仙居鸡特异性INDELs位点及其检测引物和应用制造技术

本发明专利技术涉及生物技术、家禽育种领域，具体涉及仙居鸡特异性INDELs位点及其检测引物和应用。本发明专利技术针对仙居鸡筛选得到了一组特异性INDELs位点，以INDELs作为特异性标记，提高了鉴定体系的稳定性，降低了检测成本。设计所述特异性INDELs位点检测引物，对380份样品进行鉴定，本发明专利技术所述特异性INDELs位点对仙居鸡品种实际鉴定率均在85％以上，其中XJ_tag9所述INDELs位点对仙居鸡的鉴定率高达100％。为了进一步提升本发明专利技术方法对仙居鸡种鉴定的准确性，本发明专利技术还提供了关于仙居鸡新发现的特异性SNP位点，所述SNP位点对仙居鸡的鉴定率均在85％以上。85％以上。85％以上。

【技术实现步骤摘要】
仙居鸡特异性INDELs位点及其检测引物和应用


[0001]本专利技术涉及生物技术、家禽育种领域，具体涉及仙居鸡特异性INDELs位点及其检测引物和应用。

技术介绍

[0002]仙居鸡，也称仙居土鸡、仙居三黄鸡，原产地在浙江省仙居县及周边，因地得名。该品种是中国国家地理标志产品，2006年被列为国家级畜禽遗传资源保护名录，享誉海内外。然而，在养殖推广仙居鸡的过程中，由于技术门槛和养殖成本较低，一些养殖户将仙居鸡与其他鸡种随意交配，以杂交后代冒充本品种在市场销售，严重影响仙居鸡品牌。为稳定仙居鸡品质，也为了选育仙居鸡品种，我们开展了仙居鸡品种特异性遗传标记研究。
[0003]SNPs是单核苷酸多态性的英文缩写，因其在基因组上分布数量众多、多态性丰富成为研究家养动物遗传多样性的主流工具。INDELs是指碱基片段的插入或缺失，属于染色体结构变异。与SNPs标记相比，INDELs标记具有以下优点：源自单一突变事件，突变速率低，易于检测。
[0004]目前，尚未有基于特异性INDELs鉴定仙居鸡品种的相关报导和应用。

