用于检测DNA的组合产品制造技术

本发明专利技术涉及生物技术领域，具体而言，涉及一种用于检测DNA的组合产品。该产品包括核糖核酸酶H II以及探针；所述探针为单链探针，探针的部分或全部序列能够与待检测的靶标DNA分子互补，且所述探针互补区域内部嵌入一个或多个RNA碱基，所述RNA碱基将探针互补区域分隔为至少两个区段，每个区段中DNA碱基和碱基替代物的总个数≤13个。

【技术实现步骤摘要】
用于检测DNA的组合产品
本专利技术涉及生物
，具体而言，涉及一种用于检测DNA的组合产品。
技术介绍
核酸检测技术在经历了数十年的发展与近几年的快速成熟后，目前已广泛运用于传染病病原检测(包括细菌、支原体、病毒等)、肿瘤突变检测、遗传病检测、个体基因型检测等各个方面。在多个应用领域，如传染病诊断，核酸检测技术的灵敏度与特异性均大幅优于胶体金/免疫荧光法，是多种诊断的金标准。在众多核酸检测技术之中，基于探针杂交的检测技术为人熟知，其能够搭配多种技术进行使用。现有的探针通常不具有信号放大能力，且还存在检测不便，灵敏度不高等问题。
技术实现思路
本专利技术涉及用于检测DNA的组合产品，包括核糖核酸酶HII以及探针；所述探针为单链探针，探针的部分或全部序列能够与待检测的靶标DNA分子互补，且所述探针互补区域内部嵌入一个或多个RNA碱基，所述RNA碱基将探针互补区域分隔为至少两个区段，每个区段中DNA碱基和不妨碍核酸链杂交的碱基替代物的总个数独立地为0、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12或13个。本专利技术还涉及试剂盒，其包含如上所述的组合产品。本专利技术还涉及如上所述的组合产品在检测SNP中的应用；其中所述探针中所述RNA碱基为一个。本专利技术还涉及如上所述的组合产品在检测靶DNA中的应用，所述靶DNA由LAMP、NEAR或RPA引物扩增得到。本专利技术的有益效果为：(1)在同样的互补链浓度下，提高被切断探针的占比，增强信号；(2)使探针切断后的产物片段更短(≤13个碱基)，更容易从互补链上解离，避免切割产物作为引物进行延伸导致互补链被封闭，以便互补链结合新的探针，从而提升系统灵敏度。(3)体系的兼容性好，可以搭配LAMP、NEAR、RPA等多种恒温扩增方法使用，并可在反应前在扩增体系中加入报告系统，不需要增加额外操作与反应，就可以在扩增过程实现结果报告。(4)结合LAMP、NEAR、RPA等恒温扩增方法使用时，和其他等温扩增常用的荧光染料、颜色指示剂比较，探针对扩增产物识别能确保检测结果的特异性。附图说明为了更清楚地说明本专利技术具体实施方式或现有技术中的技术方案，下面将对具体实施方式或现有技术描述中所需要使用的附图作简单地介绍，显而易见地，下面描述中的附图是本专利技术的一些实施方式，对于本领域普通技术人员来讲，在不付出创造性劳动的前提下，还可以根据这些附图获得其他的附图。图1为本专利技术一个实施例中探针Tm值对检测效果影响的结果图，其中A表示60℃反应的结果，B表示65℃反应的结果；图2为本专利技术一个实施例中DNA碱基区段长度对切割效果影响的结果图，其中A列表示体系不存在聚合酶的结果，B列表示体系存在聚合酶的结果；图3为本专利技术一个实施例中DNA碱基区段长度对可报告温度范围的影响结果图；图4为本专利技术一个实施例中实时荧光检测SARS-CoV-2的检测结果图，其中A表示RNaseHII报告体系的检测结果，B表示染料法的检测结果；图5为本专利技术一个实施例中实时荧光检测SARS-CoV-2的检测结果图，其中A列表示DNA最大间隔区段为12个碱基的探针报告体系的灵敏度检测结果，B列表示DNA最大间隔区段为6个碱基的探针报告体系的灵敏度检测结果；图6为本专利技术一个实施例中胶体金检测SARS-CoV-2(显线法)的检测结果图，其中A表示阴性对照，B表示SARS-CoV-2样本；图7为本专利技术一个实施例中胶体金检测SARS-CoV-2(消线法)的检测结果图，其中A行表示阴性对照，B行表示SARS-CoV-2样本；图8为本专利技术一个实施例中探针长度对单碱基识别的影响测试结果；图9为本专利技术一个实施例中实时荧光检测SNP位点rs1815739的检测结果图，其中A表示针对TT基因型样本的检测结果，B表示针对CC基因型样本的检测结果，C表示针对CT基因型样本的检测结果；图10为本专利技术一个实施例中胶体金检测SNP位点rs1815739的检测结果图，其中F、G表示针对TT基因型样本的检测结果，C、D、E表示针对CC基因型样本的检测结果，A、B、H表示针对CT基因型样本的检测结果。具体实施方式现将详细地提供本专利技术实施方式的参考，其一个或多个实例描述于下文。提供每一实例作为解释而非限制本专利技术。实际上，对本领域技术人员而言，显而易见的是，可以对本专利技术进行多种修改和变化而不背离本专利技术的范围或精神。例如，作为一个实施方式的部分而说明或描述的特征可以用于另一实施方式中，来产生更进一步的实施方式。除非另有定义，本文所使用的所有的技术和科学术语与属于本专利技术的
的技术人员通常理解的含义相同。本文中在本专利技术的说明书中所使用的术语只是为了描述具体的实施例的目的，不是旨在于限制本专利技术。本文所使用的术语“和/或”包括一个或多个相关的所列项目的任意的和所有的组合。本专利技术涉及一种用于检测DNA的组合产品，包括核糖核酸酶HII以及探针；所述探针为单链探针，探针的部分或全部序列能够与待检测的靶标DNA分子互补，且所述探针互补区域内部嵌入一个或多个RNA碱基，所述RNA碱基将探针互补区域分隔为至少两个区段，每个区段中DNA碱基和不妨碍核酸链杂交的碱基替代物的总个数≤13个。核糖核酸酶HII(RNaseHII)为核糖核酸内切酶，适用于在双链DNA内部切刻核糖核酸的5′末端，产生5′磷酸和3′羟基末端。术语“碱基替代物”为不含有碱基，又连接核酸链上下游保持探针整体的完整性，也不妨碍核酸链杂交的结构。例如，当靶序列中出现不需要被检测的多态性位点，可以通过将探针对应位置的碱基以碱基替代物替换来实现简并分析。碱基替代物常用脱氧核苷酸间隔物(dSpacer)或C3间臂(Spacer)。碱基替代物的数量可以为1、2、3、4、5、6个。所述RNA碱基可以为1、2、3、4、5、6、7、8、9或更多个，RNA碱基可以是单个分散于DNA碱基中，也可以成连续的片段分散(每个连续的片段包含至少两个RNA碱基)于DNA碱基中；也可以全部连续插入探针的中部。在一些实施方式中，每个区段中DNA碱基或碱基替代物个数为1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12个。在一些优选的实施方式中，RNA碱基尽可能分散地分布在探针中，以提高切割产物解离成单链的效率。在一些优选的实施方式中，RNaseHII的反应温度为55～65℃，RNA碱基以3～8个碱基距离的间隔分布在探针中。在一些实施方式中，所述探针仅包含RNA碱基和DNA碱基。在一些实施方式中，每个区段中DNA碱基或碱基替代物个数为0～10个。在一些实施方式中，每个区段中DNA碱基或碱基替代物个数≤6个。探针的断裂可通过本领域技术人员公知的方法进行检测，如通过电泳等手段观察核酸片段条带的大小。在一些优选的方式，探针被标记，通过标记物来判断探针是否发生断裂。在一些实施方式中，所述探针本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.用于检测DNA的组合产品，包括核糖核酸酶H II以及探针；/n所述探针为单链探针，探针的部分或全部序列能够与待检测的靶标DNA分子互补，且所述探针互补区域内部嵌入一个或多个RNA碱基，所述RNA碱基将探针互补区域分隔为至少两个区段，每个区段中DNA碱基和不妨碍核酸链杂交的碱基替代物的总个数独立地为0、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12或13个。/n

