烷氧基苯基衍生物、核苷保护体和核苷酸保护体、寡核苷酸制造方法以及取代基除去方法技术

本发明专利技术提供能够利用比以往更简易迅速的液相合成法合成寡核苷酸的烷氧基苯基衍生物、键合有上述烷氧基苯基衍生物的核苷保护体和核苷酸保护体、使用它们的寡核苷酸的制造方法、以及该烷氧基苯基衍生物部分的选择性除去方法等。一种通式(1)表示的化合物或其衍生物。(式中，R各自独立地表示可以被取代的碳原子数10～40的烷基。m表示1～5的整数。m为2以上的情况下，多个存在的RO可以相同或者可以不同。X表示O、S、NH或者NR

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】烷氧基苯基衍生物、核苷保护体和核苷酸保护体、寡核苷酸制造方法以及取代基除去方法
本专利技术涉及可利用液相合成法合成寡核苷酸的烷氧基苯基衍生物，结合了该烷氧基苯基衍生物的核苷保护体和核苷酸保护体，能够使用其简易构建的寡核苷酸制造方法，以及结合了烷氧基苯基衍生物的核苷保护体或者核苷酸保护体的选择性烷氧基苯基衍生物部分的除去方法等。
技术介绍
近年来，寡核苷酸一般来说可以通过依次连结成为原料的核苷酸来合成，但合成20mer左右以上的寡核苷酸的情况下，还利用了预先制备2～3mer核苷酸的构件组并反复将其连结而得到所希望的链长的生成物的构件组合成法(ブロックマ一合成法)，通过10个碱基左右以上的寡核苷酸间的连结而得到寡核苷酸的单元偶联(片段缩合)合成法等(例如，非专利文献1～3)。使用亚磷酰胺法的寡核苷酸的固相合成法，为了提高作为目标物质的寡核苷酸的收率，存在必须使用大大过量的核苷亚磷酰胺化合物和四唑系化合物的问题。另外，固相合成法中，设备等的规模扩大存在限制，另外，中途阶段的反应的进行状况的确认、中间体的结构解析困难。另一方面，迄今为止的液相合成法中，需要核苷酸的脱保护、偶联、氧化等各工序中的精制操作而变得繁琐等，很难迅速且大量地合成多聚合度的寡核苷酸。因此，例如，专利文献1、2中提出了使用准固相保护基的液相合成，但例如该准固相保护基的除去需要时间，而且，从具有准固相保护基的寡核苷酸中仅选择性除去该准固相保护基是困难的，因此成为构件或片段的前体的保护了核酸碱基或磷酸基的核苷酸(以下，本说明书中，有时也称为“核苷酸保护体”)的合成也是困难的。另外，非专利文献4中，通过使用Pd催化剂的接触还原进行准固相保护基的除去，但使用具有毒性的重金属、危险的氢气，脱保护需要长达20～40小时的时间。另外，并不进行核苷酸的保护基的一般脱保护条件下的准固相保护基的除去，其通用性存在问题。现有技术文献专利文献专利文献1：日本专利第5548852号专利文献2：国际公开第2012/157723号非专利文献非专利文献1：S.L.Beaucage，D.E.Bergstorm，G.D.Glick，R.A.Jones；CurrentProtocolsinNucleicAcidChemistry；JohnWiley&Sons(2000)非专利文献2：关根光雄，斋藤烈编，“基因组化学－利用人工核酸的科学方法”，讲谈社科学(2003)非专利文献3：C.-H.Chen，etal.，Aust.J.Chem.，2010，63，227－235.非专利文献4：Y.Matsuno，etal.，Org.Lett.，2016，18，800-803.
技术实现思路
