一种用于检测药物代谢相关SNP位点的引物组及其方法技术

本发明专利技术公开了一种用于检测药物代谢相关SNP位点的引物组及其方法，属于生物技术领域，该方法用于检测任意人群特定药物代谢相关的14个SNP位点是否发生突变，其引物序列如SEQIDNo.1～42。本发明专利技术提供的一种用于检测药物代谢相关SNP位点的引物组及其方法不仅可以对患病人群提供精准用药，从计量、药效、不良反应等多方面给予个性化用药提醒，改善患者疗效并减少或避免药物副作用；还可以对健康人群提供风险评估，有效规避潜在用药的不当风险。本申请能够达到通过一个反应测出14个位点、高准确性、高通量、低成本、快速和适用于所有人群的效果。

【技术实现步骤摘要】
一种用于检测药物代谢相关SNP位点的引物组及其方法
本专利技术涉及生物
，尤其涉及一种用于检测药物代谢相关SNP位点的引物组及其方法。
技术介绍
世界卫生组织统计，1/3死亡病例的死因是不合理用药。如果所有人群都能安全用药，每年可以避免上千万的人死亡。个性化用药基因检测，是利用基因测序技术，检测不同个体的药物敏感位点基因型，为诊断和用药提供药物疗效及代谢相关的参考信息，从而个性化的“对症下药”。通过基因检测，医生可以：(1)根据代谢酶或药物作用受体或靶点的基因多态性情况，指导合适的用药剂量；(2)确认具有某些基因型的患者是否会发生不良的用药反应；(3)确认某些基因特性的患者采用某种治疗方案更容易获益，可以指导药物选择合和剂量调整以达到理想疗效；(4)检测病毒耐药性并选择合适的药物。通过揭示个体的遗传差异，指导个体化医疗方案的制定，提高用药的安全性和有效性，避免严重不良反应，减少药物治疗的风险和费用。SequenomSNP检测系统基本原理为基质辅助激光解吸附/电离飞行时间质谱(MALDI-TOFMS)技术。主要特点是，PCR扩增后的产物，加入SNP序列特异延伸引物，在SNP位点上，延伸1个碱基。然后将制备的样品分析物与芯片基质共结晶，将该晶体放入质谱仪的真空管,而后用瞬时纳秒(10-9s)强激光激发，由于基质分子经辐射所吸收的能量，导致能量蓄积并迅速产热，从而使基质晶体升华，核酸分子就会解吸附并转变为亚稳态离子，产生的离子多为单电荷离子，这些单电荷离子在加速电场中获得相同的动能，进而在一非电场漂移区内按照其质荷比率加以分离，在真空小管中飞行到达检测器。MALDI产生的离子常用飞行时间(Time-of-Flight,TOF)检测器来检测，离子质量越小，就越快到达。理论上讲，只要飞行管长度足够，TOF检测器可检测分子的质量数是没有上限的。MASSARRAYSNP检测的质谱范围为5000到8500Dalton。由于质谱技术与多引物延伸技术和MassARRAY技术结合使用，可以在一个反应体系中同时检测多个突变位点，大大减轻了工作量，提高了检测通量，并降低了检测费用。
技术实现思路
鉴于目前人类不合理用药存在的不足，本专利技术提供一种用于检测药物代谢相关SNP位点的引物组及其方法，本专利技术应用基质辅助激光解吸附/电离飞行时间质谱(MALDI-TOFMS)技术，通过设计PCR引物和单碱基延伸引物而进行SNP基因型分析，能够达到通过一个反应测出14个位点、高准确性、高通量、低成本、快速和适用于所有人群的效果。为达到上述目的，本专利技术采用如下技术方案：一种用于检测药物代谢相关SNP位点的引物组，所述药物代谢相关SNP位点包括：12srRNA、rs267606617、rs1876828、rs4244285、rs4986893、rs1799853、rs1057910、rs1065852、rs776746、rs37973、rs3909184、rs2844682、rs730012、rs3812718；所述引物组序列如SEQIDNO.1～28。依照本专利技术的一个方面，所述引物组还包括SEQIDNO.29～42所示的14个单碱基延伸引物。一种用于检测药物代谢相关SNP位点的方法包括以下步骤：合成引物序列：合成权利要求1至2任一所述的用于检测药物代谢相关SNP位点的引物组；多重PCR扩增SNP位点基因片段：将合成的引物组通过多重PCR扩增体系一次扩增覆盖所述用于检测药物代谢相关SNP位点的个性化用药基因片段；单碱基延伸SNP位点：通过多重单碱基延伸体系一次延伸个性化用药基因的SNP位点；上机检测基因型：通过基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱方法，检测数据并分析各突变位点的基因型。依照本专利技术的一个方面，所述方法还包括虾碱性磷酸酶消化反应的步骤，多重PCR扩增SNP位点基因片段后进行虾碱性磷酸酶消化反应，进行了虾碱性磷酸酶消化反应后再进行单碱基延伸SNP位点。依照本专利技术的一个方面，所述多重PCR扩增体系为一个混合多种成分在单个孔内的扩增反应体系。依照本专利技术的一个方面，所述多重PCR扩增体系所需的试剂包括Nuclease-FreeWater、10×PCRBuffer、MgCl2、dNTPMix、PCR扩增引物Mix、基因组DNA和PCREnzyme。依照本专利技术的一个方面，所述多重单碱基延伸体系所需的试剂包括Nuclease-FreeWater、iPLEXBufferPlus、iPLEXTerminationmix、单碱基延伸引物Mix和iPLEXEnzyme。依照本专利技术的一个方面，所述虾碱性磷酸酶消化反应所需的试剂包括Nuclease-FreeWater、SAPBuffer和ShrimpAlkalinePhosphataseEnzyme。相比于现有技术，本专利技术具有如下有益效果：1)本专利技术提供的引物组是针对所有人群特定药物代谢相关基因的SNP位点。2)本专利技术通过一个反应即可测出14个SNP位点。3)本申请选用的SNP位点是存在于人体细胞中的遗传物质，在人群中存在多态性，所延伸的产物片段在15-30bp之间，本专利技术根据延伸产物在真空小管中飞行时间的长短来分析14个SNP位点的基因型。4)本专利技术不仅可以对患病人群提供精准用药，从计量、药效、不良反应等多方面给予个性化用药提醒，改善患者疗效并减少或避免药物副作用，还可以对健康人群提供风险评估，有效规避潜在用药的不当风险。附图说明为了更清楚地说明本专利技术实施例中的技术方案，下面将对实施例中所需要使用的附图作简单地介绍，显而易见地，下面描述中的附图仅仅是本专利技术的一些实施例，对于本领域普通技术人员来讲，在不付出创造性劳动的前提下，还可以根据这些附图获得其他的附图。图1为rs1057910的SNP点位的正常样本的质谱分析图；图2为实施例2中rs1057910的SNP点位的杂合突变样本的质谱分析图；图3为rs1065852的SNP点位的正常样本的质谱分析图；图4为实施例2中rs1065852的SNP点位的杂合突变样本的质谱分析图；图5为rs2844682的SNP点位的正常样本的质谱分析图；图6为实施例2中rs2844682的SNP点位的杂合突变样本的质谱分析图；图7为rs37973的SNP点位的正常样本的质谱分析图；图8为实施例2中rs37973的SNP点位的杂合突变样本的质谱分析图；图9为rs3812718的SNP点位的正常样本的质谱分析图；图10为实施例2中rs3812718的SNP点位的杂合突变样本的质谱分析图；图11为rs730012的SNP点位的正常样本的质谱分析图；图12为实施例2中rs730012的SNP点位的杂合突变样本的质谱分析图。具体实施方式下面将结合本专利技术实施例中的附图，对本专利技术实施例中的技术方案进行清楚、完整地描述，显然，所描述的实施例仅仅是本专利技术一部分实本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种用于检测药物代谢相关SNP位点的引物组，其特征在于，所述药物代谢相关SNP位点包括：12s rRNA、rs267606617、rs1876828、rs4244285、rs4986893、rs1799853、rs1057910、rs1065852、rs776746、rs37973、rs3909184、rs2844682、rs730012、rs3812718；所述引物组序列如SEQ ID NO.1～28。/n

