一种检测鹅种蛋合格率的分子标记方法技术

本发明专利技术涉及SNP分子标记技术领域，提供一种检测鹅种蛋合格率的分子标记方法，包括通过比对全基因组重测序数据到鹅参考基因组序列获得全基因组SNP位点，通过全基因组关联分析的方法获得鹅种蛋合格率性状的7个候选SNP分子标记；利用飞行时间质谱方法检测7个SNP分子标记的多态性并统计其基因型频率。1个单倍型模块也与产蛋合格率极显著相关。多态性SNP分子标记及引物对包括7个SNP分子标记中的至少一种。上述筛选方法得到的四川白鹅通用的多态SNP分子标记，提供7个有效的SNP分子标记，补充了四川白鹅SNP分子标记的文库，利用该方法能够快速检测出种蛋合格率高或低的个体，节省鹅传统育种的育种时间和成本，为开发四川白鹅品种资源和产业化发展提供参考。种资源和产业化发展提供参考。种资源和产业化发展提供参考。

【技术实现步骤摘要】
一种检测鹅种蛋合格率的分子标记方法


[0001]本专利技术涉及一种检测鹅种蛋合格率的分子标记方法，主要涉及分子生物学领域。

技术介绍

[0002]单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism，SNP)，主要指在基因组系列上有单个核苷酸的变异所引起的DNA序列的多态性。是动植物基因组可遗传变异中最常见的一种变异，广泛存在基因组中。SNP具有突变率低、准确性和稳定性高，被广泛应用于动植物的分子标记之一。在定位疾病靶基因、动植物育种过程中个体筛选、物种进化过程的分析和亲缘关系鉴定等方面广泛的应用。
[0003]我国是养鹅最多的国家，但由于各种原因，养鹅业的发展速度较慢，尤其是规模化养鹅的效益较差，甚至出现亏损的现象，究其原因，繁殖性能低下是制约养鹅生产发展的重要因素之一。大多数鹅的繁殖具有季节性、就巢性等特点，这就导致母鹅产蛋量很低，增加了种鹅的繁殖成本，提高了商品鹅的生产成本，严重制约了产业的发展。鹅繁殖性状受环境因素影响较大，很难由表型选择得到正确的基因型，这就限制了传统数量遗传学在繁殖性状改良中的应用，使得传统选育进展甚微。分子遗传标记为解决这一棘手问题提供了良好的契机，是有效的展开高产新品种鹅分子育种的关键。
[0004]四川白鹅是季节性繁殖水禽之一，具有抗逆性强、适应性好、耐粗饲、抗病性强和耐粗饲等特点，为广大消费者提供肉、蛋、羽绒、肥肝等。在中国各地被广泛饲养并被进一步用于其他品种的改良和创制。种蛋合格率性状是重要的经济性状，也是复杂的数量性状，且均受到遗传、营养、饲养方式、外界环境等影响。利用生物学等方法进行研究，鸭体尺、鸡蛋壳颜色等分子标记被发现及广泛应用到分子标记辅助选择，极大地推进了禽类种蛋合格率等方面的研究进展。四川白鹅繁殖具有季节性，每年九月份至次年五月份产蛋，其余时间休产。这种独特的习性导致母鹅产蛋量较低，增加了种鹅的繁殖成本，提高了商品鹅的生产成本，严重影响经济效益，制约了养鹅业的发展。而且由于种蛋合格率性状的选择是一个长时间人工选育的过程，收到选择性状、检测指标方法、成本、营养水平、性状检测技术手段以及环境等原因的作用，大大提高了对种蛋合格率性状选育的难度，同时也进一步限制了鹅产业进一步利用的可能。
[0005]鹅种蛋合格率是评定鹅繁殖力的重要指标之一，是指母鹅在70周龄以内所产的符合本品种、品系要求的种蛋数占总产蛋数的百分比。种蛋合格率直接影响鹅的孵化率和雏鹅的质量，直接增加鹅产业的经济效益，显著降低饲养成本。种蛋合格率受到遗传、环境和疾病等多方面影响。但目前尚没有相应的检测手段判断鹅种蛋合格率的高低。传统的方法耗费大量的人力、物力检测种蛋合格率，成本较大；且针对鹅产蛋合格率对应到相应母鹅进行选育难度较大。