本专利技术鉴于这样的情况，目的在于提供一种不仅能够合成寡核苷酸、还能够简易迅速地合成以往很难的寡核苷酸保护体的通用性高的烷氧基苯基衍生物。另外，本专利技术的目的在于提供一种不仅能够合成寡核苷酸、还能够简易迅速地合成以往很难的寡核苷酸保护体的通用性高的结合了上述烷氧基苯基衍生物(以下，本说明书中，有时也称为“Tag化”)而得的核苷保护体以及核苷酸保护体(以下，本说明书中，有时也分别称为“Tag化核苷保护体”、“Tag化核苷酸保护体”)。进而，本专利技术的目的在于提供使用了上述烷氧基苯基衍生物、或者上述Tag化核苷保护体或Tag化核苷酸保护体的、与以往相比通用性高的寡核苷酸的制造方法(合成方法)。另外，本专利技术的目的在于提供Tag化核苷保护体或者Tag化核苷酸保护体中的Tag部分的选择性除去方法。应予说明，本专利技术中，“Tag部分”是上述Tag化核苷保护体或者Tag化核苷酸保护体中的来自上述烷氧基苯基衍生物的部分。本专利技术人等为了解决上述课题进行了深入研究，结果发现成功地生产出以下所示的新型烷氧基苯基化合物及其衍生物，可以利用上述化合物实现上述目的，从而完成了本专利技术。即，本专利技术的化合物及其衍生物由通式(1)(以下，本说明书中，有时也称为“化合物(1)”。另外，其他通式表示的化合物也以此为准)表示。(式中，R各自独立地表示可以被取代的碳原子数10～40的烷基。m表示1～5的整数。m为2以上的情况下，多个存在的RO可以相同或者可以不同。X表示O、S、NH、或者NRN。n表示1～4的整数。RN表示可以被取代的碳原子数1～6的烷基。)根据本专利技术的化合物或其衍生物，通过具有上述通式(1)表示的结构，不仅能够利用液相合成法合成寡核苷酸，还能够合成以往困难的寡核苷酸保护体。更详细而言，本专利技术的化合物或其衍生物(烷氧基苯基衍生物)可以经由与核苷或者核苷酸的键合反应，得到Tag化核苷保护体和Tag化核苷酸保护体。而且，得到的Tag化核苷保护体和Tag化核苷酸保护体因为其Tag部分具有上述结构，所以能够通过添加极性溶剂，利用过滤操作等与酰胺单体等副原料等简便地分离，进而能够选择性且迅速地仅除去Tag部分，进而不仅能够合成寡核苷酸，还能够合成(制造)以往困难的寡核苷酸保护体。应予说明，上述化合物的衍生物只要不损害本专利技术的作用效果，大范围包括将上述化合物的化学结构一部分取代而得的衍生物，例如，包括末端的羧基(-COOH)的OH基部分被取代基取代的化合物。作为上述取代基，可举出离去能力高的取代基等以便容易与核苷或者核苷酸成键，例如，可以举出F、Cl、Br、I等卤素原子、被烷氧基取代的烷基酯结构等。另外，作为上述取代基，可以适当地使用公知的离去基团。另外，本专利技术的化合物或其衍生物中，优选为通式(2)表示的化合物或其衍生物。(式中，R1、R2和R3各自独立地表示可以被取代的碳原子数10～40的烷基。X表示O、S、NH、或者NRN。n表示1～4的整数。RN表示可以被取代的碳原子数1～6的烷基。)另外，本专利技术的化合物或其衍生物中，也可以为通式(3)表示的化合物或其衍生物。(式中，R各自独立地表示可以被取代的碳原子数10～40的烷基。m表示1～5的整数。m为2以上的情况下，多个存在的RO可以相同或者可以不同。X表示O、S、NH、或者NRN。n表示1～4的整数。RN表示可以被取代的碳原子数1～6的烷基。Y表示下述通式(4)或者通式(5)。)(式中，Base表示可以被修饰的核酸碱基。Base存在2个以上的情况下，多个存在的Base可以相同或者可以不同。B表示氢原子、可以被保护的羟基、或者卤素。B存在2个以上的情况下，多个存在的B可以相同或者可以不同。W表示氢原子或者保护基。R4表示具有吸电子性基团的碳原子数1～4的烷基。R4存在2个以上的情况下，多个存在的R4可以相同或者可以不同。Z表示O或者S。Z存在2个以上的情况下，多个存在的Z可以相同或者可以不同。y1表示0以上的任意的整数。＊表示上述通式(本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.通式(1)表示的化合物或其衍生物，/n

