【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】保护动物防御病原细菌和/或促进共生和共栖细菌的有益作用的基于RNA的治疗方法
专利技术概述本专利技术涉及抑制细菌中基因表达的方法，其在本文中称为抗菌基因沉默(AntibacterialGeneSilencing，AGS)。在特定实施方案中，该方法用于通过小非编码RNA以序列特异性的方式靶向致病性因子和/或必需基因来保护植物和动物防御病原细菌。该方法还可用于增强共生或共栖细菌的有益作用和/或生长。本专利技术涉及将小RNA实体以RNA提取物的形式、或包埋在植物细胞外小泡(EV)的形式外源递送到细菌上，用于减少细菌生长、存活和/或致病性。本专利技术还描述一种以快速、可靠和具有成本效益的方式鉴定具有抗菌活性并且具有进步一开发为抗感染剂潜力的小RNA的方法。此外，后一种方法有助于快速表征来自任何细菌物种的任何基因。
技术介绍
现有技术描述植物免疫系统概述植物免疫系统的第一层涉及与病原体或微生物相关的分子模式(Pathogen-或Microbe-AssociatedMolecularPattern，PAMP或MAMP)的识别，这些分子模式是由表面定位的模式识别受体(PRR)感测到的保守微生物特征(1)。配体结合后，这些受体会在PRR复合物上引发复杂的磷酸化级联反应，从而导致PAMP触发的免疫(PTI)(1)。为使疾病发生，病原体分泌抑制PTI的效应子(2)。例如，革兰氏阴性细菌丁香假单胞菌致病变种番茄(Pseudomonassyringaepv.tomato)菌株DC3000(PtoDC3000)...
【技术保护点】
1.一种抑制靶细菌细胞中至少一个基因表达的体外方法，所述方法包括使所述靶细菌细胞与小RNA、或者含有小RNA的组合物接触的步骤，所述小RNA具有15至30个碱基对的长度。/n
【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】20180817 EP 18306124.11.一种抑制靶细菌细胞中至少一个基因表达的体外方法，所述方法包括使所述靶细菌细胞与小RNA、或者含有小RNA的组合物接触的步骤，所述小RNA具有15至30个碱基对的长度。
2.根据权利要求1所述的方法，其中所述小RNA是siRNA或miRNA，其特异性抑制细菌必需基因、或细菌毒力基因或抗生素抗性基因的表达。
3.根据权利要求1或2所述的方法，其中所述细菌是动物病原细菌。
4.根据权利要求3所述的方法，其中所述细菌选自：
以色列放线菌(Actinomycesisraelii)、炭疽芽孢杆菌(Bacillusanthracis)、蜡样芽孢杆菌(Bacilluscereus)、脆弱拟杆菌(Bacteroidesfragilis)、百日咳博德特氏菌(Bordetellapertussis)、包柔氏菌属(Borreliasp.)(伯氏(burgdorferi)、伽氏(garinii)、埃氏(afzelii)、回归热(recurrentis)、麝鼩(crocidurae)、达氏(duttonii)、赫氏(hermsii)等)、布鲁氏菌属(Brucellasp.)(牛(abortus)、犬(canis)、马耳他(melitensis)、猪(suis))、空肠弯曲杆菌(Campylobacterjejuni)、衣原体属(Chlamydiasp.)(肺炎(pneumoniae)、沙眼(trachomatis))、鹦鹉热衣原体(Chlamydophilapsittaci)、肉毒杆菌属(Clostridiumsp.)(肉毒杆菌(botulinum)、艰难(difficile)、产气荚膜(perfringens)、破伤风杆菌(tetani))、白喉杆菌(Corynebacteriumdiphtheriae)、埃立克体菌属(Ehrlichiasp.)(犬、查菲(chaffeensis))、肠球菌(Enterococcus)(粪(faecalis)、屎(faecium))、大肠杆菌(Escherichiacoli)O157：H7、土拉弗朗西斯菌(Francisellatularensis)、流感嗜血杆菌(Haemophilusinfluenza)、幽门螺杆菌(Helicobacterpylori)、肺炎克雷伯菌(Klebsiellapneumoniae)、克雷伯军团菌(Legionellapneumophila)、钩端螺旋体属(Leptospirasp.)、单细胞李斯特菌(Listeriamonocytogenes)、分枝杆菌属(Mycobacteriumsp.)