【技术特征摘要】
1.一种用于检测药物代谢相关SNP位点的引物组，其特征在于，所述药物代谢相关SNP位点包括：12srRNA、rs267606617、rs1876828、rs4244285、rs4986893、rs1799853、rs1057910、rs1065852、rs776746、rs37973、rs3909184、rs2844682、rs730012、rs3812718；所述引物组序列如SEQIDNO.1～28。


2.根据权利要求1所述的一种用于检测药物代谢相关SNP位点的引物组，其特征在于，所述引物组还包括SEQIDNO.29～42所示的14个单碱基延伸引物。


3.一种用于检测药物代谢相关SNP位点的方法，其特征在于，所述用于检测药物代谢相关SNP位点的方法包括以下步骤：
合成引物序列：合成权利要求1至2任一所述的用于检测药物代谢相关SNP位点的引物组；
多重PCR扩增SNP位点基因片段：将合成的引物组通过多重PCR扩增体系一次扩增覆盖所述用于检测药物代谢相关SNP位点的个性化用药基因片段；
单碱基延伸SNP位点：通过多重单碱基延伸体系一次延伸个性化用药基因的SNP位点；
上机检测基因型：通过基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱方法，检测数据并分析各突变位点的基因型。


4.根据权利要求3所述的一种用于检测药物...

【专利技术属性】
技术研发人员：梅艳巧，谢桂贞，陈佳颖，杨帆，王博，
申请(专利权)人：上海浦东解码生命科学研究院，
类型：发明
国别省市：上海;31