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】20180720 JP 2018-1364661.通式(1)表示的化合物或其衍生物，



式(1)中，
R各自独立地表示可以被取代的碳原子数10～40的烷基，
m表示1～5的整数，m为2以上的情况下，多个存在的RO相同或者不同，
X表示O、S、NH或者NRN，
n表示1～4的整数，
RN表示可以被取代的碳原子数1～6的烷基。


2.根据权利要求1所述的化合物或其衍生物，其由通式(2)表示，



式(2)中，
R1、R2和R3各自独立地表示可以被取代的碳原子数10～40的烷基，
X表示O、S、NH或者NRN，
n表示1～4的整数，
RN表示可以被取代的碳原子数1～6的烷基。


3.通式(3)表示的化合物或其衍生物，



式(3)中，
R各自独立地表示可以被取代的碳原子数10～40的烷基，
m表示1～5的整数，m为2以上的情况下，多个存在的RO相同或者不同，
X表示O、S、NH或者NRN，
n表示1～4的整数，
RN表示可以被取代的碳原子数1～6的烷基，
Y表示下述通式(4)或者通式(5)，



式(4)中，
Base表示可以被修饰的核酸碱基，Base存在2个以上的情况下，多个存在的Base相同或者不同，
B表示氢原子、可以被保护的羟基或者卤素，B存在2个以上的情况下，多个存在的B相同或者不同，
W表示氢原子或者保护基，
R4表示具有吸电子性基团的碳原子数1～4的烷基，R4存在2个以上的情况下，多个存在的R4相同或者不同，
Z表示O或者S，Z存在2个以上的情况下，多个存在的Z相同或者不同，
y1表示0以上的任意的整数，
＊表示所述通式(3)中的键合位点，



式(5)中，
Base表示可以被修饰的核酸碱基，Base存在2个以上的情况下，多个存在的Base相同或者不同，
Q表示氢原子或者保护基，
V表示碳原子数1～6的烷氧基、二(C1－6烷基)氨基、或者4位氮原子被保护基保护且可以进一步被取代的哌嗪基，V存在2个以上的情况下，多个存在的V相同或者不同，
y2表示0以上的任意的整数，
＊表示所述通式(3)中的键合位点。


4.根据权利要求3所述的化合物或其衍生物，其由通式(6)表示，



式(6)中，
R1、R2和R3各自独立地表示可以被取代的碳原子数10～40的烷基，
X表示O、S、NH或者NRN，
n表示1～4的整数，
RN表示可以被取代的碳原子数1～6的烷基，
Y表示下述通式(4)或者通式(5)，



式(4)中，
Base表示可以被修饰的核酸碱基，Base存在2个以上的情况下，多个存在的Base相同或者不同，
B表示氢原子、可以被保护的羟基、或者卤素，B存在2个以上的情况下，多个存在的B相同或者不同，
W表示氢原子或者保护基，
R4表示具有吸电子性基团的碳原子数1～4的烷基，R4存在2个以上的情况下，多个存在的R4相同或者不同，
Z表示O或者S，Z存在2个以上的情况下，多个存在的Z相同或者不同，
y1表示0以上的任意的整数，
＊表示所述通式(6)中的键合位点，



式(5)中，
Base表示可以被修饰的核酸碱基，Base存在2个以上的情况下，多个存在的Base相同或者不同，
Q表示氢原子或者保护基，
V表示碳原子数1～6的烷氧基、二(C1－6烷基)氨基、或者4位氮原子被保护基保护且可以进一步被取代的哌嗪基，V存在2个以上的情况下，多个存在的V相同或者不同，
y2表示0以上的任意的整数，
＊表示所述通式(6)中的键合位点。


