专利技术中，采用现有技术中常用的方法或试剂盒提取猪群体中每个个体的基因
组DNA，优选采集猪耳组织进行基因组DNA的提取。
[0049]在提取基因组DNA后，优选采用分光光度计和电泳对提取的猪基因组DNA进行浓度测定和质量检测，其中，提取的DNA的A260/A280比值在1.8～2.0，A260/A230比值在1.7～1.9判定为纯度合格；将浓度高于300ng/μL判定为浓度合格。
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【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种与猪背膘厚相关的SNP标记，其特征在于，所述SNP标记位于猪基因组2号染色体正义链上，其碱基类型为C或T。2.根据权利要求1所述的SNP标记，其特征在于，所述SNP标记位于猪基因组2号染色体的15.35Mb处，处于平均背膘厚、瘦肉百分比、日采食量、心脏重量、第十肋骨背膘肉和肩部皮下脂肪厚度性状相关的QTL区域。3.根据权利要求2所述的SNP标记，其特征在于，所述与猪背膘厚相关的SNP标记位于国际猪基因组10.2版本参考序列2号染色体第15,352,042个脱氧核苷酸处。4.根据权利要求2所述的SNP标记，其特征在于，所述位于国际猪基因组10.2版本参考序列2号染色体第15,352,042个脱氧核苷酸处SNP标记的CC基因型个体，其背膘厚度显著低于TC和TT基因型个体。5.一种用于检测权利要求1至4之一所述SNP标记的引物对，其特征在于，所述引物对包含SEQ ID NO.1和SEQ ID...

【专利技术属性】
技术研发人员：唐中林，李巧伟，易国强，王斌虎，
申请(专利权)人：中国农业科学院深圳农业基因组研究所，
类型：发明
国别省市：