一种基于靶向捕获测序的猪50K液相芯片及其应用制造技术

本发明专利技术涉及一种基于靶向捕获测序的猪50K液相芯片及其应用，所述猪50K液相芯片由独立包装的猪50K探针混合液和杂交捕获试剂构成，所述猪50K探针为DNA双链探针，是根据所筛选的SNP位点设计并合成的核苷酸序列；所述SNP位点是将猪的全基因组测序结果比对至猪参考基因组上进行SNP位点的筛选。利用本发明专利技术制备的猪50K液相芯片与猪DNA高通量测序文库混合，捕获猪DNA高通量测序文库中包含目标位点的DNA片段进行扩增和纯化，产物经过高通量测序后，利用测序结果回帖到猪参考基因组上进行比对，从而获取待测猪的基因组基因分型。采用本发明专利技术制备的50K液相芯片对猪只进行基因分型，可以解决现有技术成本高、不灵活、不能在我国猪场中的大规模使用的问题。的大规模使用的问题。的大规模使用的问题。

【技术实现步骤摘要】
一种基于靶向捕获测序的猪50K液相芯片及其应用


[0001]本专利技术涉及基因分型
，具体是一种基于靶向捕获测序基因型分型(Genotyping by Targeted Sequencing,GBTS)技术的猪50K液相芯片及其对猪基因组进行基因分型的应用。

技术介绍

[0002]单核苷酸多态性(SNP)具有数量多,分布广泛,易于快速规模化筛查,便于基因分型等特点，是继第一代限制性片段长度的多态性标记、第二代微卫星即简单的串联重复标记后的第三代遗传标记，被认为是当前最佳的标记选择，具有重要的生物学意义。目前，SNP标记已成为生物种群鉴定、遗传结构分析、功能性基因定位、基因组选择的重要工具。随着高通量SNP基因分型技术的发展，基于全基因组或简化基因组测序的方法成为SNP基因分型技术的主流。对于有参考基因组序列的物种，科研人员一般利用已知的序列设计SNP芯片，利用随机打断的基因组DNA片段与芯片上的寡聚核苷酸探针杂交，就可以获知对应位点的SNP基因分型。
[0003]目前，猪上成熟的商用SNP芯片主要基于Illumina平台和Affy本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种基于靶向捕获测序的猪50K液相芯片，其特征在于，所述猪50K液相芯片由独立包装的猪50K探针混合液和杂交捕获试剂构成，所述猪50K探针为DNA双链探针，是根据所筛选的SNP位点设计并合成的核苷酸序列；所述SNP位点是将猪的全基因组测序结果比对至猪参考基因组上进行SNP位点的筛选，筛选原则是：各染色体上分布均匀、各染色体两端分布较密、位点多态性好，其中所述位点多态性好的指标为在杜洛克、长白猪、大白猪群体中MAF大于0.35；所筛选的SNP位点的可覆盖区域同时要满足猪50K探针的设计原则；所述猪50K探针的设计原则为：探针长度110bp、探针GC含量在30％
‑
80％之间、同源性区域个数≤5，选取区域最大限度地不包含SSR和GAP区域；根据筛选获得的SNP位点设计两条有60
‑
70％重叠且覆盖所述SNP位点的核苷酸序列；根据上述设计的核苷酸序列进行单链核苷酸合成，合成的两条长度为110bp，5
’
端带有生物素基团修饰的DNA核苷酸序列称为猪50K探针；将上述两条合成后的猪50K探针进行等摩尔质量混合，利用EDTA和Tris
‑
HCl混合液定容为3pmol/mL的猪50K探针混合液。2.根据权利要求1所述基于靶向捕获测序的猪50K液相芯片，其特征在于，所述杂交捕获试剂为来自石家庄博瑞迪生物技术有限公司的GenoBaits DNA
‑
seq Library Prep试剂盒，包括独立包装的GenoBaits Block I、GenoBaits Block II、GenoBaits 2
×
Hyb Buffer、GenoBaits Hyb Buffer Enhancer、GenoBaits 2
×
Beads Wash Buffer、GenoBaits 10
×
Wash Buffer I、GenoBaits 10X...

【专利技术属性】
技术研发人员：丁向东，张勤，邱奥，
申请(专利权)人：中国农业大学，
类型：发明
国别省市：