扩增曲线基线确定方法、装置以及电子设备制造方法及图纸

本申请提供了一种扩增曲线基线确定方法、装置以及电子设备，涉及数据检测技术领域，包括：获取未知样本扩增数据，利用聚类分析法从未知样本扩增数据中确定明显扩增样本和非明显扩增样本，利用线性拟合方法确定明显扩增样本的扩增曲线基线以及最短基线期，基于最短基线期确定非明显扩增样本的扩增曲线基线，以缓解了目前的核酸定量方法无法获得真实的扩增曲线技术问题。曲线技术问题。曲线技术问题。

【技术实现步骤摘要】
扩增曲线基线确定方法、装置以及电子设备


[0001]本申请涉及数据检测
，尤其是涉及一种扩增曲线基线确定方法、装置以及电子设备。

技术介绍

[0002]目前，诊断传染病标准的核酸定量方法多采用荧光实时定量PCR，能够量化样品模板的初始值，常被用在基因分析表达、转基因食物检测和癌症检测中。
[0003]但是，目前实际的PCR扩增曲线是较为多样的，即使是同一次扩增实验，各孔位的扩增曲线也相差很大，而且，现有的方法都无法消除基线即荧光本底强度的影响，难以确定各未知样本的基线。因此，目前的方法无法获得较高精度的扩增曲线。

