【技术实现步骤摘要】
脑卒中多基因遗传风险综合评分的构建方法与装置及应用
本专利技术是关于一种脑卒中多基因遗传风险综合评分(metaPRS)的构建方法与装置及其应用。
技术介绍
脑卒中死亡是全球主要的健康威胁之一。据估计，全球25岁以上成人脑卒中终生风险约为25％，其中东亚人群风险最高，达到39％。在中国，脑卒中是居民死亡的主要原因，2017年脑卒中死亡人数达207万。因此，尽早识别高危人群，针对主要危险因素(例如高血压，糖尿病，血脂异常等)进行健康生活方式管理和药物干预对于中国乃至全球的脑卒中一级预防具有重要意义。脑卒中是由遗传和环境因素共同引起的复杂疾病。全基因组关联研究(Genome-wideassociationstudy,GWAS)已确定至少42个与脑卒中相关的遗传易感基因，以及上百个与脑卒中相关表型有关的遗传基因，包括血压、2型糖尿病(type2diabetes,T2D)、血脂水平、体质指数(bodymassindex,BMI)、房颤(atrialfibrillation,AF)等。整合这些遗传变异构建脑卒中多基因遗传风险评分...
【技术保护点】
1.一种脑卒中多基因遗传风险综合评分的构建方法，该方法包括步骤：/n(1)筛选与脑卒中相关或与脑卒中相关表型相关的单核苷酸多态性位点(SNP)的集合；/n(2)基于步骤(1)中的单核苷酸多态性位点进行基因分型；/n(3)从全基因组关联研究结果中分别提取所测SNP对应于多个亚表型的危险等位基因、效应值及P值，构建多个候选亚表型PRS并筛选最佳亚表型PRS；其中，所述多个亚表型包括：脑卒中，冠心病，2型糖尿病，房颤，收缩压，舒张压，平均动脉压，脉压，体质指数，腰围，总胆固醇，低密度脂蛋白胆固醇，甘油三酯和高密度脂蛋白胆固醇；/n(4)确定各个亚表型PRS的权重；/n(5)将亚表...
【技术特征摘要】
1.一种脑卒中多基因遗传风险综合评分的构建方法，该方法包括步骤：
(1)筛选与脑卒中相关或与脑卒中相关表型相关的单核苷酸多态性位点(SNP)的集合；
(2)基于步骤(1)中的单核苷酸多态性位点进行基因分型；
(3)从全基因组关联研究结果中分别提取所测SNP对应于多个亚表型的危险等位基因、效应值及P值，构建多个候选亚表型PRS并筛选最佳亚表型PRS；其中，所述多个亚表型包括：脑卒中，冠心病，2型糖尿病，房颤，收缩压，舒张压，平均动脉压，脉压，体质指数，腰围，总胆固醇，低密度脂蛋白胆固醇，甘油三酯和高密度脂蛋白胆固醇；
(4)确定各个亚表型PRS的权重；
(5)将亚表型PRS的权重转化为SNP水平的权重；
(6)构建脑卒中多基因遗传风险综合评分metaPRS。
2.根据权利要求1所述的方法，其中，脑卒中相关表型包括血压、2型糖尿病、血脂、肥胖、房颤和冠心病。
3.根据权利要求2所述的方法，其中，所述脑卒中多基因遗传风险综合评分是用于评估东亚人群脑卒中发病风险，所述单核苷酸多态性位点的集合中纳入：所有人群的与脑卒中或冠心病相关的单核苷酸多态性位点，以及东亚人群的血压、2型糖尿病、血脂、肥胖、房颤相关的单核苷酸多态性位点。
4.根据权利要求1或3所述的方法，其中，步骤(2)中，进行基因分型的队列人群为东亚人群；优选地，使用多重聚合酶链反应靶向扩增子测序技术进行基因分型。
5.根据权利要求1所述的方法，其中，步骤(3)中，构建各个候选亚表型PRS的过程包括：
根据提取的P值大小分出多组SNP，对于每组SNP，基于队列人群数据，使用plink软件clumping命令按照不同的连锁不平衡r2修剪，得到多组SNP组合；
利用基因型数据，将个体SNP风险等位基因数(0、1或2)根据其对应的效应值进行加权并求和构建多个纳入不同组合SNP的候选PRS，采用logistic回归模型评估这些候选PRS与脑卒中的关联，比值比(oddsratio,OR)最大(PRS每增加一个标准差)的评分被选作最佳亚表型PRS。
6.根据权利要求1所述的方法，其中，...
【专利技术属性】
技术研发人员：鲁向锋，顾东风，邢小龙，黄建凤，李建新，
申请(专利权)人：中国医学科学院阜外医院，
类型：发明
国别省市：北京;11
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