(麻风(leprae)、结核(tuberculosis))、肺炎支原体(Mycoplasmapneumoniae)、奈瑟氏菌(Neisseria)(淋病(gonorrhoeae)、脑膜炎(meningitidis))、铜绿假单胞菌(Pseudomonasaeruginosa)、牙龈卟啉单胞菌(Porphyromonasgingivalis)、星状诺卡菌(Nocardiaasteroides)、立克次氏立克次体(Rickettsiarickettsii)、沙门氏菌属(Salmonellasp.)(伤寒(typhi)、鼠伤寒(typhimurium))、志贺氏菌属(Shigellasp.)(猪痢疾(sonnei)、痢疾(dysenteriae))、葡萄球菌(Staphylococcus)(金黄色葡萄球菌(aureus)、表皮(epidermidis)、腐生(saprophyticus))、链球菌属(Streptococcussp.)(龙舌兰(agalactiae)、变形(mutans)、肺炎(pneumoniae)、化脓(pyogenes)、绿色(viridans))、福赛斯坦纳菌(Tannerellaforsythia)、梅毒螺旋体(Treponemapallidum)、霍乱弧菌(Vibriocholerae)和鼠疫耶尔森氏菌(Yersiniapestis)。
5.根据权利要求1-4中任一项所述的方法，其中所述组合物包含细胞外游离小RNA，或含有所述小RNA的细胞外小泡、或含有所述小RNA的非原质体流体、或与所述小RNA偶联的纳米颗粒。
6.一种治疗组合物，其包含作为活性成分的小RNA，所述小RNA具有15至30个碱基对的长度，其中所述小RNA特异性抑制至少一个细菌基因的表达。
7.根据权利要求6所述的治疗组合物，其中所述细菌基因是细菌毒力因子基因或细菌生存力基因或抗生素抗性基因。
8.根据权利要求6或7所述的治疗组合物，其包含细胞外游离小RNA、或含有所述小RNA的细胞外小泡、或含有所述小RNA的非原质体流体、或与所述小RNA偶联的纳米颗粒、以及药学上可接受的赋形剂。
9.根据权利要求6至8中任一项所述的治疗组合物，其中其配制成用于口服、局部、或全身施用，优选作为丸剂、霜剂、或口服喷雾剂。
10.根据权利要求6至9中任一项所述的治疗组合物，其中所述毒力因子基因、或生存力基因、或抗生素抗性基因选自：包括III型分泌系统的分泌系统、IV型分泌系统的结构基因、VI型分泌系统的结构基因、dot/icm系统的基因、群体感应基因、参与氨基酸合成的必需基因、转肽酶、细菌转录机制的组分、细菌细胞壁的结构组分、对细胞分裂至关重要的基因、肌动蛋白的结构同源物、普通抗生素靶标等。
11.根据权利要求6至10中任一项所述的治疗组合物，其中所述毒力因子基因、或细菌生存力基因、或抗生素抗性基因选自：PscC、PscJ、PscN、VirB1、VirD4、TssM、TssJ、TssB/TssC、TssE、VgrG、Hcp、DotC、DotD、DotF、DotG和DotH、LuxS、Luxl/LuxR、AroA、LysC、CysH、GalU、PbpA、PbpB、PbpC、Pigma70、Sigma54、Arc、Ptr、Nor、Mep、Cme、TEM、SHV、GES、VIM、NDM、AmpC、VIM-1、VIM-2、VIM-3、VIM-5、CasE、OXA-28、OXA-14、OXA-19、OXA-145、PER-1、TEM-116、GES-9、FtsZ、FtsA、FtsN、FtsK、FtsI、FtsW、ZipA、ZapA、TolA、TolB、TolQ、TolR、Pal、MinCD、MreB和Mld。
12.根据权利要求6至11中任一项限定的治疗组合物，用于在需要其的受试者中治疗和/或预防细菌感染的用途。
13.根据权利要求12所述用途的治疗组合物，其中所述受试者是以下属的动物：智人(Homosapiens)、家犬(Canislupus)、家猫(Feliscatus)、家马(Equuscaballus)、普通牛(BosTaurus)、绵羊(Ovisaries)、家山羊(Caprahircus)、野猪(Susscrofa)、原鸡(Gallusgallus)、火鸡(Meleagrisgallopavo)、灰雁(Anseranser)、绿头鸭(Anasplatyrhynchos)、或穴兔(Oryctolaguscuniculus)。
14.根据权利要求12或13所述用途的治疗组合物，其中其口服、局部或全身施用至所述受试者。
15.具有15至30个碱基对长度并且特异性抑制至少一个细菌基因的表达的小RNA、或如权利要求6至11所述的治疗组合物，用于在需要其的受试者中治疗和/或预防细菌感染的用途，其中所述小RNA通过口服、局部或全身地施用至受试者。