技术实现思路

[0005]本专利技术主要目的是提供仙居鸡特异性INDELs位点及其检测引物和应用，本专利技术筛选得到的INDELs位点特异性高，基于此可对仙居鸡品种进行有效鉴定。
[0006]为实现上述目的，本专利技术采用以下技术方案：
[0007]本专利技术提供一组仙居鸡特异性INDELs位点，包括：
[0008]XJ_tag9位于鸡6号染色体8871256处，基因RTKN2第15内含子，仙居鸡基因型为
--
突变型为缺失片段CAG；
[0009]XJ_tag10位于鸡9号染色体4708226处，基因RYK与基因SLCO2A1之间，仙居鸡基因型为
--
突变型为缺失片段CCTTCTCTCTGT；
[0010]XJ_tag12位于鸡17号染色体1925528处，基因RPL12第3内含子，仙居鸡基因型为
--
突变型为插入片段AGATA；
[0011]XJ_tag13位于鸡20号染色体12764418处，基因ZFP64与基因TSHZ2(ZNF218)之间，仙居鸡基因型为AGAAAC//AGAAAC，为突变型为缺失。
[0012]以上所述仙居鸡特异性INDELs位点在仙居鸡品种鉴定、仙居鸡育种或鸡DNA指纹图谱构建中的应用。
[0013]检测以上所述仙居鸡特异性INDELs位点的引物，包括：用于检测所述标记XJ_tag9的引物为XJ_P9f和XJ_P9r所示两条单链DNA：
[0014]XJ_P9f：AGTAGGTAGGTGAAGTAAGGA；
[0015]XJ_P9r：GGACAGATAGCAGGACAAG；
[0016]用于检测所述标记XJ_tag10的引物为XJ_P10f和XJ_P10r所示两条单链DNA：
[0017]XJ_P10f：CAGGTCAGCAATGTAGGAA；
[0018]XJ_P10r：AGTCAATGAGTAAGCCAGTT；
[0019]用于检测所述标记XJ_tag12的引物为XJ_P12f和XJ_P12r所示两条单链DNA：
[0020]XJ_P12f：GCTGCTGAGTTACTGCTTA；
[0021]XJ_P12r：TGTAGACTGAGACATACCTTG；
[0022]用于检测所述标记XJ_tag13的引物为XJ_P13f和XJ_P13r所示两条单链DNA：
[0023]XJ_P13f：GCAGGTTCCTCCAGAGAA；
[0024]XJ_P13r：CCAGCACTTCCAGTCACT。
[0025]引物组合，包括以下任意两对及以上的引物组合：
[0026]用于检测所述标记XJ_tag9的引物为XJ_P9f和XJ_P9r所示两条单链DNA：
[0027]XJ_P9f：AGTAGGTAGGTGAAGTAAGGA；
[0028]XJ_P9r：GGACAGATAGCAGGACAAG；
[0029]用于检测所述标记XJ_tag10的引物为XJ_P10f和XJ_P10r所示两条单链DNA：
[0030]XJ_P10f：CAGGTCAGCAATGTAGGAA；
[0031]XJ_P10r：AGTCAATGAGTAAGCCAGTT；
[0032]用于检测所述标记XJ_tag12的引物为XJ_P12f和XJ_P12r所示两条单链DNA：
[0033]XJ_P12f：GCTGCTGAGTTACTGCTTA；
[0034]XJ_P12r：TGTAGACTGAGACATACCTTG；
[0035]用于检测所述标记XJ_tag13的引物为XJ_P13f和XJ_P13r所示两条单链DNA：
[0036]XJ_P13f：GCAGGTTCCTCCAGAGAA；
[0037]XJ_P13r：CCAGCACTTCCAGTCACT。
[0038]以上所述引物及引物组合在仙居鸡品种鉴定、仙居鸡育种或鸡DNA指纹图谱构建中的应用。
[0039]一种鉴定仙居鸡的方法，采用特异性INDELs位点进行鉴定，鉴定以下一种或几种特异性INDELs位点：
[0040]XJ_tag9位于鸡6号染色体8871256处，基因RTKN2第15内含子，仙居鸡基因型为
--
突变型为缺失片段CAG；
[0041]XJ_tag10位于鸡9号染色体4708226处，基因RYK与基因SLCO2A1之间，仙居鸡基因型为
--
突变型为缺失片段CCTTCTCTCTGT；
[0042]XJ_tag12位于鸡17号染色体1925528处，基因RPL12第3内含子，仙居鸡基因型为
--
突变型为插入片段AGATA；
[0043]XJ_tag13位于鸡20号染色体12764418处，基因ZFP64与基因TSHZ2(ZNF218)之间，仙居鸡基因型为AGAAAC//AGAAAC，为突变型为缺失。
[0044]进一步地，以上方法还包括鉴定以下一种或几种特异性SNPs位点进行辅助鉴定：
[0045]XJ_tag1位于鸡1号染色体2255086处，基因EXOC4(SEC8L1)第9内含子，仙居鸡基因型为AA；
[0046]XJ_tag2位于鸡1号染色体4336626处，基因PRKCQ与基因SFMBT2之间，仙居鸡基因型为AA；
[0047]XJ_tag3位于鸡2号染色体1399524处，基因GHRHR与基因ADCYAP1R1之间，仙居鸡基
因型为GG；
[0048]XJ_tag4位于鸡2号染色体14237669处，基因KIF5B第16外显子，仙居鸡基因型为GG；
[0049]XJ_tag5位于鸡2号染色体26153174处，基因PHF本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.仙居鸡特异性INDELs位点，其特征在于，包括以下位点：XJ_tag9位于鸡6号染色体8871256处，基因RTKN2第15内含子，仙居鸡基因型为