【技术特征摘要】
1.用于检测DNA的组合产品，包括核糖核酸酶HII以及探针；
所述探针为单链探针，探针的部分或全部序列能够与待检测的靶标DNA分子互补，且所述探针互补区域内部嵌入一个或多个RNA碱基，所述RNA碱基将探针互补区域分隔为至少两个区段，每个区段中DNA碱基和不妨碍核酸链杂交的碱基替代物的总个数独立地为0、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12或13个。


2.根据权利要求1所述的组合产品，所述探针Tm值所示温度≥核糖核酸酶HII切割反应的反应温度-10℃。


3.根据权利要求1所述的组合产品，至少两个区段中标记有不同的可检测的识别原件，所述识别原件为特定的核酸序列，或是标记在碱基和/或核酸骨架上的标记物；当所述探针从所述RNA碱基处被核糖核酸酶HII切开时，所述标记物产生可检测的信号。


4.根据权利要求3所述的组合产品，所述标记物包括荧光基团和淬灭基团，且至少一个荧光基团和至少一个淬灭基团位于不同的区段。


5.根据权利要求3所述的组合产品，所述探针一端固定在固相载体表面，或反应完成后与固相载体结合，另一端偶联信号物质。


6.根据权利要求3所述的组合产品，其还包括试纸条；
其中，所述试纸条包括样品垫、反应膜和吸收垫，所述反应膜上沿液体流向设置有质检区和检测区：
所述标记物包括第一标记物和第二标记物；
所述样品垫包被有信号物质，所述信号物质标记有所述第一标记物的第一抗标记物；
所述质检区固定包被有针对所述第二标记物的第二抗标记物；
所述检测区固定包被有针对所述第一抗标记物的二抗；
所述第一标记物与所述第一抗标记物、所述第二标记物与所述第二抗标记物能够形成不同的标记物-抗标记物复合物；
或，所述试纸条包括样品垫、反应膜和吸收垫，所述反应膜上沿液体流向设置有检测区和质检区：
所述标记物包括第一标记物和第二标记物；
所述样品垫包被有信号物质，所述信号物质标记有所述第一标记物的第一抗标记物；
所述检测区固定包被有针对所述第二标记物的第二抗标记物；
所述质检区固定包被有针对所述第一抗标记...

【专利技术属性】
技术研发人员：萧卓，刘华勇，冯耀恒，阮明先，陈翀，
申请(专利权)人：广州普世利华科技有限公司，
类型：发明
国别省市：广东;44