【技术实现步骤摘要】
耳聋单倍型基因突变无创检测方法
本申请属于分子生物学诊断领域，具体地，本申请提供了以孕妇及其丈夫的白细胞的基因组DNA和孕妇的血浆游离DNA检测胎儿耳聋单倍型基因突变的无创检测方法。
技术介绍
听力障碍是人类常见的出生缺陷之一，其发病率约0.1%-0.3%。在中国，携带耳聋基因突变的人群达到7000-8000万，每年还新增6-8万耳聋新生儿。耳聋病因复杂，可以由单一基因突变或不同基因的复合突变引起，也可由环境因素（如医疗因素，环境暴露，创伤，药物等）或基因和环境两者共同作用而致。60%的耳聋是由耳聋基因突变导致的遗传性耳聋，其中约70%变异来自于GJB2、SLC26A4、GJB3及线粒体DNA12SrRNA等4个热点基因。大约21.01%的耳聋患者携带GJB2基因突变,是最常见的致聋因素，可导致先天性重度、极重度聋;SLC26A4基因突变是第二大致聋因素，可引起大前庭导水管综合征性耳聋，其突变检出率达12.7%；此外还有4.51%的耳聋患者携带线粒体12SrRNA基因突变，为药物性耳聋患者常见致病变异。耳聋遗...
【技术保护点】
1.一种用于无创产前检测耳聋基因突变的方法，其特征在于，所述方法步骤包括：/n（1）从孕妇及其丈夫的白细胞中获取基因组DNA，从孕妇血浆中获取游离DNA；/n（2）将孕妇及其丈夫的基因组DNA分配到不同的油滴微粒中，利用GemCode平台对长片段序列进行扩增引入barcode序列以及测序接头引物；得到产物片段化、末端修复、连接接头及PCR富集形成二代测序文库；/n（3）以孕妇血浆游离DNA制备文库；/n（4）将步骤（2）和（3）制备的文库以特异性探针捕获杂交；/n（5）捕获文库通过二代测序平台进行高通量测序，得到测序原始数据；/n（6）原始数据经过滤、除去低质量、接头序列得...
【技术特征摘要】
1.一种用于无创产前检测耳聋基因突变的方法，其特征在于，所述方法步骤包括：
（1）从孕妇及其丈夫的白细胞中获取基因组DNA，从孕妇血浆中获取游离DNA；
（2）将孕妇及其丈夫的基因组DNA分配到不同的油滴微粒中，利用GemCode平台对长片段序列进行扩增引入barcode序列以及测序接头引物；得到产物片段化、末端修复、连接接头及PCR富集形成二代测序文库；
（3）以孕妇血浆游离DNA制备文库；
（4）将步骤（2）和（3）制备的文库以特异性探针捕获杂交；
（5）捕获文库通过二代测序平台进行高通量测序，得到测序原始数据；
（6）原始数据经过滤、除去低质量、接头序列得到clean数据后，通过分析父母双方的单倍型及胎儿遗传信息，进而确定胎儿的基因型。
2.根据权利要求1所述的方法，所述方法为非诊断方法。
3.根据权利要求1或2所述的方法，所述方法中的耳聋基因突变为GJB2、SLC26A4基因突变。
4.根据权利要求1所述的方法，其中步骤（4）中的探针设计方法为：获取GJB2、SLC26A4基因全长并向上下游各延伸1Mb，采用RepeatMask软件分析去掉重复序列，从第一个碱基开始截取78bp的序列做探针，再一次往后移动n个碱基，截取78bp的序列做探针，直到最后一个78bp；同时根据参考序列中GC含量的不同，调整探针的密度，探针的密度根据密度公式调整；根据GC含量调整探针密度公式：
其中代表某GC含量的探针密度，a代表GC含量为50%时候的探针密度，为20；gc代
表GC含量。
5.根据权利要求1所述的方法，其中所述探针有生物素标记。
6.根据权利要求1所述的方法，其中步骤（6）包括：
（A）孕妇血浆的原始数据切除接头序列、低质量碱基、过滤小片段并比对到参考基因组的相应位置；
（B）完成（A）后，去除由于PCR扩增偏好引起的重复序列，分析数据，得到单核苷酸变异和插入缺失突变相关信息；
（C）对所有的SNP和INDEL进行注释，然后筛选掉正常人数据库所有的SNP和INDEL进行注释，然后筛选掉正常人数据库，对错义突变和剪切位点改变进行致病性预测；
（D）用10X数据分析软件longranger分别对父母双方的10X数据进行比对，得到父母双方的突变信息；
（E）胎...
【专利技术属性】
技术研发人员：伍建，姬晓雯，王海丽，刘娜，韩路，
申请(专利权)人：北京迈基诺基因科技股份有限公司，
类型：发明
国别省市：北京;11
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