--
突变型为缺失片段CAG；XJ_tag10位于鸡9号染色体4708226处，基因RYK与基因SLCO2A1之间，仙居鸡基因型为
--
突变型为缺失片段CCTTCTCTCTGT；XJ_tag12位于鸡17号染色体1925528处，基因RPL12第3内含子，仙居鸡基因型为
--
突变型为插入片段AGATA；XJ_tag13位于鸡20号染色体12764418处，基因ZFP64与基因TSHZ2(ZNF218)之间，仙居鸡基因型为AGAAAC//AGAAAC，为突变型为缺失。2.权利要求1所述仙居鸡特异性INDELs位点在仙居鸡品种鉴定、仙居鸡育种或鸡DNA指纹图谱构建中的应用。3.检测权利要求1所述仙居鸡特异性INDELs位点的引物，其特征在于，用于检测所述标记XJ_tag9的引物为XJ_P9f和XJ_P9r所示两条单链DNA：XJ_P9f：AGTAGGTAGGTGAAGTAAGGA；XJ_P9r：GGACAGATAGCAGGACAAG；用于检测所述标记XJ_tag10的引物为XJ_P10f和XJ_P10r所示两条单链DNA：XJ_P10f：CAGGTCAGCAATGTAGGAA；XJ_P10r：AGTCAATGAGTAAGCCAGTT；用于检测所述标记XJ_tag12的引物为XJ_P12f和XJ_P12r所示两条单链DNA：XJ_P12f：GCTGCTGAGTTACTGCTTA；XJ_P12r：TGTAGACTGAGACATACCTTG；用于检测所述标记XJ_tag13的引物为XJ_P13f和XJ_P13r所示两条单链DNA：XJ_P13f：GCAGGTTCCTCCAGAGAA；XJ_P13r：CCAGCACTTCCAGTCACT。4.引物组合，其特征在于，包括以下任意两对及以上的引物组合：用于检测所述标记XJ_tag9的引物为XJ_P9f和XJ_P9r所示两条单链DNA：XJ_P9f：AGTAGGTAGGTGAAGTAAGGA；XJ_P9r：GGACAGATAGCAGGACAAG；用于检测所述标记XJ_tag10的引物为XJ_P10f和XJ_P10r所示两条单链DNA：XJ_P10f：CAGGTCAGCAATGTAGGAA；XJ_P10r：AGTCAATGAGTAAGCCAGTT；用于检测所述标记XJ_tag12的引物为XJ_P12f和XJ_P12r所示两条单链DNA：XJ_P12f：GCTGCTGAGTTACTGCTTA；XJ_P12r：TGTAGACTGAGACATACCTTG；用于检测所述标记XJ_tag13的引物为XJ_P13f和XJ_P13r所示两条单链DNA：XJ_P13f：GCAGGTTCCTCCAGAGAA；XJ_P13r：CCAGCACTTCCAGTCACT。5.权利要求3所述引物，权利要求4所述引物组合在仙居鸡品种鉴定、仙居鸡育种或鸡DNA指纹图谱构建中的应用。
6.一种鉴定仙居鸡的方法，其特征在于，采用特异性INDELs位点进行鉴定，鉴定以下一种或几种特异性INDELs位点：XJ_tag9位于鸡6号染色体8871256处，基因RTKN2第15内含子，仙居鸡基因型为
--
突变型为缺失片段CAG；XJ_tag10位于鸡9号染色体4708226处，基因RYK与基因SLCO2A1之间，仙居鸡基因型为
--
突变型为缺失片段CCTTCTCTCTGT；XJ_tag12位于鸡17号染色体1925528处，基因RPL12第3内含子，仙居鸡基因型为
--
突变型为插入片段AGATA；XJ_tag13位于鸡20号染色体12764418处，基因ZFP64与基因TSHZ2(ZNF218)之间，仙居鸡基因型为AGAAAC//AGAAAC，为突变型为缺失。7.根据权利要求6所述方法，其特征在于，还包括鉴定以下一种或几种特异性SNPs位点进行辅助鉴定：XJ_tag1位于鸡1号染色体2255086处，基因EXOC4(SEC8L1)第9内含子，仙居鸡基因型为AA；XJ_tag2位于鸡1号染色体4336626处，基因PRKCQ与基因SFMBT2之间，仙居鸡基因型为AA；XJ_tag3位于鸡2号染色体1399524处，基因GHRHR与基因ADCYAP1R1之间，仙居鸡基因型为GG；XJ_tag4位于鸡2号染色体14237669处，基因KIF5B第16外显子，仙居鸡基因型为GG；XJ_tag5位于鸡2号染色体26153174处，基因PHF14第3内含子，仙居鸡基因型为GG；XJ_tag6位于鸡3号染色体7106653处，基因NRXN1与基因CTAGE1(OTOR)之间，仙居鸡基因型为GG；XJ_tag7位于鸡5号染色体29539644处，基因GPHN与基因BMF之间，仙居鸡基因型为GG；XJ_tag8位于鸡5号染色体46648771处，基因GSKIP的UTR3区域，仙居鸡基因型为AA；XJ_tag11位于鸡14号染色体13995320处，基因ABCA3第14外显子，仙居鸡基因型为AA；XJ_tag14位于鸡Z染色体66449744处，基因UGCG与基因SUSD1之间，仙居鸡基因型为CC；XJ_tag15位于鸡Z染色体73715328处，基因LOC107052385与基因LOC107049361之间，仙居鸡基因型为AA。8.根据权利要求7所述方法，其特征在于，鉴定所述特异性SNPs位点的引物：用于检测所述标记XJ_tag1的引物为XJ_P1f和XJ_P1r所示两条单链DNA：XJ_P1f：GGACCTACAGTGGCAGTA；XJ_P1r：GGAGATACGGAGTTG...

【专利技术属性】
技术研发人员：胡玉萍，王克华，韩威，郭军，曲亮，李国辉，
申请(专利权)人：江苏省家禽科学研究所，
类型：发明
国别省市：