一种提高GWAS致因突变定位效率的方法技术

本发明专利技术公开了一种提高GWAS致因突变定位效率的方法，先从GWAS得到的显著相关位点分型中筛选纯合突变且表型值高和低的个体，将其分为高组、低组，混合构建DNA混池：再计算LD，根据计算出来的LD确定候选区域；然后扩增候选区域的基因外显子、启动子、5’UTR和3’UTR区并进行测序，将测序结果与上述基因的参考序列对比，筛选出高、低组突变完全不同，或者高、低组套峰峰高按低组→高组组程规律递增/递减的SNP位点做为相关SNP位点，对得到的位点进行分析，将P值小于原显著相关位点的分型位点作为候选致因突变位点，用于后续的验证。本方法可以有效地在SNP筛选阶段初步筛选出可能与性状相关的SNP位点，减少致因突变位点筛选的工作量，节省分型所需的科研经费。

【技术实现步骤摘要】
一种提高GWAS致因突变定位效率的方法
本专利技术涉及生物信息学
，特别涉及一种提高GWAS致因突变定位效率的方法。
技术介绍
人类基因组计划完成以后，各物种的基因组图谱被迅速绘制，目前对一个物种的从头测序也从原本的鸟枪法发展到了二代测序甚至到了通量更高的三代测序。对基因组的研究发现任何物种的基因组中都存在着大量的单核苷酸多态性(singlenucleotidepolymorphism,SNP)，在基因编码区的SNP可以通过影响氨基酸的组成导致蛋白质结构的改变从而影响机体的生理生化特征；在基因调控区的SNP可以通过影响调控元件的活性影响基因的转录水平进而影响机体的生理生化特征。而SNP是一种可以稳定遗传的标记，因此将SNP作为性状的遗传标记进而研究其分子机理是科研工作的重要组成部分。随着分子技术的发展，SNP的分型技术也从原本的限制性片段长度多态性(RestrictionFragmentLengthPolymorphism，PFLP)发展到了现在飞行时间质谱、磁珠芯片分型等，其通量越来越大，分型速度越来越快，为在全基因组水平上研究SNP对本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种提高GWAS致因突变定位效率的方法，其特征在于，包括以下步骤：/n(1)从GWAS得到的显著相关位点分型中筛选纯合突变且表型值高和低的个体，将其分为高组、低组，混合构建DNA混池：/n(2)计算LD，根据计算出来的LD确定候选区域；/n(3)扩增候选区域的基因外显子、启动子、5’UTR和3’UTR区并进行测序，将测序结果与与所述基因的参考序列对比，筛选出高、低组突变完全不同，或者高、低组套峰峰高按低组→高组组程规律递增/递减的SNP位点做为相关SNP位点；/n(4)对步骤(3)得到的相关SNP位点进行分析，将P值小于原显著相关位点的分型位点作为候选致因突变位点，用于后续的验证。/n

【技术特征摘要】
1.一种提高GWAS致因突变定位效率的方法，其特征在于，包括以下步骤：
(1)从GWAS得到的显著相关位点分型中筛选纯合突变且表型值高和低的个体，将其分为高组、低组，混合构建DNA混池：
(2)计算LD，根据计算出来的LD确定候选区域；
(3)扩增候选区域的基因外显子、启动子、5’UTR和3’UTR区并进行测序，将测序结果与与所述基因的参考序列对比，筛选出高、低组突变完全不同，或者高、低组套峰峰高按低组→高组组程规律递增/递减的SNP位点做为相关SNP位点；
(4)对步骤(3)得到的相关SNP位点进行分析，将P值小于原显著相关位点的分型位点作为候选致因突变位点，用于后续的验证。


2.按照权利要求1所述的方法，其特征在于：在步骤(1)中，先将从GWAS得到的显著相关位点分型信息删除CHROM、POS等信息，只保留ID和个体分型结果；选择1个P值最低且哈德温伯格平衡检验卡方值X2<5.991或者P值P>0.05的显著相关位点，将其分型结果和表型值一一对应；使用SPSS19.0软件对三种基因型对应的表型值进行单因素方差分析，比较两种纯合基因型的表型值差异和显著性；将两种纯合基因型的表型值从高到低排队，分别选择纯合基因型个体的高、低组作为DNA模板。


3.按照权利要求2所述的方法，其特征在于：将两种纯合基因型的表型值从高到低排队，选择方差分析中高表型纯合基因型...

【专利技术属性】
技术研发人员：兰干球，梁晶，莫家远，
申请(专利权)人：广西大学，
类型：发明
国别省市：广西;45