5.根据权利要求3或4所述的化合物或其衍生物，其中，W为氢原子、三苯甲基、二(C1－6烷氧基)三苯甲基、单(C1－18烷氧基)三苯甲基、9－(9－苯基)呫吨基或者9－(9－苯基)噻吨基。


6.根据权利要求3～5中任一项所述的化合物或其衍生物，其中，R4为在2位具有吸电子性基团的乙基。


7.根据权利要求3～6中任一项所述的化合物或其衍生物，其中，Q为氢原子、三苯甲基、二(C1－6烷氧基)三苯甲基、单(C1－18烷氧基)三苯甲基、9－(9－苯基)呫吨基或者9－(9－苯基)噻吨基。


8.根据权利要求3～7中任一项所述的化合物或其衍生物，其中，y1或者y2为1～100。


9.根据权利要求3～7中任一项所述的化合物或其衍生物，其中，y1或者y2为1～30。


10.根据权利要求3～7中任一项所述的化合物或其衍生物，其中，y1或者y2为0。


11.根据权利要求1～10中任一项所述的化合物或其衍生物，其中，n为1或者2。


12.根据权利要求1～11中任一项所述的化合物或其衍生物，其中，m为2～4的整数。


13.一种通式(7)或者(8)表示的化合物或其衍生物的制造方法，包括将通式(3)表示的化合物或其衍生物进行还原处理的工序(1)，



式(3)中，
R各自独立地表示可以被取代的碳原子数10～40的烷基，
m表示1～5的整数，m为2以上的情况下，多个存在的RO相同或者不同，
X表示O、S、NH或者NRN，
n表示1～4的整数，
RN表示可以被取代的碳原子数1～6的烷基，
Y表示下述通式(4)或者通式(5)，



式(4)中，
Base表示可以被修饰的核酸碱基，Base存在2个以上的情况下，多个存在的Base相同或者不同，
B表示氢原子、可以被保护的羟基、或者卤素，B存在2个以上的情况下，多个存在的B相同或者不同，
W表示氢原子或者保护基，
R4表示具有吸电子性基团的碳原子数1～4的烷基，R4存在2个以上的情况下，多个存在的R4相同或者不同，
Z表示O或者S，Z存在2个以上的情况下，多个存在的Z相同或者不同，
y1表示0以上的任意的整数，
＊表示所述通式(3)中的键合位点，



式(5)中，
Base表示可以被修饰的核酸碱基，Base存在2个以上的情况下，多个存在的Base相同或者不同，
Q表示氢原子或者保护基，
V表示碳原子数1～6的烷氧基、二(C1－6烷基)氨基、或者4位氮原子被保护基保护且可以进一步被取代的哌嗪基，V存在2个以上的情况下，多个存在的V相同或者不同，
y2表示0以上的任意的整数，
＊表示所述通式(3)中的键合位点，



式(7)中，
Base表示可以被修饰的核酸碱基，Base存在2个以上的情况下，多个存在的Base相同或者不同，
B表示氢原子、可以被保护的羟基、或者卤素，B存在2个以上的情况下，多个存在的B相同或者不同，
W表示氢原子或者保护基，
R4表示具有吸电子性基团的碳原子数1～4的烷基，R4存在2个以上的情况下，多个存在的R4相同或者不同，
Z表示O或者S，Z存在2个以上的情况下，多个存在的Z相同或者不同，
y1表示0以上的任意的整数，



式(8)中，
Base表示可以被修饰的核酸碱基，Base存在2个以上的情况下，多个存在的Base相同或者不同，
Q表示氢原子或者保护基，
V表示碳原子数1～6的烷氧基、二(C1－6烷基)氨基、或者4位氮原子被保护基保护且可以进一步被取代...

【专利技术属性】
技术研发人员：千叶一裕，冈田洋平，梅本英彰，大中卓也，
申请(专利权)人：藤本化学制品株式会社，
类型：发明
国别省市：日本;JP