技术实现思路

[0006]针对以上现有技术的不足，本专利技术提出一种检测鹅种蛋合格率的分子标记方法，
利用分子标记的方法对种蛋合格率较高的母鹅进行选育，能够快速且精准的在雏鹅阶段对具有目标性状的个体进行选育，大大提高了选育的效率，并减少了饲养的成本。
[0007]为达到上述目的，本专利技术的技术方案是：包括如下步骤：S1：以待检测鹅的全基因组重测序数据比对到参考基因组序列，结合待检测鹅种蛋合格率数据，通过全基因组关联分析，筛选获得待测鹅蛋合格率的候选的7个SNP位点；S2：经过飞行时间质谱的技术检验7个SNP位点(SNP289，SNP290，SNP292，SNP294，SNP296，SNP297和SNP298)和1个单倍型模块(由SNP290，SNP292，SNP294，SNP296和SNP297等5个SNP构建)在四川白鹅个体中的分布频率，并与种蛋合格率性状做关联分析，结果表明上述SNP位点和单倍型模块与种蛋合格率性状显著或极显著相关。
[0008]优选地，D1：对产蛋前期的待检测鹅母鹅的翅静脉采血，并提取全基因组DNA；D2：将步骤D1中的DNA进行PCR反应，体系5μl：10*buffer 0.5μl，Mg
2+
0.4μl，dNTP 0.1μl，Hotstar 0.2μl，上下游引物混合物1μl，三蒸水1.8μl，待检测DNA样品1μl(20ng-50ng)；PCR扩增程序：预变性95℃2min，45个循环(95℃变性30s，56℃退火30s，72℃延伸60s，)72℃延伸5min，25℃保存。
[0009]优选地，D3：SAP酶消化反应：按照下述顺序配制SAP酶Mix反应物总体积2*460μl，三蒸水1.53*460μl，SAPBuffer 0.17*460μl，SAPEnzyme 0.3*460μl，按照下述程序，在PCR仪中进行SAP酶消化：37℃40min，85℃5min，25℃保存。
[0010]优选地，D4：单碱基延伸反应：按照下述顺序配制单碱基延伸反应Mix：反应物体系2*460μl，三蒸水0.619*460μl，10*iplexbuffer 0.2*460μl，Terminatormix 0.2*460μl，单碱基延伸探针0.94*460μl，单碱基延伸酶0.041*460μl；按照下述程序，在PCR仪中进行单碱基延伸反应：预变性94℃30s，94℃5s，52℃5s，80℃5s，72℃3min，25℃保存。
[0011]优选地，D5：树脂纯化：将反应产物的384孔板中加入16μl三蒸水，在离心机中离心2000转离心3min；加入树脂，在反转摇匀仪上做树脂纯化反应35min，脱盐；反应完成后在离心机中离心2000转离心3min；将脱盐处理后的样品点在样品靶上，自然结晶。
[0012]优选地，D6：质谱检测及数据分析：将D1-D5所得的反应结果在核酸飞行质谱仪进行检测，利用Typer4.0软件检测质谱峰，并根据质谱峰图判读各样本目标位点基因型。
[0013]优选地，检测7个SNP分子标记引物对为：
[0014][0015]本专利技术的技术原理及有益效果如下：本技术方案利用分子标记的方法对种蛋合格率较高的母鹅进行选育，能够快速且精准的在雏鹅阶段对具有目标性状的个体进行选育，大大提高了选育的效率，并减少了饲养的成本。
附图说明
[0016]为了更清楚地说明本专利技术实施例或现有技术中的技术方案，下面将对实施例描述
中所需要使用的附图作简单地介绍，显而易见地，下面描述中的附图仅仅是本专利技术的其中11幅，对于本领域普通技术人员来讲，在不付出创造性劳动的前提下，还可以根据这些附图获得其他的附图。
[0017]图1为本专利技术实施例的7个SNP分子标记的飞行质谱引物图表；
[0018]图2为本专利技术实施例的7个SNP分子标记的及单倍型模块的频率图表；
[0019]图3为本专利技术实施例的种蛋合格率性状与全基因组SNP位点的全基因组关联分析结果；
[0020]图4为本专利技术实施例的位于染色体1的紧密连锁的单倍型图；
[0021]图5为本专利技术实施例的SNP289飞行质谱的结果。注：No call：检测失败个体；C：CC基因型；T本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.检测鹅种蛋合格率的分子标记方法，其特征在于，包括如下步骤：S1：以待检测鹅的全基因组重测序数据比对到参考基因组序列，结合待检测鹅种蛋合格率数据，通过全基因组关联分析，筛选获得待测鹅蛋合格率的候选的7个SNP位点(SNP289，SNP290，SNP292，SNP294，SNP296，SNP297和SNP298)；S2：经过飞行时间质谱的技术检验7个SNP位点和1个单倍型模块(由SNP290，SNP292，SNP294，SNP296和SNP297构建)在四川白鹅个体中的分布频率，并且做关联分析，结果显示上述7个SNP分子标记和单倍型模块与种蛋合格率性状显著或极显著相关。2.根据权利要求1所述的检测鹅种蛋合格率的分子标记方法，其特征在于：D1：对产蛋前期的待检测鹅母鹅的翅静脉采血，并提取全基因组DNA；D2：将步骤D1中的DNA进行PCR反应，体系5μl：10*buffer0.5μl，Mg
2+
0.4μl，dNTP 0.1μl，Hotstar 0.2μl，上下游引物混合物1μl，三蒸水1.8μl，待检测DNA样品1μl(20ng-50ng)；PCR扩增程序：预变性95℃2min，45个循环(95℃变性30s，56℃退火30s，72℃延伸60s，)72℃延伸5min，25℃保存。3.根据权利要求2所述的检测鹅种蛋合格率的分子标记方法，其特征在于：D3：SAP酶消化反应：按照下述顺序配制SAP酶Mix反应物总体积2*460μl，三蒸水1.53*460μl，SA...

【专利技术属性】
技术研发人员：高广亮，赵献芝，王誉杰，王丽辉，吴睿，张克山，王海威，王启贵，卢茵，谢友慧，王珍，李静，尹春辉，汪超，
申请(专利权)人：重庆市畜牧科学院，
类型：发明
国别省市：