技术实现思路

[0004]本专利技术的目的在于提供一种扩增曲线基线确定方法、装置以及电子设备，以缓解目前无法获得较高精度扩增曲线的技术问题。
[0005]第一方面，本申请实施例提供了一种扩增曲线基线确定方法，所述方法包括：
[0006]获取未知样本扩增数据，利用聚类分析法从所述未知样本扩增数据中确定明显扩增样本和非明显扩增样本；
[0007]利用线性拟合方法确定所述明显扩增样本的扩增曲线基线以及最短基线期；
[0008]基于所述最短基线期确定所述非明显扩增样本的扩增曲线基线。
[0009]结合第一方面，本专利技术实施例提供了第一方面的第一种可能的实施方式，其中，所述获取未知样本扩增数据的步骤，包括：
[0010]采集未知样本的PCR扩增数据。
[0011]结合第一方面，本专利技术实施例提供了第一方面的第二种可能的实施方式，其中，所述利用聚类分析法从所述未知样本扩增数据中确定明显扩增样本和非明显扩增样本的步骤，包括：
[0012]利用Savitzky
‑
Golay求导法和聚类分析法，从所述PCR扩增数据中确定明显扩增样本和非明显扩增样本。
[0013]结合第一方面，本专利技术实施例提供了第一方面的第三种可能的实施方式，其中，所述利用Savitzky
‑
Golay求导法和聚类分析法，从所述PCR扩增数据中确定明显扩增样本和非明显扩增样本的步骤，包括：
[0014]利用Savitzky
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Golay求导法，确定所述PCR扩增数据的导数曲线，并查找所述导数曲线的极大值点；
[0015]基于所述极大值点利用聚类评价指标，从所述PCR扩增数据中确定明显扩增样本和非明显扩增样本，并确定所述明显扩增样本对应的最大一阶导数位置。
[0016]结合第一方面，本专利技术实施例提供了第一方面的第四种可能的实施方式，其中，所述利用线性拟合方法确定所述明显扩增样本的扩增曲线基线以及最短基线期的步骤，包
括：
[0017]利用线性拟合方法，在所述最大一阶导数位置之前查找所述明显扩增样本的第一斜率最小区域；
[0018]按照从所述第一斜率最小区域向两端扩充的方式，查找拟合度达到第一预设值的第一扩增区域以及所述第一扩增区域对应的第一基线；
[0019]将原始扩增曲线与所述第一基线进行相减，得到去除基线后的第一扩增曲线；
[0020]综合所有所述明显扩增样本的所述第一扩增曲线，确定最短基线期。
[0021]结合第一方面，本专利技术实施例提供了第一方面的第五种可能的实施方式，其中，所述基于所述最短基线期确定所述非明显扩增样本的扩增曲线基线的步骤，包括：
[0022]基于所述最短基线期，利用线性拟合方法确定所述非明显扩增样本的扩增曲线基线。
[0023]结合第一方面，本专利技术实施例提供了第一方面的第六种可能的实施方式，其中，所述基于所述最短基线期，利用线性拟合方法确定所述非明显扩增样本的扩增曲线基线的步骤，包括：
[0024]基于所述最短基线期，利用线性拟合方法确定所述非明显扩增样本的第二斜率最小区域；
[0025]按照从所述第二斜率最小区域向两端扩充的方式，查找拟合度达到第二预设值的第二扩增区域以及所述第二扩增区域对应的第二基线；
[0026]将原始扩增曲线与所述第二基线进行相减，得到去除基线后的第二扩增曲线。
[0027]第二方面，本专利技术实施例提供了一种扩增曲线基线确定装置，所述装置包括：
[0028]获取模块，用于获取未知样本扩增数据，利用聚类分析法从所述未知样本扩增数据中确定明显扩增样本和非明显扩增样本；
[0029]第一确定模块，用于利用线性拟合方法确定所述明显扩增样本的扩增曲线基线以及最短基线期；
[0030]第二确定模块，用于基于所述最短基线期确定所述非明显扩增样本的扩增曲线基线。
[0031]第三方面，本专利技术实施例还提供一种电子设备，包括存储器、处理器，所述存储器中存储有可在所述处理器上运行的计算机程序，所述处理器执行所述计算机程序时实现上述第一方面所述的方法的步骤。
[0032]第四方面，本专利技术实施例还提供一种计算机可读存储介质，所述计算机可读存储介质存储有计算机可运行指令，所述计算机可运行指令在被处理器调用和运行时，所述计算机可运行指令促使所述处理器运行上述第一方面所述的方法。
[0033]本申请实施例带来了以下有益效果：
[0034]本申请实施例提供的一种扩增曲线基线确定方法、装置以及电子设备，包括：首先获取未知样本扩增数据，利用聚类分析法从未知样本扩增数据中确定明显扩增样本和非明显扩增样本，然后再利用线性拟合方法确定明显扩增样本的扩增曲线基线以及最短基线期，之后基于最短基线期确定非明显扩增样本的扩增曲线基线，本方案中，通过利用聚类分析法将所有未知样本扩增曲线分为明显扩增样本及非明显扩增样本，能够确定明显扩增样本基线及最短基线期，再者，根据最短基线期确定其他非明显扩增样本的扩增曲线基线，实
现了最后能够确定出未知样本扩增数据的更高精度的扩增曲线基线，缓解了目前无法获得较高精度扩增曲线的技术问题。
附图说明
[0035]为了更清楚地说明本申请具体实施方式或现有技术中的技术方案，下面将对具体实施方式或现有技术描述中所需要使用的附图作简单地介绍，显而易见地，下面描述中的附图是本申请的一些实施方式，对于本领域普通技术人员来讲，在不付出创造性劳动的前提下，还可以根据这些附图获得其他的附图。
[0036]图1为本申请实施例提供的一种扩增曲线基线确定方法的流程示意图；
[0037]图2为本申请实施例提供的一种扩增曲线基线确定方法的另一流程示意图；
[0038]图3(a)和图3(b)为本申请实施例提供的一种扩增曲线基线确定方法中 PCR检测系统5个孔位的原始扩增数据示意图；
[0039]图4为本申请实施例提供的一种扩增曲线基线确定方法中PCR检测系统部分孔位扩增数据导数曲线示意图；
[0040]图5(a)和图5(b)为本申请实施例提供的一种扩增曲线基线确定方法中 PCR检测系统5个孔位的分析结果示意图；
[0041]图6为本申请实施例提供的一种增曲线基线确定装置的结构示意图；
[0042]图7本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种扩增曲线基线确定方法，其特征在于，所述方法包括：获取未知样本扩增数据，利用聚类分析法从所述未知样本扩增数据中确定明显扩增样本和非明显扩增样本；利用线性拟合方法确定所述明显扩增样本的扩增曲线基线以及最短基线期；基于所述最短基线期确定所述非明显扩增样本的扩增曲线基线。2.根据权利要求1所述的扩增曲线基线确定方法，其特征在于，所述获取未知样本扩增数据的步骤，包括：采集未知样本的PCR扩增数据。3.根据权利要求2所述的扩增曲线基线确定方法，其特征在于，所述利用聚类分析法从所述未知样本扩增数据中确定明显扩增样本和非明显扩增样本的步骤，包括：利用Savitzky
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Golay求导法和聚类分析法，从所述PCR扩增数据中确定明显扩增样本和非明显扩增样本。4.根据权利要求3所述的扩增曲线基线确定方法，其特征在于，所述利用Savitzky
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Golay求导法和聚类分析法，从所述PCR扩增数据中确定明显扩增样本和非明显扩增样本的步骤，包括：利用Savitzky
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Golay求导法，确定所述PCR扩增数据的导数曲线，并查找所述导数曲线的极大值点；基于所述极大值点利用聚类评价指标，从所述PCR扩增数据中确定明显扩增样本和非明显扩增样本，并确定所述明显扩增样本对应的最大一阶导数位置。5.根据权利要求4所述的扩增曲线基线确定方法，其特征在于，所述利用线性拟合方法确定所述明显扩增样本的扩增曲线基线以及最短基线期的步骤，包括：利用线性拟合方法，在所述最大一阶导数位置之前查找所述明显扩增样本的第一斜率最小区域；按照从所述第一斜率最小区域向两端扩充的方式，查找拟合度达到第一预设值的第一扩增区域以及所述第一扩增区域对应...

【专利技术属性】
技术研发人员：李冬，杨智，贺贤汉，
申请(专利权)人：杭州博日科技股份有限公司，
类型：发明
国别省市：