16.根据权利要求15所述用途的小RNA或组合物，其中所述受试者是以下属的动物：智人、家犬、家猫、家马、普通牛、绵羊、家山羊、野猪、原鸡、火鸡、灰雁、绿头鸭、或穴兔。
17.根据权利要求15或16所述用途的小RNA或组合物，其中所述细菌感染是由于选自以下的人病原细菌：
以色列放线菌、炭疽芽孢杆菌、蜡样芽孢杆菌、脆弱拟杆菌、百日咳博德特氏菌、包柔氏菌属(伯氏、伽氏、埃氏、回归热、麝鼩、达氏、赫氏等)、布鲁氏菌属(牛、犬、马耳他、猪)、空肠弯曲杆菌、衣原体属(肺炎、沙眼)、鹦鹉热衣原体、肉毒杆菌属(肉毒杆菌、艰难、产气荚膜、破伤风杆菌)、白喉杆菌、埃立克体菌属(犬、查菲)、肠球菌(粪、屎)、大肠杆菌O157：H7、土拉弗朗西斯菌、流感嗜血杆菌、幽门螺杆菌、肺炎克雷伯菌、克雷伯军团菌、钩端螺旋体属、单细胞李斯特菌、分枝杆菌属(麻风、结核)、肺炎支原体、奈瑟氏菌(淋病、脑膜炎)、铜绿假单胞菌、牙龈卟啉单胞菌、星状诺卡菌、立克次氏立克次体、沙门氏菌属(伤寒、鼠伤寒)、志贺氏菌属(猪痢疾、痢疾)、葡萄球菌(金黄色葡萄球菌、表皮、腐生)、链球菌属(龙舌兰、变形、肺炎、化脓、绿色)、福赛斯坦纳菌、梅毒螺旋体、霍乱弧菌和鼠疫耶尔森氏菌。
18.根据权利要求15至17中任一项所述用途的小RNA或组合物，其中其特异性抑制至少一个细菌毒力因子、或细菌必需基因、或抗生素抗性基因的表达。
19.根据权利要求15至18中任一项所述用途的小RNA或组合物，其包含细胞外游离小RNA、或含有所述小RNA的细胞外小泡、或含有所述小RNA的非原质体流体、或与所述小RNA偶联的纳米颗粒。
20.具有15至30个碱基对长度并且特异性抑制至少一个细菌基因的表达的小RNA，用于促进共栖的或共生的有益细菌在需要其的受试者中的有益效果的用途，其中所述小RNA通过口服、局部或全身地施用至受试者。
21.根据权利要求20所述用途的小RNA，其中所述共栖的或共生的有益细菌选自：
奈氏放线菌(Actinomycesnaeslundii)、殊异韦荣菌(Veillonelladispar)、普氏栖粪杆菌(Faecalibacteriumprausnitzii)、肠杆菌(Enterobacteriaceae)、多形拟杆菌(Bacteroidesthetaiotaomicron)、大肠杆菌K12(EscherichiacoliK12)、双歧杆菌属(Bifidobacteriumsp.)(长(longum)、双歧(bifidum)、青春(adolescentis)、齿(dentium)、短(breve)、嗜热(themophilum))、迟缓埃格瑟拉菌(Eggerthellalenta)、拟杆菌属(Bacteroidessp.)(解木聚糖(xylanisolvens)、多型(thetaiotaomicron)、脆弱(fragilis)、普通(vulgatus)、盐藻(salanitronis)、狄氏副拟杆菌(Parabacteroidesdistasonis)、普氏栖粪杆菌(Faecalibacteriumprausnitzii)、瘤胃球菌属(Ruminococcussp.)(布鲁米(Bromii)、champanellensis、SR1/5)、链球菌属(Streptococcus)(副血(parasanguinis)、嗜酸(salivarius)、嗜热(thermophilus)、猪、化脓(pyogenes)、咽峡炎(anginosus))、乳球菌属(Lactococcus)(乳酸(lactis)、格氏(garvieae))、肠球菌(粪、屎、卡塞尔(casseliflavus)、durans、海氏(hirae))、蜂房蜜蜂球菌(Melissococcusplutonius)、嗜盐四球菌(Tetragenococcushalophilus)、乳杆菌属(Lactobacillussp.)(干酪(casei)、鲁米尼(ruminis)、德尔布吕克(delbrueckii)、布氏(buchneri)、罗伊特氏(reuteri)、发酵(fermentum)、戊糖(pentosus)、淀粉(amylovorus)、唾液(salivarius))、片球菌(Pediococcus)(戊糖(pentosaceus)、克劳森氏(claussenii))、明串珠菌(Leuconostoc)(肠膜(mesenteroides)、乳酸(lactis)、肉质(carnosum)、明胶(gelidum)、柠檬(citreum))、魏斯氏菌(Weissella)(泰国(th...
【专利技术属性】
技术研发人员：L·纳瓦罗，M·辛加拉拉斯托吉，
申请(专利权)人：国家科学研究中心，巴黎高等师范学院，国家健康科学研究所，
类型：发明
国别省市：法国;FR
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