一种用于癌症检测的探针组合的设计方法及其应用技术

本发明专利技术涉及一种用于癌症检测的探针组合的设计方法及其应用，所述设计方法包括：提取数据库中的癌症的突变集合分为训练集和验证集，将所述训练集中参考基因组距离<＝80的突变合并得到多个突变热点区间；将所述多个突变热点区间以区域突变密度为依据依次进行筛选，将满足以下条件的突变热点区间作为所述探针组合的靶点。本发明专利技术设计得到的探针组合对常见癌症的覆盖优秀，采用Gene+数据库和MSK数据库验证集模拟该panel对9个癌症的覆盖情况，结果表明，九大癌症类型的覆盖度均＞93％；基于该探针的早起癌症检测具有高灵敏度和特异性，对于肝癌的检出率达到85％；基于该探针的ctDNA阳性判定方法能有效对患者进行预后分层。

【技术实现步骤摘要】
一种用于癌症检测的探针组合的设计方法及其应用
本专利技术涉及生物
，尤其涉及一种用于癌症检测的探针组合的设计方法及其应用。
技术介绍
肝癌是一类高发性恶性肿瘤，患有肝癌的病人通常死亡率较高。高发病率和死亡率的关键原因在于缺乏有效的早期筛查标志物。传统诊断方法中，血清甲胎蛋白(Alpha-fetoprotein，AFP)和肝脏超声检查是早期筛查肝癌的主要手段，但是相关研究表明约80％的小肝癌患者(早期肝癌患者)的AFP水平没有显著升高，说明AFP作为筛查标志物具有一定的局限性，不适于早期肝癌的检测；而对于早期肝癌的超声检查，其灵敏度仅有47％；通过超声联合AFP蛋白标志物检出的灵敏度为63％，虽然这种联合检测可提高灵敏度，也降低了特异性，因此，在早期肝癌患者的诊断中，急需高度灵敏和特异性的检测手段。胰腺癌是一种发病隐匿、进展迅速、预后极差的消化系统恶性肿瘤，总体发病率和死亡率逐年上升。手术切除是目前唯一可能治愈的方法，但大部分患者就诊时因疾病较晚而失去手术时机，晚期患者的5年生存率只有2～5％，而早期患者术后5年生存率可高达80％。本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种用于癌症检测的探针组合的设计方法，其特征在于，包括：/n提取数据库中的癌症的突变集合分为训练集和验证集，将所述训练集中参考基因组距离<＝80的突变合并得到多个突变热点区间；将所述多个突变热点区间以区域突变密度为依据依次进行筛选，将满足以下条件的突变热点区间作为所述探针组合的靶点：/n(1)以所述训练集中的患者的突变集合为目标数据，患者覆盖贡献增加；/n(2)区间内有至少两个突变位点。/n

【技术特征摘要】
1.一种用于癌症检测的探针组合的设计方法，其特征在于，包括：
提取数据库中的癌症的突变集合分为训练集和验证集，将所述训练集中参考基因组距离<＝80的突变合并得到多个突变热点区间；将所述多个突变热点区间以区域突变密度为依据依次进行筛选，将满足以下条件的突变热点区间作为所述探针组合的靶点：
(1)以所述训练集中的患者的突变集合为目标数据，患者覆盖贡献增加；
(2)区间内有至少两个突变位点。


2.根据权利要求1所述的设计方法，其特征在于，包括：
所述区域突变密度为突变热点区间内突变个数和区间长度的比值；
和/或，所述患者覆盖贡献增加为：
在包含待筛选的突变热点区间时，训练集中的肿瘤基因突变检出率增加，并且得到所述验证集的确认。


3.根据权利要求1或2所述的设计方法，其特征在于，所述提取数据库中的癌症的突变集合分为训练集和验证集为：
将数据库COSMIC、MSK和Gene+中目标癌症类型的数据均分为训练集和验证集。


4.一种用于癌症检测的探针组合，其特征在于，所述探针组合以权利要求1-3任一项所述设计方法设计得到。


5.根据权利要求4所述的探针组合，其特征在于，所述探针组合针对的靶点区域如下：
(1)包括APC、AR、AXIN1、CDH1、CDKN2A、FBXW7、KEAP1、PTEN、RB1、SMAD4、SMARCA4、STK11和TP53的全编码区；
(2)包括如下所述的外显子：












(3)包括如下所述的特定区域：















(4)包括ALK的内含子Intron19、FGFR3的内含子Intron17、RET的内含子Intron11和RO...

【专利技术属性】
技术研发人员：管彦芳，易玉婷，郝时光，曾晓玲，杨玲，易鑫，
申请(专利权)人：北京吉因加医学检验实验室有限公司，
类型：发明
国别省市：北京;11