一种遗传性主动脉疾病及相关基因的检测方法、装置和存储介质制造方法及图纸

本申请公开了一种遗传性主动脉疾病及相关基因的检测方法、装置和存储介质，包括：靶标序列获取步骤，包括采用PCR扩增，从待测样本的基因组序列中获取二十一个靶标基因序列；测序步骤，包括对获取的二十一个靶标基因序列进行高通量测序；reo‑hit解读步骤，包括根据高通量测序结果，获得变异信息，采用人类频率数据库、疾病数据库、变异数据库和致病性预测软件，获得待测样本的致病性评价信息；报告生成步骤，包括根据所述reo‑hit解读步骤的结果，输出致病性评价报告。本申请仅通过二十一个基因的高通量测序panel完成遗传性主动脉疾病的相关基因检测，减少了遗传性主动脉疾病的基因检测成本，并且大大提高了遗传性主动脉疾病的疾病筛查效率。

【技术实现步骤摘要】
一种遗传性主动脉疾病及相关基因的检测方法、装置和存储介质
本申请涉及遗传性主动脉疾病基因检测领域，具体涉及一种遗传性主动脉疾病及相关基因的检测方法、装置和存储介质。
技术介绍
遗传性主动脉疾病以主动脉扩张、主动脉瘤/夹层为特征，可发生于马凡综合征(MFS)、Loeys-Dietz综合征(LDS)、血管型Ehlers-Danlos综合征(vEDS)、家族性胸主动脉瘤/夹层(FTAAD)等多种疾病。这些疾病有着不同程度的临床表型重合，异质性高，诊断和筛查都很困难，尤其是早期发病期。遗传性主动脉疾病是明确的单基因遗传病，可以采用基因检测手段，在未发病或发病早期筛查出携带者，实现早期管理。但是，当前产界缺少单独对遗传性主动脉疾病的基因检测手段，大部分是将其包括在数百个基因的高通量测序panel上，因而遗传性主动脉疾病的检测手段成本过高，不适用于大规模人群筛查。如何简化遗传性主动脉疾病致病基因的检测方法，降低检测成本，以使其适应大规模人群是遗传性主动脉疾病筛查的难点。
技术实现思路
本申请的目的是提供一种遗传性本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种遗传性主动脉疾病及相关基因的检测方法，其特征在于，包括：/n靶标序列获取步骤，包括采用PCR扩增，从待测样本的基因组序列中获取ACTA2，COL1A1，COL1A2，COL3A1，COL5A1，COL5A2，EFEMP2，ELN，FBN1，LOX，MYH11，MYLK，NOTCH1，PRKG1，SKI，SMAD3，SMAD4，TGFB2，TGFB3，TGFBR1，TGFBR2，二十一个靶标基因序列；/n测序步骤，包括对获取的二十一个靶标基因序列进行高通量测序；/nreo-hit解读步骤，包括根据高通量测序结果，获得变异信息，采用人类频率数据库、疾病数据库、变异数据库和致病性预测软件，对...

【技术特征摘要】
1.一种遗传性主动脉疾病及相关基因的检测方法，其特征在于，包括：
靶标序列获取步骤，包括采用PCR扩增，从待测样本的基因组序列中获取ACTA2，COL1A1，COL1A2，COL3A1，COL5A1，COL5A2，EFEMP2，ELN，FBN1，LOX，MYH11，MYLK，NOTCH1，PRKG1，SKI，SMAD3，SMAD4，TGFB2，TGFB3，TGFBR1，TGFBR2，二十一个靶标基因序列；
测序步骤，包括对获取的二十一个靶标基因序列进行高通量测序；
reo-hit解读步骤，包括根据高通量测序结果，获得变异信息，采用人类频率数据库、疾病数据库、变异数据库和致病性预测软件，对每个变异进行注释，每个变异采集至少50个评价参数，并转化为ACMG指南的28项评价参数，获得待测样本的致病性评价信息；所述人类频率数据库通过变异频率的高低，提示该变异致病性的高低，频率越高，致病性越低；所述疾病数据库用于提示疾病与基因的关联，据此寻找跟病人表型相关的基因和变异；所述变异数据库用于提示已有报道的致病变异或良性变异，用于调整检测获得的变异的权重；
报告生成步骤，包括根据所述reo-hit解读步骤的结果，输出患者信息、疾病描述信息、基因信息、变异特征、证据列表、致病性评价结果、意义未明变异信息和实验质控参数中的至少一组。


2.根据权利要求1所述的检测方法，其特征在于：所述二十一个靶标基因序列包括涵盖二十一个基因的外显子区及其剪切位点外延至少15bp的序列。


3.根据权利要求1所述的检测方法，其特征在于：所述高通量测序的条件为，测序深度>300×，1×覆盖度>99％，20×覆盖度>98％。


4.根据权利要求1所述的检测方法，其特征在于：所述人类频率数据库包括1000genome数据库、ExAC数据库、GenomeAD数据库、EVS数据库和In-house数据库；
优选的，所述疾病数据库包括OMIM数据库和CGD数据库；
优选的，所述变异数据库包括clinvar数据库、HGMD数据库和OMIM数据库；
优选的，所述致病性预测软件包括LRT、MutationTaster、FATHMM、PROVEAN、MetaSVM、MetaLR、CADD、fathmmMKLcoding、phyloP100wayvertebrate、phyloP20waymammalian、phastCons100wayvertebrate、phastCons20waymammalian、SiPhy29waylogOdds中的至少一种；
优选的，所述reo-hit解读步骤还包括采用GWAS-catalog数据库进行补充注释。


5.一种用于遗传性主动脉疾病及相关基因检测的多重PCR引物，其特征在于，所述多重PCR引物用于扩增FBN1、TGFBR1、TGFBR2、SMAD3、TGFB2、TGFB3和SKI，七个靶标基因序列。


6.根据权利要求5所述的多重PCR引物，其特征在于：所述多重PCR引物覆盖七个靶标基因的外显子区及其剪切位点外延至少15bp的序列。


7.一种遗传性主...

【专利技术属性】
技术研发人员：罗宏敏，吴莉萍，辜清泉，杨旭，
申请(专利权)人：深圳瑞奥康晨生物科技有限公司，
类型：发明
国别省市：广东;44